More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcSMS35_1952 on replicon NC_010498
Organism: Escherichia coli SMS-3-5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010498  EcSMS35_1952  TonB-dependent receptor  100 
 
 		 656 aa  1359    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.446334  normal  0.0364758 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0252  TonB-dependent receptor  64.45 
 
 		 663 aa  883    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.945527  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3220  TonB-dependent receptor  37.82 
 
 		 654 aa  384  1e-105  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0604  TonB-dependent outer membrane receptor  33.77 
 
 		 682 aa  373  1e-102  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0151  ferrienterochelin/colicin outer membrane receptor  33.86 
 
 		 675 aa  354  2.9999999999999997e-96  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_52120  TonB-dependent receptor  35.34 
 
 		 668 aa  353  5e-96  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.618776  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1472  TonB-dependent receptor  32.31 
 
 		 683 aa  346  6e-94  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.907424  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3699  TonB-dependent receptor  33.96 
 
 		 685 aa  346  1e-93  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5341  TonB-dependent receptor  33.33 
 
 		 657 aa  325  2e-87  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0444  TonB-dependent receptor  34.52 
 
 		 667 aa  323  5e-87  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1481  TonB-dependent receptor  32.41 
 
 		 674 aa  323  6e-87  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0173398  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1989  TonB-dependent receptor  30.59 
 
 		 675 aa  305  1.0000000000000001e-81  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  unclonable  0.0000000419445  normal  0.710455 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1191  TonB-dependent receptor  32.32 
 
 		 744 aa  296  9e-79  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.601925 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3366  TonB-dependent receptor  31.52 
 
 		 708 aa  295  1e-78  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5501  TonB-dependent receptor  32.71 
 
 		 731 aa  289  1e-76  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3697  TonB-dependent receptor  32.71 
 
 		 731 aa  288  2e-76  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.850493  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0941  TonB-dependent receptor  30.58 
 
 		 716 aa  282  2e-74  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4645  TonB-dependent receptor  31.12 
 
 		 693 aa  276  1.0000000000000001e-72  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000318415 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1171  TonB-dependent receptor  31.51 
 
 		 697 aa  271  2e-71  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2482  TonB-dependent receptor  29.19 
 
 		 728 aa  250  7e-65  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.318128 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1983  TonB-dependent receptor  27.83 
 
 		 727 aa  249  1e-64  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.454223  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1549  TonB-dependent receptor  27.97 
 
 		 656 aa  238  3e-61  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.751142  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2970  TonB-dependent receptor  27.29 
 
 		 718 aa  237  4e-61  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.222916  normal  0.415846 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1516  TonB-dependent receptor  29.22 
 
 		 690 aa  222  1.9999999999999999e-56  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.18651  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0195  ferrienterochelin/colicin outer membrane receptor  25.97 
 
 		 653 aa  169  1e-40  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  8.28696e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3531  TonB-dependent receptor plug  24.47 
 
 		 678 aa  147  8.000000000000001e-34  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0790413  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1541  TonB-dependent receptor  24.88 
 
 		 665 aa  122  1.9999999999999998e-26  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  0.000000885863  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2397  TonB-dependent receptor  21.95 
 
 		 651 aa  115  2.0000000000000002e-24  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  5.84598e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5008  TonB-dependent receptor  24.16 
 
 		 627 aa  109  2e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.877838 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1473  TonB-dependent receptor  21.23 
 
 		 669 aa  105  2e-21  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00220648 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1506  TonB-dependent receptor  22.96 
 
 		 707 aa  94.7  4e-18  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3960  TonB-dependent receptor, plug  28.13 
 
 		 741 aa  91.7  4e-17  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0084  TonB-dependent receptor, plug  23.5 
 
 		 671 aa  91.3  6e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.380129  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3867  TonB-dependent receptor, plug  28.11 
 
 		 729 aa  90.5  8e-17  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0492  TonB-dependent receptor  22.37 
 
 		 762 aa  88.2  4e-16  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.23992 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4088  TonB-dependent receptor  22.56 
 
 		 650 aa  87  0.000000000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4310  TonB-dependent receptor plug  28.16 
 
 		 737 aa  85.1  0.000000000000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0131  TonB-dependent receptor, plug  21.82 
 
 		 677 aa  85.1  0.000000000000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.184061  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0525  B12 family TonB-dependent receptor  22.45 
 
 		 641 aa  84.7  0.000000000000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4450  TonB-dependent receptor plug  27.97 
 
 		 767 aa  84  0.000000000000008  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4255  TonB-dependent receptor plug  27.97 
 
 		 749 aa  83.2  0.00000000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0089  TonB-dependent receptor, plug  28.16 
 
 		 707 aa  83.6  0.00000000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0094  TonB-dependent receptor  22 
 
 		 649 aa  82.8  0.00000000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0578  TonB-dependent receptor plug  21.85 
 
 		 627 aa  79  0.0000000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1539  receptor, putative  22.45 
 
 		 639 aa  78.6  0.0000000000003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0938  TonB-dependent receptor  20.62 
 
 		 698 aa  78.2  0.0000000000005  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.00410623  normal  0.440689 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3276  TonB-dependent receptor  20.62 
 
 		 698 aa  78.2  0.0000000000005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3409  TonB-dependent receptor  20.62 
 
 		 698 aa  78.2  0.0000000000005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.19526  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3676  TonB-dependent receptor, plug  25.79 
 
 		 735 aa  75.1  0.000000000004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01534  ferrienterochelin/colicin outer membrane receptor  32.87 
 
