70 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_2008 on replicon NC_008390
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008390  Bamb_2008  conjugal transfer protein TrbJ  100 
 
 		 245 aa  482  1e-135  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.589557  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1286  conjugal transfer protein TrbJ  89.75 
 
 		 247 aa  432  1e-120  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2580  conjugal transfer protein TrbJ  88.16 
 
 		 245 aa  429  1e-119  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0730  conjugal transfer protein TrbJ  83.61 
 
 		 247 aa  409  1e-113  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2354  conjugal transfer protein TrbJ  89.8 
 
 		 242 aa  404  1.0000000000000001e-112  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00542986  normal  0.35114 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35680  conjugal transfer protein TrbJ  87.76 
 
 		 245 aa  397  9.999999999999999e-111  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1345  conjugal transfer protein TrbJ  77.14 
 
 		 245 aa  351  7e-96  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.457105  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1554  conjugal transfer protein TrbJ  75.88 
 
 		 241 aa  343  2e-93  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000179066  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3502  conjugal transfer protein TrbJ  72.31 
 
 		 251 aa  338  5e-92  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2695  conjugal transfer protein TrbJ  71.9 
 
 		 251 aa  337  9.999999999999999e-92  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.833269  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1320  conjugal transfer protein TrbJ  77.21 
 
 		 246 aa  333  2e-90  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1899  conjugal transfer protein TrbJ  73.88 
 
 		 241 aa  329  3e-89  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.668974  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2649  conjugal transfer protein TrbJ  69.42 
 
 		 251 aa  329  3e-89  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.556121 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30900  conjugal transfer protein TrbJ  73.88 
 
 		 241 aa  329  3e-89  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000007788  unclonable  1.73393e-22 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3702  conjugal transfer protein TrbJ  73.88 
 
 		 241 aa  329  3e-89  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.202804  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0434  conjugal transfer protein TrbJ  71.84 
 
 		 241 aa  320  1.9999999999999998e-86  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.856539  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2907  conjugal transfer protein TrbJ  72.27 
 
 		 242 aa  320  1.9999999999999998e-86  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.450619  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1144  conjugal transfer protein TrbJ  68.64 
 
 		 243 aa  306  2.0000000000000002e-82  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4199  conjugal transfer protein TrbJ  64.71 
 
 		 242 aa  285  5e-76  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.481376  normal  0.72742 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1839  conjugal transfer protein TrbJ  44.59 
 
 		 241 aa  186  2e-46  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.835985  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3897  conjugal transfer protein TrbJ  44.67 
 
 		 245 aa  179  4e-44  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.227906  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2320  conjugal transfer protein TrbJ  46.81 
 
 		 253 aa  167  9e-41  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.570839  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3545  conjugal transfer protein TrbJ  45.08 
 
 		 259 aa  166  2e-40  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1190  conjugal transfer protein TrbJ  45.08 
 
 		 259 aa  166  2e-40  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0745  conjugal transfer protein TrbJ  47.33 
 
 		 253 aa  165  6.9999999999999995e-40  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0505  conjugal transfer protein TrbJ  46.83 
 
 		 253 aa  164  1.0000000000000001e-39  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  hitchhiker  0.00617649  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7745  conjugal transfer protein TrbJ  46.96 
 
 		 254 aa  164  1.0000000000000001e-39  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0662421 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2882  conjugal transfer protein TrbJ  47.33 
 
 		 253 aa  163  2.0000000000000002e-39  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0488522  normal  0.0400319 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1480  conjugal transfer protein TrbJ  43.95 
 
 		 260 aa  161  9e-39  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.10056  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3198  conjugal transfer protein TrbJ  44.31 
 
 		 265 aa  158  9e-38  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.184031  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3216  conjugal transfer protein TrbJ  47.2 
 
 		 260 aa  157  1e-37  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.377133  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0695  conjugal transfer protein TrbJ  44.64 
 
 		 254 aa  156  3e-37  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2096  conjugal transfer protein TrbJ  40.81 
 
 		 249 aa  156  3e-37  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0152  conjugal transfer protein TrbJ  46.51 
 
 		 266 aa  153  2e-36  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3855  conjugal transfer protein TrbJ  43.09 
 
 		 253 aa  152  5e-36  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00466031  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3090  conjugal transfer protein TrbJ  46.61 
 
