224 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rcas_2345 on replicon NC_009767
Organism: Roseiflexus castenholzii DSM 13941



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009523  RoseRS_2009  TPR repeat-containing protein  68.41 
 
 		 1502 aa  1410    Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0574678  decreased coverage  0.000390887 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2345  TPR repeat-containing protein  100 
 
 		 1869 aa  3584    Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.386383 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4958  TPR repeat-containing protein  32.43 
 
 		 1621 aa  290  2e-76  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4136  Tetratricopeptide domain protein  35.44 
 
 		 1219 aa  249  4e-64  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1936  TPR repeat-containing protein  30.94 
 
 		 1911 aa  237  1.0000000000000001e-60  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.261102  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1546  TPR repeat-containing protein  37.35 
 
 		 1779 aa  235  7.000000000000001e-60  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.362162  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3125  Tetratricopeptide domain protein  36.43 
 
 		 1141 aa  234  2e-59  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011893  Mnod_8810  Tetratricopeptide domain protein  42.6 
 
 		 724 aa  226  2e-57  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.872699  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2765  TPR repeat-containing protein  36.61 
 
 		 1083 aa  212  5e-53  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2763  TPR repeat-containing protein  35.85 
 
 		 1711 aa  204  9.999999999999999e-51  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2335  copper amine oxidase domain protein  27.31 
 
 		 934 aa  202  3.9999999999999996e-50  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3677  TPR repeat-containing protein  35.78 
 
 		 1448 aa  188  7e-46  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.114945  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3302  Tetratricopeptide domain protein  29.33 
 
 		 982 aa  184  2e-44  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4959  TPR repeat-containing protein  35.45 
 
 		 1544 aa  177  1.9999999999999998e-42  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.117684  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6113  hypothetical protein  43.02 
 
 		 596 aa  171  9e-41  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2481  TPR repeat-containing protein  35.39 
 
 		 1321 aa  163  3e-38  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.834883  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6111  hypothetical protein  41.49 
 
 		 599 aa  160  3e-37  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4460  TPR repeat-containing protein  35.8 
 
 		 1247 aa  152  6e-35  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.0317978  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1908  copper amine oxidase-like protein  23.46 
 
 		 962 aa  120  3e-25  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.510602  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0542  TPR repeat-containing protein  31.03 
 
 		 994 aa  114  2.0000000000000002e-23  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.397005  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3483  TPR repeat-containing protein  29.9 
 
 		 1054 aa  112  8.000000000000001e-23  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.423026 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3221  hypothetical protein  30.24 
 
 		 737 aa  111  2e-22  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2800  hypothetical protein  28.97 
 
 		 720 aa  107  2e-21  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  decreased coverage  0.0000115328 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1977  hypothetical protein  32.97 
 
 		 714 aa  104  1e-20  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.574809 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4791  hypothetical protein  29.66 
 
 		 720 aa  102  5e-20  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2219  hypothetical protein  29.13 
 
 		 720 aa  102  7e-20  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.0983083 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0209  Tetratricopeptide domain protein  34.48 
 
 		 552 aa  100  2e-19  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000260586 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0641  TPR repeat-containing protein  30.3 
 
 		 1094 aa  100  2e-19  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.230386  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0210  hypothetical protein  33.92 
 
 		 476 aa  97.4  2e-18  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1816  hypothetical protein  36.6 
 
 		 326 aa  97.4  3e-18  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1285  hypothetical protein  33.76 
 
 		 322 aa  97.1  3e-18  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.253608  normal  0.342893 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1254  hypothetical protein  33.76 
 
 		 322 aa  97.1  3e-18  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0270  hypothetical protein  34.4 
 
 		 560 aa  95.1  1e-17  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0400509 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2951  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  29.54 
 
 		 784 aa  87.4  0.000000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3201  TPR repeat-containing protein  28.29 
 
 		 955 aa  87.8  0.000000000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.0757905 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3607  hypothetical protein  29.66 
 
 		 393 aa  87  0.000000000000003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.496069  normal  0.349432 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1909  copper amine oxidase-like protein  28.72 
 
 		 490 aa  86.3  0.000000000000005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0548415  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0466  hypothetical protein  34.6 
 
 		 341 aa  86.3  0.000000000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.447492  normal  0.0433853 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1841  TPR repeat-containing protein  31.78 
 
 		 3035 aa  85.1  0.00000000000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0637  TPR repeat-containing protein  31.52 
 
 		 4489 aa  84.7  0.00000000000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2954  transcriptional regulator, XRE family  30.59 
 
 		 915 aa  84  0.00000000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00111801 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7082  transcriptional regulator, SARP family  30.73 
 
 		 990 aa  83.2  0.00000000000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.379783 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0848  Tetratricopeptide domain protein  24.67 
 
 		 992 aa  80.9  0.0000000000002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0302645  normal  0.423245 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3758  hypothetical protein  35.65 
 
 		 337 aa  81.3  0.0000000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0994  transcriptional regulator, SARP family  29.05 
 
 		 995 aa  80.1  0.0000000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3863  transcriptional regulator, SARP family  33 
 
 		 981 aa  80.1  0.0000000000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.291313  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3867  hypothetical protein  31.9 
 
 		 327 aa  80.1  0.0000000000004  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5691  transcriptional regulator, SARP family  30.79 
 
 		 956 aa  79  0.0000000000008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4599  hypothetical protein  32.08 
 
 		 325 aa  78.6  0.000000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.934593  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1973  transcriptional regulator, SARP family  30.77 
 
 		 1008 aa  76.6  0.000000000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.458427  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2843  TPR repeat-containing protein  28.49 
 
