65 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_3537 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_3537  conjugal transfer protein TrbJ  100 
 
 		 245 aa  466  9.999999999999999e-131  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3897  conjugal transfer protein TrbJ  79.59 
 
 		 245 aa  370  1e-101  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.227906  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1504  conjugal transfer protein TrbJ  75 
 
 		 244 aa  317  1e-85  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.135113  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7745  conjugal transfer protein TrbJ  75.11 
 
 		 254 aa  308  4e-83  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0662421 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3368  conjugal transfer protein TrbJ  78.18 
 
 		 245 aa  301  9e-81  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.262472  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2882  conjugal transfer protein TrbJ  71.49 
 
 		 253 aa  282  3.0000000000000004e-75  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0488522  normal  0.0400319 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0745  conjugal transfer protein TrbJ  70.59 
 
 		 253 aa  280  1e-74  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0505  conjugal transfer protein TrbJ  67.74 
 
 		 253 aa  275  4e-73  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  hitchhiker  0.00617649  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3831  conjugal transfer protein TrbJ  71.37 
 
 		 256 aa  268  4e-71  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0323585  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1190  conjugal transfer protein TrbJ  60.98 
 
 		 259 aa  267  1e-70  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3545  conjugal transfer protein TrbJ  60.98 
 
 		 259 aa  267  1e-70  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3000  conjugal transfer protein TrbJ  74.55 
 
 		 252 aa  265  5e-70  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3216  conjugal transfer protein TrbJ  64.81 
 
 		 260 aa  263  2e-69  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.377133  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3090  conjugal transfer protein TrbJ  67.74 
 
 		 253 aa  261  6.999999999999999e-69  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2320  conjugal transfer protein TrbJ  63.86 
 
 		 253 aa  260  1e-68  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.570839  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1480  conjugal transfer protein TrbJ  58.92 
 
 		 260 aa  254  9e-67  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.10056  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0695  conjugal transfer protein TrbJ  64.35 
 
 		 254 aa  254  9e-67  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0599  conjugal transfer protein TrbJ  61.07 
 
 		 244 aa  254  1.0000000000000001e-66  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.633648  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2828  conjugal transfer protein TrbJ  61.73 
 
 		 245 aa  253  2.0000000000000002e-66  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.54666  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3855  conjugal transfer protein TrbJ  61.97 
 
 		 253 aa  250  2e-65  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00466031  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3198  conjugal transfer protein TrbJ  54.94 
 
 		 265 aa  246  2e-64  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.184031  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0152  conjugal transfer protein TrbJ  60.65 
 
 		 266 aa  245  4e-64  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3996  conjugal transfer protein TrbJ  64.34 
 
 		 244 aa  238  5.999999999999999e-62  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.158502 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2096  conjugal transfer protein TrbJ  55.41 
 
 		 249 aa  230  2e-59  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7444  conjugal transfer protein TrbJ  62.33 
 
 		 248 aa  221  6e-57  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.605496  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1009  conjugal transfer protein TrbJ  53.39 
 
 		 248 aa  221  7e-57  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0165  conjugal transfer protein TrbJ  54.79 
 
 		 244 aa  211  1e-53  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.440181  normal  0.260138 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0962  conjugal transfer protein TrbJ  52.07 
 
 		 244 aa  204  1e-51  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0314  conjugal transfer protein TrbJ  54.44 
 
 		 258 aa  202  5e-51  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2272  conjugal transfer protein TrbJ  56.03 
 
 		 243 aa  192  4e-48  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2354  conjugal transfer protein TrbJ  46.12 
 
 		 242 aa  187  1e-46  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00542986  normal  0.35114 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4199  conjugal transfer protein TrbJ  48.21 
 
 		 242 aa  186  3e-46  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.481376  normal  0.72742 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2482  conjugal transfer protein TrbJ  56.19 
 
