71 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gdia_1009 on replicon NC_011365
Organism: Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011365  Gdia_1009  conjugal transfer protein TrbJ  100 
 
 
248 aa  494  1e-139  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7444  conjugal transfer protein TrbJ  57.85 
 
 
248 aa  229  3e-59  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.605496  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3897  conjugal transfer protein TrbJ  55 
 
 
245 aa  229  4e-59  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.227906  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2882  conjugal transfer protein TrbJ  52.44 
 
 
253 aa  205  5e-52  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0488522  normal  0.0400319 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7745  conjugal transfer protein TrbJ  54.5 
 
 
254 aa  204  1e-51  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0662421 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2096  conjugal transfer protein TrbJ  49.78 
 
 
249 aa  202  3e-51  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0745  conjugal transfer protein TrbJ  50.81 
 
 
253 aa  199  3e-50  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0505  conjugal transfer protein TrbJ  51.39 
 
 
253 aa  197  1.0000000000000001e-49  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  hitchhiker  0.00617649  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0962  conjugal transfer protein TrbJ  50 
 
 
244 aa  196  2.0000000000000003e-49  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1504  conjugal transfer protein TrbJ  51.21 
 
 
244 aa  196  3e-49  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.135113  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3545  conjugal transfer protein TrbJ  45.45 
 
 
259 aa  193  2e-48  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1190  conjugal transfer protein TrbJ  45.45 
 
 
259 aa  193  2e-48  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3216  conjugal transfer protein TrbJ  50 
 
 
260 aa  191  1e-47  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.377133  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3090  conjugal transfer protein TrbJ  51.81 
 
 
253 aa  188  9e-47  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2828  conjugal transfer protein TrbJ  50.9 
 
 
245 aa  184  1.0000000000000001e-45  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.54666  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0695  conjugal transfer protein TrbJ  48.05 
 
 
254 aa  183  2.0000000000000003e-45  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1480  conjugal transfer protein TrbJ  45.71 
 
 
260 aa  183  2.0000000000000003e-45  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.10056  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3198  conjugal transfer protein TrbJ  45.93 
 
 
265 aa  181  7e-45  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.184031  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3368  conjugal transfer protein TrbJ  48.18 
 
 
245 aa  180  1e-44  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.262472  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3537  conjugal transfer protein TrbJ  54.26 
 
 
245 aa  180  2e-44  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3000  conjugal transfer protein TrbJ  53.88 
 
 
252 aa  180  2e-44  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3831  conjugal transfer protein TrbJ  52.87 
 
 
256 aa  179  2.9999999999999997e-44  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0323585  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0165  conjugal transfer protein TrbJ  49.77 
 
 
244 aa  179  4e-44  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.440181  normal  0.260138 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2320  conjugal transfer protein TrbJ  47.6 
 
 
253 aa  179  4e-44  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.570839  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3502  conjugal transfer protein TrbJ  43.88 
 
 
251 aa  175  5e-43  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0599  conjugal transfer protein TrbJ  46.53 
 
 
244 aa  176  5e-43  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.633648  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1554  conjugal transfer protein TrbJ  44 
 
 
241 aa  173  1.9999999999999998e-42  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000179066  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0314  conjugal transfer protein TrbJ  45.85 
 
 
258 aa  173  1.9999999999999998e-42  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0152  conjugal transfer protein TrbJ  48.15 
 
 
266 aa  173  1.9999999999999998e-42  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3855  conjugal transfer protein TrbJ  46.06 
 
 
253 aa  172  3.9999999999999995e-42  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00466031  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2695  conjugal transfer protein TrbJ  43.46 
 
 
251 aa  172  3.9999999999999995e-42  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.833269  normal 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4199  conjugal transfer protein TrbJ  43.69 
 
 
242 aa  172  5.999999999999999e-42  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.481376  normal  0.72742 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2649  conjugal transfer protein TrbJ  41.32 
 
 
251 aa  167  2e-40  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.556121 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2580  conjugal transfer protein TrbJ  41.87 
 
 
245 aa  167  2e-40  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2907  conjugal transfer protein TrbJ  43.64 
 
 
242 aa  166  2e-40  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.450619  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1286  conjugal transfer protein TrbJ  40.32 
 
