More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_1983 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_1983  TonB-dependent receptor  100 
 
 		 727 aa  1494    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.454223  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2482  TonB-dependent receptor  80.25 
 
 		 728 aa  1233    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.318128 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2970  TonB-dependent receptor  45.21 
 
 		 718 aa  627  1e-178  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.222916  normal  0.415846 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3366  TonB-dependent receptor  43.94 
 
 		 708 aa  575  1.0000000000000001e-163  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0941  TonB-dependent receptor  41.76 
 
 		 716 aa  560  1e-158  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3697  TonB-dependent receptor  40.83 
 
 		 731 aa  549  1e-155  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.850493  normal  1 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5501  TonB-dependent receptor  40.83 
 
 		 731 aa  549  1e-155  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1191  TonB-dependent receptor  40 
 
 		 744 aa  504  1e-141  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.601925 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1171  TonB-dependent receptor  36.25 
 
 		 697 aa  455  1.0000000000000001e-126  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3220  TonB-dependent receptor  34.44 
 
 		 654 aa  407  1.0000000000000001e-112  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3699  TonB-dependent receptor  31.95 
 
 		 685 aa  363  5.0000000000000005e-99  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1481  TonB-dependent receptor  31.76 
 
 		 674 aa  352  1e-95  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0173398  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1472  TonB-dependent receptor  31.29 
 
 		 683 aa  350  6e-95  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.907424  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0151  ferrienterochelin/colicin outer membrane receptor  31.84 
 
 		 675 aa  348  1e-94  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1989  TonB-dependent receptor  30.79 
 
 		 675 aa  328  2.0000000000000001e-88  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  unclonable  0.0000000419445  normal  0.710455 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0604  TonB-dependent outer membrane receptor  30 
 
 		 682 aa  323  9.999999999999999e-87  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5341  TonB-dependent receptor  28.96 
 
 		 657 aa  311  4e-83  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0444  TonB-dependent receptor  31.1 
 
 		 667 aa  310  5e-83  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_52120  TonB-dependent receptor  28.77 
 
 		 668 aa  285  1.0000000000000001e-75  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.618776  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0252  TonB-dependent receptor  29.3 
 
 		 663 aa  262  1e-68  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.945527  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1549  TonB-dependent receptor  28.04 
 
 		 656 aa  259  8e-68  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.751142  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4645  TonB-dependent receptor  27.94 
 
 		 693 aa  253  8.000000000000001e-66  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000318415 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1952  TonB-dependent receptor  27.68 
 
 		 656 aa  248  3e-64  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.446334  normal  0.0364758 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1516  TonB-dependent receptor  25.15 
 
 		 690 aa  193  1e-47  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.18651  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0195  ferrienterochelin/colicin outer membrane receptor  23.14 
 
 		 653 aa  147  9e-34  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  8.28696e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1541  TonB-dependent receptor  24.32 
 
 		 665 aa  146  1e-33  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  0.000000885863  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3531  TonB-dependent receptor plug  20.32 
 
 		 678 aa  106  1e-21  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0790413  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1473  TonB-dependent receptor  20.72 
 
 		 669 aa  98.2  5e-19  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00220648 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3503  enterobactin receptor protein  23.72 
 
 		 666 aa  96.7  1e-18  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.00217636  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4120  enterobactin receptor protein  23.34 
 
 		 666 aa  95.9  2e-18  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000897059  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0217  enterobactin receptor protein  23.18 
 
 		 666 aa  95.1  4e-18  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000171736  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0219  enterobactin receptor protein  23.18 
 
 		 666 aa  95.1  4e-18  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0246836  normal  0.0975103 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4241  enterobactin receptor protein  23.18 
 
 		 666 aa  95.1  4e-18  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0112255  hitchhiker  0.000515179 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2550  TonB-dependent receptor plug  22.93 
 
 		 775 aa  87  0.000000000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.182788  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4523  enterobactin receptor protein  23.58 
 
 		 663 aa  85.9  0.000000000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2397  TonB-dependent receptor  27.04 
 
 		 651 aa  84  0.00000000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  5.84598e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3929  enterobactin receptor protein  25.72 
 
 		 663 aa  82  0.00000000000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.881798 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4382  TonB-dependent receptor  27.76 
 
 		 635 aa  70.1  0.0000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.429499  normal  0.246253 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01534  ferrienterochelin/colicin outer membrane receptor  29.69 
 
 		 647 aa  67.4  0.0000000009  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6077  TonB-dependent receptor plug  24.77 
 
 		 656 aa  65.9  0.000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.762724  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4255  TonB-dependent receptor plug  30.51 
 
 		 749 aa  66.2  0.000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3867  TonB-dependent receptor, plug  29.71 
 
 		 729 aa  66.6  0.000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3960  TonB-dependent receptor, plug  29.71 
 
 		 741 aa  66.6  0.000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4310  TonB-dependent receptor plug  30.17 
 
 		 737 aa  65.9  0.000000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1978  TonB-dependent receptor plug  22.59 
 
 		 663 aa  65.5  0.000000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.500779  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4450  TonB-dependent receptor plug  30.29 
 
 		 767 aa  65.1  0.000000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0089  TonB-dependent receptor, plug  30.29 
 
 		 707 aa  65.1  0.000000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3807  TonB-dependent receptor plug  26.39 
 
 		 655 aa  64.7  0.000000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3500  TonB-dependent receptor  34.21 
 
 		 699 aa  63.9  0.000000009  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5290  TonB-dependent receptor plug  30.06 
 
