More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSP_3368 on replicon NC_007494
Organism: Rhodobacter sphaeroides 2.4.1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009050  Rsph17029_3013  diguanylate cyclase  98.18 
 
 		 439 aa  830    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.655634  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3368  periplasmic sensor diguanylate cyclase  100 
 
 		 439 aa  847    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.778826  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0719  diguanylate cyclase  49.41 
 
 		 370 aa  131  2.0000000000000002e-29  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2010  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  39.72 
 
 		 574 aa  130  4.0000000000000003e-29  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0096  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  47.34 
 
 		 407 aa  130  7.000000000000001e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.758352  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3994  GGDEF  39.71 
 
 		 297 aa  129  8.000000000000001e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.000430397  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3654  diguanylate cyclase  46.3 
 
 		 473 aa  128  3e-28  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.271139  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0868  GGDEF domain-containing protein  47.95 
 
 		 494 aa  126  9e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.796056  normal  0.69001 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01318  predicted diguanylate cyclase, GGDEF domain signalling protein  46.2 
 
 		 410 aa  124  3e-27  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.536328  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2303  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  46.2 
 
 		 410 aa  124  3e-27  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.136359  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1458  sensory box-containing diguanylate cyclase  46.2 
 
 		 430 aa  124  3e-27  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01328  hypothetical protein  46.2 
 
 		 410 aa  124  3e-27  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.465042  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1555  sensory box-containing diguanylate cyclase  46.2 
 
 		 430 aa  124  4e-27  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1989  sensory box-containing diguanylate cyclase  46.2 
 
 		 430 aa  124  4e-27  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.641954 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1781  sensory box-containing diguanylate cyclase  46.2 
 
 		 430 aa  124  4e-27  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.900668  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3459  diguanylate cyclase  40.36 
 
 		 324 aa  123  5e-27  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2363  GGDEF domain-containing protein  42.56 
 
 		 311 aa  123  6e-27  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.282615  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0571  diguanylate cyclase  40.36 
 
 		 324 aa  123  6e-27  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0570  diguanylate cyclase  40.36 
 
 		 324 aa  123  6e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3170  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.74 
 
 		 312 aa  123  7e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0256904  normal  0.861805 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1586  sensory box-containing diguanylate cyclase  45.45 
 
 		 430 aa  123  7e-27  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1277  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  49.06 
 
 		 454 aa  123  8e-27  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.410696  normal  0.0388481 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0009  diguanylate cyclase  42.11 
 
 		 312 aa  122  9e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.214527  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0094  diguanylate cyclase  46.45 
 
 		 451 aa  122  9.999999999999999e-27  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2284  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.61 
 
 		 410 aa  122  9.999999999999999e-27  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.629539  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2531  diguanylate cyclase  36.46 
 
 		 347 aa  122  9.999999999999999e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.204125  normal  0.837026 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1304  diguanylate cyclase  45.73 
 
 		 559 aa  121  1.9999999999999998e-26  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1560  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  41.83 
 
 		 800 aa  121  3e-26  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0426061  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3248  diguanylate cyclase  46.78 
 
 		 420 aa  121  3e-26  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1456  diguanylate cyclase  43.17 
 
 		 636 aa  120  3.9999999999999996e-26  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1282  diguanylate cyclase with GAF sensor  40.12 
 
 		 550 aa  120  3.9999999999999996e-26  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000101268  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7026  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.97 
 
 		 312 aa  120  3.9999999999999996e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.398098  hitchhiker  0.000000633587 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2699  diguanylate cyclase  45.93 
 
 		 251 aa  120  4.9999999999999996e-26  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2096  diguanylate cyclase  42.5 
 
 		 368 aa  120  4.9999999999999996e-26  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2413  response regulator PleD  46.07 
 
 		 457 aa  120  4.9999999999999996e-26  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.592932  normal  0.173821 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1323  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.56 
 
 		 441 aa  120  6e-26  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2241  diguanylate cyclase  42.86 
 
 		 355 aa  119  7e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1872  diguanylate cyclase  44.38 
 
 		 342 aa  120  7e-26  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.97558 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0076  diguanylate cyclase  34.07 
 
 		 444 aa  120  7e-26  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0457  diguanylate cyclase  45.45 
 
 		 472 aa  119  7.999999999999999e-26  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.100839  normal  0.562676 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0349  diguanylate cyclase  38.46 
 
 		 523 aa  119  7.999999999999999e-26  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.291431  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1477  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.22 
 
 		 730 aa  119  7.999999999999999e-26  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2239  diguanylate cyclase  37.19 
 
 		 387 aa  119  9.999999999999999e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0462  3-deoxy-d-manno-octulosonic-acid transferase  38.92 
 
 		 422 aa  119  9.999999999999999e-26  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1984  threonine dehydratase  38.92 
 
 		 418 aa  119  9.999999999999999e-26  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.241676  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1471  diguanylate cyclase  42.78 
 
 		 339 aa  119  9.999999999999999e-26  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.435801  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4122  diguanylate cyclase  47.31 
 
 		 395 aa  118  1.9999999999999998e-25  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.302969  normal  0.519011 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2049  GGDEF family protein  44.38 
 
 		 319 aa  119  1.9999999999999998e-25  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4141  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.03 
 
