115 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_2556 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_2556  Tfp pilus assembly protein FimT-like  100 
 
 		 184 aa  377  1e-104  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.0588061 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1205  type IV pilus biogenesis protein, putative  31.48 
 
 		 169 aa  79.7  0.00000000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0873  Tfp pilus assembly protein FimT  27.57 
 
 		 190 aa  74.7  0.0000000000007  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.160532  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3919  putative type IV pilus biogenesis protein  26.37 
 
 		 208 aa  73.9  0.000000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.159309  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1070  methylation site containing protein  28.57 
 
 		 170 aa  74.3  0.000000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2946  methylation site containing protein  29.45 
 
 		 170 aa  72.4  0.000000000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.105075  normal  0.412318 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3028  methylation site containing protein  29.45 
 
 		 170 aa  72.4  0.000000000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.811666 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3125  methylation site containing protein  28.83 
 
 		 170 aa  72.8  0.000000000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.287343  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03016  putative type IV pilus biogenesis protein  26.4 
 
 		 200 aa  70.9  0.000000000009  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.155595  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0934  type IV pilus biogenesis protein, putative  29.59 
 
 		 170 aa  70.9  0.00000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.153774  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2880  prepilin-type cleavage/methylation-like protein  28.49 
 
 		 173 aa  69.7  0.00000000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11820  type IV pilus biogenesis protein, FimT  30.68 
 
 		 171 aa  68.6  0.00000000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2270  putative type-4 fimbrial pilin related signal peptide protein  26.63 
 
 		 187 aa  68.2  0.00000000006  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2712  type IV pilus biogenesis protein, putative  31.71 
 
 		 170 aa  67.8  0.00000000009  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000000750453  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1109  type IV pilus biogenesis protein, putative  25.93 
 
 		 170 aa  67.4  0.0000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.014946  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1219  putative type IV pilus biogenesis protein  29.78 
 
 		 180 aa  64.3  0.000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2881  methylation site containing protein  26.19 
 
 		 170 aa  63.5  0.000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1895  type 4 fimbrial biogenesis protein  29.58 
 
 		 195 aa  63.2  0.000000002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1834  fimbrial biogenesis protein  29.58 
 
 		 195 aa  62.8  0.000000002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.723988  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1093  type IV pilus biogenesis protein, putative  29.38 
 
 		 178 aa  62  0.000000005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2947  methylation site containing protein  29.09 
 
 		 160 aa  60.8  0.000000009  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0992621  normal  0.405183 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1094  type IV pilus biogenesis protein, putative  26.79 
 
 		 170 aa  60.8  0.00000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2713  type IV pilus biogenesis protein, putative  30.53 
 
 		 172 aa  59.7  0.00000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000625919  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3169  prepilin-type cleavage/methylation  22.03 
 
 		 190 aa  59.7  0.00000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3126  methylation site containing protein  28.48 
 
 		 160 aa  59.7  0.00000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0670  Tfp pilus assembly protein FimT-like protein  36.17 
 
 		 214 aa  58.5  0.00000006  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.648692  normal  0.521585 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0713  Tfp pilus assembly protein FimT-like protein  36.17 
 
 		 214 aa  57.8  0.00000008  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.687986 
 
 
-
 
NC_003296  RS05337  putative type-4 fimbrial pilin related signal peptide protein  27.27 
 
 		 181 aa  57.4  0.0000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.693608 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2877  methylation  26.04 
 
 		 192 aa  56.2  0.0000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.169243  normal  0.567354 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0866  putative type-4 fimbrial pilin related signal peptide protein  24 
 
 		 194 aa  55.8  0.0000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.197322  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3521  type IV pilus biogenesis protein, putative  23.03 
 
 		 164 aa  55.1  0.0000005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1167  type IV pilus biogenesis protein, putative  24.07 
 
 		 170 aa  55.5  0.0000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.350797 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1132  type IV pilus biogenesis protein, putative  24.07 
 
 		 170 aa  55.1  0.0000006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0337  hypothetical protein  26.54 
 
 		 195 aa  54.7  0.0000007  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0256489  normal  1 
 
 
-
 
NC_007483  Noc_A0007  putative type-4 fimbrial pilin related signal peptide protein  26.32 
 
 		 173 aa  54.7  0.0000007  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.24859  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0933  methylation site containing protein  25.6 
 
 		 163 aa  54.7  0.0000007  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.133709  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0091  hypothetical protein  23.7 
 
 		 182 aa  54.7  0.0000008  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.152728  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1821  Tfp pilus assembly protein FimT-like protein  27.78 
 
 		 195 aa  54.3  0.0000009  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.071899  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5193  N-terminal methylation site-containing protein  33.33 
 
 		 188 aa  53.9  0.000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.17462  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1302  type IV pilus biogenesis protein, putative  24.54 
 
 		 169 aa  53.5  0.000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.391633 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0214  pre-pilin like leader sequence  36.99 
 
 		 172 aa  53.5  0.000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0250023 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3224  type IV pilus biogenesis protein, putative  24.07 
 
 		 170 aa  53.5  0.000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0188  pilus assembly protein  27.11 
 
 		 222 aa  52.4  0.000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.323266 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0378  hypothetical protein  24.82 
 
 		 217 aa  52.4  0.000003  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000913387  hitchhiker  0.000267093 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2876  methylation  31.72 
 
 		 200 aa  52.4  0.000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.323846  normal  0.549514 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1108  methylation site containing protein  27.54 
 
 		 163 aa  52.4  0.000004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.105316  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4848  general secretion pathway protein H  28.4 
 
 		 184 aa  51.6  0.000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.966259 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1064  type IV pilus biogenesis protein, putative  24.22 
 
