113 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc2679 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RSc2679  putative type 4 fimbrial pilin related transmembrane protein  100 
 
 		 157 aa  303  5.0000000000000004e-82  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.171677 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2915  putative type 4 fimbrial pilin related transmembrane protein  69.93 
 
 		 157 aa  194  5.000000000000001e-49  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0400  N-terminal methylation site  51.02 
 
 		 162 aa  132  3e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5685  Type IV pilus transmembrane protein, FimT  49.66 
 
 		 164 aa  128  2.0000000000000002e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.695953  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5193  N-terminal methylation site-containing protein  30.57 
 
 		 188 aa  66.6  0.0000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.17462  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0722  putative type 4 fimbrial pilin related transmembrane protein  40.26 
 
 		 203 aa  63.2  0.000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.905296 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3181  N-terminal methylation site  33.08 
 
 		 175 aa  63.2  0.000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0214  pre-pilin like leader sequence  31.48 
 
 		 172 aa  62.8  0.000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0250023 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0713  Tfp pilus assembly protein FimT-like protein  32.24 
 
 		 214 aa  62.4  0.000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.687986 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0091  hypothetical protein  31.9 
 
 		 182 aa  62  0.000000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.152728  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0670  Tfp pilus assembly protein FimT-like protein  33.1 
 
 		 214 aa  62  0.000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.648692  normal  0.521585 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60280  type 4 fimbrial biogenesis protein FimU  34 
 
 		 162 aa  59.7  0.00000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000431898 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01137  Tfp pilus assembly protein FimT  34.04 
 
 		 185 aa  59.7  0.00000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0783  general secretion pathway protein H  27.78 
 
 		 182 aa  59.3  0.00000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007483  Noc_A0007  putative type-4 fimbrial pilin related signal peptide protein  41.18 
 
 		 173 aa  59.3  0.00000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.24859  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0853  pilin, putative  30.83 
 
 		 144 aa  58.5  0.00000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0866  putative type-4 fimbrial pilin related signal peptide protein  28.4 
 
 		 194 aa  58.5  0.00000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.197322  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0962  Tfp pilus assembly protein FimT-like protein  31.58 
 
 		 162 aa  58.9  0.00000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.582094  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2877  methylation  40.23 
 
 		 192 aa  58.2  0.00000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.169243  normal  0.567354 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2270  putative type-4 fimbrial pilin related signal peptide protein  36.84 
 
 		 187 aa  57.8  0.00000007  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009777  VIBHAR_p08256  pili retraction protein PilT  46.55 
 
 		 192 aa  57.8  0.00000007  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3425  methylation site containing protein  34.78 
 
 		 144 aa  57  0.00000009  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2827  Tfp pilus assembly protein  38.71 
 
 		 192 aa  57  0.00000009  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0658085 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11820  type IV pilus biogenesis protein, FimT  30.52 
 
 		 171 aa  57  0.0000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3313  methylation site containing protein  34.86 
 
 		 144 aa  56.6  0.0000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.936741  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2664  fimbrial biogenesis protein  35.04 
 
 		 178 aa  57  0.0000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.470161  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2159  Tfp pilus assembly protein FimT  36.26 
 
 		 206 aa  56.2  0.0000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000106195  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0485  methylation  30.3 
 
 		 178 aa  56.2  0.0000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0709  methylation site containing protein  34.86 
 
 		 144 aa  56.2  0.0000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3230  fimbrial pilin related signal peptide protein  33.9 
 
 		 171 aa  55.8  0.0000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.591415  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1834  fimbrial biogenesis protein  32.33 
 
 		 195 aa  55.8  0.0000002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.723988  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1093  type IV pilus biogenesis protein, putative  24.26 
 
 		 178 aa  54.7  0.0000005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3229  Tfp pilus assembly protein  30 
 
 		 147 aa  54.7  0.0000006  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2534  N-terminal methylation site-containing protein  35.51 
 
 		 185 aa  54.3  0.0000007  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0215  hypothetical protein  38.82 
 
 		 174 aa  53.9  0.0000009  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0562308 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1864  pilus assembly protein  32.93 
 
 		 172 aa  53.5  0.000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5187  putative type-4 fimbrial pilin related signal peptide protein  27.06 
 
 		 187 aa  53.5  0.000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1378  putative type IV pilus assembly protein FimT  29.88 
 
 		 171 aa  53.5  0.000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.142156  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0714  type IV pilus biogenesis protein  30.83 
 
 		 166 aa  52.4  0.000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2522  methylation  36.36 
 
 		 179 aa  52.4  0.000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3912  hypothetical protein  24.43 
 
 		 186 aa  52.8  0.000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.580591  normal  0.0873326 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2909  pilus assembly protein  38.27 
 
 		 188 aa  52.8  0.000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.256003  normal  0.0433853 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1895  type 4 fimbrial biogenesis protein  33.33 
 
 		 195 aa  52.8  0.000002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004287  type 4 fimbrial biogenesis protein FimT  39.19 
 
 		 168 aa  50.8  0.000006  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0810  type IV pilus biogenesis protein  35.06 
 
 		 166 aa  50.4  0.00001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1381  hypothetical protein  22.53 
 
 		 186 aa  50.4  0.00001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.722593  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3404  fimbrial biogenesis protein  41.54 
 
 		 199 aa  50.1  0.00001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0205912 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0864  methylation site containing protein  38.36 
 
 		 145 aa  50.4  0.00001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0767  hypothetical protein  22.95 
 
 		 186 aa  49.7  0.00001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.130879 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0262  putative pilin protein FimT  34 
 