 		 312 aa  118  1.9999999999999998e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.812185  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2425  diguanylate cyclase  47.06 
 
 		 353 aa  118  1.9999999999999998e-25  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0797  diguanylate cyclase  38.46 
 
 		 408 aa  118  1.9999999999999998e-25  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.71948  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1669  hypothetical protein  43.51 
 
 		 298 aa  119  1.9999999999999998e-25  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3165  diguanylate cyclase  42.71 
 
 		 311 aa  117  3e-25  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA2105  GGDEF domain-containing protein  42.71 
 
 		 311 aa  117  3e-25  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1133  diguanylate cyclase  42.71 
 
 		 311 aa  117  3e-25  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.047255  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3480  diguanylate cyclase  47.31 
 
 		 395 aa  117  3e-25  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.232889  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3279  diguanylate cyclase  42.71 
 
 		 311 aa  117  3e-25  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0418707  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1493  GGDEF domain-containing protein  42.71 
 
 		 311 aa  117  3e-25  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00779791  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3541  response regulator PleD  47.53 
 
 		 457 aa  117  3e-25  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1413  diguanylate cyclase  42.71 
 
 		 311 aa  117  3e-25  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.195928  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1306  diguanylate cyclase  42.01 
 
 		 615 aa  117  3e-25  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.550913  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2399  diguanylate cyclase  42.71 
 
 		 311 aa  117  3e-25  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.291213  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2318  diguanylate cyclase  39.53 
 
 		 363 aa  117  3.9999999999999997e-25  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0100  diguanylate cyclase  42.7 
 
 		 446 aa  117  3.9999999999999997e-25  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.246337  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5509  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.23 
 
 		 326 aa  117  5e-25  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.872831  normal  0.058561 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2227  diguanylate cyclase  43.75 
 
 		 342 aa  117  5e-25  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0465  diguanylate cyclase  40 
 
 		 340 aa  117  5e-25  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.254562  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2019  diguanylate cyclase  41.28 
 
 		 355 aa  117  5e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4329  diguanylate cyclase  39.02 
 
 		 320 aa  117  6e-25  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.406414  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2619  diguanylate cyclase  36.11 
 
 		 471 aa  116  6e-25  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.912775  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4369  sensor diguanylate cyclase  40.24 
 
 		 569 aa  116  6e-25  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.399197 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0133  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.99 
 
 		 694 aa  116  6.9999999999999995e-25  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2871  response regulator  40.7 
 
 		 564 aa  116  7.999999999999999e-25  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4030  diguanylate cyclase  44.44 
 
 		 498 aa  116  7.999999999999999e-25  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4730  diguanylate cyclase  35.79 
 
 		 572 aa  115  1.0000000000000001e-24  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2178  diguanylate cyclase  47.57 
 
 		 406 aa  115  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.988519 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5111  hypothetical protein  40.24 
 
 		 351 aa  115  1.0000000000000001e-24  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1480  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  37.65 
 
 		 1012 aa  115  1.0000000000000001e-24  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4104  diguanylate cyclase  41.14 
 
 		 610 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.147884 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2312  GGDEF domain-containing protein  43.59 
 
 		 341 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0422  diguanylate cyclase  38.29 
 
 		 317 aa  115  1.0000000000000001e-24  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1163  diguanylate cyclase  42.68 
 
 		 308 aa  115  1.0000000000000001e-24  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4956  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.63 
 
 		 324 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0364888 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4746  response regulator PleD  47.77 
 
 		 466 aa  115  1.0000000000000001e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0979514  normal  0.753316 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0569  sensory box/GGDEF family protein  40.36 
 
 		 324 aa  115  2.0000000000000002e-24  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5094  hypothetical protein  39.76 
 
 		 351 aa  115  2.0000000000000002e-24  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2218  GGDEF  44.63 
 
 		 448 aa  114  2.0000000000000002e-24  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1211  diguanylate cyclase  40.8 
 
 		 381 aa  115  2.0000000000000002e-24  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0638  diguanylate cyclase  33.61 
 
 		 569 aa  114  2.0000000000000002e-24  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1906  response regulator receiver domain-containing protein  42.33 
 
 		 603 aa  115  2.0000000000000002e-24  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3038  response regulator PleD  44.38 
 
 		 457 aa  115  2.0000000000000002e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.372566  normal  0.319547 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2322  diguanylate cyclase  44.87 
 
 		 354 aa  114  2.0000000000000002e-24  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6003  diguanylate cyclase  42.57 
 
 		 371 aa  115  2.0000000000000002e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.753958  normal  0.321238 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0803  diguanylate cyclase  41.76 
 
 		 346 aa  115  2.0000000000000002e-24  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2253  diguanylate cyclase  42.5 
 
 		 342 aa  114  3e-24  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0242555  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2420  diguanylate cyclase  43.75 
 
 		 532 aa  114  3e-24  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.499921  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4536  diguanylate cyclase  46.75 
 
 		 503 aa  114  3e-24  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.221207  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5414  ggdef family protein  40.74 
 
 		 352 aa  114  3e-24  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3476  diguanylate cyclase  39.33 
 
 		 298 aa  114  3e-24  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00597173 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2077  diguanylate cyclase  35.57 
 
 		 343 aa  114  3e-24  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.984314  normal  0.163131 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>