42 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_5380 on replicon NC_009621
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009621  Smed_5380  conjugal transfer protein TrbJ  100 
 
 		 266 aa  544  1e-154  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.231128 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9263  conjugal transfer protein TrbJ  69.52 
 
 		 269 aa  387  1e-106  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.127143  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5486  conjugal transfer protein TrbJ  68.05 
 
 		 266 aa  377  1e-104  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0871579  normal  1 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8330  conjugal transfer protein TrbJ  64.68 
 
 		 269 aa  344  8.999999999999999e-94  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0931195  n/a   
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4565  conjugal transfer protein TrbJ  65.65 
 
 		 265 aa  320  9.999999999999999e-87  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.30666  n/a   
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9655  conjugal transfer protein TrbJ  54.44 
 
 		 262 aa  273  3e-72  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.279512  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1616  P-type conjugative transfer protein TrbJ  37.55 
 
 		 250 aa  136  4e-31  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0368  trbJ protein  28.17 
 
 		 263 aa  97.1  3e-19  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010000  Sbal195_4693  P-type conjugative transfer protein TrbJ  27.35 
 
 		 252 aa  96.3  5e-19  Shewanella baltica OS195  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0761  P-type conjugative transfer protein TrbJ  29.8 
 
 		 258 aa  92  1e-17  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2845  P-type conjugative transfer protein TrbJ  31.68 
 
 		 251 aa  86.7  4e-16  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.13713  normal  0.308482 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3193  P-type conjugative transfer protein TrbJ  31.02 
 
 		 247 aa  81.3  0.00000000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.213986 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2504  conjugal transfer protein TrbJ  29.38 
 
 		 233 aa  57.8  0.0000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2538  conjugal transfer protein TrbJ  30.37 
 
 		 261 aa  57  0.0000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0724206  hitchhiker  0.0000648987 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1640  conjugal transfer protein trbJ, putative  26.32 
 
 		 246 aa  54.7  0.000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.894156  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1341  P-type conjugative transfer protein TrbJ  26.32 
 
 		 246 aa  54.7  0.000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.8827  normal  0.391023 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0249  P-type conjugative transfer protein TrbJ  27.07 
 
 		 246 aa  53.9  0.000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2647  conjugal transfer protein TrbJ  26.27 
 
 		 264 aa  54.7  0.000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.783704  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1480  conjugal transfer protein TrbJ  26.15 
 
 		 260 aa  52.4  0.000007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.10056  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1720  conjugal transfer protein TrbJ  26.09 
 
 		 243 aa  51.6  0.00001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.196302  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5230  hypothetical protein  37.8 
 
 		 259 aa  52  0.00001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0142717  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0695  conjugal transfer protein TrbJ  28.75 
 
 		 254 aa  50.8  0.00002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009704  YpsIP31758_A0055  conjugal transfer protein TrbJ  29.44 
 
 		 258 aa  50.1  0.00004  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0434  conjugal transfer protein TrbJ  24.84 
 
 		 241 aa  49.7  0.00005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.856539  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3198  conjugal transfer protein TrbJ  25.62 
 
 		 265 aa  49.3  0.00006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.184031  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2907  conjugal transfer protein TrbJ  26.34 
 
 		 242 aa  49.3  0.00007  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.450619  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0165  conjugal transfer protein TrbJ  25.88 
 
 		 244 aa  48.9  0.00009  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.440181  normal  0.260138 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0152  conjugal transfer protein TrbJ  25.62 
 
 		 266 aa  48.9  0.00009  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2649  conjugal transfer protein TrbJ  25 
 
 		 251 aa  48.1  0.0001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.556121 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1320  conjugal transfer protein TrbJ  24.22 
 
 		 246 aa  47.4  0.0002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3502  conjugal transfer protein TrbJ  25.48 
 
 		 251 aa  47  0.0003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2695  conjugal transfer protein TrbJ  25.48 
 
 		 251 aa  46.6  0.0005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.833269  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3090  conjugal transfer protein TrbJ  25.77 
 
 		 253 aa  45.8  0.0006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2096  conjugal transfer protein TrbJ  21.63 
 
 		 249 aa  45.8  0.0006  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3216  conjugal transfer protein TrbJ  25.62 
 
 		 260 aa  45.1  0.001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.377133  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1554  conjugal transfer protein TrbJ  24.84 
 
 		 241 aa  44.7  0.001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000179066  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1819  hypothetical protein  38.71 
 
 		 253 aa  44.3  0.002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.113229  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004336  conjugative transfer protein TrbJ  23.2 
 
 		 256 aa  44.3  0.002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7745  conjugal transfer protein TrbJ  24.87 
 
 		 254 aa  44.3  0.002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0662421 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3897  conjugal transfer protein TrbJ  26.35 
 
 		 245 aa  43.5  0.004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.227906  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1190  conjugal transfer protein TrbJ  26.09 
 
 		 259 aa  42  0.01  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3545  conjugal transfer protein TrbJ  26.09 
 
 		 259 aa  42  0.01  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>