 
247 aa  166  2.9999999999999998e-40  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0730  conjugal transfer protein TrbJ  41.91 
 
 
247 aa  165  5.9999999999999996e-40  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2354  conjugal transfer protein TrbJ  41.89 
 
 
242 aa  162  4.0000000000000004e-39  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00542986  normal  0.35114 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0434  conjugal transfer protein TrbJ  43.39 
 
 
241 aa  162  6e-39  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.856539  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3702  conjugal transfer protein TrbJ  43.57 
 
 
241 aa  160  1e-38  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.202804  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30900  conjugal transfer protein TrbJ  42.98 
 
 
241 aa  159  3e-38  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000007788  unclonable  1.73393e-22 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1899  conjugal transfer protein TrbJ  42.98 
 
 
241 aa  159  3e-38  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.668974  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1320  conjugal transfer protein TrbJ  42.79 
 
 
246 aa  159  4e-38  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35680  conjugal transfer protein TrbJ  42.58 
 
 
245 aa  158  7e-38  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3996  conjugal transfer protein TrbJ  46.94 
 
 
244 aa  155  5.0000000000000005e-37  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.158502 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1345  conjugal transfer protein TrbJ  42.39 
 
 
245 aa  152  4e-36  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.457105  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1839  conjugal transfer protein TrbJ  37.24 
 
 
241 aa  152  5e-36  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.835985  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2008  conjugal transfer protein TrbJ  41.12 
 
 
245 aa  151  1e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.589557  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2610  conjugal transfer protein TrbJ  49.55 
 
 
240 aa  149  4e-35  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2272  conjugal transfer protein TrbJ  48.1 
 
 
243 aa  149  5e-35  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1144  conjugal transfer protein TrbJ  43.54 
 
 
243 aa  147  2.0000000000000003e-34  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3695  conjugal transfer protein TrbJ  47.41 
 
 
238 aa  146  4.0000000000000006e-34  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2031  conjugal transfer protein TrbJ  40.66 
 
 
242 aa  140  9.999999999999999e-33  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.390142  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2482  conjugal transfer protein TrbJ  47.18 
 
 
239 aa  134  1.9999999999999998e-30  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.19296 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5371  P-type conjugative transfer protein TrbJ  31.25 
 
 
240 aa  60.1  0.00000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.15162  normal 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5219  putative conjugal transfer protein TrbJ  33.06 
 
 
237 aa  55.1  0.000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9263  conjugal transfer protein TrbJ  22.52 
 
 
269 aa  53.9  0.000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.127143  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2347  P-type conjugative transfer protein TrbJ  27.11 
 
 
250 aa  53.1  0.000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2350  P-type conjugative transfer protein TrbJ  22.61 
 
 
252 aa  52  0.000008  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4565  conjugal transfer protein TrbJ  25.16 
 
 
265 aa  51.2  0.00002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.30666  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3193  P-type conjugative transfer protein TrbJ  29.34 
 
 
247 aa  50.8  0.00002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.213986 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5486  conjugal transfer protein TrbJ  24.03 
 
 
266 aa  47.4  0.0002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0871579  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1616  P-type conjugative transfer protein TrbJ  24.4 
 
 
250 aa  47.4  0.0002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0249  P-type conjugative transfer protein TrbJ  27.31 
 
 
246 aa  47  0.0003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4749  hypothetical protein  28.36 
 
 
257 aa  45.4  0.0009  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.695335  normal  0.293585 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2845  P-type conjugative transfer protein TrbJ  28.14 
 
 
251 aa  45.1  0.001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.13713  normal  0.308482 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0761  P-type conjugative transfer protein TrbJ  24.47 
 
 
258 aa  45.4  0.001  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1341  P-type conjugative transfer protein TrbJ  27.31 
 
 
246 aa  43.9  0.002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.8827  normal  0.391023 
 
 
-
 
NC_007515  Gmet_A3572  conjugal transfer TrbJ signal peptide protein  25.97 
 
 
239 aa  43.9  0.003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.0000309326  n/a   
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9655  conjugal transfer protein TrbJ  21.35 
 
 
262 aa  43.5  0.003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.279512  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1640  conjugal transfer protein trbJ, putative  26.47 
 
 
246 aa  42  0.009  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.894156  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>