 		 164 aa  51.6  0.000006  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1131  type IV pilus biogenesis protein, putative  24.22 
 
 		 164 aa  51.6  0.000006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3225  type IV pilus biogenesis protein, putative  24.22 
 
 		 164 aa  51.6  0.000006  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2965  Tfp pilus assembly protein FimT  27.32 
 
 		 181 aa  50.4  0.00001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.108298 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0021  putative type-4 fimbrial pilin related signal peptide protein  28.65 
 
 		 194 aa  50.4  0.00001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1301  type IV pilus biogenesis protein, putative  21.82 
 
 		 177 aa  50.8  0.00001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.397112 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1166  type IV pilus biogenesis protein, putative  23.6 
 
 		 164 aa  50.1  0.00002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.334361 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1204  methylation site containing protein  27.59 
 
 		 162 aa  49.3  0.00003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1769  fimbrial protein FimT  33.33 
 
 		 170 aa  49.3  0.00003  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0714  type IV pilus biogenesis protein  25.62 
 
 		 166 aa  48.9  0.00004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1069  methylation site containing protein  25.16 
 
 		 161 aa  48.9  0.00005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1707  putative type IV pilus assembly protein FimT  32.41 
 
 		 170 aa  48.5  0.00006  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0215  hypothetical protein  24.43 
 
 		 174 aa  47.8  0.00009  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0562308 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0371  pilus assembly protein FimT-like  26.06 
 
 		 195 aa  47.8  0.00009  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0210439  normal  0.0271791 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0019  pre-pilin like leader sequence  27.27 
 
 		 191 aa  47.8  0.00009  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.808404  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0783  general secretion pathway protein H  24.11 
 
 		 182 aa  47.4  0.0001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1068  type IV pilus biogenesis protein, putative  23.02 
 
 		 151 aa  47.4  0.0001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.537139  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0962  Tfp pilus assembly protein FimT-like protein  22.79 
 
 		 162 aa  47.4  0.0001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.582094  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5187  putative type-4 fimbrial pilin related signal peptide protein  29.41 
 
 		 187 aa  47.4  0.0001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0480  pilin subfamily protein  27.59 
 
 		 174 aa  46.2  0.0002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1378  putative type IV pilus assembly protein FimT  23.08 
 
 		 171 aa  46.6  0.0002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.142156  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0722  putative type 4 fimbrial pilin related transmembrane protein  35.82 
 
 		 203 aa  45.8  0.0003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.905296 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3425  methylation site containing protein  28.97 
 
 		 144 aa  45.1  0.0005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5190  type 4 fimbrial biogenesis protein FimU  27.94 
 
 		 168 aa  45.4  0.0005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.875037  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0233  type IV pilin protein  32.84 
 
 		 152 aa  45.1  0.0006  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16150  General secretion pathway protein G  45.65 
 
 		 145 aa  44.7  0.0007  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.853983  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29080  general secretion pathway protein G  45.45 
 
 		 124 aa  44.7  0.0007  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0015  Tfp pilus assembly protein FimT-like protein  32 
 
 		 192 aa  43.9  0.001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2535  putative type-4 fimbrial pilin related signal peptide protein  32.46 
 
 		 193 aa  43.9  0.001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01320  pre-pilin like leader sequence  24.44 
 
 		 157 aa  43.9  0.001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.401301  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2095  hypothetical protein  32.94 
 
 		 139 aa  44.3  0.001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.340865  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1302  general secretion pathway protein G  34.85 
 
 		 153 aa  43.1  0.002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0810  type IV pilus biogenesis protein  23.9 
 
 		 166 aa  43.1  0.002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4847  hypothetical protein  35.71 
 
 		 157 aa  43.1  0.002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.603969 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0709  methylation site containing protein  29 
 
 		 144 aa  43.1  0.002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3313  methylation site containing protein  29 
 
 		 144 aa  43.1  0.002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.936741  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2827  Tfp pilus assembly protein  31.34 
 
 		 192 aa  43.5  0.002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0658085 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1473  general secretion pathway protein G  34.85 
 
 		 150 aa  43.5  0.002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.660645  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2857  general secretion pathway protein G  36.23 
 
 		 157 aa  43.5  0.002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0877  N-terminal methylation motif domain protein  30.43 
 
 		 142 aa  43.1  0.002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2301  putative GSPG-related protein  40 
 
 		 130 aa  42.7  0.003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.152629  normal  0.0321295 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1441  type II secretion system protein G  45.1 
 
 		 129 aa  42.7  0.003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  decreased coverage  0.000189967  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1989  hypothetical protein  43.18 
 
 		 124 aa  42.7  0.003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0788365  normal  0.18788 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2159  Tfp pilus assembly protein FimT  24.85 
 
 		 206 aa  42.4  0.003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000106195  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60280  type 4 fimbrial biogenesis protein FimU  21.74 
 
 		 162 aa  42.4  0.004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000431898 
 
 
-
 
NC_002936  DET0134  hypothetical protein  35 
 
 		 139 aa  42  0.005  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0253  putative type-4 fimbrial pilin related signal peptide protein  30.77 
 
 		 168 aa  42  0.005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1415  general secretion pathway protein G  34.78 
 
 		 146 aa  42  0.005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0971  general secretion pathway protein H  30.36 
 
 		 173 aa  42  0.005  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2915  putative type 4 fimbrial pilin related transmembrane protein  32.08 
 
 		 157 aa  42  0.005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0878  N-terminal methylation motif domain protein  28.26 
 
 		 142 aa  42  0.005  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3218  general secretion pathway protein G  32.69 
 
 		 126 aa  41.6  0.006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.427151 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1199  hypothetical protein  35.42 
 
 		 221 aa  41.6  0.006  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.789092  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>