 		 673 aa  63.5  0.00000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5676  TonB-dependent receptor plug  27.98 
 
 		 662 aa  62.8  0.00000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3494  TonB-dependent receptor  20.25 
 
 		 715 aa  63.2  0.00000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4136  TonB-dependent receptor  25.89 
 
 		 772 aa  62  0.00000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.163344  normal  0.377911 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4248  TonB-dependent receptor  25.89 
 
 		 772 aa  62  0.00000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1957  TonB-dependent receptor, putative  26.9 
 
 		 638 aa  61.2  0.00000007  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0488183  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0131  TonB-dependent receptor  31.25 
 
 		 695 aa  61.2  0.00000007  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0084  TonB-dependent receptor, plug  25.94 
 
 		 671 aa  60.8  0.00000009  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.380129  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1486  TonB-dependent receptor, plug  31.48 
 
 		 677 aa  60.8  0.00000009  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.243313  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2276  TonB-dependent receptor  27.83 
 
 		 751 aa  60.8  0.00000009  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3189  TonB-dependent receptor, plug  30.65 
 
 		 623 aa  60.8  0.00000009  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6080  putative TonB-dependent receptor  24.23 
 
 		 690 aa  60.1  0.0000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.341343  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1282  TonB-dependent receptor  36.07 
 
 		 698 aa  59.7  0.0000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0870  TonB-dependent receptor  26.22 
 
 		 784 aa  59.3  0.0000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0525  B12 family TonB-dependent receptor  23.73 
 
 		 641 aa  59.3  0.0000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1271  TonB-dependent receptor plug  26.55 
 
 		 634 aa  58.9  0.0000003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.732381  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1382  TonB-dependent receptor  33.65 
 
 		 655 aa  58.9  0.0000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  decreased coverage  0.00890122  normal  0.0713693 
 
 
-
 
NC_004310  BR1347  iron compound TonB-dependent receptor, putative  25.13 
 
 		 620 aa  58.9  0.0000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01404  hypothetical protein  30.48 
 
 		 640 aa  58.9  0.0000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2165  TonB-dependent vitamin B12 receptor  29.03 
 
 		 616 aa  58.9  0.0000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02166  TonB-dependent outer membrane Receptor  30.86 
 
 		 619 aa  58.9  0.0000003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1012  TonB-dependent receptor  27.78 
 
 		 626 aa  58.9  0.0000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0131  TonB-dependent receptor, plug  27.78 
 
 		 677 aa  58.5  0.0000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.184061  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1096  TonB-dependent receptor  27.78 
 
 		 626 aa  58.5  0.0000004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0532  hypothetical protein  26.83 
 
 		 790 aa  58.5  0.0000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.203812  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1010  TonB-dependent receptor  26.83 
 
 		 790 aa  58.5  0.0000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0114301  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1476  TonB-dependent receptor  34.65 
 
 		 668 aa  58.5  0.0000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3206  TonB-dependent receptor plug  28.26 
 
 		 617 aa  58.2  0.0000005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.00965358  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3037  TonB-dependent receptor  27 
 
 		 778 aa  58.2  0.0000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.000978239  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1925  TonB-dependent receptor  29.55 
 
 		 642 aa  58.5  0.0000005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.55144  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1598  TonB-dependent receptor  26.89 
 
 		 778 aa  58.2  0.0000005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0220938  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2935  TonB-dependent receptor  27 
 
 		 778 aa  58.2  0.0000005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0458457  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00261  phosphatidylglycerophosphatase  24.12 
 
 		 617 aa  58.2  0.0000005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2999  TonB-dependent receptor  27 
 
 		 778 aa  58.2  0.0000005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2514  TonB-dependent receptor  28.37 
 
 		 632 aa  58.5  0.0000005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0970  TonB-dependent receptor  26.83 
 
 		 786 aa  58.5  0.0000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.108903  normal  0.157986 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0565  TonB-dependent receptor  23.19 
 
 		 613 aa  58.2  0.0000005  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.228454 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0146  TonB-dependent receptor  27 
 
 		 778 aa  58.2  0.0000006  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.580852  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3340  TonB-dependent receptor, plug  34.02 
 
 		 613 aa  58.2  0.0000006  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0477  TonB-dependent receptor  27 
 
 		 778 aa  58.2  0.0000006  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.642633  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2630  TonB-dependent receptor  27 
 
 		 778 aa  58.2  0.0000006  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1000  TonB-dependent receptor  27 
 
 		 778 aa  58.2  0.0000006  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_3097  TonB-dependent receptor, plug  29.34 
 
 		 671 aa  57.8  0.0000007  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3556  TonB-dependent receptor plug  25.95 
 
 		 634 aa  57.8  0.0000007  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.0000211979  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2140  ferrichrome receptor precursor protein  33.9 
 
 		 740 aa  57.8  0.0000007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.262117  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1004  TonB-dependent receptor  32.41 
 
 		 618 aa  57.4  0.0000009  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0684927  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3735  TonB-dependent receptor plug  26.62 
 
 		 628 aa  56.6  0.000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.0000331916  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2388  TonB-dependent receptor  26.97 
 
 		 788 aa  57.4  0.000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1797  TonB-dependent receptor plug  33.08 
 
 		 647 aa  56.6  0.000001  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1826  TonB-dependent receptor  25.32 
 
 		 621 aa  57  0.000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.568285  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3676  TonB-dependent receptor, plug  23.22 
 
 		 735 aa  57.4  0.000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>