121 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_0747 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_0747  putative transcriptional regulator, TetR family  100 
 
 		 187 aa  375  1e-103  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.24477  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3028  TetR family transcriptional regulator  37.57 
 
 		 202 aa  130  7.999999999999999e-30  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.851198  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5273  TetR family transcriptional regulator  27.46 
 
 		 241 aa  62.8  0.000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0264263  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3533  TetR family transcriptional regulator  25.87 
 
 		 237 aa  62.4  0.000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0909277  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3516  TetR family transcriptional regulator  30.81 
 
 		 235 aa  62  0.000000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7278  Transcriptional regulator  30.72 
 
 		 216 aa  59.7  0.00000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5804  TetR family transcriptional regulator  25.89 
 
 		 254 aa  57.8  0.00000008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.000000100556  hitchhiker  0.000892453 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5281  TetR family transcriptional regulator  25.63 
 
 		 257 aa  57  0.0000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3540  TetR family transcriptional regulator  27.18 
 
 		 250 aa  55.8  0.0000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1179  TetR family transcriptional regulator  25.41 
 
 		 290 aa  53.5  0.000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.669252  normal  0.155031 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6467  transcriptional regulator, TetR family  27.37 
 
 		 217 aa  53.1  0.000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.146665  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3022  TetR family transcriptional regulator  26.14 
 
 		 233 aa  52.8  0.000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1538  TetR family transcriptional regulator  27.34 
 
 		 222 aa  52.4  0.000004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.891192  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0269  TetR family transcriptional regulator  28.89 
 
 		 207 aa  51.2  0.000008  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.60794  normal  0.358976 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3748  TetR family transcriptional regulator  25.57 
 
 		 275 aa  51.2  0.000009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3195  transcriptional regulator, TetR family  39.44 
 
 		 200 aa  51.2  0.000009  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3960  TetR family transcriptional regulator  30.85 
 
 		 201 aa  49.7  0.00002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.110455  normal  0.471806 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1866  TetR family transcriptional regulator  30.85 
 
 		 201 aa  49.7  0.00003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.115406 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3578  TetR family transcriptional regulator  32.05 
 
 		 198 aa  49.3  0.00003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.00935563  normal  0.0256006 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0425  transcriptional regulator, TetR family  29.05 
 
 		 195 aa  48.9  0.00004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.752712  normal  0.122961 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5271  transcriptional regulator, TetR family  29.35 
 
 		 223 aa  49.3  0.00004  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0266  TetR family transcriptional regulator  25.96 
 
 		 207 aa  48.9  0.00005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.437766  hitchhiker  0.000931508 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2482  transcriptional regulator, TetR family  30.53 
 
 		 196 aa  48.5  0.00005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2692  TetR family transcriptional regulator  31.11 
 
 		 195 aa  48.5  0.00006  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.728372  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0170  transcriptional regulator, TetR family  35.21 
 
 		 201 aa  48.1  0.00007  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.307357  hitchhiker  0.00190078 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_35560  transcriptional regulator  38.46 
 
 		 200 aa  47.4  0.0001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5087  TetR family transcriptional regulator  25.63 
 
 		 259 aa  47.4  0.0001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5773  TetR family transcriptional regulator  25.63 
 
 		 259 aa  47.4  0.0001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.669739 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2297  TetR family transcriptional regulator  32.05 
 
 		 305 aa  47.4  0.0001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0935054  hitchhiker  0.00257224 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2337  TetR family transcriptional regulator  34.41 
 
 		 199 aa  47  0.0002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.784236 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4405  TetR family transcriptional regulator  27 
 
 		 259 aa  47  0.0002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.630882  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2693  regulatory protein TetR  50 
 
 		 192 aa  46.6  0.0002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0770653  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_33190  transcriptional regulator  27.38 
 
 		 202 aa  46.2  0.0002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.284512  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0578  TetR family transcriptional regulator  27.1 
 
 		 204 aa  46.2  0.0003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.209309 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2970  putative transcriptional regulator  32.95 
 
 		 196 aa  46.2  0.0003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0889426  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2444  transcriptional regulator, TetR family  27.89 
 
 		 211 aa  46.2  0.0003  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.0505938 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_35210  TetR family transcriptional regulator  41.07 
 
 		 196 aa  45.4  0.0004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.831854 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1926  TetR family transcriptional regulator  29.11 
 
 		 224 aa  45.8  0.0004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.857726  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1736  transcriptional regulator TetR family  40.38 
 
 		 197 aa  45.8  0.0004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8733  transcriptional regulator, TetR family  36.59 
 
 		 216 aa  45.4  0.0005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.153176  normal  0.242309 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0787  regulatory protein, TetR  39.34 
 
 		 226 aa  45.1  0.0006  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4711  TetR family transcriptional regulator  29.58 
 
 		 228 aa  45.1  0.0006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.133874 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0731  TetR family transcriptional regulator  37.7 
 
 		 227 aa  45.1  0.0006  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00250469 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3493  TetR family transcriptional regulator  31.51 
 
 		 211 aa  45.1  0.0006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.729173  normal  0.75311 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3963  TetR family transcriptional regulator  31.76 
 
 		 193 aa  44.7  0.0007  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4037  TetR family transcriptional regulator  31.76 
 
 		 193 aa  44.7  0.0007  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3977  TetR family transcriptional regulator  31.76 
 
 		 193 aa  44.7  0.0007  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.698976  normal  0.0354344 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3520  TetR family transcriptional regulator  34.33 
 
 		 198 aa  44.7  0.0007  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.140443 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1702  TetR family transcriptional regulator  25.16 
 
