More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_1277 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007404  Tbd_1277  diguanylate cyclase  100 
 
 		 241 aa  493  1e-139  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1629  hypothetical protein  32.87 
 
 		 296 aa  114  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00134354  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2151  hypothetical protein  32.56 
 
 		 296 aa  113  3e-24  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0685659  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2110  diguanylate cyclase  32.87 
 
 		 296 aa  112  4.0000000000000004e-24  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000973231  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2123  hypothetical protein  33.49 
 
 		 296 aa  112  4.0000000000000004e-24  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0850031  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1744  hypothetical protein  32.87 
 
 		 296 aa  112  4.0000000000000004e-24  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00489018  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1625  hypothetical protein  32.41 
 
 		 296 aa  111  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000118322  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0401  hypothetical protein  29.29 
 
 		 296 aa  110  2.0000000000000002e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01494  hypothetical protein  31.94 
 
 		 296 aa  107  1e-22  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00154345  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01505  hypothetical protein  31.94 
 
 		 296 aa  107  1e-22  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00205706  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1669  hypothetical protein  33.79 
 
 		 298 aa  107  1e-22  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1814  diguanylate cyclase  39.51 
 
 		 267 aa  96.3  3e-19  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2986  diguanylate cyclase  38.46 
 
 		 518 aa  95.9  5e-19  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000165218 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1373  diguanylate cyclase  38.46 
 
 		 518 aa  95.5  6e-19  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1359  diguanylate cyclase  38.46 
 
 		 518 aa  95.5  7e-19  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1398  diguanylate cyclase  38.46 
 
 		 518 aa  95.1  8e-19  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0531857  decreased coverage  0.00306238 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1270  diguanylate cyclase  37.1 
 
 		 318 aa  94  2e-18  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1723  response regulator receiver domain-containing protein  38.94 
 
 		 325 aa  94.4  2e-18  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0237  diguanylate cyclase  31.03 
 
 		 427 aa  93.6  2e-18  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.124528  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4119  diguanylate cyclase  44.55 
 
 		 382 aa  92.8  4e-18  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.898336 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3477  diguanylate cyclase  44.55 
 
 		 342 aa  92.4  5e-18  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.377939  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4369  sensor diguanylate cyclase  38.76 
 
 		 569 aa  92.4  5e-18  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.399197 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2404  diguanylate cyclase  44 
 
 		 479 aa  92.8  5e-18  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00227226  normal  0.966476 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0952  GGDEF domain-containing protein  39.86 
 
 		 430 aa  92.4  6e-18  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1063  diguanylate cyclase  41.82 
 
 		 458 aa  92  8e-18  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.868006  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1194  diguanylate cyclase  29.22 
 
 		 471 aa  91.7  9e-18  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.361877  normal  0.129887 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1291  diguanylate cyclase  37.69 
 
 		 518 aa  91.3  1e-17  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3816  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.77 
 
 		 797 aa  90.5  2e-17  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.250791  normal  0.392847 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2525  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.76 
 
 		 464 aa  90.5  2e-17  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.21158 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0676  diguanylate cyclase  38.42 
 
 		 388 aa  90.5  2e-17  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2675  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  45.61 
 
 		 840 aa  90.5  2e-17  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0500157  hitchhiker  7.41843e-16 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2884  diguanylate cyclase  36.15 
 
 		 518 aa  90.9  2e-17  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000014858 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0457  diguanylate cyclase  27.46 
 
 		 472 aa  90.1  3e-17  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.100839  normal  0.562676 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1551  GGDEF domain-containing protein  37.6 
 
 		 518 aa  90.1  3e-17  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2754  diguanylate cyclase  38.76 
 
 		 518 aa  89.7  3e-17  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0153453 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2714  diguanylate cyclase  36.57 
 
 		 518 aa  89.7  3e-17  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000423102 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2782  diguanylate cyclase  36.57 
 
 		 518 aa  89.7  3e-17  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.32181  hitchhiker  0.00903713 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3218  diguanylate cyclase  47.71 
 
 		 386 aa  89.7  3e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.317388 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2974  diguanylate cyclase  34.3 
 
 		 518 aa  89.7  4e-17  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0516794  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2740  diguanylate cyclase  35.8 
 
 		 555 aa  89.7  4e-17  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1306  diguanylate cyclase  42.19 
 
 		 615 aa  89.4  4e-17  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.550913  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3013  diguanylate cyclase  40.14 
 
 		 439 aa  89  6e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.655634  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0457  diguanylate cyclase  33.8 
 
 		 349 aa  89  7e-17  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.163256  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03046  GGDEF domain protein  34.01 
 
 		 518 aa  89  7e-17  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.444384  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2835  response regulator receiver domain-containing protein  43.48 
 
 		 346 aa  89  7e-17  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.157532  normal  0.231861 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03282  hypothetical FOG: GGDEF domain protein  39.13 
 
 		 712 aa  88.6  7e-17  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1440  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.83 
 
 		 315 aa  88.6  8e-17  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0301186  normal  0.059237 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2730  diguanylate cyclase  40.15 
 
 		 638 aa  88.2  9e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.814579  normal  0.595433 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1232  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.14 
 
