69 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_3897 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_3897  conjugal transfer protein TrbJ  100 
 
 		 245 aa  471  1e-132  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.227906  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1504  conjugal transfer protein TrbJ  73.77 
 
 		 244 aa  316  2e-85  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.135113  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3368  conjugal transfer protein TrbJ  79.64 
 
 		 245 aa  314  9e-85  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.262472  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3537  conjugal transfer protein TrbJ  79.59 
 
 		 245 aa  305  6e-82  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2882  conjugal transfer protein TrbJ  70.42 
 
 		 253 aa  298  5e-80  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0488522  normal  0.0400319 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7745  conjugal transfer protein TrbJ  72.85 
 
 		 254 aa  297  1e-79  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0662421 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0745  conjugal transfer protein TrbJ  68.33 
 
 		 253 aa  288  6e-77  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0505  conjugal transfer protein TrbJ  68.75 
 
 		 253 aa  275  4e-73  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  hitchhiker  0.00617649  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3545  conjugal transfer protein TrbJ  61.34 
 
 		 259 aa  267  1e-70  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1190  conjugal transfer protein TrbJ  61.34 
 
 		 259 aa  267  1e-70  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2320  conjugal transfer protein TrbJ  63.75 
 
 		 253 aa  263  2e-69  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.570839  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3000  conjugal transfer protein TrbJ  72.52 
 
 		 252 aa  261  8e-69  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3855  conjugal transfer protein TrbJ  61.22 
 
 		 253 aa  261  8.999999999999999e-69  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00466031  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0695  conjugal transfer protein TrbJ  64.35 
 
 		 254 aa  258  9e-68  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3090  conjugal transfer protein TrbJ  68.49 
 
 		 253 aa  257  1e-67  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3831  conjugal transfer protein TrbJ  69.23 
 
 		 256 aa  256  2e-67  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0323585  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3198  conjugal transfer protein TrbJ  58.44 
 
 		 265 aa  255  4e-67  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.184031  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3216  conjugal transfer protein TrbJ  62.5 
 
 		 260 aa  254  1.0000000000000001e-66  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.377133  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0152  conjugal transfer protein TrbJ  62.04 
 
 		 266 aa  253  1.0000000000000001e-66  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0599  conjugal transfer protein TrbJ  60.74 
 
 		 244 aa  252  3e-66  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.633648  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1480  conjugal transfer protein TrbJ  57.55 
 
 		 260 aa  252  4.0000000000000004e-66  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.10056  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3996  conjugal transfer protein TrbJ  62.81 
 
 		 244 aa  237  1e-61  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.158502 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7444  conjugal transfer protein TrbJ  65.02 
 
 		 248 aa  235  6e-61  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.605496  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2096  conjugal transfer protein TrbJ  54.5 
 
 		 249 aa  232  3e-60  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2828  conjugal transfer protein TrbJ  56.79 
 
 		 245 aa  231  1e-59  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.54666  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1009  conjugal transfer protein TrbJ  55 
 
 		 248 aa  229  3e-59  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0165  conjugal transfer protein TrbJ  58.9 
 
 		 244 aa  224  1e-57  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.440181  normal  0.260138 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0314  conjugal transfer protein TrbJ  55.65 
 
 		 258 aa  211  1e-53  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2272  conjugal transfer protein TrbJ  58.01 
 
 		 243 aa  199  3e-50  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0962  conjugal transfer protein TrbJ  54.09 
 
 		 244 aa  195  5.000000000000001e-49  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2482  conjugal transfer protein TrbJ  56.87 
 
 		 239 aa  192  5e-48  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.19296 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2580  conjugal transfer protein TrbJ  44.67 
 
 		 245 aa  191  1e-47  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0730  conjugal transfer protein TrbJ  45.23 
 
 		 247 aa  188  5.999999999999999e-47  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2354  conjugal transfer protein TrbJ  47.13 
 
 		 242 aa  188  5.999999999999999e-47  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00542986  normal  0.35114 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1286  conjugal transfer protein TrbJ  45.23 
 
 		 247 aa  186  4e-46  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35680  conjugal transfer protein TrbJ  47.95 
 
