102 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_3520 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_3520  type IV pilus biogenesis protein, putative  100 
 
 		 170 aa  350  8e-96  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1132  type IV pilus biogenesis protein, putative  75.15 
 
 		 170 aa  285  2.9999999999999996e-76  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1167  type IV pilus biogenesis protein, putative  74.56 
 
 		 170 aa  283  5.999999999999999e-76  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.350797 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3224  type IV pilus biogenesis protein, putative  75.15 
 
 		 170 aa  283  7e-76  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1068  type IV pilus biogenesis protein, putative  73.88 
 
 		 151 aa  221  4e-57  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.537139  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0934  type IV pilus biogenesis protein, putative  62.65 
 
 		 170 aa  220  8e-57  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.153774  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1109  type IV pilus biogenesis protein, putative  60.84 
 
 		 170 aa  219  9.999999999999999e-57  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.014946  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1302  type IV pilus biogenesis protein, putative  54.55 
 
 		 169 aa  202  2e-51  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.391633 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3125  methylation site containing protein  56.21 
 
 		 170 aa  201  3e-51  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.287343  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2946  methylation site containing protein  56.21 
 
 		 170 aa  200  6e-51  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.105075  normal  0.412318 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3028  methylation site containing protein  56.21 
 
 		 170 aa  200  6e-51  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.811666 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1205  type IV pilus biogenesis protein, putative  55.83 
 
 		 169 aa  197  7.999999999999999e-50  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1070  methylation site containing protein  51.48 
 
 		 170 aa  189  2e-47  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2712  type IV pilus biogenesis protein, putative  52.07 
 
 		 170 aa  187  7e-47  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000000750453  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1094  type IV pilus biogenesis protein, putative  51.19 
 
 		 170 aa  185  3e-46  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2880  prepilin-type cleavage/methylation-like protein  51.83 
 
 		 173 aa  179  2e-44  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1093  type IV pilus biogenesis protein, putative  44.97 
 
 		 178 aa  160  1e-38  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1301  type IV pilus biogenesis protein, putative  44.05 
 
 		 177 aa  156  1e-37  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.397112 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2713  type IV pilus biogenesis protein, putative  43.03 
 
 		 172 aa  140  6e-33  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000625919  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2881  methylation site containing protein  35.71 
 
 		 170 aa  119  1.9999999999999998e-26  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3521  type IV pilus biogenesis protein, putative  36.94 
 
 		 164 aa  113  1.0000000000000001e-24  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0933  methylation site containing protein  34.68 
 
 		 163 aa  112  2.0000000000000002e-24  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.133709  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1069  methylation site containing protein  36.42 
 
 		 161 aa  110  1.0000000000000001e-23  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1064  type IV pilus biogenesis protein, putative  35.67 
 
 		 164 aa  105  2e-22  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1131  type IV pilus biogenesis protein, putative  35.67 
 
 		 164 aa  105  2e-22  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3225  type IV pilus biogenesis protein, putative  35.67 
 
 		 164 aa  105  2e-22  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3919  putative type IV pilus biogenesis protein  35.12 
 
 		 208 aa  103  8e-22  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.159309  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1166  type IV pilus biogenesis protein, putative  35.03 
 
 		 164 aa  103  8e-22  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.334361 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3126  methylation site containing protein  30.63 
 
 		 160 aa  97.8  6e-20  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3029  methylation site containing protein  35.62 
 
 		 155 aa  97.8  7e-20  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.305905 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2947  methylation site containing protein  30.63 
 
 		 160 aa  96.3  2e-19  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0992621  normal  0.405183 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1108  methylation site containing protein  33.13 
 
 		 163 aa  95.1  4e-19  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.105316  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1204  methylation site containing protein  34.04 
 
 		 162 aa  89.7  2e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1219  putative type IV pilus biogenesis protein  29.17 
 
 		 180 aa  84.3  7e-16  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2159  Tfp pilus assembly protein FimT  28.31 
 
 		 206 aa  74.3  0.0000000000007  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000106195  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0873  Tfp pilus assembly protein FimT  24.4 
 
 		 190 aa  68.9  0.00000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.160532  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0019  pre-pilin like leader sequence  27.78 
 
 		 191 aa  67.8  0.00000000007  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.808404  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0021  putative type-4 fimbrial pilin related signal peptide protein  28.82 
 
 		 194 aa  65.5  0.0000000003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1834  fimbrial biogenesis protein  26.67 
 
 		 195 aa  65.5  0.0000000004  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.723988  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05337  putative type-4 fimbrial pilin related signal peptide protein  27.75 
 
 		 181 aa  64.3  0.0000000007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.693608 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2876  methylation  27.71 
 
 		 200 aa  62.8  0.000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.323846  normal  0.549514 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1895  type 4 fimbrial biogenesis protein  26.71 
 
 		 195 aa  62  0.000000004  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007483  Noc_A0007  putative type-4 fimbrial pilin related signal peptide protein  38.2 
 
 		 173 aa  59.3  0.00000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.24859  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5187  putative type-4 fimbrial pilin related signal peptide protein  25.97 
 
 		 187 aa  59.3  0.00000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2965  Tfp pilus assembly protein FimT  23.84 
 
 		 181 aa  58.2  0.00000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.108298 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5190  type 4 fimbrial biogenesis protein FimU  25 
 
 		 168 aa  58.2  0.00000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.875037  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0686  hypothetical protein  30.07 
 
 		 192 aa  57.4  0.0000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0669  hypothetical protein  29.37 
 
 		 192 aa  57  0.0000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11820  type IV pilus biogenesis protein, FimT  26.25 
 
