77 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_1345 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007973  Rmet_1345  conjugal transfer protein TrbJ  100 
 
 		 245 aa  486  1e-136  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.457105  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2580  conjugal transfer protein TrbJ  83.27 
 
 		 245 aa  409  1e-113  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1320  conjugal transfer protein TrbJ  92.17 
 
 		 246 aa  403  1e-111  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1286  conjugal transfer protein TrbJ  83.61 
 
 		 247 aa  402  1e-111  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1899  conjugal transfer protein TrbJ  87.76 
 
 		 241 aa  397  9.999999999999999e-111  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.668974  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30900  conjugal transfer protein TrbJ  87.76 
 
 		 241 aa  397  9.999999999999999e-111  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000007788  unclonable  1.73393e-22 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1554  conjugal transfer protein TrbJ  92.09 
 
 		 241 aa  397  1e-109  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000179066  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0730  conjugal transfer protein TrbJ  81.82 
 
 		 247 aa  394  1e-109  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2695  conjugal transfer protein TrbJ  80.32 
 
 		 251 aa  390  1e-108  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.833269  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3702  conjugal transfer protein TrbJ  87.65 
 
 		 241 aa  392  1e-108  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.202804  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3502  conjugal transfer protein TrbJ  79.92 
 
 		 251 aa  389  1e-107  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2907  conjugal transfer protein TrbJ  87.44 
 
 		 242 aa  380  1e-105  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.450619  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2649  conjugal transfer protein TrbJ  79.42 
 
 		 251 aa  377  1e-104  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.556121 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35680  conjugal transfer protein TrbJ  83.13 
 
 		 245 aa  379  1e-104  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0434  conjugal transfer protein TrbJ  83.13 
 
 		 241 aa  371  1e-102  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.856539  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2354  conjugal transfer protein TrbJ  74.9 
 
 		 242 aa  342  4e-93  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00542986  normal  0.35114 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2008  conjugal transfer protein TrbJ  77.14 
 
 		 245 aa  335  5e-91  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.589557  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1144  conjugal transfer protein TrbJ  69.27 
 
 		 243 aa  305  4.0000000000000004e-82  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4199  conjugal transfer protein TrbJ  63.48 
 
 		 242 aa  286  2e-76  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.481376  normal  0.72742 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3897  conjugal transfer protein TrbJ  46.31 
 
 		 245 aa  194  2e-48  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.227906  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1839  conjugal transfer protein TrbJ  44.49 
 
 		 241 aa  193  2e-48  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.835985  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2096  conjugal transfer protein TrbJ  46.64 
 
 		 249 aa  184  1.0000000000000001e-45  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2320  conjugal transfer protein TrbJ  48.95 
 
 		 253 aa  178  5.999999999999999e-44  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.570839  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3545  conjugal transfer protein TrbJ  44.4 
 
 		 259 aa  171  6.999999999999999e-42  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1190  conjugal transfer protein TrbJ  44.4 
 
 		 259 aa  171  6.999999999999999e-42  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1009  conjugal transfer protein TrbJ  42.39 
 
 		 248 aa  168  8e-41  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1504  conjugal transfer protein TrbJ  44.44 
 
 		 244 aa  167  2e-40  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.135113  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3198  conjugal transfer protein TrbJ  44.13 
 
 		 265 aa  166  4e-40  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.184031  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3216  conjugal transfer protein TrbJ  45.85 
 
 		 260 aa  164  1.0000000000000001e-39  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.377133  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1480  conjugal transfer protein TrbJ  43.09 
 
 		 260 aa  163  2.0000000000000002e-39  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.10056  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0745  conjugal transfer protein TrbJ  46.53 
 
 		 253 aa  163  2.0000000000000002e-39  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7745  conjugal transfer protein TrbJ  47.73 
 
 		 254 aa  163  2.0000000000000002e-39  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0662421 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0165  conjugal transfer protein TrbJ  47.03 
 
 		 244 aa  163  2.0000000000000002e-39  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.440181  normal  0.260138 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3855  conjugal transfer protein TrbJ  44.72 
 
 		 253 aa  163  3e-39  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00466031  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2882  conjugal transfer protein TrbJ  46.38 
 
 		 253 aa  162  4.0000000000000004e-39  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0488522  normal  0.0400319 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0505  conjugal transfer protein TrbJ  46.38 
 
 		 253 aa  160  1e-38  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  hitchhiker  0.00617649  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0695  conjugal transfer protein TrbJ  46.98 
 
 		 254 aa  160  2e-38  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0152  conjugal transfer protein TrbJ  46.54 
 
 		 266 aa  159  4e-38  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3368  conjugal transfer protein TrbJ  44.5 
 
