110 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_2880 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008345  Sfri_2880  prepilin-type cleavage/methylation-like protein  100 
 
 		 173 aa  358  3e-98  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0934  type IV pilus biogenesis protein, putative  53.61 
 
 		 170 aa  198  3e-50  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.153774  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2712  type IV pilus biogenesis protein, putative  57.14 
 
 		 170 aa  198  3.9999999999999996e-50  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000000750453  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1109  type IV pilus biogenesis protein, putative  53.94 
 
 		 170 aa  197  5e-50  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.014946  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1132  type IV pilus biogenesis protein, putative  50 
 
 		 170 aa  182  2.0000000000000003e-45  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1167  type IV pilus biogenesis protein, putative  49.39 
 
 		 170 aa  181  5.0000000000000004e-45  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.350797 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1302  type IV pilus biogenesis protein, putative  52.15 
 
 		 169 aa  180  1e-44  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.391633 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3224  type IV pilus biogenesis protein, putative  49.39 
 
 		 170 aa  179  2e-44  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3520  type IV pilus biogenesis protein, putative  51.83 
 
 		 170 aa  179  2.9999999999999997e-44  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1205  type IV pilus biogenesis protein, putative  51.59 
 
 		 169 aa  173  9.999999999999999e-43  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3125  methylation site containing protein  49.68 
 
 		 170 aa  172  1.9999999999999998e-42  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.287343  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1094  type IV pilus biogenesis protein, putative  48.5 
 
 		 170 aa  172  2.9999999999999996e-42  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2946  methylation site containing protein  49.68 
 
 		 170 aa  171  3.9999999999999995e-42  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.105075  normal  0.412318 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3028  methylation site containing protein  49.68 
 
 		 170 aa  171  3.9999999999999995e-42  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.811666 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1070  methylation site containing protein  46.5 
 
 		 170 aa  161  3e-39  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1068  type IV pilus biogenesis protein, putative  49.61 
 
 		 151 aa  139  3e-32  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.537139  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1301  type IV pilus biogenesis protein, putative  38.46 
 
 		 177 aa  134  9e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.397112 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1093  type IV pilus biogenesis protein, putative  38.01 
 
 		 178 aa  128  4.0000000000000003e-29  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2713  type IV pilus biogenesis protein, putative  34.32 
 
 		 172 aa  117  6e-26  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000625919  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2881  methylation site containing protein  34.94 
 
 		 170 aa  116  1.9999999999999998e-25  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0933  methylation site containing protein  36.75 
 
 		 163 aa  98.2  5e-20  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.133709  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1064  type IV pilus biogenesis protein, putative  35.33 
 
 		 164 aa  95.9  2e-19  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1131  type IV pilus biogenesis protein, putative  35.33 
 
 		 164 aa  95.9  2e-19  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3225  type IV pilus biogenesis protein, putative  35.33 
 
 		 164 aa  95.9  2e-19  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3521  type IV pilus biogenesis protein, putative  33.14 
 
 		 164 aa  95.9  3e-19  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1166  type IV pilus biogenesis protein, putative  34.73 
 
 		 164 aa  94  9e-19  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.334361 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3919  putative type IV pilus biogenesis protein  33.54 
 
 		 208 aa  91.3  7e-18  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.159309  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2947  methylation site containing protein  31.95 
 
 		 160 aa  90.5  1e-17  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0992621  normal  0.405183 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3029  methylation site containing protein  33.33 
 
 		 155 aa  90.5  1e-17  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.305905 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3126  methylation site containing protein  31.95 
 
 		 160 aa  90.1  1e-17  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1069  methylation site containing protein  32.73 
 
 		 161 aa  90.1  1e-17  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1108  methylation site containing protein  33.33 
 
 		 163 aa  83.6  0.000000000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.105316  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1204  methylation site containing protein  37.86 
 
 		 162 aa  79.3  0.00000000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05337  putative type-4 fimbrial pilin related signal peptide protein  30.18 
 
