122 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_2947 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008321  Shewmr4_2947  methylation site containing protein  100 
 
 		 160 aa  318  3e-86  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0992621  normal  0.405183 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3126  methylation site containing protein  99.38 
 
 		 160 aa  316  9e-86  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3029  methylation site containing protein  72.96 
 
 		 155 aa  233  6e-61  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.305905 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0933  methylation site containing protein  56.63 
 
 		 163 aa  184  3e-46  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.133709  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1108  methylation site containing protein  59.04 
 
 		 163 aa  184  4e-46  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.105316  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1204  methylation site containing protein  62.26 
 
 		 162 aa  165  2e-40  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1069  methylation site containing protein  52.44 
 
 		 161 aa  160  1e-38  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1166  type IV pilus biogenesis protein, putative  52.5 
 
 		 164 aa  157  7e-38  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.334361 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3225  type IV pilus biogenesis protein, putative  52.8 
 
 		 164 aa  154  5.0000000000000005e-37  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1064  type IV pilus biogenesis protein, putative  52.8 
 
 		 164 aa  154  5.0000000000000005e-37  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1131  type IV pilus biogenesis protein, putative  52.8 
 
 		 164 aa  154  5.0000000000000005e-37  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3521  type IV pilus biogenesis protein, putative  46.88 
 
 		 164 aa  151  4e-36  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1301  type IV pilus biogenesis protein, putative  38.32 
 
 		 177 aa  127  5.0000000000000004e-29  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.397112 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2881  methylation site containing protein  41.25 
 
 		 170 aa  124  7e-28  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1093  type IV pilus biogenesis protein, putative  39.53 
 
 		 178 aa  120  9e-27  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2713  type IV pilus biogenesis protein, putative  38.29 
 
 		 172 aa  117  7.999999999999999e-26  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000625919  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1167  type IV pilus biogenesis protein, putative  32.69 
 
 		 170 aa  104  5e-22  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.350797 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1094  type IV pilus biogenesis protein, putative  37.04 
 
 		 170 aa  103  8e-22  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1132  type IV pilus biogenesis protein, putative  32.05 
 
 		 170 aa  102  3e-21  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3224  type IV pilus biogenesis protein, putative  32.05 
 
 		 170 aa  101  5e-21  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0934  type IV pilus biogenesis protein, putative  33.96 
 
 		 170 aa  99.8  1e-20  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.153774  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1109  type IV pilus biogenesis protein, putative  34.59 
 
 		 170 aa  100  1e-20  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.014946  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1070  methylation site containing protein  32.7 
 
 		 170 aa  97.4  7e-20  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3520  type IV pilus biogenesis protein, putative  30.63 
 
 		 170 aa  96.3  1e-19  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1068  type IV pilus biogenesis protein, putative  34.68 
 
 		 151 aa  94  9e-19  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.537139  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1205  type IV pilus biogenesis protein, putative  32.08 
 
 		 169 aa  92.4  3e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2880  prepilin-type cleavage/methylation-like protein  31.95 
 
 		 173 aa  90.5  8e-18  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1302  type IV pilus biogenesis protein, putative  29.3 
 
 		 169 aa  85.1  4e-16  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.391633 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3125  methylation site containing protein  34.07 
 
 		 170 aa  83.2  0.000000000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.287343  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2946  methylation site containing protein  33.33 
 
 		 170 aa  82.4  0.000000000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.105075  normal  0.412318 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3028  methylation site containing protein  33.33 
 
 		 170 aa  82.4  0.000000000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.811666 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2712  type IV pilus biogenesis protein, putative  28.85 
 
 		 170 aa  77.4  0.00000000000008  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000000750453  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1219  putative type IV pilus biogenesis protein  30.52 
 
 		 180 aa  67.8  0.00000000006  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3919  putative type IV pilus biogenesis protein  28.03 
 
 		 208 aa  65.1  0.0000000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.159309  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0686  hypothetical protein  38.4 
 
 		 192 aa  63.9  0.000000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0669  hypothetical protein  33.77 
 
 		 192 aa  63.2  0.000000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0783  general secretion pathway protein H  27.38 
 
 		 182 aa  62.8  0.000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60280  type 4 fimbrial biogenesis protein FimU  26.21 
 
 		 162 aa  62.8  0.000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000431898 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5193  N-terminal methylation site-containing protein  27.98 
 
 		 188 aa  62.8  0.000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.17462  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4847  hypothetical protein  30 
 
 		 157 aa  61.6  0.000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.603969 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0670  Tfp pilus assembly protein FimT-like protein  28.57 
 
 		 214 aa  61.6  0.000000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.648692  normal  0.521585 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0091  hypothetical protein  26.71 
 
 		 182 aa  60.8  0.000000007  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.152728  n/a   
 
 
-
 
NC_007483  Noc_A0007  putative type-4 fimbrial pilin related signal peptide protein  30.77 
 
 		 173 aa  59.3  0.00000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.24859  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0713  Tfp pilus assembly protein FimT-like protein  27.92 
 
 		 214 aa  59.3  0.00000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.687986 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0019  pre-pilin like leader sequence  32.23 
 
 		 191 aa  58.9  0.00000003  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.808404  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3230  fimbrial pilin related signal peptide protein  40 
 
 		 171 aa  58.5  0.00000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.591415  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3181  N-terminal methylation site  34.25 
 
 		 175 aa  58.2  0.00000005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03016  putative type IV pilus biogenesis protein  29.38 
 
 		 200 aa  57.8  0.00000006  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.155595  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2877  methylation  24.7 
 
 		 192 aa  57.4  0.00000008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.169243  normal  0.567354 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0866  putative type-4 fimbrial pilin related signal peptide protein  30.91 
 