 		 907 aa  75.1  0.00000000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6437  NB-ARC domain protein  31.65 
 
 		 715 aa  75.5  0.00000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3364  hypothetical protein  33.52 
 
 		 325 aa  74.3  0.00000000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.175832  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2284  transcriptional regulator  28.88 
 
 		 952 aa  74.7  0.00000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.195552 
 
 
-
 
NC_003296  RS01904  signal peptide protein  25 
 
 		 667 aa  73.9  0.00000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.187558 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1233  TPR repeat-containing protein  23.77 
 
 		 909 aa  73.6  0.00000000003  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.161918  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3507  protein prenyltransferase, alpha subunit  22.56 
 
 		 1007 aa  73.9  0.00000000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.223985 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0899  transcriptional regulator, SARP family  30.79 
 
 		 919 aa  73.6  0.00000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0538686 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2677  NB-ARC domain protein  29.89 
 
 		 788 aa  72  0.0000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.0391388 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0381  TPR repeat-containing protein  35.66 
 
 		 422 aa  72  0.0000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0855  hypothetical protein  38.61 
 
 		 326 aa  70.9  0.0000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0707  hypothetical protein  38.61 
 
 		 326 aa  70.9  0.0000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3131  NB-ARC domain-containing protein  30.06 
 
 		 399 aa  70.1  0.0000000004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00106243 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2334  copper amine oxidase domain protein  26.84 
 
 		 460 aa  70.1  0.0000000004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12510  LuxR family transcriptional regulator  31.52 
 
 		 1137 aa  69.7  0.0000000005  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000380393  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5928  regulatory protein, LuxR  29.23 
 
 		 1085 aa  69.3  0.0000000006  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.9439  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2431  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  28.96 
 
 		 818 aa  69.3  0.0000000007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7349  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  29.88 
 
 		 988 aa  68.2  0.000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0738846  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3391  transcriptional regulator, SARP family  28.86 
 
 		 971 aa  68.9  0.000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.436064 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2322  TPR repeat-containing protein  29.1 
 
 		 935 aa  68.2  0.000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0205826 
 
 
-
 
NC_008036  Sala_3203  hypothetical protein  34.19 
 
 		 332 aa  67.4  0.000000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6221  transcriptional regulator, SARP family  32.44 
 
 		 931 aa  67.4  0.000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3884  transcriptional regulator, SARP family  27.37 
 
 		 990 aa  67.4  0.000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.039717  normal  0.641225 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6264  transcriptional regulator, winged helix family  32.02 
 
 		 1066 aa  66.2  0.000000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.616915  normal  0.333942 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2122  SARP family transcriptional regulator  29.61 
 
 		 1071 aa  65.1  0.00000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.510059  normal  0.895505 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3332  transcriptional regulator, SARP family  28.81 
 
 		 1025 aa  65.1  0.00000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  decreased coverage  0.00786892  normal  0.331119 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1840  TPR repeat-containing protein  25.86 
 
 		 3560 aa  65.1  0.00000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6259  NB-ARC domain protein  30.38 
 
 		 790 aa  65.1  0.00000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1985  NB-ARC domain protein  31.27 
 
 		 797 aa  65.1  0.00000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.00414294  normal  0.784778 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2212  TPR repeat-containing protein  24.8 
 
 		 1276 aa  64.7  0.00000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.524691  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1496  transcriptional regulator, SARP family  27.16 
 
 		 1027 aa  64.3  0.00000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.905196  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6283  transcriptional regulator, SARP family  30.03 
 
 		 1022 aa  63.9  0.00000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2860  NB-ARC domain protein  25 
 
 		 1144 aa  63.5  0.00000004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0205  transcriptional regulator, SARP family  30.22 
 
 		 1088 aa  63.5  0.00000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2713  NB-ARC domain protein  31.21 
 
 		 838 aa  63.5  0.00000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.0000220271  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5039  transcriptional regulator, SARP family  30.84 
 
 		 993 aa  62.8  0.00000007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3801  tetratricopeptide TPR_4  38.36 
 
 		 425 aa  62.4  0.00000008  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00460  DNA-binding transcriptional activator of the SARP family  29.37 
 
 		 921 aa  62.4  0.00000009  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.622636 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3671  SARP family transcriptional regulator  30.34 
 
 		 1048 aa  61.6  0.0000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0046189 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5051  transcriptional regulator, SARP family  30.23 
 
 		 965 aa  61.6  0.0000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2530  TPR repeat-containing protein  34.93 
 
 		 608 aa  61.6  0.0000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.187337  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0474  tetratricopeptide TPR_4  34.93 
 
 		 405 aa  62  0.0000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.223886 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3059  transcriptional regulator, SARP family  26.33 
 
 		 1014 aa  60.8  0.0000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.163733  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2958  transcriptional regulator, SARP family  30.19 
 
 		 964 aa  60.8  0.0000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.500488  hitchhiker  0.00113225 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_00731  hypothetical protein  22.63 
 
 		 816 aa  61.2  0.0000002  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  0.456129 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0694  hypothetical protein  36.05 
 
 		 387 aa  60.8  0.0000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3441  TPR repeat-containing protein  28.94 
 
 		 850 aa  61.2  0.0000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3384  transcriptional regulator, SARP family  27.61 
 
 		 1020 aa  60.5  0.0000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.799293 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1814  NB-ARC domain protein  29.69 
 
 		 1454 aa  59.7  0.0000005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0719  transcriptional regulator, LuxR family  29.61 
 
 		 768 aa  59.3  0.0000007  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.141698  hitchhiker  0.00663122 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>