151 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_1108 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_1108  methylation site containing protein  100 
 
 		 163 aa  329  1e-89  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.105316  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0933  methylation site containing protein  66.87 
 
 		 163 aa  235  2e-61  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.133709  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2947  methylation site containing protein  59.04 
 
 		 160 aa  184  4e-46  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0992621  normal  0.405183 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3126  methylation site containing protein  59.04 
 
 		 160 aa  184  4e-46  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1204  methylation site containing protein  63.19 
 
 		 162 aa  179  2e-44  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1069  methylation site containing protein  55.21 
 
 		 161 aa  178  2.9999999999999997e-44  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3029  methylation site containing protein  56.63 
 
 		 155 aa  175  2e-43  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.305905 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1166  type IV pilus biogenesis protein, putative  52.69 
 
 		 164 aa  159  2e-38  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.334361 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3225  type IV pilus biogenesis protein, putative  52.69 
 
 		 164 aa  158  3e-38  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1064  type IV pilus biogenesis protein, putative  52.69 
 
 		 164 aa  158  3e-38  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1131  type IV pilus biogenesis protein, putative  52.69 
 
 		 164 aa  158  3e-38  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3521  type IV pilus biogenesis protein, putative  47.31 
 
 		 164 aa  155  2e-37  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1301  type IV pilus biogenesis protein, putative  38.24 
 
 		 177 aa  120  6e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.397112 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1109  type IV pilus biogenesis protein, putative  40.12 
 
 		 170 aa  115  3e-25  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.014946  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2881  methylation site containing protein  40.49 
 
 		 170 aa  113  1.0000000000000001e-24  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1093  type IV pilus biogenesis protein, putative  38.29 
 
 		 178 aa  113  1.0000000000000001e-24  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1094  type IV pilus biogenesis protein, putative  38.15 
 
 		 170 aa  112  3e-24  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2713  type IV pilus biogenesis protein, putative  36.78 
 
 		 172 aa  110  7.000000000000001e-24  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000625919  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1205  type IV pilus biogenesis protein, putative  36.69 
 
 		 169 aa  107  6e-23  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0934  type IV pilus biogenesis protein, putative  37.28 
 
 		 170 aa  106  1e-22  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.153774  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1167  type IV pilus biogenesis protein, putative  35.47 
 
 		 170 aa  103  1e-21  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.350797 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1132  type IV pilus biogenesis protein, putative  34.88 
 
 		 170 aa  100  6e-21  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3224  type IV pilus biogenesis protein, putative  34.88 
 
 		 170 aa  99.8  1e-20  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3520  type IV pilus biogenesis protein, putative  33.13 
 
 		 170 aa  95.1  4e-19  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1070  methylation site containing protein  31.36 
 
 		 170 aa  91.3  5e-18  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1068  type IV pilus biogenesis protein, putative  36.84 
 
 		 151 aa  89.4  2e-17  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.537139  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2712  type IV pilus biogenesis protein, putative  35.76 
 
 		 170 aa  89  3e-17  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000000750453  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1302  type IV pilus biogenesis protein, putative  34.84 
 
 		 169 aa  88.6  3e-17  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.391633 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2880  prepilin-type cleavage/methylation-like protein  33.33 
 
 		 173 aa  83.6  0.000000000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2946  methylation site containing protein  31.1 
 
 		 170 aa  83.2  0.000000000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.105075  normal  0.412318 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3028  methylation site containing protein  31.1 
 
 		 170 aa  83.2  0.000000000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.811666 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3125  methylation site containing protein  30.49 
 
 		 170 aa  78.6  0.00000000000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.287343  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3919  putative type IV pilus biogenesis protein  29.17 
 
 		 208 aa  70.9  0.000000000008  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.159309  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0686  hypothetical protein  32.03 
 
 		 192 aa  68.2  0.00000000005  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0669  hypothetical protein  32.03 
 
 		 192 aa  67.8  0.00000000007  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1219  putative type IV pilus biogenesis protein  29.3 
 
 		 180 aa  63.9  0.0000000009  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0811  pillin, putative  32.69 
 
 		 157 aa  63.9  0.0000000009  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2159  Tfp pilus assembly protein FimT  31.34 
 
 		 206 aa  63.2  0.000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000106195  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0215  hypothetical protein  31.88 
 
 		 174 aa  62  0.000000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0562308 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2877  methylation  28.66 
 
 		 192 aa  60.1  0.00000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.169243  normal  0.567354 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0019  pre-pilin like leader sequence  32.35 
 
 		 191 aa  60.1  0.00000001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.808404  n/a   
 
 
-
 
NC_007483  Noc_A0007  putative type-4 fimbrial pilin related signal peptide protein  28.22 
 
 		 173 aa  59.7  0.00000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.24859  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03016  putative type IV pilus biogenesis protein  27.61 
 
 		 200 aa  58.9  0.00000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.155595  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0715  pillin, putative  29.81 
 
 		 157 aa  58.2  0.00000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0873  Tfp pilus assembly protein FimT  28.12 
 
 		 190 aa  58.5  0.00000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.160532  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0214  pre-pilin like leader sequence  27.98 
 
 		 172 aa  58.2  0.00000004  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0250023 
 
 
-
 
NC_003296  RS05337  putative type-4 fimbrial pilin related signal peptide protein  28.24 
 
 		 181 aa  57  0.0000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.693608 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0091  hypothetical protein  26.47 
 
 		 182 aa  56.2  0.0000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.152728  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3230  fimbrial pilin related signal peptide protein  30.68 
 
 		 171 aa  55.5  0.0000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.591415  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2270  putative type-4 fimbrial pilin related signal peptide protein  27.53 
 
