More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_0094 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_0131  TonB-dependent receptor, plug  51.32 
 
 		 677 aa  683    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.184061  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4088  TonB-dependent receptor  95.69 
 
 		 650 aa  1252    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0094  TonB-dependent receptor  100 
 
 		 649 aa  1333    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3867  TonB-dependent receptor, plug  57.3 
 
 		 729 aa  429  1e-119  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3960  TonB-dependent receptor, plug  56.23 
 
 		 741 aa  431  1e-119  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4255  TonB-dependent receptor plug  55.5 
 
 		 749 aa  423  1e-117  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4450  TonB-dependent receptor plug  55.23 
 
 		 767 aa  423  1e-117  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4310  TonB-dependent receptor plug  56.44 
 
 		 737 aa  422  1e-116  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0089  TonB-dependent receptor, plug  56.44 
 
 		 707 aa  422  1e-116  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3676  TonB-dependent receptor, plug  52.02 
 
 		 735 aa  375  1e-102  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2397  TonB-dependent receptor  34.75 
 
 		 651 aa  334  4e-90  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  5.84598e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1541  TonB-dependent receptor  32.71 
 
 		 665 aa  306  6e-82  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  0.000000885863  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1473  TonB-dependent receptor  30 
 
 		 669 aa  276  1.0000000000000001e-72  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00220648 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3500  TonB-dependent receptor  30.02 
 
 		 699 aa  207  5e-52  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0195  ferrienterochelin/colicin outer membrane receptor  24.78 
 
 		 653 aa  151  4e-35  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  8.28696e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0131  TonB-dependent receptor  31.61 
 
 		 695 aa  135  1.9999999999999998e-30  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3220  TonB-dependent receptor  24.41 
 
 		 654 aa  133  9e-30  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1549  TonB-dependent receptor  23.39 
 
 		 656 aa  122  1.9999999999999998e-26  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.751142  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5341  TonB-dependent receptor  23.77 
 
 		 657 aa  114  6e-24  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3531  TonB-dependent receptor plug  30.66 
 
 		 678 aa  113  9e-24  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0790413  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_52120  TonB-dependent receptor  21.55 
 
 		 668 aa  113  1.0000000000000001e-23  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.618776  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1472  TonB-dependent receptor  21.98 
 
 		 683 aa  113  1.0000000000000001e-23  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.907424  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1926  TonB-dependent receptor  22.4 
 
 		 627 aa  102  3e-20  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.201933  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2547  TonB-dependent receptor plug  23.21 
 
 		 615 aa  98.6  3e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.792273  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1191  TonB-dependent receptor  21.38 
 
 		 744 aa  97.4  6e-19  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.601925 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1171  TonB-dependent receptor  24.02 
 
 		 697 aa  96.7  1e-18  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4645  TonB-dependent receptor  20 
 
 		 693 aa  91.3  5e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000318415 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2368  TonB-dependent receptor, plug  21.96 
 
 		 617 aa  89.4  2e-16  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.848515  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3366  TonB-dependent receptor  21.86 
 
 		 708 aa  88.6  3e-16  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1271  TonB-dependent receptor plug  29.39 
 
 		 634 aa  87.8  6e-16  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.732381  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1989  TonB-dependent receptor  20.34 
 
 		 675 aa  87.4  7e-16  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  unclonable  0.0000000419445  normal  0.710455 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1481  TonB-dependent receptor  20.81 
 
 		 674 aa  87.4  7e-16  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0173398  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0049  TonB-dependent siderophore receptor  29.28 
 
 		 703 aa  85.5  0.000000000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.627674  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0250  TonB-dependent receptor plug  32.54 
 
 		 597 aa  85.1  0.000000000000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1162  tonB-dependent vitamin B12 receptor  22.83 
 
 		 622 aa  82.4  0.00000000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0252  TonB-dependent receptor  21.61 
 
 		 663 aa  82.4  0.00000000000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.945527  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0812  TonB-dependent receptor plug  32.64 
 
 		 659 aa  81.6  0.00000000000004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.183722  normal  0.24775 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3559  TonB-dependent receptor  23.19 
 
 		 665 aa  81.3  0.00000000000006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00145171  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0565  TonB-dependent receptor  26.36 
 
 		 613 aa  80.5  0.00000000000009  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.228454 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1269  TonB-dependent receptor  32 
 
 		 710 aa  79.7  0.0000000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1004  TonB-dependent receptor  29.47 
 
 		 618 aa  80.1  0.0000000000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0684927  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0609  TonB-dependent siderophore receptor  30.23 
 
 		 710 aa  79.3  0.0000000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1513  TonB-dependent receptor  33.7 
 
 		 649 aa  79.7  0.0000000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.0000309269  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1099  TonB-dependent receptor  29.58 
 
 		 643 aa  78.2  0.0000000000005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1859  TonB-dependent receptor plug  31.14 
 
 		 686 aa  77.4  0.0000000000008  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.00000014407  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5290  TonB-dependent receptor plug  32.24 
 
 		 673 aa  77.4  0.0000000000009  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1952  TonB-dependent receptor  22.14 
 
 		 656 aa  77  0.000000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.446334  normal  0.0364758 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4967  TonB-dependent receptor  33.75 
 
 		 698 aa  75.9  0.000000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.655024  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6723  TonB-dependent receptor  31.36 
 
 		 1128 aa  75.9  0.000000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2165  TonB-dependent vitamin B12 receptor  28.44 
 
 		 616 aa  75.9  0.000000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0084  TonB-dependent receptor, plug  30.37 
 