 		 171 aa  57.4  0.0000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0767  hypothetical protein  25.41 
 
 		 186 aa  55.8  0.0000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.130879 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03016  putative type IV pilus biogenesis protein  22.99 
 
 		 200 aa  55.1  0.0000004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.155595  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0214  pre-pilin like leader sequence  34.21 
 
 		 172 aa  54.7  0.0000007  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0250023 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0215  hypothetical protein  23.3 
 
 		 174 aa  54.3  0.0000007  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0562308 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2535  putative type-4 fimbrial pilin related signal peptide protein  24.71 
 
 		 193 aa  53.9  0.000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2877  methylation  27.59 
 
 		 192 aa  52.8  0.000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.169243  normal  0.567354 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2270  putative type-4 fimbrial pilin related signal peptide protein  21.56 
 
 		 187 aa  52.4  0.000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3912  hypothetical protein  23.16 
 
 		 186 aa  52  0.000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.580591  normal  0.0873326 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0866  putative type-4 fimbrial pilin related signal peptide protein  24.85 
 
 		 194 aa  52  0.000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.197322  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3182  putative type-4 fimbrial pilin related signal peptide protein  21.59 
 
 		 194 aa  51.6  0.000006  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0023  pre-pilin like leader sequence  25.45 
 
 		 167 aa  51.2  0.000006  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1378  putative type IV pilus assembly protein FimT  27.33 
 
 		 171 aa  51.6  0.000006  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.142156  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1621  type 4 pili biogenesis protein (prepilin-like protein)  28.47 
 
 		 186 aa  51.2  0.000007  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.000506995  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0715  pillin, putative  33.75 
 
 		 157 aa  50.8  0.000008  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0811  pillin, putative  33.75 
 
 		 157 aa  50.8  0.000009  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0253  putative type-4 fimbrial pilin related signal peptide protein  26.96 
 
 		 168 aa  50.4  0.00001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5189  type 4 fimbrial biogenesis protein FimT  26.39 
 
 		 169 aa  50.4  0.00001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0562  putative fimT protein  28.26 
 
 		 178 aa  50.1  0.00001  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000705405  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0091  hypothetical protein  27.78 
 
 		 182 aa  50.1  0.00002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.152728  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4847  hypothetical protein  29.67 
 
 		 157 aa  49.7  0.00002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.603969 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3181  N-terminal methylation site  26.42 
 
 		 175 aa  49.7  0.00002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0378  hypothetical protein  27.27 
 
 		 217 aa  48.9  0.00003  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000913387  hitchhiker  0.000267093 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3230  fimbrial pilin related signal peptide protein  29.58 
 
 		 171 aa  48.5  0.00004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.591415  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1381  hypothetical protein  28.87 
 
 		 186 aa  48.1  0.00006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.722593  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3169  prepilin-type cleavage/methylation  23.27 
 
 		 190 aa  47.4  0.00009  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2679  putative type 4 fimbrial pilin related transmembrane protein  25.15 
 
 		 157 aa  47  0.0001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.171677 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5193  N-terminal methylation site-containing protein  29.85 
 
 		 188 aa  46.2  0.0002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.17462  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1384  fimbrial biogenesis protein  28.37 
 
 		 164 aa  45.4  0.0004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.168846  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4848  general secretion pathway protein H  24.71 
 
 		 184 aa  45.1  0.0005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.966259 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0783  general secretion pathway protein H  24.4 
 
 		 182 aa  44.3  0.0008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1821  Tfp pilus assembly protein FimT-like protein  26.25 
 
 		 195 aa  44.3  0.0008  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.071899  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0722  putative type 4 fimbrial pilin related transmembrane protein  28.05 
 
 		 203 aa  43.9  0.001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.905296 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0219  putative type IV pilin  26.59 
 
 		 182 aa  43.5  0.001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.130638 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0188  pilus assembly protein  23.95 
 
 		 222 aa  43.5  0.001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.323266 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60280  type 4 fimbrial biogenesis protein FimU  25.29 
 
 		 162 aa  43.9  0.001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000431898 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0962  Tfp pilus assembly protein FimT-like protein  30.65 
 
 		 162 aa  43.5  0.001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.582094  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2579  Tfp pilus assembly protein FimT-like protein  32.26 
 
 		 187 aa  43.9  0.001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0853  pilin, putative  28.7 
 
 		 144 aa  42.7  0.002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0685  Tfp pilus assembly protein FimT-like protein  29.17 
 
 		 186 aa  43.5  0.002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3425  methylation site containing protein  29.2 
 
 		 144 aa  43.1  0.002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0864  methylation site containing protein  29.23 
 
 		 145 aa  43.1  0.002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3313  methylation site containing protein  29.63 
 
 		 144 aa  42.4  0.003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.936741  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0702  Tfp pilus assembly protein FimT-like protein  29.17 
 
 		 186 aa  42.4  0.003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.686484  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0015  Tfp pilus assembly protein FimT-like protein  23.39 
 
 		 192 aa  42.4  0.003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0709  methylation site containing protein  29.63 
 
 		 144 aa  42  0.004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0829  methylation site containing protein  29.23 
 
 		 145 aa  42  0.004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0489  methylation  25.42 
 
 		 175 aa  41.6  0.005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0670  Tfp pilus assembly protein FimT-like protein  24.6 
 
 		 214 aa  41.6  0.005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.648692  normal  0.521585 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0714  type IV pilus biogenesis protein  24.4 
 
 		 166 aa  41.6  0.006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2522  methylation  33.33 
 
 		 179 aa  41.6  0.006  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2665  methylation  27.96 
 
 		 189 aa  41.2  0.007  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>