 		 197 aa  44.7  0.0008  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2508  TetR family transcriptional regulator  30.53 
 
 		 195 aa  44.7  0.0008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0332011  normal  0.924216 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0548  transcriptional regulator, TetR family  27.13 
 
 		 208 aa  44.7  0.0008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0994  transcriptional regulator, TetR family  33.7 
 
 		 271 aa  44.7  0.0008  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0375  transcriptional regulator, TetR family  41.27 
 
 		 202 aa  44.3  0.001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  hitchhiker  0.00856394  normal  0.419772 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3240  putative transcriptional regulator, TetR family  27.43 
 
 		 201 aa  43.9  0.001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.00194759  normal  0.442697 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0602  TetR family transcriptional regulator  29.55 
 
 		 205 aa  43.1  0.002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.5525  normal  0.406937 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6443  transcriptional regulator, TetR family  29.41 
 
 		 202 aa  43.5  0.002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0707  TetR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 219 aa  43.9  0.002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4909  TetR family transcriptional regulator  27.96 
 
 		 237 aa  43.1  0.002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.69589  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1987  TetR family transcriptional regulator  28.89 
 
 		 210 aa  43.1  0.002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2845  TetR family transcriptional regulator  29.35 
 
 		 197 aa  43.1  0.002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.735257  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4533  TetR family transcriptional regulator  42.59 
 
 		 218 aa  43.1  0.002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.505005  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0477  TetR family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 211 aa  43.5  0.002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.178939  normal  0.0289146 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5717  transcriptional regulator, TetR family  40.38 
 
 		 197 aa  43.5  0.002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.985195 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3112  transcriptional regulator, TetR family  29.76 
 
 		 238 aa  43.5  0.002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.151742  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3046  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  32.79 
 
 		 216 aa  43.1  0.002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.303422  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6537  transcriptional regulator, TetR family  41.27 
 
 		 230 aa  43.1  0.002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.563628  normal  0.0265458 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2788  transcriptional regulator, TetR family  29.47 
 
 		 201 aa  43.5  0.002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0948  TetR family transcriptional regulator  29.03 
 
 		 191 aa  42.4  0.003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.627177  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1013  TetR family transcriptional regulator  29.03 
 
 		 191 aa  42.4  0.003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11281  transcriptional regulator  28.24 
 
 		 202 aa  42.7  0.003  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.786647  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2434  TetR family transcriptional regulator  29.89 
 
 		 188 aa  42.7  0.003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3280  TetR family transcriptional regulator  27.54 
 
 		 206 aa  43.1  0.003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0233273  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1181  transcriptional regulator, TetR family  29.03 
 
 		 191 aa  42.7  0.003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000215765  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3880  transcriptional regulator, TetR family  29.01 
 
 		 217 aa  42.7  0.003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.133053 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0166  transcriptional regulator, TetR family  38.33 
 
 		 221 aa  42.7  0.003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0611363  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2540  transcriptional regulator, TetR family  38.78 
 
 		 220 aa  42.7  0.003  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.34282 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0858  regulatory protein TetR  31.17 
 
 		 201 aa  42.7  0.003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  decreased coverage  0.00117784  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4774  transcriptional regulator, TetR family  37.74 
 
 		 220 aa  42.7  0.003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0197844  hitchhiker  0.000543093 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1922  transcriptional regulator, TetR family  30.86 
 
 		 201 aa  42.7  0.003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2181  regulatory protein TetR  38.18 
 
 		 191 aa  42.7  0.003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.852456  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5168  TetR family transcriptional regulator  36.73 
 
 		 215 aa  42.4  0.004  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5693  transcriptional regulator, TetR family  33.87 
 
 		 211 aa  42.4  0.004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0563608  normal  0.866587 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2164  regulatory protein, TetR  28.26 
 
 		 209 aa  42.4  0.004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5257  TetR family transcriptional regulator  36.73 
 
 		 215 aa  42.4  0.004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5549  TetR family transcriptional regulator  36.73 
 
 		 215 aa  42.4  0.004  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2165  transcriptional regulator, TetR family  35.37 
 
 		 188 aa  42.4  0.004  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.289199  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0552  transcriptional regulator, TetR family  27.13 
 
 		 208 aa  42.4  0.004  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3345  transcriptional regulator, TetR family  39.53 
 
 		 191 aa  42.4  0.004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5684  TetR family transcriptional regulator  28.66 
 
 		 224 aa  42  0.005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000982546 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1128  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  45.24 
 
 		 227 aa  42  0.005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000181094 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1862  TetR family transcriptional regulator  36.54 
 
 		 205 aa  42  0.005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3341  transcriptional regulator, TetR family  42.37 
 
 		 226 aa  42  0.005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0810  transcriptional regulator, TetR family  37.5 
 
 		 268 aa  42  0.005  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0781  transcriptional regulator, TetR family  38.46 
 
 		 197 aa  42  0.005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3421  transcriptional regulator, TetR family  30 
 
 		 223 aa  42  0.005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.288907  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1731  TetR family transcriptional regulator  28.74 
 
 		 199 aa  42  0.006  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.206322 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0662  TetR family transcriptional regulator  33.85 
 
 		 205 aa  42  0.006  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8304  transcriptional regulator, TetR family  33.75 
 
 		 223 aa  42  0.006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.505381  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04380  transcriptional regulator, TetR family  43.59 
 
 		 72 aa  41.6  0.006  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5527  transcriptional regulator, TetR family  30 
 
 		 203 aa  42  0.006  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>