65 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_3198 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008687  Pden_3198  conjugal transfer protein TrbJ  100 
 
 		 265 aa  527  1e-149  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.184031  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0152  conjugal transfer protein TrbJ  95.49 
 
 		 266 aa  433  1e-120  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3855  conjugal transfer protein TrbJ  72.59 
 
 		 253 aa  350  8.999999999999999e-96  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00466031  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1480  conjugal transfer protein TrbJ  70.68 
 
 		 260 aa  348  6e-95  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.10056  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0695  conjugal transfer protein TrbJ  77.06 
 
 		 254 aa  345  3e-94  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3216  conjugal transfer protein TrbJ  76.96 
 
 		 260 aa  345  6e-94  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.377133  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1190  conjugal transfer protein TrbJ  70.49 
 
 		 259 aa  325  4.0000000000000003e-88  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3545  conjugal transfer protein TrbJ  70.49 
 
 		 259 aa  325  4.0000000000000003e-88  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2320  conjugal transfer protein TrbJ  72.13 
 
 		 253 aa  315  6e-85  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.570839  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7745  conjugal transfer protein TrbJ  71.67 
 
 		 254 aa  306  3e-82  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0662421 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2882  conjugal transfer protein TrbJ  67.33 
 
 		 253 aa  297  1e-79  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0488522  normal  0.0400319 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0505  conjugal transfer protein TrbJ  67.06 
 
 		 253 aa  296  2e-79  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  hitchhiker  0.00617649  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0745  conjugal transfer protein TrbJ  66.93 
 
 		 253 aa  294  1e-78  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3897  conjugal transfer protein TrbJ  58.44 
 
 		 245 aa  274  1.0000000000000001e-72  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.227906  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3090  conjugal transfer protein TrbJ  66 
 
 		 253 aa  268  8.999999999999999e-71  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3831  conjugal transfer protein TrbJ  69.42 
 
 		 256 aa  266  2.9999999999999995e-70  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0323585  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3000  conjugal transfer protein TrbJ  67.09 
 
 		 252 aa  257  2e-67  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3368  conjugal transfer protein TrbJ  58.33 
 
 		 245 aa  239  4e-62  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.262472  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1504  conjugal transfer protein TrbJ  59.26 
 
 		 244 aa  233  2.0000000000000002e-60  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.135113  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0599  conjugal transfer protein TrbJ  53.91 
 
 		 244 aa  230  2e-59  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.633648  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3537  conjugal transfer protein TrbJ  60.65 
 
 		 245 aa  225  4e-58  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3996  conjugal transfer protein TrbJ  54.81 
 
 		 244 aa  211  1e-53  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.158502 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0165  conjugal transfer protein TrbJ  47.33 
 
 		 244 aa  200  1.9999999999999998e-50  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.440181  normal  0.260138 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7444  conjugal transfer protein TrbJ  55.76 
 
 		 248 aa  199  3.9999999999999996e-50  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.605496  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1009  conjugal transfer protein TrbJ  45.93 
 
 		 248 aa  199  3.9999999999999996e-50  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2096  conjugal transfer protein TrbJ  46.12 
 
 		 249 aa  198  9e-50  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0314  conjugal transfer protein TrbJ  52.05 
 
 		 258 aa  195  6e-49  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2828  conjugal transfer protein TrbJ  52.09 
 
 		 245 aa  194  1e-48  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.54666  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3502  conjugal transfer protein TrbJ  47.52 
 
 		 251 aa  192  4e-48  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2695  conjugal transfer protein TrbJ  47.52 
 
 		 251 aa  191  8e-48  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.833269  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2649  conjugal transfer protein TrbJ  47.2 
 
 		 251 aa  191  1e-47  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.556121 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2272  conjugal transfer protein TrbJ  53.71 
 
 		 243 aa  191  1e-47  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2482  conjugal transfer protein TrbJ  55.45 
 
