More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_5341 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013037  Dfer_5341  TonB-dependent receptor  100 
 
 		 657 aa  1342    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3699  TonB-dependent receptor  44.01 
 
 		 685 aa  553  1e-156  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0151  ferrienterochelin/colicin outer membrane receptor  44.16 
 
 		 675 aa  547  1e-154  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1472  TonB-dependent receptor  41.94 
 
 		 683 aa  523  1e-147  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.907424  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0444  TonB-dependent receptor  42.15 
 
 		 667 aa  508  9.999999999999999e-143  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1989  TonB-dependent receptor  41.3 
 
 		 675 aa  495  9.999999999999999e-139  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  unclonable  0.0000000419445  normal  0.710455 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1481  TonB-dependent receptor  39.82 
 
 		 674 aa  486  1e-136  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0173398  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3220  TonB-dependent receptor  39.85 
 
 		 654 aa  481  1e-134  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_52120  TonB-dependent receptor  40.92 
 
 		 668 aa  459  9.999999999999999e-129  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.618776  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4645  TonB-dependent receptor  36.93 
 
 		 693 aa  416  9.999999999999999e-116  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000318415 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3366  TonB-dependent receptor  37.98 
 
 		 708 aa  406  1.0000000000000001e-112  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0941  TonB-dependent receptor  36.79 
 
 		 716 aa  396  1e-109  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0604  TonB-dependent outer membrane receptor  36.31 
 
 		 682 aa  396  1e-109  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5501  TonB-dependent receptor  36.13 
 
 		 731 aa  395  1e-108  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3697  TonB-dependent receptor  36.13 
 
 		 731 aa  395  1e-108  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.850493  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2970  TonB-dependent receptor  36.08 
 
 		 718 aa  380  1e-104  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.222916  normal  0.415846 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1191  TonB-dependent receptor  35.41 
 
 		 744 aa  375  1e-102  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.601925 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1549  TonB-dependent receptor  34.82 
 
 		 656 aa  366  1e-100  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.751142  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1171  TonB-dependent receptor  32.85 
 
 		 697 aa  355  2e-96  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0252  TonB-dependent receptor  33.66 
 
 		 663 aa  337  5e-91  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.945527  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2482  TonB-dependent receptor  29.63 
 
 		 728 aa  319  7.999999999999999e-86  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.318128 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1952  TonB-dependent receptor  32.69 
 
 		 656 aa  313  9e-84  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.446334  normal  0.0364758 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1983  TonB-dependent receptor  28.96 
 
 		 727 aa  310  5e-83  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.454223  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0195  ferrienterochelin/colicin outer membrane receptor  27.74 
 
 		 653 aa  228  3e-58  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  8.28696e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1516  TonB-dependent receptor  27.76 
 
 		 690 aa  225  2e-57  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.18651  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1541  TonB-dependent receptor  25.33 
 
 		 665 aa  153  1e-35  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  0.000000885863  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1473  TonB-dependent receptor  24.53 
 
 		 669 aa  142  9.999999999999999e-33  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00220648 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2397  TonB-dependent receptor  24.93 
 
 		 651 aa  141  3e-32  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  5.84598e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3531  TonB-dependent receptor plug  23.42 
 
 		 678 aa  125  3e-27  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0790413  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4088  TonB-dependent receptor  23.9 
 
 		 650 aa  115  3e-24  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0094  TonB-dependent receptor  23.77 
 
 		 649 aa  113  1.0000000000000001e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5373  TonB-dependent outer-membrane transporter  21.43 
 
 		 661 aa  91.7  4e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0456572  normal  1 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0159  TonB-dependent receptor  22.57 
 
 		 709 aa  90.5  9e-17  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1978  TonB-dependent receptor plug  21.99 
 
 		 663 aa  82  0.00000000000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.500779  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3494  TonB-dependent receptor  21.9 
 
 		 715 aa  81.6  0.00000000000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3503  enterobactin receptor protein  25.67 
 
 		 666 aa  79  0.0000000000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.00217636  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3867  TonB-dependent receptor, plug  26.11 
 
 		 729 aa  78.6  0.0000000000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3960  TonB-dependent receptor, plug  26.11 
 
 		 741 aa  78.6  0.0000000000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1278  TonB-dependent receptor  25.99 
 
 		 571 aa  77.8  0.0000000000005  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.354768  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1957  TonB-dependent receptor, putative  22.26 
 
 		 638 aa  77.4  0.0000000000008  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0488183  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0089  TonB-dependent receptor, plug  26.77 
 
 		 707 aa  77  0.000000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4450  TonB-dependent receptor plug  26.77 
 
 		 767 aa  77  0.000000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4310  TonB-dependent receptor plug  26.77 
 
 		 737 aa  76.3  0.000000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4255  TonB-dependent receptor plug  26.77 
 
 		 749 aa  76.3  0.000000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4523  enterobactin receptor protein  24.9 
 
 		 663 aa  74.7  0.000000000005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4120  enterobactin receptor protein  25.5 
 
 		 666 aa  74.7  0.000000000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000897059  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4136  TonB-dependent receptor  21.71 
 
 		 772 aa  74.3  0.000000000007  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.163344  normal  0.377911 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4248  TonB-dependent receptor  21.71 
 
 		 772 aa  74.3  0.000000000007  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0219  enterobactin receptor protein  25.5 
 
 		 666 aa  73.9  0.000000000008  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0246836  normal  0.0975103 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0217  enterobactin receptor protein  25.5 
 
