55 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_8330 on replicon NC_011982
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011982  Avi_8330  conjugal transfer protein TrbJ  100 
 
 		 269 aa  551  1e-156  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0931195  n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9263  conjugal transfer protein TrbJ  80.67 
 
 		 269 aa  450  1e-125  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.127143  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5486  conjugal transfer protein TrbJ  68.03 
 
 		 266 aa  373  1e-102  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0871579  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5380  conjugal transfer protein TrbJ  64.68 
 
 		 266 aa  360  1e-98  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.231128 
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4565  conjugal transfer protein TrbJ  64.94 
 
 		 265 aa  357  9.999999999999999e-98  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.30666  n/a   
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9655  conjugal transfer protein TrbJ  54.28 
 
 		 262 aa  287  1e-76  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.279512  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1616  P-type conjugative transfer protein TrbJ  35.29 
 
 		 250 aa  145  6e-34  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0761  P-type conjugative transfer protein TrbJ  29.81 
 
 		 258 aa  102  6e-21  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010000  Sbal195_4693  P-type conjugative transfer protein TrbJ  26.61 
 
 		 252 aa  95.5  7e-19  Shewanella baltica OS195  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0368  trbJ protein  27.98 
 
 		 263 aa  91.3  2e-17  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2845  P-type conjugative transfer protein TrbJ  27.75 
 
 		 251 aa  73.2  0.000000000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.13713  normal  0.308482 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3193  P-type conjugative transfer protein TrbJ  26.34 
 
 		 247 aa  67  0.0000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.213986 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3502  conjugal transfer protein TrbJ  27.23 
 
 		 251 aa  63.5  0.000000004  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2096  conjugal transfer protein TrbJ  25.89 
 
 		 249 aa  62.4  0.000000007  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2695  conjugal transfer protein TrbJ  27.45 
 
 		 251 aa  60.1  0.00000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.833269  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2649  conjugal transfer protein TrbJ  27.98 
 
 		 251 aa  59.7  0.00000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.556121 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1640  conjugal transfer protein trbJ, putative  23.33 
 
 		 246 aa  60.1  0.00000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.894156  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1341  P-type conjugative transfer protein TrbJ  23.05 
 
 		 246 aa  59.7  0.00000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.8827  normal  0.391023 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0249  P-type conjugative transfer protein TrbJ  22.92 
 
 		 246 aa  58.9  0.00000009  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2538  conjugal transfer protein TrbJ  28.51 
 
 		 261 aa  55.5  0.0000009  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0724206  hitchhiker  0.0000648987 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2504  conjugal transfer protein TrbJ  25.25 
 
 		 233 aa  54.7  0.000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2907  conjugal transfer protein TrbJ  24.54 
 
 		 242 aa  53.9  0.000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.450619  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1320  conjugal transfer protein TrbJ  23.75 
 
 		 246 aa  52.4  0.000009  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_15520  conjugal transfer protein TrbJ  23.63 
 
 		 261 aa  51.6  0.00001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000120782  unclonable  7.03351e-22 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2647  conjugal transfer protein TrbJ  25.63 
 
 		 264 aa  51.6  0.00001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.783704  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0165  conjugal transfer protein TrbJ  23.03 
 
 		 244 aa  50.8  0.00002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.440181  normal  0.260138 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3198  conjugal transfer protein TrbJ  24.19 
 
 		 265 aa  50.1  0.00004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.184031  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1554  conjugal transfer protein TrbJ  23.12 
 
 		 241 aa  49.7  0.00005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000179066  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0695  conjugal transfer protein TrbJ  24.73 
 
 		 254 aa  49.3  0.00007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35680  conjugal transfer protein TrbJ  25.77 
 
 		 245 aa  49.3  0.00007  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3545  conjugal transfer protein TrbJ  22.76 
 
 		 259 aa  48.5  0.0001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1720  conjugal transfer protein TrbJ  24.29 
 
 		 243 aa  48.5  0.0001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.196302  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0730  conjugal transfer protein TrbJ  25 
 
 		 247 aa  48.9  0.0001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2482  conjugal transfer protein TrbJ  22.17 
 
 		 239 aa  48.9  0.0001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.19296 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1190  conjugal transfer protein TrbJ  22.76 
 
 		 259 aa  48.5  0.0001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0962  conjugal transfer protein TrbJ  24.42 
 
 		 244 aa  47.8  0.0002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004336  conjugative transfer protein TrbJ  25.41 
 
 		 256 aa  47.8  0.0002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008385  Bamb_6627  conjugal transfer protein TrbJ  22.52 
 
 		 254 aa  47  0.0003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.331539  n/a   
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6510  conjugal transfer protein TrbJ  22.52 
 
 		 254 aa  47  0.0003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.225692  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2354  conjugal transfer protein TrbJ  25 
 
 		 242 aa  46.6  0.0004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00542986  normal  0.35114 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3216  conjugal transfer protein TrbJ  23.66 
 
 		 260 aa  46.6  0.0004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.377133  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1009  conjugal transfer protein TrbJ  21.88 
 
 		 248 aa  46.2  0.0005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3897  conjugal transfer protein TrbJ  25.38 
 
 		 245 aa  46.6  0.0005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.227906  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2580  conjugal transfer protein TrbJ  24.42 
 
 		 245 aa  46.2  0.0006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2031  conjugal transfer protein TrbJ  25.93 
 
 		 242 aa  45.4  0.001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.390142  normal  1 
 
 
-
 
NC_007515  Gmet_A3572  conjugal transfer TrbJ signal peptide protein  26.74 
 
 		 239 aa  45.4  0.001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.0000309326  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0434  conjugal transfer protein TrbJ  26.63 
 
 		 241 aa  44.7  0.002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.856539  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1144  conjugal transfer protein TrbJ  23.78 
 
 		 243 aa  44.7  0.002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5230  hypothetical protein  34.88 
 
 		 259 aa  43.9  0.002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0142717  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1286  conjugal transfer protein TrbJ  24.3 
 
 		 247 aa  44.3  0.002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1480  conjugal transfer protein TrbJ  21.9 
 
 		 260 aa  43.9  0.003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.10056  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0152  conjugal transfer protein TrbJ  25 
 
 		 266 aa  43.5  0.003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2008  conjugal transfer protein TrbJ  24.68 
 
 		 245 aa  43.5  0.004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.589557  n/a   
 
 
-
 
NC_008766  Ajs_4266  conjugal transfer protein TrbJ  21.19 
 
 		 254 aa  43.1  0.005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.44227  decreased coverage  0.00186593 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7745  conjugal transfer protein TrbJ  23.84 
 
 		 254 aa  42.4  0.008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0662421 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>