More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_3189 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009511  Swit_3189  TonB-dependent receptor, plug  100 
 
 
623 aa  1250    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1004  TonB-dependent receptor  48.08 
 
 
618 aa  531  1e-149  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0684927  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2735  TonB-dependent receptor  47.29 
 
 
641 aa  512  1e-144  Caulobacter sp. K31  Bacteria  decreased coverage  0.00964506  normal  0.0993289 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3556  TonB-dependent receptor plug  35.76 
 
 
634 aa  368  1e-100  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.0000211979  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1186  TonB-dependent receptor  37.06 
 
 
634 aa  356  7.999999999999999e-97  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.874956  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0454  TonB-dependent outer membrane receptor for cobalamin and Fe transport  34.51 
 
 
646 aa  317  4e-85  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000108252  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3340  TonB-dependent receptor, plug  31.91 
 
 
613 aa  295  2e-78  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1925  TonB-dependent receptor  32.78 
 
 
642 aa  292  1e-77  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.55144  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1271  TonB-dependent receptor plug  33.65 
 
 
634 aa  280  5e-74  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.732381  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1957  TonB-dependent receptor, putative  32.25 
 
 
638 aa  279  1e-73  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0488183  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2063  TonB-dependent receptor  32.62 
 
 
645 aa  263  8.999999999999999e-69  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.785465  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0084  TonB-dependent receptor, plug  30.28 
 
 
671 aa  257  5e-67  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.380129  normal 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6077  TonB-dependent receptor plug  33.44 
 
 
656 aa  249  2e-64  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.762724  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2219  TonB-dependent receptor  31.24 
 
 
692 aa  246  6e-64  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5290  TonB-dependent receptor plug  30.84 
 
 
673 aa  246  8e-64  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6080  putative TonB-dependent receptor  31.27 
 
 
690 aa  244  3e-63  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.341343  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3807  TonB-dependent receptor plug  33.96 
 
 
655 aa  244  3e-63  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2621  TonB-dependent receptor, plug  30.23 
 
 
695 aa  241  4e-62  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0628  Outer membrane cobalamin receptor protein-like  28.73 
 
 
638 aa  229  2e-58  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000000288278  normal  0.81106 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0812  TonB-dependent receptor plug  29.53 
 
 
659 aa  226  1e-57  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.183722  normal  0.24775 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0488  TonB-dependent receptor  29.33 
 
 
682 aa  226  1e-57  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47800  putative tonB-dependent receptor  33.89 
 
 
616 aa  222  9.999999999999999e-57  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.173562  normal 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5676  TonB-dependent receptor plug  30.93 
 
 
662 aa  222  1.9999999999999999e-56  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2092  TonB-dependent receptor  31.15 
 
 
670 aa  219  1e-55  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4020  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  29.79 
 
 
615 aa  218  2e-55  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000194494  normal  0.015002 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4119  TonB-dependent vitamin B12 receptor  34.19 
 
 
616 aa  217  7e-55  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2648  TonB-dependent receptor  30.38 
 
 
602 aa  216  9e-55  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6079  putative TonB-dependent receptor  28.37 
 
 
680 aa  215  1.9999999999999998e-54  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0972806  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5430  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  29.14 
 
 
614 aa  215  1.9999999999999998e-54  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0043717  normal  0.0207602 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1110  TonB-dependent receptor  28.36 
 
 
625 aa  214  4.9999999999999996e-54  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.00000459108  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4341  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  28.89 
 
 
614 aa  213  7e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.139999  normal  0.582372 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4413  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  28.98 
 
 
614 aa  213  7.999999999999999e-54  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000903793  hitchhiker  0.00898611 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4020  TonB-dependent vitamin B12 receptor  28.82 
 
 
614 aa  212  1e-53  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00348064  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4050  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  28.82 
 
 
614 aa  212  1e-53  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00780594  decreased coverage  0.000540594 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4200  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  28.82 
 
 
614 aa  212  1e-53  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000101627  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4507  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  28.82 
 
 
614 aa  212  1e-53  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000315572  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1339  TonB-dependent receptor  28.53 
 
 
714 aa  213  1e-53  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.368228 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1382  TonB-dependent receptor  29.65 
 
 
655 aa  212  2e-53  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  decreased coverage  0.00890122  normal  0.0713693 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4372  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  28.73 
 
 
614 aa  212  2e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0258695  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4536  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  28.73 
 
 
614 aa  212  2e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.329693  hitchhiker  0.0000000267555 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2402  putative TonB dependent vitamin B12 outer membrane receptor  30.56 
 
 
611 aa  211  3e-53  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4459  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  28.57 
 
 
614 aa  211  5e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0519388  hitchhiker  0.0000109547 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1065  TonB-dependent receptor  30.73 
 
 
611 aa  210  7e-53  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.362217 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4462  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  28.84 
 
 
614 aa  210  8e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0180001  hitchhiker  0.0000000000824718 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2547  TonB-dependent receptor plug  31.06 
 
 
615 aa  209  2e-52  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.792273  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2368  TonB-dependent receptor, plug  29.94 
 
 
617 aa  202  9.999999999999999e-51  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.848515  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4770  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  27.62 
 
 
623 aa  202  1.9999999999999998e-50  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000262019  normal  0.0314633 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0461  TonB-dependent vitamin B12 receptor  31.21 
 
 
613 aa  201  3e-50  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00224002  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0790  TonB-dependent receptor  30.19 
 
 
614 aa  201  3e-50  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.270148  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02166  TonB-dependent outer membrane Receptor  30.96 
 
 
619 aa  196  8.000000000000001e-49  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0198  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  29.58 
 
