197 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RoseRS_2009 on replicon NC_009523
Organism: Roseiflexus sp. RS-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009523  RoseRS_2009  TPR repeat-containing protein  100 
 
 		 1502 aa  2917    Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0574678  decreased coverage  0.000390887 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2345  TPR repeat-containing protein  69.49 
 
 		 1869 aa  1295    Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.386383 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6113  hypothetical protein  44.96 
 
 		 596 aa  154  1e-35  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6111  hypothetical protein  37.75 
 
 		 599 aa  153  3e-35  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011893  Mnod_8810  Tetratricopeptide domain protein  37.76 
 
 		 724 aa  151  8e-35  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.872699  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4958  TPR repeat-containing protein  34.7 
 
 		 1621 aa  136  3e-30  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2765  TPR repeat-containing protein  37.68 
 
 		 1083 aa  134  2.0000000000000002e-29  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1546  TPR repeat-containing protein  36.57 
 
 		 1779 aa  132  6e-29  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.362162  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4136  Tetratricopeptide domain protein  33.33 
 
 		 1219 aa  126  3e-27  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3221  hypothetical protein  34.73 
 
 		 737 aa  120  1.9999999999999998e-25  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2335  copper amine oxidase domain protein  31.29 
 
 		 934 aa  119  3e-25  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1936  TPR repeat-containing protein  32.64 
 
 		 1911 aa  119  3.9999999999999997e-25  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.261102  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3677  TPR repeat-containing protein  36.9 
 
 		 1448 aa  119  6e-25  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.114945  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0542  TPR repeat-containing protein  36.36 
 
 		 994 aa  116  3e-24  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.397005  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4791  hypothetical protein  32.56 
 
 		 720 aa  114  1.0000000000000001e-23  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3125  Tetratricopeptide domain protein  37.79 
 
 		 1141 aa  114  2.0000000000000002e-23  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2219  hypothetical protein  36.36 
 
 		 720 aa  111  1e-22  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.0983083 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2763  TPR repeat-containing protein  35.53 
 
 		 1711 aa  110  2e-22  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3302  Tetratricopeptide domain protein  29.89 
 
 		 982 aa  105  8e-21  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4959  TPR repeat-containing protein  38.53 
 
 		 1544 aa  103  2e-20  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.117684  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4460  TPR repeat-containing protein  36.63 
 
 		 1247 aa  102  6e-20  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.0317978  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0209  Tetratricopeptide domain protein  34.87 
 
 		 552 aa  98.2  1e-18  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000260586 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2481  TPR repeat-containing protein  33.2 
 
 		 1321 aa  94.4  1e-17  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.834883  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1977  hypothetical protein  33.84 
 
 		 714 aa  93.2  4e-17  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.574809 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0270  hypothetical protein  34.65 
 
 		 560 aa  91.7  9e-17  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0400509 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3607  hypothetical protein  29.24 
 
 		 393 aa  91.7  1e-16  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.496069  normal  0.349432 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1816  hypothetical protein  34.31 
 
 		 326 aa  89  6e-16  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1285  hypothetical protein  32.23 
 
 		 322 aa  89  7e-16  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.253608  normal  0.342893 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1254  hypothetical protein  32.23 
 
 		 322 aa  89  7e-16  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2122  SARP family transcriptional regulator  30.34 
 
 		 1071 aa  82  0.00000000000007  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.510059  normal  0.895505 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3364  hypothetical protein  32.21 
 
 		 325 aa  81.6  0.0000000000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.175832  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0381  TPR repeat-containing protein  33.89 
 
 		 422 aa  80.9  0.0000000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1909  copper amine oxidase-like protein  27.82 
 
 		 490 aa  80.1  0.0000000000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0548415  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0210  hypothetical protein  29.58 
 
 		 476 aa  79.7  0.0000000000004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3867  hypothetical protein  31.84 
 
 		 327 aa  79.3  0.0000000000006  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3131  NB-ARC domain-containing protein  28.86 
 
 		 399 aa  78.2  0.000000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00106243 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7082  transcriptional regulator, SARP family  29.09 
 
 		 990 aa  77  0.000000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.379783 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2677  NB-ARC domain protein  28.77 
 
 		 788 aa  77  0.000000000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.0391388 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0694  hypothetical protein  39.86 
 
 		 387 aa  76.6  0.000000000004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3863  transcriptional regulator, SARP family  26.01 
 
 		 981 aa  76.3  0.000000000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.291313  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3758  hypothetical protein  35.85 
 
 		 337 aa  75.9  0.000000000006  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4599  hypothetical protein  31.86 
 
 		 325 aa  75.5  0.000000000007  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.934593  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0466  hypothetical protein  34.5 
 
 		 341 aa  75.1  0.00000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.447492  normal  0.0433853 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0707  hypothetical protein  34.57 
 
 		 326 aa  74.3  0.00000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0855  hypothetical protein  34.57 
 
 		 326 aa  74.3  0.00000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6437  NB-ARC domain protein  31.21 
 
 		 715 aa  72.8  0.00000000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5691  transcriptional regulator, SARP family  29.39 
 
 		 956 aa  72  0.00000000008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1973  transcriptional regulator, SARP family  28.89 
 
 		 1008 aa  72  0.00000000008  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.458427  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2843  TPR repeat-containing protein  25.79 
 
 		 907 aa  69.7  0.0000000004  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6259  NB-ARC domain protein  27.89 
 
 		 790 aa  69.7  0.0000000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1985  NB-ARC domain protein  30.84 
 