 		 245 aa  156  3e-37  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.262472  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0314  conjugal transfer protein TrbJ  42.86 
 
 		 258 aa  153  2.9999999999999998e-36  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7444  conjugal transfer protein TrbJ  45.53 
 
 		 248 aa  152  5e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.605496  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3000  conjugal transfer protein TrbJ  49.33 
 
 		 252 aa  149  3e-35  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3090  conjugal transfer protein TrbJ  46.56 
 
 		 253 aa  146  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3831  conjugal transfer protein TrbJ  46.69 
 
 		 256 aa  146  2.0000000000000003e-34  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0323585  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2031  conjugal transfer protein TrbJ  43.4 
 
 		 242 aa  143  3e-33  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.390142  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0962  conjugal transfer protein TrbJ  41.3 
 
 		 244 aa  140  1.9999999999999998e-32  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2828  conjugal transfer protein TrbJ  40.71 
 
 		 245 aa  137  2e-31  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.54666  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0599  conjugal transfer protein TrbJ  43.05 
 
 		 244 aa  137  2e-31  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.633648  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3537  conjugal transfer protein TrbJ  46.61 
 
 		 245 aa  136  3.0000000000000003e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3996  conjugal transfer protein TrbJ  43.4 
 
 		 244 aa  132  3.9999999999999996e-30  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.158502 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2482  conjugal transfer protein TrbJ  42.39 
 
 		 239 aa  131  9e-30  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.19296 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2272  conjugal transfer protein TrbJ  43.05 
 
 		 243 aa  130  3e-29  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3695  conjugal transfer protein TrbJ  45.22 
 
 		 238 aa  112  8.000000000000001e-24  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2610  conjugal transfer protein TrbJ  43.68 
 
 		 240 aa  98.2  1e-19  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2347  P-type conjugative transfer protein TrbJ  27.31 
 
 		 250 aa  74.3  0.000000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2350  P-type conjugative transfer protein TrbJ  28.21 
 
 		 252 aa  70.1  0.00000000003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007515  Gmet_A3572  conjugal transfer TrbJ signal peptide protein  32.3 
 
 		 239 aa  64.3  0.000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.0000309326  n/a   
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9655  conjugal transfer protein TrbJ  25 
 
 		 262 aa  63.5  0.000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.279512  n/a   
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5219  putative conjugal transfer protein TrbJ  34.24 
 
 		 237 aa  62.4  0.000000006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4565  conjugal transfer protein TrbJ  24.75 
 
 		 265 aa  60.1  0.00000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.30666  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5486  conjugal transfer protein TrbJ  26.29 
 
 		 266 aa  59.7  0.00000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0871579  normal  1 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9263  conjugal transfer protein TrbJ  25.77 
 
 		 269 aa  57.8  0.0000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.127143  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1616  P-type conjugative transfer protein TrbJ  26.15 
 
 		 250 aa  55.5  0.0000009  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0761  P-type conjugative transfer protein TrbJ  25.93 
 
 		 258 aa  50.1  0.00003  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5610  hypothetical protein  33.33 
 
 		 320 aa  50.4  0.00003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.133949  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2538  conjugal transfer protein TrbJ  30.13 
 
 		 261 aa  49.7  0.00004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0724206  hitchhiker  0.0000648987 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4749  hypothetical protein  21.35 
 
 		 257 aa  48.9  0.00007  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.695335  normal  0.293585 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8330  conjugal transfer protein TrbJ  24.76 
 
 		 269 aa  48.5  0.0001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0931195  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3193  P-type conjugative transfer protein TrbJ  24.34 
 
 		 247 aa  45.4  0.0007  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.213986 
 
 
-
 
NC_008385  Bamb_6627  conjugal transfer protein TrbJ  27.71 
 
 		 254 aa  45.4  0.0008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.331539  n/a   
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6510  conjugal transfer protein TrbJ  27.71 
 
 		 254 aa  45.4  0.0008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.225692  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0368  trbJ protein  30.27 
 
 		 263 aa  45.4  0.0008  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008766  Ajs_4266  conjugal transfer protein TrbJ  23.71 
 
 		 254 aa  44.3  0.002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.44227  decreased coverage  0.00186593 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1716  Conjugal transfer/entry exclusion protein-like protein  23.08 
 
 		 254 aa  43.5  0.003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0193608  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5380  conjugal transfer protein TrbJ  23.6 
 
 		 266 aa  43.5  0.003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.231128 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2845  P-type conjugative transfer protein TrbJ  25.37 
 
 		 251 aa  42.7  0.006  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.13713  normal  0.308482 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_15520  conjugal transfer protein TrbJ  25.6 
 
 		 261 aa  42  0.01  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000120782  unclonable  7.03351e-22 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>