 		 245 aa  184  8e-46  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3502  conjugal transfer protein TrbJ  49.54 
 
 		 251 aa  184  9e-46  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2695  conjugal transfer protein TrbJ  49.54 
 
 		 251 aa  184  1.0000000000000001e-45  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.833269  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1320  conjugal transfer protein TrbJ  48.61 
 
 		 246 aa  184  2.0000000000000003e-45  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2907  conjugal transfer protein TrbJ  49.32 
 
 		 242 aa  183  2.0000000000000003e-45  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.450619  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2610  conjugal transfer protein TrbJ  57.53 
 
 		 240 aa  183  3e-45  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1554  conjugal transfer protein TrbJ  48.42 
 
 		 241 aa  182  5.0000000000000004e-45  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000179066  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2649  conjugal transfer protein TrbJ  46.69 
 
 		 251 aa  180  2e-44  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.556121 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2008  conjugal transfer protein TrbJ  46.82 
 
 		 245 aa  179  2.9999999999999997e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.589557  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3695  conjugal transfer protein TrbJ  60.66 
 
 		 238 aa  176  3e-43  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1345  conjugal transfer protein TrbJ  46.31 
 
 		 245 aa  173  1.9999999999999998e-42  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.457105  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1144  conjugal transfer protein TrbJ  47.47 
 
 		 243 aa  173  1.9999999999999998e-42  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4199  conjugal transfer protein TrbJ  44.98 
 
 		 242 aa  171  1e-41  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.481376  normal  0.72742 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0434  conjugal transfer protein TrbJ  46.91 
 
 		 241 aa  166  2e-40  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.856539  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1839  conjugal transfer protein TrbJ  43.19 
 
 		 241 aa  165  8e-40  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.835985  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1899  conjugal transfer protein TrbJ  46.69 
 
 		 241 aa  164  1.0000000000000001e-39  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.668974  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30900  conjugal transfer protein TrbJ  46.69 
 
 		 241 aa  164  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000007788  unclonable  1.73393e-22 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3702  conjugal transfer protein TrbJ  46.47 
 
 		 241 aa  162  4.0000000000000004e-39  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.202804  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2031  conjugal transfer protein TrbJ  41.84 
 
 		 242 aa  120  1.9999999999999998e-26  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.390142  normal  1 
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2350  P-type conjugative transfer protein TrbJ  29.22 
 
 		 252 aa  73.9  0.000000000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9263  conjugal transfer protein TrbJ  25.24 
 
 		 269 aa  52.8  0.000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.127143  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1616  P-type conjugative transfer protein TrbJ  27.44 
 
 		 250 aa  51.2  0.00002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007515  Gmet_A3572  conjugal transfer TrbJ signal peptide protein  28.73 
 
 		 239 aa  50.1  0.00004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.0000309326  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5486  conjugal transfer protein TrbJ  27.11 
 
 		 266 aa  50.1  0.00004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0871579  normal  1 
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9655  conjugal transfer protein TrbJ  26.47 
 
 		 262 aa  47.8  0.0002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.279512  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2845  P-type conjugative transfer protein TrbJ  30.81 
 
 		 251 aa  47.8  0.0002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.13713  normal  0.308482 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4749  hypothetical protein  33.33 
 
 		 257 aa  46.2  0.0004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.695335  normal  0.293585 
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4565  conjugal transfer protein TrbJ  27.11 
 
 		 265 aa  45.1  0.001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.30666  n/a   
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5371  P-type conjugative transfer protein TrbJ  34.17 
 
 		 240 aa  45.1  0.001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.15162  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2347  P-type conjugative transfer protein TrbJ  25 
 
 		 250 aa  45.1  0.001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5219  putative conjugal transfer protein TrbJ  31.1 
 
 		 237 aa  45.1  0.001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5380  conjugal transfer protein TrbJ  26.35 
 
 		 266 aa  43.5  0.003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.231128 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5610  hypothetical protein  37.14 
 
 		 320 aa  42  0.009  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.133949  normal  1 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5464  hypothetical protein  33.71 
 
 		 291 aa  42  0.01  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0224016 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>