 		 253 aa  152  5.9999999999999996e-36  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1009  conjugal transfer protein TrbJ  41.12 
 
 		 248 aa  151  1e-35  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1504  conjugal transfer protein TrbJ  43.56 
 
 		 244 aa  150  2e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.135113  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3831  conjugal transfer protein TrbJ  47.13 
 
 		 256 aa  150  3e-35  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0323585  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3368  conjugal transfer protein TrbJ  42.53 
 
 		 245 aa  147  2.0000000000000003e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.262472  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3000  conjugal transfer protein TrbJ  47.81 
 
 		 252 aa  146  2.0000000000000003e-34  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0962  conjugal transfer protein TrbJ  41.53 
 
 		 244 aa  145  5e-34  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0165  conjugal transfer protein TrbJ  43.84 
 
 		 244 aa  143  3e-33  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.440181  normal  0.260138 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2031  conjugal transfer protein TrbJ  45.18 
 
 		 242 aa  138  8.999999999999999e-32  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.390142  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7444  conjugal transfer protein TrbJ  41.7 
 
 		 248 aa  136  3.0000000000000003e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.605496  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2828  conjugal transfer protein TrbJ  41.33 
 
 		 245 aa  135  8e-31  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.54666  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0314  conjugal transfer protein TrbJ  42.19 
 
 		 258 aa  134  9.999999999999999e-31  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0599  conjugal transfer protein TrbJ  39.52 
 
 		 244 aa  130  3e-29  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.633648  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3537  conjugal transfer protein TrbJ  44.8 
 
 		 245 aa  127  1.0000000000000001e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3996  conjugal transfer protein TrbJ  43.3 
 
 		 244 aa  123  3e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.158502 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2272  conjugal transfer protein TrbJ  43.27 
 
 		 243 aa  119  6e-26  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2482  conjugal transfer protein TrbJ  45.16 
 
 		 239 aa  116  3e-25  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.19296 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2610  conjugal transfer protein TrbJ  42.47 
 
 		 240 aa  96.3  4e-19  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3695  conjugal transfer protein TrbJ  41.74 
 
 		 238 aa  95.5  6e-19  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2347  P-type conjugative transfer protein TrbJ  29.73 
 
 		 250 aa  65.5  0.0000000007  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007515  Gmet_A3572  conjugal transfer TrbJ signal peptide protein  33.78 
 
 		 239 aa  59.7  0.00000004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.0000309326  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_15520  conjugal transfer protein TrbJ  29.17 
 
 		 261 aa  59.7  0.00000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000120782  unclonable  7.03351e-22 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2538  conjugal transfer protein TrbJ  31.25 
 
 		 261 aa  57  0.0000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0724206  hitchhiker  0.0000648987 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5219  putative conjugal transfer protein TrbJ  31.67 
 
 		 237 aa  55.8  0.0000006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008766  Ajs_4266  conjugal transfer protein TrbJ  28.7 
 
 		 254 aa  52.8  0.000006  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.44227  decreased coverage  0.00186593 
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6510  conjugal transfer protein TrbJ  31.3 
 
 		 254 aa  52  0.000008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.225692  n/a   
 
 
-
 
NC_008385  Bamb_6627  conjugal transfer protein TrbJ  31.3 
 
 		 254 aa  52  0.000008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.331539  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004336  conjugative transfer protein TrbJ  29.92 
 
 		 256 aa  51.2  0.00001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5486  conjugal transfer protein TrbJ  26.24 
 
 		 266 aa  51.2  0.00002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0871579  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1616  P-type conjugative transfer protein TrbJ  26.37 
 
 		 250 aa  50.8  0.00002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2350  P-type conjugative transfer protein TrbJ  26.98 
 
 		 252 aa  50.4  0.00003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1716  Conjugal transfer/entry exclusion protein-like protein  25.93 
 
 		 254 aa  50.1  0.00004  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0193608  normal  1 
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9655  conjugal transfer protein TrbJ  22.28 
 
 		 262 aa  48.5  0.0001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.279512  n/a   
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5371  P-type conjugative transfer protein TrbJ  31.71 
 
 		 240 aa  47.4  0.0002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.15162  normal  1 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9263  conjugal transfer protein TrbJ  23.26 
 
 		 269 aa  44.3  0.002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.127143  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>