 		 647 aa  74.7  0.000000000005  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1019  TonB-dependent receptor  27.06 
 
 		 572 aa  74.3  0.000000000006  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.463707  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0560  TonB-dependent receptor, plug  23.29 
 
 		 623 aa  73.9  0.000000000008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1278  TonB-dependent receptor  24.59 
 
 		 571 aa  73.2  0.00000000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.354768  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2514  TonB-dependent receptor  29.7 
 
 		 632 aa  72.8  0.00000000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3340  TonB-dependent receptor, plug  28.37 
 
 		 613 aa  72  0.00000000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6723  TonB-dependent receptor  31.65 
 
 		 1128 aa  72  0.00000000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1347  iron compound TonB-dependent receptor, putative  27.17 
 
 		 620 aa  70.9  0.00000000008  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0571  TonB-dependent receptor plug  21.28 
 
 		 628 aa  70.1  0.0000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.487741  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3500  TonB-dependent receptor  28.73 
 
 		 699 aa  70.1  0.0000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0198  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  20.99 
 
 		 631 aa  69.3  0.0000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0194454  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0859  TonB-dependent haemoglobin/transferrin/lactoferrin receptor  22.17 
 
 		 676 aa  68.6  0.0000000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.32697  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0562  TonB-dependent receptor  29.85 
 
 		 634 aa  68.6  0.0000000003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.222662 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1930  TonB-dependent receptor  20.62 
 
 		 702 aa  68.6  0.0000000004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3845  TonB-dependent receptor, plug  22.02 
 
 		 628 aa  68.2  0.0000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.529618  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1859  TonB-dependent receptor plug  26.42 
 
 		 686 aa  68.2  0.0000000005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.00000014407  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0722  TonB-dependent siderophore receptor  30.91 
 
 		 675 aa  68.2  0.0000000005  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.534189 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4311  TonB-dependent siderophore receptor  23.45 
 
 		 809 aa  68.2  0.0000000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0939329 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3807  TonB-dependent receptor plug  22.65 
 
 		 655 aa  68.2  0.0000000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0778  TonB-dependent receptor  21.32 
 
 		 742 aa  67.8  0.0000000006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1306  putative iron compound TonB-dependent receptor  26.81 
 
 		 697 aa  67.8  0.0000000006  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.986607  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1564  TonB-dependent receptor  21.98 
 
 		 697 aa  67.4  0.0000000007  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.298375  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0911  TonB-dependent siderophore receptor  23.89 
 
 		 809 aa  67  0.0000000009  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.11228 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2621  TonB-dependent receptor, plug  27.75 
 
 		 695 aa  67.4  0.0000000009  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5855  TonB-dependent receptor  26.21 
 
 		 642 aa  66.6  0.000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.699256  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0131  TonB-dependent receptor  31.48 
 
 		 695 aa  66.6  0.000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3916  TonB-dependent receptor  26.21 
 
 		 642 aa  66.6  0.000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2728  TonB-dependent receptor  23.75 
 
 		 688 aa  67  0.000000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.811385  normal  0.575129 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4452  TonB-dependent receptor  26.21 
 
 		 642 aa  66.6  0.000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5676  TonB-dependent receptor plug  33.33 
 
 		 662 aa  67  0.000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0677  TonB-dependent receptor  21.8 
 
 		 672 aa  66.2  0.000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0620216  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4555  TonB-dependent receptor  31.08 
 
 		 734 aa  66.2  0.000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  decreased coverage  0.000000444386  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4382  TonB-dependent receptor  22.61 
 
 		 635 aa  66.2  0.000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.429499  normal  0.246253 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0867  FecA-like outer membrane receptor  23.71 
 
 		 809 aa  65.5  0.000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.272294  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0249  TonB-dependent receptor  29.09 
 
 		 688 aa  65.1  0.000000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0192  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  21.68 
 
 		 631 aa  65.1  0.000000004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.051851  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2153  TonB-dependent receptor  21.02 
 
 		 828 aa  64.3  0.000000006  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.453581  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1702  putative TonB-dependent receptor yncD  31.95 
 
 		 706 aa  64.3  0.000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.770108  normal  0.940102 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1486  TonB-dependent receptor, plug  33.9 
 
 		 677 aa  64.3  0.000000007  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.243313  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3189  TonB-dependent receptor, plug  28.75 
 
 		 623 aa  63.9  0.000000009  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1705  probable TonB-dependent receptor yncD  31.95 
 
 		 706 aa  63.9  0.000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.714131  normal  0.179613 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0897  TonB-dependent siderophore receptor  26.16 
 
 		 809 aa  63.5  0.00000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.448435  normal  0.28892 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1741  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  29.03 
 
 		 661 aa  63.5  0.00000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  unclonable  0.0000016514  normal  0.0458944 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1766  TonB-dependent receptor yncD  31.95 
 
 		 706 aa  63.5  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2342  TonB-dependent receptor  21.99 
 
 		 611 aa  63.9  0.00000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.499314  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1754  TonB-dependent receptor YncD  31.95 
 
 		 721 aa  63.9  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.460893  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1573  probable TonB-dependent receptor yncD  31.95 
 
 		 706 aa  63.9  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000253157  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6080  putative TonB-dependent receptor  26.11 
 
 		 690 aa  62.4  0.00000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.341343  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1858  heme transport protein HugA  21.35 
 
 		 683 aa  63.2  0.00000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0336  TonB-dependent receptor  32.73 
 
 		 649 aa  62.8  0.00000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3784  TonB-dependent siderophore receptor  30.67 
 
 		 807 aa  62  0.00000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.894959 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>