 		 239 aa  184  1.0000000000000001e-45  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.19296 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3695  conjugal transfer protein TrbJ  61.61 
 
 		 238 aa  182  3e-45  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2580  conjugal transfer protein TrbJ  44.26 
 
 		 245 aa  182  4.0000000000000006e-45  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0730  conjugal transfer protein TrbJ  44.03 
 
 		 247 aa  182  6e-45  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1554  conjugal transfer protein TrbJ  48.4 
 
 		 241 aa  181  6e-45  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000179066  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1286  conjugal transfer protein TrbJ  44.44 
 
 		 247 aa  180  1e-44  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2907  conjugal transfer protein TrbJ  47.32 
 
 		 242 aa  179  4e-44  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.450619  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1320  conjugal transfer protein TrbJ  47.25 
 
 		 246 aa  179  4.999999999999999e-44  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35680  conjugal transfer protein TrbJ  47.27 
 
 		 245 aa  177  1e-43  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2610  conjugal transfer protein TrbJ  57.08 
 
 		 240 aa  176  4e-43  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1144  conjugal transfer protein TrbJ  48.15 
 
 		 243 aa  175  8e-43  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3502  conjugal transfer protein TrbJ  46.79 
 
 		 251 aa  171  6.999999999999999e-42  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2649  conjugal transfer protein TrbJ  47.22 
 
 		 251 aa  171  6.999999999999999e-42  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.556121 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2695  conjugal transfer protein TrbJ  46.79 
 
 		 251 aa  171  7.999999999999999e-42  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.833269  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2008  conjugal transfer protein TrbJ  44.8 
 
 		 245 aa  168  8e-41  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.589557  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1839  conjugal transfer protein TrbJ  39.74 
 
 		 241 aa  164  1.0000000000000001e-39  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.835985  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1345  conjugal transfer protein TrbJ  45.08 
 
 		 245 aa  160  1e-38  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.457105  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0434  conjugal transfer protein TrbJ  45.11 
 
 		 241 aa  158  8e-38  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.856539  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30900  conjugal transfer protein TrbJ  45.73 
 
 		 241 aa  158  9e-38  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000007788  unclonable  1.73393e-22 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1899  conjugal transfer protein TrbJ  45.73 
 
 		 241 aa  158  9e-38  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.668974  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3702  conjugal transfer protein TrbJ  45.49 
 
 		 241 aa  156  3e-37  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.202804  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2031  conjugal transfer protein TrbJ  43.58 
 
 		 242 aa  123  2e-27  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.390142  normal  1 
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2350  P-type conjugative transfer protein TrbJ  28.93 
 
 		 252 aa  76.6  0.0000000000003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9655  conjugal transfer protein TrbJ  26.13 
 
 		 262 aa  55.5  0.0000007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.279512  n/a   
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5371  P-type conjugative transfer protein TrbJ  34.27 
 
 		 240 aa  53.1  0.000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.15162  normal  1 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9263  conjugal transfer protein TrbJ  25.23 
 
 		 269 aa  52.8  0.000006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.127143  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5486  conjugal transfer protein TrbJ  26 
 
 		 266 aa  51.6  0.00001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0871579  normal  1 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4749  hypothetical protein  29.36 
 
 		 257 aa  51.2  0.00001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.695335  normal  0.293585 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5219  putative conjugal transfer protein TrbJ  31.69 
 
 		 237 aa  50.1  0.00003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5380  conjugal transfer protein TrbJ  26.05 
 
 		 266 aa  45.4  0.0008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.231128 
 
 
-
 
NC_007515  Gmet_A3572  conjugal transfer TrbJ signal peptide protein  31.82 
 
 		 239 aa  45.1  0.001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.0000309326  n/a   
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4565  conjugal transfer protein TrbJ  26.98 
 
 		 265 aa  44.7  0.001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.30666  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1616  P-type conjugative transfer protein TrbJ  27.04 
 
 		 250 aa  45.1  0.001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>