 		 416 aa  88.6  9e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0698  diguanylate cyclase  37.29 
 
 		 388 aa  88.6  9e-17  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.814063  hitchhiker  0.00133482 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5509  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.29 
 
 		 326 aa  87.8  1e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.872831  normal  0.058561 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2363  GGDEF domain-containing protein  35.07 
 
 		 311 aa  87.8  1e-16  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.282615  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1358  diguanylate cyclase  42.06 
 
 		 412 aa  87.8  1e-16  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3654  diguanylate cyclase  39.84 
 
 		 473 aa  88.2  1e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.271139  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5175  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.57 
 
 		 313 aa  87.8  1e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4956  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.29 
 
 		 324 aa  87.8  1e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0364888 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5684  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.57 
 
 		 313 aa  87.8  1e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.656373  hitchhiker  0.00195148 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3165  diguanylate cyclase  38.79 
 
 		 311 aa  87.4  2e-16  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0402  diguanylate cyclase  42.86 
 
 		 866 aa  87  2e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.362695  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA2105  GGDEF domain-containing protein  38.79 
 
 		 311 aa  87.4  2e-16  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3910  diguanylate cyclase  37.23 
 
 		 537 aa  87.4  2e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.283041  normal  0.244259 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2469  diguanylate cyclase  40.71 
 
 		 351 aa  87  2e-16  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2535  GGDEF  36.69 
 
 		 350 aa  87  2e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.388449  normal  0.835067 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1493  GGDEF domain-containing protein  38.79 
 
 		 311 aa  87.4  2e-16  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00779791  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4234  diguanylate cyclase  37.23 
 
 		 539 aa  87.4  2e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.256126 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2556  GGDEF domain-containing protein  36.8 
 
 		 518 aa  87.4  2e-16  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3279  diguanylate cyclase  38.79 
 
 		 311 aa  87.4  2e-16  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0418707  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0797  diguanylate cyclase  39.26 
 
 		 385 aa  87  2e-16  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.71316 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1133  diguanylate cyclase  38.79 
 
 		 311 aa  87.4  2e-16  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.047255  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2399  diguanylate cyclase  38.79 
 
 		 311 aa  87.4  2e-16  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.291213  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1413  diguanylate cyclase  38.79 
 
 		 311 aa  87.4  2e-16  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.195928  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0600  response regulator receiver protein  45.05 
 
 		 301 aa  87.4  2e-16  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3563  diguanylate cyclase  44.95 
 
 		 386 aa  86.7  3e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.178663  normal  0.195496 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3961  diguanylate cyclase  37.31 
 
 		 340 aa  86.7  3e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.042208 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2557  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.9 
 
 		 300 aa  86.7  3e-16  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0249  hypothetical protein  40.16 
 
 		 275 aa  86.7  3e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.664064  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2151  diguanylate cyclase  40.71 
 
 		 583 aa  86.7  3e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.984421  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0115  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.61 
 
 		 304 aa  86.7  3e-16  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.113218  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1282  diguanylate cyclase with GAF sensor  38.68 
 
 		 550 aa  86.3  4e-16  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000101268  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3344  signal transduction protein  43.56 
 
 		 1055 aa  86.3  4e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02110  GGDEF domain-containing protein  40.16 
 
 		 235 aa  86.3  4e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.594222 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3428  diguanylate cyclase  39.39 
 
 		 425 aa  86.3  4e-16  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.261309 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3309  diguanylate cyclase  36 
 
 		 514 aa  85.9  5e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.430472  hitchhiker  0.00145526 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3458  diguanylate cyclase  32.61 
 
 		 518 aa  85.9  5e-16  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000037754 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2050  diguanylate cyclase  41.6 
 
 		 523 aa  85.9  5e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.645943 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2655  diguanylate cyclase  45.92 
 
 		 744 aa  85.5  6e-16  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.714483  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2578  diguanylate cyclase  45.92 
 
 		 744 aa  85.5  6e-16  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0109  diguanylate cyclase  44.71 
 
 		 461 aa  85.5  6e-16  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0241  diguanylate cyclase  36.23 
 
 		 640 aa  85.5  6e-16  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3115  diguanylate cyclase  38.57 
 
 		 354 aa  85.5  6e-16  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.276087 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2418  GGDEF domain-containing protein  37.6 
 
 		 518 aa  85.9  6e-16  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.659104 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2774  diguanylate cyclase  36 
 
 		 530 aa  85.9  6e-16  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0723  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  52.44 
 
 		 540 aa  85.5  7e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3474  diguanylate cyclase  36.67 
 
 		 393 aa  85.5  7e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0624369  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3653  GGDEF  39.29 
 
 		 308 aa  85.5  7e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.203802  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1806  diguanylate cyclase  45.92 
 
 		 744 aa  85.5  7e-16  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000621325 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4551  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.86 
 
 		 313 aa  85.5  7e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.111866  normal  0.524526 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1842  diguanylate cyclase  45.37 
 
 		 308 aa  85.5  8e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.721538  normal  0.677546 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3368  periplasmic sensor diguanylate cyclase  43.8 
 
 		 439 aa  85.5  8e-16  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.778826  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0304  diguanylate cyclase  43.81 
 
 		 464 aa  85.1  9e-16  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>