68 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_9655 on replicon NC_011991
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011991  Avi_9655  conjugal transfer protein TrbJ  100 
 
 		 262 aa  523  1e-147  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.279512  n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9263  conjugal transfer protein TrbJ  54.02 
 
 		 269 aa  289  3e-77  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.127143  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8330  conjugal transfer protein TrbJ  54.28 
 
 		 269 aa  280  2e-74  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0931195  n/a   
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4565  conjugal transfer protein TrbJ  59.13 
 
 		 265 aa  278  6e-74  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.30666  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5486  conjugal transfer protein TrbJ  53.46 
 
 		 266 aa  273  2.0000000000000002e-72  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0871579  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5380  conjugal transfer protein TrbJ  54.44 
 
 		 266 aa  273  3e-72  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.231128 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1616  P-type conjugative transfer protein TrbJ  33.33 
 
 		 250 aa  127  2.0000000000000002e-28  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0761  P-type conjugative transfer protein TrbJ  35 
 
 		 258 aa  110  2.0000000000000002e-23  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010000  Sbal195_4693  P-type conjugative transfer protein TrbJ  26.94 
 
 		 252 aa  100  3e-20  Shewanella baltica OS195  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0368  trbJ protein  30.92 
 
 		 263 aa  94  2e-18  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3193  P-type conjugative transfer protein TrbJ  30.32 
 
 		 247 aa  73.9  0.000000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.213986 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2845  P-type conjugative transfer protein TrbJ  27.1 
 
 		 251 aa  73.9  0.000000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.13713  normal  0.308482 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1341  P-type conjugative transfer protein TrbJ  23.39 
 
 		 246 aa  67  0.0000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.8827  normal  0.391023 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0249  P-type conjugative transfer protein TrbJ  23.65 
 
 		 246 aa  67  0.0000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1640  conjugal transfer protein trbJ, putative  25.81 
 
 		 246 aa  66.6  0.0000000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.894156  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2649  conjugal transfer protein TrbJ  26.32 
 
 		 251 aa  64.7  0.000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.556121 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0165  conjugal transfer protein TrbJ  28.57 
 
 		 244 aa  64.3  0.000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.440181  normal  0.260138 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1554  conjugal transfer protein TrbJ  24.49 
 
 		 241 aa  63.2  0.000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000179066  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2504  conjugal transfer protein TrbJ  28.07 
 
 		 233 aa  62.4  0.000000006  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1320  conjugal transfer protein TrbJ  25 
 
 		 246 aa  61.2  0.00000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2907  conjugal transfer protein TrbJ  25.66 
 
 		 242 aa  61.2  0.00000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.450619  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3502  conjugal transfer protein TrbJ  25 
 
 		 251 aa  58.9  0.00000007  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2695  conjugal transfer protein TrbJ  25 
 
 		 251 aa  58.2  0.0000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.833269  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0695  conjugal transfer protein TrbJ  27.31 
 
 		 254 aa  58.5  0.0000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3702  conjugal transfer protein TrbJ  25.14 
 
 		 241 aa  57.8  0.0000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.202804  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1839  conjugal transfer protein TrbJ  27.14 
 
 		 241 aa  57.4  0.0000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.835985  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1345  conjugal transfer protein TrbJ  24.57 
 
 		 245 aa  56.2  0.0000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.457105  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0434  conjugal transfer protein TrbJ  26.72 
 
 		 241 aa  55.8  0.0000006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.856539  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7745  conjugal transfer protein TrbJ  25.81 
 
 		 254 aa  55.5  0.0000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0662421 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1899  conjugal transfer protein TrbJ  24.57 
 
 		 241 aa  55.5  0.000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.668974  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1480  conjugal transfer protein TrbJ  26.4 
 
 		 260 aa  55.1  0.000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.10056  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30900  conjugal transfer protein TrbJ  24.57 
 
 		 241 aa  55.5  0.000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000007788  unclonable  1.73393e-22 
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2350  P-type conjugative transfer protein TrbJ  27.59 
 
 		 252 aa  53.9  0.000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1190  conjugal transfer protein TrbJ  26.24 
 