 		 181 aa  77.8  0.00000000000008  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.693608 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1219  putative type IV pilus biogenesis protein  26.92 
 
 		 180 aa  72.8  0.000000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1895  type 4 fimbrial biogenesis protein  29.19 
 
 		 195 aa  68.9  0.00000000003  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0021  putative type-4 fimbrial pilin related signal peptide protein  28.49 
 
 		 194 aa  69.3  0.00000000003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1834  fimbrial biogenesis protein  29.19 
 
 		 195 aa  67.4  0.00000000009  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.723988  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2876  methylation  28.41 
 
 		 200 aa  65.9  0.0000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.323846  normal  0.549514 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0873  Tfp pilus assembly protein FimT  24.84 
 
 		 190 aa  63.9  0.000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.160532  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2159  Tfp pilus assembly protein FimT  27.33 
 
 		 206 aa  62.8  0.000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000106195  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0562  putative fimT protein  28.08 
 
 		 178 aa  62.4  0.000000003  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000705405  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3182  putative type-4 fimbrial pilin related signal peptide protein  26.79 
 
 		 194 aa  60.1  0.00000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1621  type 4 pili biogenesis protein (prepilin-like protein)  29.66 
 
 		 186 aa  60.8  0.00000001  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.000506995  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0378  hypothetical protein  32.37 
 
 		 217 aa  59.3  0.00000002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000913387  hitchhiker  0.000267093 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0810  type IV pilus biogenesis protein  28.22 
 
 		 166 aa  58.9  0.00000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5187  putative type-4 fimbrial pilin related signal peptide protein  27.84 
 
 		 187 aa  58.9  0.00000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2965  Tfp pilus assembly protein FimT  25.3 
 
 		 181 aa  57.8  0.00000007  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.108298 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1384  fimbrial biogenesis protein  26.24 
 
 		 164 aa  57.4  0.00000009  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.168846  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0714  type IV pilus biogenesis protein  28.48 
 
 		 166 aa  57  0.0000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5190  type 4 fimbrial biogenesis protein FimU  26.32 
 
 		 168 aa  57.4  0.0000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.875037  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0686  hypothetical protein  26.25 
 
 		 192 aa  56.2  0.0000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2270  putative type-4 fimbrial pilin related signal peptide protein  22.29 
 
 		 187 aa  56.6  0.0000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0669  hypothetical protein  26.25 
 
 		 192 aa  55.5  0.0000004  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1821  Tfp pilus assembly protein FimT-like protein  25.79 
 
 		 195 aa  54.7  0.0000007  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.071899  n/a   
 
 
-
 
NC_007483  Noc_A0007  putative type-4 fimbrial pilin related signal peptide protein  26.79 
 
 		 173 aa  53.5  0.000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.24859  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1378  putative type IV pilus assembly protein FimT  25.97 
 
 		 171 aa  53.9  0.000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.142156  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3912  hypothetical protein  23.91 
 
 		 186 aa  53.1  0.000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.580591  normal  0.0873326 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0019  pre-pilin like leader sequence  27.38 
 
 		 191 aa  53.1  0.000002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.808404  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2535  putative type-4 fimbrial pilin related signal peptide protein  26.7 
 
 		 193 aa  52.8  0.000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1381  hypothetical protein  22.99 
 
 		 186 aa  52.4  0.000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.722593  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0866  putative type-4 fimbrial pilin related signal peptide protein  25.14 
 
 		 194 aa  52  0.000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.197322  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0767  hypothetical protein  25.84 
 
 		 186 aa  52  0.000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.130879 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0091  hypothetical protein  25.44 
 
 		 182 aa  49.7  0.00002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.152728  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2877  methylation  25.15 
 
 		 192 aa  49.3  0.00002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.169243  normal  0.567354 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03016  putative type IV pilus biogenesis protein  21.38 
 
