61 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plav_1839 on replicon NC_009719
Organism: Parvibaculum lavamentivorans DS-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009719  Plav_1839  conjugal transfer protein TrbJ  100 
 
 
241 aa  479  1e-134  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.835985  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2580  conjugal transfer protein TrbJ  45.38 
 
 
245 aa  201  6e-51  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0730  conjugal transfer protein TrbJ  46.58 
 
 
247 aa  201  8e-51  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1286  conjugal transfer protein TrbJ  45.73 
 
 
247 aa  200  1.9999999999999998e-50  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35680  conjugal transfer protein TrbJ  48.15 
 
 
245 aa  194  1e-48  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1320  conjugal transfer protein TrbJ  48.1 
 
 
246 aa  184  2.0000000000000003e-45  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1554  conjugal transfer protein TrbJ  45.95 
 
 
241 aa  181  1e-44  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000179066  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2649  conjugal transfer protein TrbJ  44.07 
 
 
251 aa  176  3e-43  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.556121 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2008  conjugal transfer protein TrbJ  45.83 
 
 
245 aa  176  4e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.589557  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2695  conjugal transfer protein TrbJ  43.64 
 
 
251 aa  175  5e-43  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.833269  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3502  conjugal transfer protein TrbJ  43.64 
 
 
251 aa  175  7e-43  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2907  conjugal transfer protein TrbJ  45.33 
 
 
242 aa  173  1.9999999999999998e-42  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.450619  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2031  conjugal transfer protein TrbJ  46.69 
 
 
242 aa  172  2.9999999999999996e-42  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.390142  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2354  conjugal transfer protein TrbJ  44.02 
 
 
242 aa  172  3.9999999999999995e-42  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00542986  normal  0.35114 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1345  conjugal transfer protein TrbJ  44.49 
 
 
245 aa  171  7.999999999999999e-42  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.457105  normal 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4199  conjugal transfer protein TrbJ  43.46 
 
 
242 aa  169  2e-41  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.481376  normal  0.72742 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1144  conjugal transfer protein TrbJ  44.13 
 
 
243 aa  168  8e-41  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3897  conjugal transfer protein TrbJ  43.19 
 
 
245 aa  165  8e-40  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.227906  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3198  conjugal transfer protein TrbJ  43.32 
 
 
265 aa  161  7e-39  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.184031  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0152  conjugal transfer protein TrbJ  46.19 
 
 
266 aa  157  1e-37  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2320  conjugal transfer protein TrbJ  42.8 
 
 
253 aa  157  2e-37  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.570839  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0165  conjugal transfer protein TrbJ  47.64 
 
 
244 aa  156  2e-37  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.440181  normal  0.260138 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0434  conjugal transfer protein TrbJ  45.5 
 
 
241 aa  155  4e-37  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.856539  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2096  conjugal transfer protein TrbJ  40.38 
 
 
249 aa  155  8e-37  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7745  conjugal transfer protein TrbJ  44.91 
 
 
254 aa  154  1e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0662421 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0745  conjugal transfer protein TrbJ  42.86 
 
 
253 aa  154  1e-36  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7444  conjugal transfer protein TrbJ  40.68 
 
 
248 aa  153  2e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.605496  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3702  conjugal transfer protein TrbJ  45.95 
 
 
241 aa  153  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.202804  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30900  conjugal transfer protein TrbJ  45.5 
 
 
241 aa  152  4e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000007788  unclonable  1.73393e-22 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1899  conjugal transfer protein TrbJ  45.5 
 
 
241 aa  152  4e-36  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.668974  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1009  conjugal transfer protein TrbJ  37.24 
 
 
248 aa  152  5e-36  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1480  conjugal transfer protein TrbJ  41.15 
 
 
260 aa  152  5.9999999999999996e-36  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.10056  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3216  conjugal transfer protein TrbJ  43.75 
 
 
260 aa  152  5.9999999999999996e-36  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.377133  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2882  conjugal transfer protein TrbJ  42.08 
 
 
253 aa  151  7e-36  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0488522  normal  0.0400319 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0695  conjugal transfer protein TrbJ  43.75 
 
 
254 aa  149  3e-35  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1190  conjugal transfer protein TrbJ  40.33 
 
 
259 aa  149  6e-35  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3545  conjugal transfer protein TrbJ  40.33 
 
 
259 aa  149  6e-35  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0505  conjugal transfer protein TrbJ  42.54 
 
 
253 aa  148  7e-35  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  hitchhiker  0.00617649  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2828  conjugal transfer protein TrbJ  42.03 
 
 
245 aa  148  7e-35  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.54666  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1504  conjugal transfer protein TrbJ  39.56 
 
 
244 aa  145  4.0000000000000006e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.135113  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3855  conjugal transfer protein TrbJ  40.41 
 
 
253 aa  145  6e-34  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00466031  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0962  conjugal transfer protein TrbJ  40.18 
 
 
244 aa  139  3.9999999999999997e-32  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0314  conjugal transfer protein TrbJ  42.92 
 
 
258 aa  138  7e-32  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3368  conjugal transfer protein TrbJ  39.63 
 
 
245 aa  133  1.9999999999999998e-30  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.262472  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3090  conjugal transfer protein TrbJ  41.98 
 
 
253 aa  132  5e-30  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0599  conjugal transfer protein TrbJ  38.53 
 
 
244 aa  132  6e-30  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.633648  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3537  conjugal transfer protein TrbJ  42.72 
 
 
245 aa  130  2.0000000000000002e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3831  conjugal transfer protein TrbJ  41.95 
 
 
256 aa  130  2.0000000000000002e-29  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0323585  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3996  conjugal transfer protein TrbJ  39.57 
 
 
244 aa  129  4.0000000000000003e-29  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.158502 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2482  conjugal transfer protein TrbJ  41.86 
 
 
239 aa  127  1.0000000000000001e-28  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.19296 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2272  conjugal transfer protein TrbJ  42.72 
 
 
243 aa  127  2.0000000000000002e-28  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3000  conjugal transfer protein TrbJ  43.26 
 
 
252 aa  125  5e-28  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3695  conjugal transfer protein TrbJ  42.56 
 
 
238 aa  124  1e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2610  conjugal transfer protein TrbJ  45.26 
 
 
240 aa  116  3.9999999999999997e-25  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2347  P-type conjugative transfer protein TrbJ  30.9 
 
 
250 aa  83.6  0.000000000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007515  Gmet_A3572  conjugal transfer TrbJ signal peptide protein  31 
 
 
239 aa  62.4  0.000000006  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.0000309326  n/a   
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9655  conjugal transfer protein TrbJ  27.14 
 
 
262 aa  57.4  0.0000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.279512  n/a   
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5371  P-type conjugative transfer protein TrbJ  31.92 
 
 
240 aa  51.6  0.00001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.15162  normal 
 
 
-
 
NC_010000  Sbal195_4693  P-type conjugative transfer protein TrbJ  21.55 
 
 
252 aa  50.8  0.00002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5486  conjugal transfer protein TrbJ  24.19 
 
 
266 aa  47  0.0003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0871579  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1616  P-type conjugative transfer protein TrbJ  25.38 
 
 
250 aa  42.4  0.006  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>