 		 671 aa  75.9  0.000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.380129  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0444  TonB-dependent receptor  29.29 
 
 		 667 aa  76.3  0.000000000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1524  TonB-dependent receptor plug  32.92 
 
 		 605 aa  75.5  0.000000000003  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0653  TonB-dependent receptor  30.37 
 
 		 675 aa  75.1  0.000000000004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2970  TonB-dependent receptor protein  36.11 
 
 		 651 aa  75.1  0.000000000004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.140883  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2570  TonB-dependent receptor  24.3 
 
 		 694 aa  75.1  0.000000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00469469  hitchhiker  0.000000281684 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3090  ferric vibrioferrin receptor  27.52 
 
 		 690 aa  74.7  0.000000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0290295  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1110  TonB-dependent receptor  22.48 
 
 		 625 aa  74.3  0.000000000007  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.00000459108  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1631  TonB-dependent receptor, plug  31.65 
 
 		 739 aa  73.9  0.000000000007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.371565 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1368  TonB-dependent receptor  35.66 
 
 		 627 aa  73.9  0.000000000008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.249969  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1245  TonB-dependent receptor, plug  33.58 
 
 		 636 aa  73.6  0.00000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.0339996 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0509  TonB-dependent outer membrane cobalamin receptor  30.87 
 
 		 614 aa  73.6  0.00000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.194967  normal  0.193806 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3735  TonB-dependent receptor plug  29.96 
 
 		 628 aa  73.6  0.00000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.0000331916  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3206  TonB-dependent receptor plug  30.74 
 
 		 617 aa  73.2  0.00000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.00965358  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00550  iron-enterobactin outer membrane transporter  30.57 
 
 		 746 aa  72.4  0.00000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.0000104738  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3043  TonB-dependent siderophore receptor  30.57 
 
 		 746 aa  72.4  0.00000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0305175  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00539  hypothetical protein  30.57 
 
 		 746 aa  72.4  0.00000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.0000136629  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0633  outer membrane receptor FepA  30.57 
 
 		 746 aa  72.4  0.00000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0602  outer membrane receptor FepA  30.57 
 
 		 746 aa  72.4  0.00000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0603  outer membrane receptor FepA  30.57 
 
 		 746 aa  72.4  0.00000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0667  outer membrane receptor FepA  30.57 
 
 		 746 aa  72.4  0.00000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1382  TonB-dependent receptor  25.22 
 
 		 655 aa  72.4  0.00000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  decreased coverage  0.00890122  normal  0.0713693 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3061  outer membrane receptor FepA  30.57 
 
 		 746 aa  72.4  0.00000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.00912473  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2720  iron complex outermembrane recepter protein  30.17 
 
 		 631 aa  72  0.00000000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.83965  normal  0.415567 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0485  outer membrane receptor FepA  30.57 
 
 		 746 aa  72.4  0.00000000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3142  TonB-dependent siderophore receptor  20.95 
 
 		 688 aa  72  0.00000000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4382  TonB-dependent receptor  30 
 
 		 635 aa  72.4  0.00000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.429499  normal  0.246253 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3294  TonB-dependent receptor, plug  30.72 
 
 		 676 aa  71.6  0.00000000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0883  ferric enterobactin receptor, putative  37.82 
 
 		 627 aa  71.2  0.00000000006  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.277897  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1822  TonB-dependent receptor, putative  30.43 
 
 		 936 aa  70.9  0.00000000006  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3699  TonB-dependent receptor  27.84 
 
 		 685 aa  71.2  0.00000000006  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0722  TonB-dependent siderophore receptor  29.31 
 
 		 675 aa  70.9  0.00000000008  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.534189 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1628  TonB-dependent receptor, plug  30.67 
 
 		 680 aa  70.5  0.00000000008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.58484 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0681  outer membrane receptor FepA  29.55 
 
 		 751 aa  70.5  0.00000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.757968  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0743  outer membrane receptor FepA  29.55 
 
 		 751 aa  70.5  0.00000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.100086  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1306  putative iron compound TonB-dependent receptor  33.82 
 
 		 697 aa  70.5  0.00000000009  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.986607  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02084  ferric iron-catecholate outer membrane transporter  30.18 
 
 		 663 aa  70.1  0.0000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.184448  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1503  TonB-dependent receptor plug  30.18 
 
 		 663 aa  70.1  0.0000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000115095  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1347  iron compound TonB-dependent receptor, putative  33.09 
 
 		 620 aa  70.1  0.0000000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2289  colicin I receptor  30.18 
 
 		 663 aa  70.1  0.0000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3290  colicin I receptor  30.18 
 
 		 659 aa  70.1  0.0000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.359827  normal  0.810258 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02043  hypothetical protein  30.18 
 
 		 663 aa  70.1  0.0000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.214275  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0488  TonB-dependent receptor  29.22 
 
 		 682 aa  70.1  0.0000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001068  vibrioferrin receptor PvuA  33.33 
 
 		 712 aa  70.5  0.0000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1803  ribosome-binding factor A  27 
 
 		 656 aa  70.1  0.0000000001  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3340  TonB-dependent receptor, plug  26.07 
 
 		 613 aa  70.1  0.0000000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0194  TonB-dependent siderophore receptor  33.69 
 
 		 726 aa  70.1  0.0000000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0233266 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1561  TonB-dependent receptor plug  35.66 
 
 		 681 aa  70.5  0.0000000001  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  unclonable  0.00000105774  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2451  colicin I receptor  30.18 
 
 		 663 aa  70.1  0.0000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1493  colicin I receptor  30.18 
 
 		 663 aa  70.1  0.0000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.351325 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>