33 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_6627 on replicon NC_008385
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007337  Reut_D6510  conjugal transfer protein TrbJ  100 
 
 		 254 aa  504  9.999999999999999e-143  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.225692  n/a   
 
 
-
 
NC_008385  Bamb_6627  conjugal transfer protein TrbJ  100 
 
 		 254 aa  504  9.999999999999999e-143  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.331539  n/a   
 
 
-
 
NC_008766  Ajs_4266  conjugal transfer protein TrbJ  91.73 
 
 		 254 aa  423  1e-117  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.44227  decreased coverage  0.00186593 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_15520  conjugal transfer protein TrbJ  82.94 
 
 		 261 aa  384  1e-106  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000120782  unclonable  7.03351e-22 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2538  conjugal transfer protein TrbJ  73.84 
 
 		 261 aa  347  1e-94  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0724206  hitchhiker  0.0000648987 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1720  conjugal transfer protein TrbJ  71.3 
 
 		 243 aa  302  3.0000000000000004e-81  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.196302  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004336  conjugative transfer protein TrbJ  63.71 
 
 		 256 aa  286  2e-76  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2647  conjugal transfer protein TrbJ  57.77 
 
 		 264 aa  260  1e-68  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.783704  n/a   
 
 
-
 
NC_009704  YpsIP31758_A0055  conjugal transfer protein TrbJ  57.54 
 
 		 258 aa  256  2e-67  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010579  XfasM23_2233  conjugal transfer protein TrbJ  59.39 
 
 		 257 aa  227  1e-58  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4565  conjugal transfer protein TrbJ  30.05 
 
 		 265 aa  65.1  0.0000000009  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.30666  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5486  conjugal transfer protein TrbJ  29.22 
 
 		 266 aa  63.5  0.000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0871579  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1286  conjugal transfer protein TrbJ  30.83 
 
 		 247 aa  61.6  0.00000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0730  conjugal transfer protein TrbJ  31.64 
 
 		 247 aa  60.8  0.00000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2580  conjugal transfer protein TrbJ  31.1 
 
 		 245 aa  61.2  0.00000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5380  conjugal transfer protein TrbJ  26.89 
 
 		 266 aa  59.7  0.00000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.231128 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9263  conjugal transfer protein TrbJ  26.53 
 
 		 269 aa  59.3  0.00000006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.127143  n/a   
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9655  conjugal transfer protein TrbJ  26.27 
 
 		 262 aa  55.1  0.000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.279512  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1616  P-type conjugative transfer protein TrbJ  26.24 
 
 		 250 aa  53.5  0.000003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8330  conjugal transfer protein TrbJ  26.37 
 
 		 269 aa  53.5  0.000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0931195  n/a   
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2350  P-type conjugative transfer protein TrbJ  30.19 
 
 		 252 aa  52.4  0.000008  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0761  P-type conjugative transfer protein TrbJ  28.02 
 
 		 258 aa  50.8  0.00002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35680  conjugal transfer protein TrbJ  29.18 
 
 		 245 aa  50.4  0.00003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2354  conjugal transfer protein TrbJ  32.16 
 
 		 242 aa  48.9  0.00008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00542986  normal  0.35114 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2907  conjugal transfer protein TrbJ  29.44 
 
 		 242 aa  47  0.0003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.450619  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1345  conjugal transfer protein TrbJ  29.73 
 
 		 245 aa  45.1  0.001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.457105  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2008  conjugal transfer protein TrbJ  31.69 
 
 		 245 aa  45.1  0.001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.589557  n/a   
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4199  conjugal transfer protein TrbJ  29.81 
 
 		 242 aa  45.1  0.001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.481376  normal  0.72742 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1554  conjugal transfer protein TrbJ  28.64 
 
 		 241 aa  43.9  0.002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000179066  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0434  conjugal transfer protein TrbJ  28.4 
 
 		 241 aa  43.9  0.003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.856539  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3502  conjugal transfer protein TrbJ  27.45 
 
 		 251 aa  43.5  0.003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2695  conjugal transfer protein TrbJ  27.43 
 
 		 251 aa  42.7  0.006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.833269  normal  1 
 
 
-
 
NC_010000  Sbal195_4693  P-type conjugative transfer protein TrbJ  27.2 
 
 		 252 aa  42.7  0.006  Shewanella baltica OS195  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>