 		 194 aa  57.4  0.00000009  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.197322  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0253  putative type-4 fimbrial pilin related signal peptide protein  38.75 
 
 		 168 aa  56.6  0.0000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0215  hypothetical protein  37.65 
 
 		 174 aa  56.2  0.0000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0562308 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0873  Tfp pilus assembly protein FimT  34.78 
 
 		 190 aa  55.5  0.0000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.160532  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5190  type 4 fimbrial biogenesis protein FimU  24.53 
 
 		 168 aa  54.7  0.0000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.875037  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0962  Tfp pilus assembly protein FimT-like protein  26.97 
 
 		 162 aa  53.9  0.0000009  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.582094  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5187  putative type-4 fimbrial pilin related signal peptide protein  27.01 
 
 		 187 aa  53.9  0.0000009  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0607  type IV pili biogenesis protein FimT, putative  26.32 
 
 		 160 aa  53.9  0.000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2534  N-terminal methylation site-containing protein  29.7 
 
 		 185 aa  53.5  0.000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0811  pillin, putative  26.97 
 
 		 157 aa  53.1  0.000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0715  pillin, putative  24.52 
 
 		 157 aa  52.8  0.000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05337  putative type-4 fimbrial pilin related signal peptide protein  32.93 
 
 		 181 aa  52.4  0.000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.693608 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0648  hypothetical protein  25 
 
 		 160 aa  52  0.000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.271729 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1895  type 4 fimbrial biogenesis protein  34.18 
 
 		 195 aa  51.6  0.000004  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1834  fimbrial biogenesis protein  34.18 
 
 		 195 aa  51.6  0.000004  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.723988  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0214  pre-pilin like leader sequence  25 
 
 		 172 aa  50.8  0.000007  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0250023 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0015  Tfp pilus assembly protein FimT-like protein  26.28 
 
 		 192 aa  50.8  0.000007  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2159  Tfp pilus assembly protein FimT  37.14 
 
 		 206 aa  50.4  0.000009  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000106195  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3912  hypothetical protein  30.95 
 
 		 186 aa  50.1  0.00001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.580591  normal  0.0873326 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0021  putative type-4 fimbrial pilin related signal peptide protein  34.94 
 
 		 194 aa  49.7  0.00002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3313  methylation site containing protein  34 
 
 		 144 aa  48.5  0.00003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.936741  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0722  putative type 4 fimbrial pilin related transmembrane protein  28.48 
 
 		 203 aa  48.5  0.00004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.905296 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3182  putative type-4 fimbrial pilin related signal peptide protein  33.77 
 
 		 194 aa  48.5  0.00004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2915  putative type 4 fimbrial pilin related transmembrane protein  30.77 
 
 		 157 aa  48.5  0.00004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3549  Tfp pilus assembly protein FimT  32.47 
 
 		 201 aa  47.8  0.00006  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.631889  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0023  pre-pilin like leader sequence  29.82 
 
 		 167 aa  48.1  0.00006  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0767  hypothetical protein  28.57 
 
 		 186 aa  47.8  0.00006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.130879 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01320  pre-pilin like leader sequence  34.41 
 
 		 157 aa  47.8  0.00006  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.401301  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0262  putative pilin protein FimT  39.44 
 
 		 155 aa  47.8  0.00007  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.691948 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3385  type IV pilin protein, putative  33.33 
 
 		 172 aa  47.4  0.00008  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.428554  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2270  putative type-4 fimbrial pilin related signal peptide protein  31.58 
 
 		 187 aa  47.4  0.00009  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0709  methylation site containing protein  33.33 
 
 		 144 aa  47.4  0.00009  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4555  type IV pili biogenesis protein FimT  25.48 
 
 		 163 aa  47  0.0001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.691315  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2447  hypothetical protein  37.1 
 
 		 186 aa  46.6  0.0001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.631468  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0233  type IV pilin protein  25.53 
 
 		 152 aa  45.8  0.0002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0219  putative type IV pilin  32.53 
 
 		 182 aa  45.8  0.0002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.130638 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3425  methylation site containing protein  32.29 
 
 		 144 aa  45.8  0.0002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2965  Tfp pilus assembly protein FimT  31.58 
 
 		 181 aa  46.2  0.0002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.108298 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1378  putative type IV pilus assembly protein FimT  32.18 
 
 		 171 aa  45.8  0.0003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.142156  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3404  fimbrial biogenesis protein  35.29 
 
 		 199 aa  45.8  0.0003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0205912 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0853  pilin, putative  34.65 
 
 		 144 aa  45.1  0.0004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5000  hypothetical protein  25.38 
 
 		 215 aa  45.1  0.0004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2579  Tfp pilus assembly protein FimT-like protein  38.57 
 
 		 187 aa  45.1  0.0004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1864  pilus assembly protein  37.74 
 
 		 172 aa  44.7  0.0006  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1381  hypothetical protein  27.35 
 
 		 186 aa  44.3  0.0006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.722593  n/a   
 
 
-
 
NC_009777  VIBHAR_p08256  pili retraction protein PilT  34.43 
 
 		 192 aa  44.3  0.0006  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0864  methylation site containing protein  28.57 
 
 		 145 aa  44.3  0.0006  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0653  type IV pili biogenesis protein FimT  23.84 
 
 		 161 aa  44.3  0.0007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.679722  normal  0.506575 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2679  putative type 4 fimbrial pilin related transmembrane protein  26.76 
 
 		 157 aa  44.3  0.0008  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.171677 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2876  methylation  29.67 
 
 		 200 aa  43.9  0.0008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.323846  normal  0.549514 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0829  methylation site containing protein  28.57 
 
 		 145 aa  43.9  0.0009  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>