37 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_2845 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012856  Rpic12D_2845  P-type conjugative transfer protein TrbJ  100 
 
 		 251 aa  511  1e-144  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.13713  normal  0.308482 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3193  P-type conjugative transfer protein TrbJ  75.82 
 
 		 247 aa  323  1e-87  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.213986 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5380  conjugal transfer protein TrbJ  31.46 
 
 		 266 aa  90.9  2e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.231128 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9263  conjugal transfer protein TrbJ  28.94 
 
 		 269 aa  86.7  3e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.127143  n/a   
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9655  conjugal transfer protein TrbJ  28.15 
 
 		 262 aa  85.1  9e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.279512  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1616  P-type conjugative transfer protein TrbJ  29.53 
 
 		 250 aa  80.1  0.00000000000003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5486  conjugal transfer protein TrbJ  27.35 
 
 		 266 aa  80.1  0.00000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0871579  normal  1 
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4565  conjugal transfer protein TrbJ  28.92 
 
 		 265 aa  78.2  0.0000000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.30666  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0368  trbJ protein  29.19 
 
 		 263 aa  76.6  0.0000000000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8330  conjugal transfer protein TrbJ  27.43 
 
 		 269 aa  70.9  0.00000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0931195  n/a   
 
 
-
 
NC_010000  Sbal195_4693  P-type conjugative transfer protein TrbJ  25.22 
 
 		 252 aa  70.5  0.00000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2347  P-type conjugative transfer protein TrbJ  25.96 
 
 		 250 aa  58.9  0.00000007  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3502  conjugal transfer protein TrbJ  27.76 
 
 		 251 aa  56.6  0.0000004  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3897  conjugal transfer protein TrbJ  30.81 
 
 		 245 aa  55.8  0.0000007  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.227906  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2695  conjugal transfer protein TrbJ  26.85 
 
 		 251 aa  54.3  0.000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.833269  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3702  conjugal transfer protein TrbJ  26.6 
 
 		 241 aa  52.8  0.000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.202804  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30900  conjugal transfer protein TrbJ  25.93 
 
 		 241 aa  52  0.000009  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000007788  unclonable  1.73393e-22 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1899  conjugal transfer protein TrbJ  25.93 
 
 		 241 aa  52  0.000009  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.668974  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0434  conjugal transfer protein TrbJ  25.13 
 
 		 241 aa  51.6  0.00001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.856539  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1320  conjugal transfer protein TrbJ  24.88 
 
 		 246 aa  51.6  0.00001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0761  P-type conjugative transfer protein TrbJ  23.46 
 
 		 258 aa  51.2  0.00002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1345  conjugal transfer protein TrbJ  24.87 
 
 		 245 aa  49.7  0.00005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.457105  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2580  conjugal transfer protein TrbJ  25.98 
 
 		 245 aa  48.9  0.00007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012851  Rpic12D_5417  hypothetical protein  44.44 
 
 		 303 aa  48.5  0.0001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010683  Rpic_5012  hypothetical protein  44.44 
 
 		 303 aa  48.5  0.0001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.155851  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2649  conjugal transfer protein TrbJ  27.56 
 
 		 251 aa  48.5  0.0001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.556121 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2907  conjugal transfer protein TrbJ  25.68 
 
 		 242 aa  47.8  0.0002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.450619  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1286  conjugal transfer protein TrbJ  24.71 
 
 		 247 aa  46.2  0.0005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0249  P-type conjugative transfer protein TrbJ  23.7 
 
 		 246 aa  45.8  0.0007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1009  conjugal transfer protein TrbJ  27.68 
 
 		 248 aa  45.4  0.0008  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2354  conjugal transfer protein TrbJ  27.04 
 
 		 242 aa  45.1  0.001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00542986  normal  0.35114 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1554  conjugal transfer protein TrbJ  25 
 
 		 241 aa  44.3  0.002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000179066  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35680  conjugal transfer protein TrbJ  25.25 
 
 		 245 aa  44.3  0.002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2008  conjugal transfer protein TrbJ  27.04 
 
 		 245 aa  44.7  0.002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.589557  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1640  conjugal transfer protein trbJ, putative  21.05 
 
 		 246 aa  42.7  0.006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.894156  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1341  P-type conjugative transfer protein TrbJ  21.05 
 
 		 246 aa  42.4  0.007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.8827  normal  0.391023 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2096  conjugal transfer protein TrbJ  25.44 
 
 		 249 aa  42.4  0.007  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>