54 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_4565 on replicon NC_007961
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007961  Nham_4565  conjugal transfer protein TrbJ  100 
 
 		 265 aa  533  1e-150  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.30666  n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9263  conjugal transfer protein TrbJ  67.29 
 
 		 269 aa  372  1e-102  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.127143  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5486  conjugal transfer protein TrbJ  65.67 
 
 		 266 aa  359  3e-98  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0871579  normal  1 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8330  conjugal transfer protein TrbJ  65.8 
 
 		 269 aa  359  3e-98  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0931195  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5380  conjugal transfer protein TrbJ  60.45 
 
 		 266 aa  334  7.999999999999999e-91  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.231128 
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9655  conjugal transfer protein TrbJ  56.7 
 
 		 262 aa  295  4e-79  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.279512  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1616  P-type conjugative transfer protein TrbJ  39.34 
 
 		 250 aa  139  6e-32  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0368  trbJ protein  33.48 
 
 		 263 aa  112  4.0000000000000004e-24  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0761  P-type conjugative transfer protein TrbJ  32.68 
 
 		 258 aa  105  9e-22  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010000  Sbal195_4693  P-type conjugative transfer protein TrbJ  26.19 
 
 		 252 aa  97.1  3e-19  Shewanella baltica OS195  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2845  P-type conjugative transfer protein TrbJ  29.58 
 
 		 251 aa  85.9  5e-16  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.13713  normal  0.308482 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3193  P-type conjugative transfer protein TrbJ  28.19 
 
 		 247 aa  79.7  0.00000000000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.213986 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0249  P-type conjugative transfer protein TrbJ  27.51 
 
 		 246 aa  68.2  0.0000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1341  P-type conjugative transfer protein TrbJ  26.98 
 
 		 246 aa  65.5  0.0000000009  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.8827  normal  0.391023 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1640  conjugal transfer protein trbJ, putative  26.46 
 
 		 246 aa  63.9  0.000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.894156  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2649  conjugal transfer protein TrbJ  26.47 
 
 		 251 aa  63.2  0.000000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.556121 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2504  conjugal transfer protein TrbJ  31.28 
 
 		 233 aa  61.6  0.00000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3502  conjugal transfer protein TrbJ  26.79 
 
 		 251 aa  61.2  0.00000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2695  conjugal transfer protein TrbJ  26.96 
 
 		 251 aa  60.5  0.00000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.833269  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2647  conjugal transfer protein TrbJ  26.25 
 
 		 264 aa  59.3  0.00000006  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.783704  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2907  conjugal transfer protein TrbJ  27.85 
 
 		 242 aa  59.3  0.00000006  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.450619  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2538  conjugal transfer protein TrbJ  26.9 
 
 		 261 aa  58.9  0.00000009  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0724206  hitchhiker  0.0000648987 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1320  conjugal transfer protein TrbJ  27.1 
 
 		 246 aa  58.5  0.0000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2096  conjugal transfer protein TrbJ  26.7 
 
 		 249 aa  55.5  0.0000008  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1554  conjugal transfer protein TrbJ  24.12 
 
 		 241 aa  54.3  0.000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000179066  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_15520  conjugal transfer protein TrbJ  26.78 
 
 		 261 aa  53.1  0.000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000120782  unclonable  7.03351e-22 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0434  conjugal transfer protein TrbJ  24.44 
 
 		 241 aa  52.8  0.000006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.856539  normal  1 
 
 
-
 
NC_009704  YpsIP31758_A0055  conjugal transfer protein TrbJ  27.19 
 
 		 258 aa  51.6  0.00001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1009  conjugal transfer protein TrbJ  25.16 
 
 		 248 aa  51.6  0.00001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3702  conjugal transfer protein TrbJ  24.64 
 
 		 241 aa  50.4  0.00003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.202804  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1190  conjugal transfer protein TrbJ  24.51 
 
 		 259 aa  50.1  0.00003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3545  conjugal transfer protein TrbJ  24.51 
 
 		 259 aa  50.1  0.00003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6510  conjugal transfer protein TrbJ  26.97 
 
 		 254 aa  49.7  0.00005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.225692  n/a   
 
 
-
 
NC_008385  Bamb_6627  conjugal transfer protein TrbJ  26.97 
 
 		 254 aa  49.7  0.00005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.331539  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1720  conjugal transfer protein TrbJ  25.28 
 
 		 243 aa  49.7  0.00005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.196302  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0165  conjugal transfer protein TrbJ  26.04 
 
 		 244 aa  48.9  0.00008  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.440181  normal  0.260138 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3198  conjugal transfer protein TrbJ  26.02 
 
 		 265 aa  48.9  0.00009  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.184031  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0695  conjugal transfer protein TrbJ  28.48 
 
 		 254 aa  48.1  0.0001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1345  conjugal transfer protein TrbJ  23.91 
 
 		 245 aa  47.8  0.0002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.457105  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1899  conjugal transfer protein TrbJ  23.7 
 
 		 241 aa  47.8  0.0002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.668974  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30900  conjugal transfer protein TrbJ  23.7 
 
 		 241 aa  47.8  0.0002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000007788  unclonable  1.73393e-22 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004336  conjugative transfer protein TrbJ  21.79 
 
 		 256 aa  47.4  0.0003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0152  conjugal transfer protein TrbJ  25.89 
 
 		 266 aa  46.6  0.0004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3090  conjugal transfer protein TrbJ  30.05 
 
 		 253 aa  46.2  0.0005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0505  conjugal transfer protein TrbJ  26.64 
 
 		 253 aa  44.7  0.001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  hitchhiker  0.00617649  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3897  conjugal transfer protein TrbJ  27.11 
 
 		 245 aa  45.1  0.001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.227906  normal  1 
 
 
-
 
NC_007515  Gmet_A3572  conjugal transfer TrbJ signal peptide protein  28.5 
 
 		 239 aa  44.7  0.001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.0000309326  n/a   
 
 
-
 
NC_010579  XfasM23_2233  conjugal transfer protein TrbJ  27.03 
 
 		 257 aa  44.3  0.002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35680  conjugal transfer protein TrbJ  24.05 
 
 		 245 aa  44.3  0.002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008766  Ajs_4266  conjugal transfer protein TrbJ  25.17 
 
 		 254 aa  43.9  0.003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.44227  decreased coverage  0.00186593 
 
 
-
 
NC_012851  Rpic12D_5417  hypothetical protein  41.89 
 
 		 303 aa  43.9  0.003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010683  Rpic_5012  hypothetical protein  41.89 
 
 		 303 aa  43.9  0.003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.155851  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1819  hypothetical protein  42.37 
 
 		 253 aa  42.4  0.007  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.113229  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1952  TonB-dependent receptor  27.35 
 
 		 656 aa  42  0.01  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.446334  normal  0.0364758 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>