 		 187 aa  54.7  0.0000005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5190  type 4 fimbrial biogenesis protein FimU  23.23 
 
 		 168 aa  55.1  0.0000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.875037  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1895  type 4 fimbrial biogenesis protein  27.03 
 
 		 195 aa  53.9  0.0000009  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0767  hypothetical protein  31.43 
 
 		 186 aa  52.8  0.000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.130879 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1834  fimbrial biogenesis protein  28.19 
 
 		 195 aa  53.1  0.000002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.723988  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3404  fimbrial biogenesis protein  30.71 
 
 		 199 aa  52  0.000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0205912 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0962  Tfp pilus assembly protein FimT-like protein  24.24 
 
 		 162 aa  52.4  0.000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.582094  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3182  putative type-4 fimbrial pilin related signal peptide protein  32.95 
 
 		 194 aa  51.6  0.000004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60280  type 4 fimbrial biogenesis protein FimU  25.49 
 
 		 162 aa  51.2  0.000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000431898 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5193  N-terminal methylation site-containing protein  29.21 
 
 		 188 aa  51.2  0.000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.17462  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0253  putative type-4 fimbrial pilin related signal peptide protein  28.29 
 
 		 168 aa  51.2  0.000006  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2876  methylation  29.89 
 
 		 200 aa  50.8  0.000008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.323846  normal  0.549514 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0866  putative type-4 fimbrial pilin related signal peptide protein  30.53 
 
 		 194 aa  50.1  0.00001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.197322  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0670  Tfp pilus assembly protein FimT-like protein  29.11 
 
 		 214 aa  50.1  0.00001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.648692  normal  0.521585 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0783  general secretion pathway protein H  30.68 
 
 		 182 aa  49.7  0.00002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1864  pilus assembly protein  29.63 
 
 		 172 aa  49.7  0.00002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3912  hypothetical protein  30.48 
 
 		 186 aa  49.7  0.00002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.580591  normal  0.0873326 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01320  pre-pilin like leader sequence  37.29 
 
 		 157 aa  49.3  0.00002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.401301  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2447  hypothetical protein  30.93 
 
 		 186 aa  48.9  0.00003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.631468  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0023  pre-pilin like leader sequence  29.46 
 
 		 167 aa  49.3  0.00003  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4847  hypothetical protein  29.17 
 
 		 157 aa  48.5  0.00004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.603969 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3128  general secretion pathway protein G  25.78 
 
 		 165 aa  48.5  0.00004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0729977 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0713  Tfp pilus assembly protein FimT-like protein  29.75 
 
 		 214 aa  48.5  0.00004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.687986 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0188  pilus assembly protein  33.33 
 
 		 222 aa  48.1  0.00005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.323266 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5187  putative type-4 fimbrial pilin related signal peptide protein  25.93 
 
 		 187 aa  48.1  0.00005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1378  putative type IV pilus assembly protein FimT  27.61 
 
 		 171 aa  48.1  0.00005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.142156  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3419  general secretion pathway protein G  27.27 
 
 		 150 aa  48.1  0.00005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000422428 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0148  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  45 
 
 		 174 aa  47.8  0.00007  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2827  Tfp pilus assembly protein  25.52 
 
 		 192 aa  47.4  0.00009  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0658085 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0015  Tfp pilus assembly protein FimT-like protein  37.88 
 
 		 192 aa  47  0.0001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3549  Tfp pilus assembly protein FimT  27.27 
 
 		 201 aa  46.2  0.0002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.631889  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2909  pilus assembly protein  26 
 
 		 188 aa  46.2  0.0002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.256003  normal  0.0433853 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1548  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  33.9 
 
 		 167 aa  45.8  0.0002  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  hitchhiker  0.00345057  hitchhiker  0.00000000000000294624 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3385  type IV pilin protein, putative  33.87 
 
 		 172 aa  45.8  0.0003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.428554  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3181  N-terminal methylation site  29.76 
 
 		 175 aa  45.4  0.0003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1736  hypothetical protein  27.78 
 
 		 171 aa  45.1  0.0004  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11820  type IV pilus biogenesis protein, FimT  27.61 
 
 		 171 aa  45.1  0.0004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0722  putative type 4 fimbrial pilin related transmembrane protein  25.6 
 
 		 203 aa  45.1  0.0005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.905296 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1381  hypothetical protein  28.23 
 
 		 186 aa  44.7  0.0005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.722593  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1711  type 4 prepilin-like protein  27.78 
 
 		 171 aa  44.7  0.0005  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1081  general secretion pathway protein G  25.4 
 
 		 146 aa  45.1  0.0005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.464773  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0685  Tfp pilus assembly protein FimT-like protein  35.82 
 
 		 186 aa  44.7  0.0006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0702  Tfp pilus assembly protein FimT-like protein  38.71 
 
 		 186 aa  44.3  0.0007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.686484  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2372  general secretion pathway protein G  27.18 
 
 		 144 aa  44.3  0.0008  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.411005  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0233  type IV pilin protein  39.62 
 
 		 152 aa  43.1  0.001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2915  putative type 4 fimbrial pilin related transmembrane protein  26.47 
 
 		 157 aa  43.5  0.001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5000  hypothetical protein  26.36 
 
 		 215 aa  43.5  0.001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2664  fimbrial biogenesis protein  33.33 
 
 		 178 aa  43.5  0.001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.470161  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1321  general secretion pathway protein G  24.41 
 
 		 158 aa  43.5  0.001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1316  type II secretory pathway protein LspG  25.74 
 
 		 140 aa  42.7  0.002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0260  pilin polypeptide  40 
 
 		 187 aa  43.1  0.002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>