 		 666 aa  73.9  0.000000000008  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000171736  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4241  enterobactin receptor protein  25.5 
 
 		 666 aa  73.9  0.000000000008  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0112255  hitchhiker  0.000515179 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4626  TonB-dependent receptor  26.25 
 
 		 804 aa  73.2  0.00000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.22062  normal  0.899276 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3929  enterobactin receptor protein  25.3 
 
 		 663 aa  73.6  0.00000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.881798 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1486  TonB-dependent receptor, plug  36.79 
 
 		 677 aa  72.4  0.00000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.243313  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3676  TonB-dependent receptor, plug  26.45 
 
 		 735 aa  71.2  0.00000000006  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0565  TonB-dependent receptor  20.92 
 
 		 613 aa  70.9  0.00000000008  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.228454 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2675  TonB-dependent receptor  21.81 
 
 		 667 aa  69.7  0.0000000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0131  TonB-dependent receptor  28.96 
 
 		 695 aa  69.7  0.0000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0131  TonB-dependent receptor, plug  28.14 
 
 		 677 aa  69.7  0.0000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.184061  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0909  TonB-dependent siderophore receptor  24.92 
 
 		 794 aa  69.3  0.0000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.794253 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1260  TonB-dependent receptor  25.71 
 
 		 581 aa  69.3  0.0000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0454  TonB-dependent outer membrane receptor for cobalamin and Fe transport  20.03 
 
 		 646 aa  68.9  0.0000000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000108252  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1552  TonB-dependent receptor HmuR  25.81 
 
 		 646 aa  68.2  0.0000000004  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1506  TonB-dependent receptor  25.96 
 
 		 707 aa  68.2  0.0000000005  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1539  receptor, putative  21.42 
 
 		 639 aa  67.8  0.0000000006  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1271  TonB-dependent receptor plug  30.52 
 
 		 634 aa  67.4  0.0000000007  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.732381  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0256  ferric siderophore receptor  23.13 
 
 		 807 aa  67.4  0.0000000009  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.027165  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6723  TonB-dependent receptor  27.56 
 
 		 1128 aa  66.6  0.000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1445  TonB-dependent receptor, putative  22.91 
 
 		 593 aa  66.2  0.000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0784  TonB-dependent siderophore receptor, putative  21.67 
 
 		 656 aa  65.9  0.000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2310  TonB-dependent receptor  23.75 
 
 		 815 aa  65.9  0.000000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0084  TonB-dependent receptor, plug  25.54 
 
 		 671 aa  65.9  0.000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.380129  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1968  TonB-dependent receptor  23.46 
 
 		 828 aa  66.2  0.000000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3189  TonB-dependent receptor, plug  27.86 
 
 		 623 aa  65.9  0.000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2580  TonB-dependent receptor  23.64 
 
 		 836 aa  65.5  0.000000003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1803  ribosome-binding factor A  21.13 
 
 		 656 aa  65.1  0.000000004  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4020  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  20.75 
 
 		 615 aa  64.7  0.000000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000194494  normal  0.015002 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5290  TonB-dependent receptor plug  24.89 
 
 		 673 aa  64.7  0.000000006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4382  TonB-dependent receptor  22.55 
 
 		 635 aa  63.9  0.000000008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.429499  normal  0.246253 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1925  TonB-dependent receptor  27.23 
 
 		 642 aa  63.9  0.000000009  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.55144  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4173  TonB-dependent receptor  34.15 
 
 		 638 aa  63.5  0.00000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.422037  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0185  TonB-dependent hemoglobin/transferrin/lactoferrin family receptor  25.56 
 
 		 728 aa  63.5  0.00000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0848528 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3294  TonB-dependent receptor, plug  21.66 
 
 		 676 aa  63.5  0.00000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0812  TonB-dependent receptor plug  29.49 
 
 		 659 aa  63.9  0.00000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.183722  normal  0.24775 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0870  TonB-dependent receptor  25.38 
 
 		 784 aa  63.5  0.00000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2308  TonB-dependent siderophore receptor  22.3 
 
 		 693 aa  62.4  0.00000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  decreased coverage  0.00270239  normal  0.034674 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1561  TonB-dependent receptor plug  26.92 
 
 		 681 aa  62.8  0.00000002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  unclonable  0.00000105774  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2678  enterobactin receptor protein  23.2 
 
 		 653 aa  62.8  0.00000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1537  TonB-dependent receptor  21.92 
 
 		 593 aa  62.8  0.00000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.00891985  normal  0.735799 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5855  TonB-dependent receptor  34.55 
 
 		 642 aa  62.4  0.00000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.699256  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0562  TonB-dependent receptor  22.52 
 
 		 634 aa  62.4  0.00000003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.222662 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1115  TonB-dependent receptor  25.55 
 
 		 705 aa  62.4  0.00000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4347  TonB-dependent receptor  33.93 
 
 		 642 aa  62  0.00000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3500  TonB-dependent receptor  24.86 
 
 		 699 aa  62  0.00000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3916  TonB-dependent receptor  34.55 
 
 		 642 aa  62  0.00000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3220  putative outer membrane receptor  24.05 
 
 		 665 aa  62.4  0.00000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00190191 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4414  TonB-dependent receptor plug  22.3 
 
 		 639 aa  62.4  0.00000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3886  TonB-dependent receptor  33.93 
 
 		 642 aa  62  0.00000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.322303 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4452  TonB-dependent receptor  34.55 
 
 		 642 aa  62  0.00000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00261  phosphatidylglycerophosphatase  30 
 
 		 617 aa  61.6  0.00000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>