 		 797 aa  69.7  0.0000000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.00414294  normal  0.784778 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5360  transcriptional regulator, SARP family  29.06 
 
 		 913 aa  68.9  0.0000000006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.265987 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3391  transcriptional regulator, SARP family  27.09 
 
 		 971 aa  67.8  0.000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.436064 
 
 
-
 
NC_008036  Sala_3203  hypothetical protein  31.14 
 
 		 332 aa  67  0.000000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0848  Tetratricopeptide domain protein  24.2 
 
 		 992 aa  66.2  0.000000004  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0302645  normal  0.423245 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3432  transcriptional regulator, SARP family  28.76 
 
 		 775 aa  65.9  0.000000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  decreased coverage  0.00818273  normal  0.368034 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1908  copper amine oxidase-like protein  30.4 
 
 		 962 aa  65.9  0.000000006  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.510602  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2954  transcriptional regulator, XRE family  27.64 
 
 		 915 aa  65.1  0.00000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00111801 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4025  NB-ARC domain-containing protein  26.56 
 
 		 1523 aa  65.1  0.00000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.284567  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2334  copper amine oxidase domain protein  26.47 
 
 		 460 aa  65.1  0.00000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6221  transcriptional regulator, SARP family  29.17 
 
 		 931 aa  65.1  0.00000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6136  transcriptional regulator, winged helix family  30.64 
 
 		 1014 aa  65.1  0.00000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0637  TPR repeat-containing protein  30.43 
 
 		 4489 aa  64.3  0.00000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3483  TPR repeat-containing protein  32.27 
 
 		 1054 aa  63.5  0.00000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.423026 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3460  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  29.67 
 
 		 644 aa  63.5  0.00000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12510  LuxR family transcriptional regulator  28.44 
 
 		 1137 aa  63.5  0.00000003  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000380393  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5051  transcriptional regulator, SARP family  26.98 
 
 		 965 aa  62.8  0.00000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2860  NB-ARC domain protein  25.24 
 
 		 1144 aa  62.8  0.00000005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0719  transcriptional regulator, LuxR family  29.35 
 
 		 768 aa  62.4  0.00000006  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.141698  hitchhiker  0.00663122 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3884  transcriptional regulator, SARP family  27.07 
 
 		 990 aa  62.4  0.00000006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.039717  normal  0.641225 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5928  regulatory protein, LuxR  27.68 
 
 		 1085 aa  62.4  0.00000007  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.9439  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3441  TPR repeat-containing protein  25.93 
 
 		 850 aa  62  0.00000008  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5355  transcriptional regulator, SARP family  28.71 
 
 		 1138 aa  61.2  0.0000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.610748 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5300  transcriptional regulator, SARP family  29.55 
 
 		 1017 aa  60.8  0.0000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.706654  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3791  transcriptional regulator, SARP family  27.83 
 
 		 1022 aa  60.1  0.0000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.17753  normal  0.608105 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3671  SARP family transcriptional regulator  29.53 
 
 		 1048 aa  60.5  0.0000003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0046189 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2530  TPR repeat-containing protein  34.52 
 
 		 608 aa  60.5  0.0000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.187337  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3201  TPR repeat-containing protein  29.66 
 
 		 955 aa  59.7  0.0000004  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.0757905 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1841  TPR repeat-containing protein  28.72 
 
 		 3035 aa  59.3  0.0000006  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0994  transcriptional regulator, SARP family  26.65 
 
 		 995 aa  59.3  0.0000006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1496  transcriptional regulator, SARP family  26.77 
 
 		 1027 aa  58.9  0.0000007  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.905196  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0545  hypothetical protein  25 
 
 		 969 aa  57.8  0.000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.963711 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5286  transcriptional regulator, XRE family  30.56 
 
 		 810 aa  57.4  0.000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5275  transcriptional regulator, SARP family  30.03 
 
 		 989 aa  57.4  0.000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3657  transcriptional regulator, SARP family  28.38 
 
 		 1030 aa  56.6  0.000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00460  DNA-binding transcriptional activator of the SARP family  28.45 
 
 		 921 aa  57  0.000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.622636 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5783  transcriptional regulator, SARP family  28.57 
 
 		 1021 aa  56.6  0.000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0303431  normal  0.017876 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0385  transcriptional regulator, SARP family  29.94 
 
 		 940 aa  56.6  0.000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0641  TPR repeat-containing protein  30.07 
 
 		 1094 aa  57  0.000003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.230386  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2713  NB-ARC domain protein  27.39 
 
 		 838 aa  56.2  0.000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.0000220271  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3883  hypothetical protein  30.56 
 
 		 501 aa  55.8  0.000006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.879407 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2997  TPR repeat-containing protein  34.56 
 
 		 708 aa  55.8  0.000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0127987 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2279  NB-ARC domain protein  24.24 
 
 		 1438 aa  55.8  0.000007  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6264  transcriptional regulator, winged helix family  28.24 
 
 		 1066 aa  54.7  0.00001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.616915  normal  0.333942 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2760  hypothetical protein  25.82 
 
 		 445 aa  54.7  0.00001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1787  TPR repeat-containing protein  37.88 
 
 		 543 aa  55.1  0.00001  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.662156  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0474  tetratricopeptide TPR_4  30.97 
 
 		 405 aa  54.3  0.00002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.223886 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2431  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  31.49 
 
 		 818 aa  54.3  0.00002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0900  transcriptional regulator, SARP family  27.57 
 
 		 908 aa  54.3  0.00002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.836617  normal  0.151973 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1124  transcriptional regulator, XRE family  23.54 
 
 		 816 aa  53.9  0.00002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>