 		 155 aa  49.3  0.00002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.691948 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2881  methylation site containing protein  32.95 
 
 		 170 aa  49.7  0.00002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3549  Tfp pilus assembly protein FimT  37.97 
 
 		 201 aa  49.3  0.00002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.631889  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3182  putative type-4 fimbrial pilin related signal peptide protein  35.29 
 
 		 194 aa  49.3  0.00002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5190  type 4 fimbrial biogenesis protein FimU  33.33 
 
 		 168 aa  49.7  0.00002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.875037  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1094  type IV pilus biogenesis protein, putative  30.77 
 
 		 170 aa  49.7  0.00002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2881  Tfp pilus assembly protein FimT-like protein  30.77 
 
 		 204 aa  48.9  0.00002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0653  type IV pili biogenesis protein FimT  32.43 
 
 		 161 aa  48.9  0.00002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.679722  normal  0.506575 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1132  type IV pilus biogenesis protein, putative  26.11 
 
 		 170 aa  48.5  0.00003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1167  type IV pilus biogenesis protein, putative  26.11 
 
 		 170 aa  48.9  0.00003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.350797 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1301  type IV pilus biogenesis protein, putative  30.93 
 
 		 177 aa  48.5  0.00003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.397112 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0852  methylation site containing protein  38.57 
 
 		 145 aa  48.5  0.00003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.992733 
 
 
-
 
NC_003296  RS05337  putative type-4 fimbrial pilin related signal peptide protein  28.82 
 
 		 181 aa  48.1  0.00004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.693608 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1064  type IV pilus biogenesis protein, putative  28.3 
 
 		 164 aa  48.1  0.00004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1069  methylation site containing protein  25.34 
 
 		 161 aa  48.5  0.00004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0829  methylation site containing protein  36.99 
 
 		 145 aa  48.5  0.00004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1131  type IV pilus biogenesis protein, putative  28.3 
 
 		 164 aa  48.1  0.00004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3225  type IV pilus biogenesis protein, putative  28.3 
 
 		 164 aa  48.1  0.00004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0233  type IV pilin protein  33.83 
 
 		 152 aa  47.8  0.00005  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2876  methylation  35.29 
 
 		 200 aa  48.1  0.00005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.323846  normal  0.549514 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3029  methylation site containing protein  27.82 
 
 		 155 aa  47.8  0.00005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.305905 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0933  methylation site containing protein  24.16 
 
 		 163 aa  48.1  0.00005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.133709  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3224  type IV pilus biogenesis protein, putative  26.11 
 
 		 170 aa  48.1  0.00005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1166  type IV pilus biogenesis protein, putative  26.57 
 
 		 164 aa  48.1  0.00005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.334361 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0019  pre-pilin like leader sequence  33.03 
 
 		 191 aa  48.1  0.00005  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.808404  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3520  type IV pilus biogenesis protein, putative  25.15 
 
 		 170 aa  47  0.0001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3521  type IV pilus biogenesis protein, putative  29.76 
 
 		 164 aa  46.2  0.0002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2713  type IV pilus biogenesis protein, putative  27.08 
 
 		 172 aa  46.2  0.0002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000625919  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0500  Tfp pilus assembly protein FimT-like protein  32.26 
 
 		 218 aa  46.2  0.0002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0811  pillin, putative  36.11 
 
 		 157 aa  45.1  0.0004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3040  general secretion pathway protein H  28.21 
 
 		 177 aa  45.1  0.0004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.504644  normal  0.141498 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4847  hypothetical protein  42.37 
 
 		 157 aa  45.1  0.0004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.603969 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3254  pilin, putative  32.21 
 
 		 152 aa  45.1  0.0004  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0385  putative type IV pilin  36.49 
 
 		 184 aa  45.1  0.0004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3919  putative type IV pilus biogenesis protein  43.4 
 
 		 208 aa  44.7  0.0005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.159309  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0023  pre-pilin like leader sequence  32.35 
 
 		 167 aa  44.7  0.0005  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0219  putative type IV pilin  42.86 
 
 		 182 aa  44.3  0.0006  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.130638 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0253  putative type-4 fimbrial pilin related signal peptide protein  39.29 
 
 		 168 aa  44.3  0.0006  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2447  hypothetical protein  24.12 
 
 		 186 aa  44.3  0.0006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.631468  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2947  methylation site containing protein  26.76 
 
 		 160 aa  44.3  0.0007  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0992621  normal  0.405183 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3829  Tfp pilus assembly protein FimT-like protein  34.04 
 
 		 222 aa  44.3  0.0007  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.198337 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0670  hypothetical protein  26.62 
 
 		 171 aa  44.3  0.0007  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.177225  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0715  pillin, putative  29.75 
 
 		 157 aa  43.9  0.0008  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3126  methylation site containing protein  26.76 
 
 		 160 aa  43.9  0.0008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0015  Tfp pilus assembly protein FimT-like protein  36.84 
 
 		 192 aa  43.9  0.0009  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4848  general secretion pathway protein H  29.49 
 
 		 184 aa  43.5  0.001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.966259 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2712  type IV pilus biogenesis protein, putative  25.16 
 
 		 170 aa  43.1  0.001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000000750453  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1070  methylation site containing protein  27.38 
 
 		 170 aa  43.5  0.001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0188  pilus assembly protein  30.22 
 
 		 222 aa  42.7  0.002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.323266 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1068  type IV pilus biogenesis protein, putative  26.23 
 
 		 151 aa  42.4  0.002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.537139  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0648  hypothetical protein  28.86 
 
 		 160 aa  42.7  0.002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.271729 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>