 		 200 aa  49.7  0.00002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.155595  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5193  N-terminal methylation site-containing protein  31.82 
 
 		 188 aa  49.3  0.00003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.17462  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60280  type 4 fimbrial biogenesis protein FimU  29.55 
 
 		 162 aa  48.9  0.00004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000431898 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0963  Tfp pilus assembly protein FimT-like protein  27.4 
 
 		 169 aa  48.5  0.00004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.347082  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0215  hypothetical protein  25.86 
 
 		 174 aa  48.5  0.00005  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0562308 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0214  pre-pilin like leader sequence  21.26 
 
 		 172 aa  48.1  0.00005  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0250023 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2556  Tfp pilus assembly protein FimT-like  29.05 
 
 		 184 aa  48.1  0.00007  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.0588061 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0962  Tfp pilus assembly protein FimT-like protein  27.16 
 
 		 162 aa  47.8  0.00007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.582094  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0811  pillin, putative  32.18 
 
 		 157 aa  47  0.0001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3169  prepilin-type cleavage/methylation  23.9 
 
 		 190 aa  46.6  0.0002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0999  methylation site containing protein  35 
 
 		 164 aa  46.2  0.0002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0926979  normal  0.0597088 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1003  methylation site containing protein  35 
 
 		 164 aa  46.2  0.0002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.102399 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3181  N-terminal methylation site  28.75 
 
 		 175 aa  46.2  0.0002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2827  Tfp pilus assembly protein  24.86 
 
 		 192 aa  46.6  0.0002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0658085 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0023  pre-pilin like leader sequence  26.71 
 
 		 167 aa  46.2  0.0002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0715  pillin, putative  25.62 
 
 		 157 aa  45.8  0.0003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1064  methylation site containing protein  35 
 
 		 164 aa  45.8  0.0003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.691522  normal  0.0588159 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2579  Tfp pilus assembly protein FimT-like protein  31.08 
 
 		 187 aa  45.8  0.0003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2447  hypothetical protein  26.39 
 
 		 186 aa  45.8  0.0003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.631468  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0253  putative type-4 fimbrial pilin related signal peptide protein  32.14 
 
 		 168 aa  45.4  0.0004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0685  general secretion pathway protein H  25.56 
 
 		 148 aa  45.4  0.0004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0277162 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0713  Tfp pilus assembly protein FimT-like protein  23.31 
 
 		 214 aa  45.1  0.0005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.687986 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0500  Tfp pilus assembly protein FimT-like protein  25.81 
 
 		 218 aa  44.3  0.0008  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0702  Tfp pilus assembly protein FimT-like protein  31.11 
 
 		 186 aa  44.3  0.0009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.686484  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0783  general secretion pathway protein H  31.52 
 
 		 182 aa  43.9  0.001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0685  Tfp pilus assembly protein FimT-like protein  27.27 
 
 		 186 aa  44.3  0.001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0057  hypothetical protein  36.36 
 
 		 169 aa  43.9  0.001  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  0.266791 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0606  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  29.55 
 
 		 156 aa  43.9  0.001  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  decreased coverage  0.0000101189  hitchhiker  0.000000768083 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0651  methylation site containing protein  39.13 
 
 		 149 aa  43.5  0.001  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.00000140414  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03018  hypothetical protein  27.17 
 
 		 184 aa  43.5  0.001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3230  fimbrial pilin related signal peptide protein  27.91 
 
 		 171 aa  43.5  0.001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.591415  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0722  putative type 4 fimbrial pilin related transmembrane protein  24.58 
 
 		 203 aa  43.1  0.002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.905296 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0188  pilus assembly protein  26.22 
 
 		 222 aa  43.5  0.002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.323266 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2909  pilus assembly protein  34.15 
 
 		 188 aa  43.1  0.002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.256003  normal  0.0433853 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_07011  hypothetical protein  25.43 
 
 		 208 aa  43.1  0.002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.212398  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>