 		 259 aa  54.3  0.000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3545  conjugal transfer protein TrbJ  26.24 
 
 		 259 aa  54.3  0.000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2580  conjugal transfer protein TrbJ  23.47 
 
 		 245 aa  53.5  0.000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2096  conjugal transfer protein TrbJ  25.58 
 
 		 249 aa  53.5  0.000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35680  conjugal transfer protein TrbJ  23.98 
 
 		 245 aa  53.5  0.000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3216  conjugal transfer protein TrbJ  25.12 
 
 		 260 aa  52.8  0.000006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.377133  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0730  conjugal transfer protein TrbJ  25 
 
 		 247 aa  51.2  0.00001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4199  conjugal transfer protein TrbJ  23.47 
 
 		 242 aa  51.6  0.00001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.481376  normal  0.72742 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1144  conjugal transfer protein TrbJ  27.7 
 
 		 243 aa  51.6  0.00001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2538  conjugal transfer protein TrbJ  28.21 
 
 		 261 aa  50.1  0.00003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0724206  hitchhiker  0.0000648987 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1286  conjugal transfer protein TrbJ  22.96 
 
 		 247 aa  50.1  0.00004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2354  conjugal transfer protein TrbJ  22.28 
 
 		 242 aa  48.1  0.0002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00542986  normal  0.35114 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3855  conjugal transfer protein TrbJ  23.2 
 
 		 253 aa  48.1  0.0002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00466031  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2008  conjugal transfer protein TrbJ  22.28 
 
 		 245 aa  47.8  0.0002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.589557  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2647  conjugal transfer protein TrbJ  26.19 
 
 		 264 aa  47.4  0.0002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.783704  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3897  conjugal transfer protein TrbJ  26.47 
 
 		 245 aa  47.8  0.0002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.227906  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3537  conjugal transfer protein TrbJ  27.33 
 
 		 245 aa  47  0.0003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3000  conjugal transfer protein TrbJ  28.39 
 
 		 252 aa  47  0.0003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3090  conjugal transfer protein TrbJ  26.32 
 
 		 253 aa  45.8  0.0006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2347  P-type conjugative transfer protein TrbJ  23.29 
 
 		 250 aa  45.4  0.001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2882  conjugal transfer protein TrbJ  25.11 
 
 		 253 aa  45.1  0.001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0488522  normal  0.0400319 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0599  conjugal transfer protein TrbJ  27.15 
 
 		 244 aa  45.1  0.001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.633648  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3198  conjugal transfer protein TrbJ  23.29 
 
 		 265 aa  45.4  0.001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.184031  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0152  conjugal transfer protein TrbJ  23.77 
 
 		 266 aa  44.7  0.001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2320  conjugal transfer protein TrbJ  23.46 
 
 		 253 aa  45.1  0.001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.570839  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0745  conjugal transfer protein TrbJ  25.12 
 
 		 253 aa  44.3  0.002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2482  conjugal transfer protein TrbJ  26.5 
 
 		 239 aa  44.3  0.002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.19296 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_15520  conjugal transfer protein TrbJ  26.86 
 
 		 261 aa  43.5  0.003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000120782  unclonable  7.03351e-22 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1009  conjugal transfer protein TrbJ  21.35 
 
 		 248 aa  43.5  0.004  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1300  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  21.74 
 
 		 578 aa  43.5  0.004  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3831  conjugal transfer protein TrbJ  24.65 
 
 		 256 aa  42.4  0.007  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0323585  normal  1 
 
 
-
 
NC_008385  Bamb_6627  conjugal transfer protein TrbJ  28.4 
 
 		 254 aa  42.4  0.007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.331539  n/a   
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6510  conjugal transfer protein TrbJ  28.4 
 
 		 254 aa  42.4  0.007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.225692  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0505  conjugal transfer protein TrbJ  24.16 
 
 		 253 aa  42.4  0.008  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  hitchhiker  0.00617649  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7444  conjugal transfer protein TrbJ  24.26 
 
 		 248 aa  42  0.009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.605496  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>