 		 239 aa  186  2e-46  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.19296 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2580  conjugal transfer protein TrbJ  44.18 
 
 		 245 aa  181  9.000000000000001e-45  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2610  conjugal transfer protein TrbJ  54.19 
 
 		 240 aa  181  1e-44  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0962  conjugal transfer protein TrbJ  49.53 
 
 		 244 aa  178  7e-44  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1320  conjugal transfer protein TrbJ  46.58 
 
 		 246 aa  178  1e-43  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1286  conjugal transfer protein TrbJ  43.9 
 
 		 247 aa  177  2e-43  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0730  conjugal transfer protein TrbJ  43.9 
 
 		 247 aa  176  3e-43  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2354  conjugal transfer protein TrbJ  47.25 
 
 		 242 aa  174  9e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00542986  normal  0.35114 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1839  conjugal transfer protein TrbJ  43.32 
 
 		 241 aa  174  9.999999999999999e-43  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.835985  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1554  conjugal transfer protein TrbJ  45.06 
 
 		 241 aa  174  1.9999999999999998e-42  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000179066  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3695  conjugal transfer protein TrbJ  54.58 
 
 		 238 aa  171  1e-41  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2907  conjugal transfer protein TrbJ  46.54 
 
 		 242 aa  170  2e-41  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.450619  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35680  conjugal transfer protein TrbJ  47.37 
 
 		 245 aa  167  2e-40  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2008  conjugal transfer protein TrbJ  46.51 
 
 		 245 aa  167  2e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.589557  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1144  conjugal transfer protein TrbJ  46.89 
 
 		 243 aa  165  5.9999999999999996e-40  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0434  conjugal transfer protein TrbJ  46.67 
 
 		 241 aa  161  8.000000000000001e-39  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.856539  normal  1 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4199  conjugal transfer protein TrbJ  44.4 
 
 		 242 aa  160  2e-38  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.481376  normal  0.72742 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1345  conjugal transfer protein TrbJ  44.13 
 
 		 245 aa  159  6e-38  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.457105  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30900  conjugal transfer protein TrbJ  45.23 
 
 		 241 aa  154  2e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000007788  unclonable  1.73393e-22 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1899  conjugal transfer protein TrbJ  45.23 
 
 		 241 aa  154  2e-36  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.668974  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3702  conjugal transfer protein TrbJ  44.4 
 
 		 241 aa  150  1e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.202804  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2031  conjugal transfer protein TrbJ  39.43 
 
 		 242 aa  115  6.9999999999999995e-25  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.390142  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2347  P-type conjugative transfer protein TrbJ  26.79 
 
 		 250 aa  65.9  0.0000000006  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9263  conjugal transfer protein TrbJ  23.53 
 
 		 269 aa  65.1  0.000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.127143  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5486  conjugal transfer protein TrbJ  29.15 
 
 		 266 aa  58.2  0.0000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0871579  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5380  conjugal transfer protein TrbJ  26.4 
 
 		 266 aa  56.6  0.0000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.231128 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1616  P-type conjugative transfer protein TrbJ  30.18 
 
 		 250 aa  56.6  0.0000004  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2350  P-type conjugative transfer protein TrbJ  24.89 
 
 		 252 aa  54.7  0.000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8330  conjugal transfer protein TrbJ  24.81 
 
 		 269 aa  53.1  0.000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0931195  n/a   
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4565  conjugal transfer protein TrbJ  25.89 
 
 		 265 aa  52.4  0.000007  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.30666  n/a   
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5219  putative conjugal transfer protein TrbJ  31.84 
 
 		 237 aa  50.8  0.00002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9655  conjugal transfer protein TrbJ  23.29 
 
 		 262 aa  50.8  0.00003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.279512  n/a   
 
 
-
 
NC_007515  Gmet_A3572  conjugal transfer TrbJ signal peptide protein  28.42 
 
 		 239 aa  42.4  0.008  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.0000309326  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>