 
631 aa  194  6e-48  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0194454  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33130  TonB-dependent vitamin B12 receptor  29.92 
 
 
1023 aa  192  1e-47  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3783  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  27.65 
 
 
615 aa  191  4e-47  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.000781057  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4773  TonB-dependent receptor  30.6 
 
 
624 aa  189  1e-46  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.386912  normal  0.53176 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1368  TonB-dependent receptor  28.86 
 
 
627 aa  188  2e-46  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.249969  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1537  TonB-dependent receptor  29.55 
 
 
593 aa  186  1.0000000000000001e-45  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.00891985  normal  0.735799 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0969  outer membrane receptor for transport of vitamin B  29.25 
 
 
645 aa  183  8.000000000000001e-45  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.01117 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0963  TonB-dependent receptor  29.56 
 
 
614 aa  182  1e-44  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0192  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  28.42 
 
 
631 aa  182  2e-44  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.051851  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1926  TonB-dependent receptor  30.16 
 
 
627 aa  181  4e-44  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.201933  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1012  TonB-dependent receptor  28.5 
 
 
626 aa  181  4.999999999999999e-44  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0132  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  27.42 
 
 
631 aa  180  4.999999999999999e-44  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.00107286  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1096  TonB-dependent receptor  28.5 
 
 
626 aa  180  8e-44  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0142  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  27.6 
 
 
630 aa  179  2e-43  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000593825  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0122  TonB-dependent receptor  28.35 
 
 
624 aa  178  2e-43  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4073  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  27.6 
 
 
630 aa  179  2e-43  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000943492  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0123  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  28.16 
 
 
631 aa  178  3e-43  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000105264  normal  0.11479 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1459  TonB-dependent receptor  24.88 
 
 
647 aa  177  6e-43  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.208108  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2815  TonB-dependent receptor  28.48 
 
 
619 aa  177  6e-43  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.186668  normal  0.478128 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1502  TonB-dependent receptor  29.62 
 
 
613 aa  176  9e-43  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3730  TonB-dependent receptor  27.56 
 
 
637 aa  174  2.9999999999999996e-42  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0159073  normal  0.0113192 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_3097  TonB-dependent receptor, plug  30.3 
 
 
671 aa  175  2.9999999999999996e-42  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2514  TonB-dependent receptor  28.03 
 
 
632 aa  174  3.9999999999999995e-42  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0159  TonB-dependent receptor  27.37 
 
 
709 aa  174  5e-42  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4382  TonB-dependent receptor  29.15 
 
 
635 aa  174  5e-42  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.429499  normal  0.246253 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0571  TonB-dependent receptor plug  27.75 
 
 
628 aa  172  2e-41  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.487741  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4483  TonB-dependent receptor  27.68 
 
 
737 aa  169  2e-40  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  unclonable  0.00000231942  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1347  iron compound TonB-dependent receptor, putative  27.81 
 
 
620 aa  168  2.9999999999999998e-40  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1306  putative iron compound TonB-dependent receptor  27.81 
 
 
697 aa  168  2.9999999999999998e-40  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.986607  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1187  outer membrane receptor for transport of vitamin B  29.61 
 
 
821 aa  167  6.9999999999999995e-40  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.096047  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1035  putative TonB-dependent vitamin B12 receptor BtuB  29.61 
 
 
685 aa  166  9e-40  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.127064  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1639  putative TonB-dependent vitamin B12 receptor BtuB  29.61 
 
 
685 aa  165  2.0000000000000002e-39  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.18341  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0721  Outer membrane cobalamin receptor protein-like  26.65 
 
 
640 aa  165  2.0000000000000002e-39  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2959  putative TonB-dependent vitamin B12 receptor BtuB  29.61 
 
 
685 aa  165  2.0000000000000002e-39  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1028  putative TonB-dependent vitamin B12 receptor BtuB  29.61 
 
 
685 aa  166  2.0000000000000002e-39  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.15146  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2327  putative TonB-dependent vitamin B12 receptor BtuB  29.61 
 
 
685 aa  165  2.0000000000000002e-39  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.52571  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3845  TonB-dependent receptor, plug  28.82 
 
 
628 aa  165  3e-39  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.529618  normal 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0509  TonB-dependent outer membrane cobalamin receptor  27.65 
 
 
614 aa  164  3e-39  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.194967  normal  0.193806 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0685  vitamin B12 receptor BtuB, putative  29.61 
 
 
685 aa  164  4.0000000000000004e-39  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.174842  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5008  TonB-dependent receptor  27.04 
 
 
627 aa  164  4.0000000000000004e-39  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.877838 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3206  TonB-dependent receptor plug  28.33 
 
 
617 aa  161  4e-38  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.00965358  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3696  TonB-dependent receptor  29.04 
 
 
620 aa  160  9e-38  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.405494  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2886  putative outer membrane associated TonB dependent receptor  26.34 
 
 
618 aa  159  1e-37  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0141972  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1826  TonB-dependent receptor  27.13 
 
 
621 aa  158  3e-37  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.568285  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3735  TonB-dependent receptor plug  27.63 
 
 
628 aa  157  5.0000000000000005e-37  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.0000331916  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0654  TonB-dependent receptor  28.5 
 
 
638 aa  157  6e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.561107  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03647  TonB-dependent receptor  25.49 
 
 
640 aa  156  1e-36  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00288042  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002156  outer membrane vitamin B12 receptor BtuB  26.54 
 
 
611 aa  155  2e-36  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000122091  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2789  TonB-dependent receptor  27.46 
 
 
698 aa  155  2.9999999999999998e-36  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.973502 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0834  vitamin B12 receptor BtuB, putative  29.9 
 
 
680 aa  154  5.9999999999999996e-36  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.162621  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>