More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_3676 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_3676  TonB-dependent receptor, plug  100 
 
 		 735 aa  1474    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0131  TonB-dependent receptor, plug  64.86 
 
 		 677 aa  497  1e-139  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.184061  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3960  TonB-dependent receptor, plug  60.26 
 
 		 741 aa  471  1.0000000000000001e-131  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4255  TonB-dependent receptor plug  60.98 
 
 		 749 aa  463  1e-129  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3867  TonB-dependent receptor, plug  61.05 
 
 		 729 aa  462  1e-129  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4450  TonB-dependent receptor plug  60.7 
 
 		 767 aa  461  9.999999999999999e-129  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4310  TonB-dependent receptor plug  61.69 
 
 		 737 aa  457  1e-127  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0089  TonB-dependent receptor, plug  61.69 
 
 		 707 aa  459  1e-127  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4088  TonB-dependent receptor  50.27 
 
 		 650 aa  388  1e-106  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0094  TonB-dependent receptor  50.54 
 
 		 649 aa  385  1e-105  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0131  TonB-dependent receptor  50.68 
 
 		 695 aa  362  1e-98  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1541  TonB-dependent receptor  37.2 
 
 		 665 aa  202  3e-50  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  0.000000885863  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2397  TonB-dependent receptor  36.01 
 
 		 651 aa  188  3e-46  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  5.84598e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1473  TonB-dependent receptor  32.32 
 
 		 669 aa  171  4e-41  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00220648 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3500  TonB-dependent receptor  36 
 
 		 699 aa  139  1e-31  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3531  TonB-dependent receptor plug  28.75 
 
 		 678 aa  105  3e-21  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0790413  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0195  ferrienterochelin/colicin outer membrane receptor  26.76 
 
 		 653 aa  94.7  5e-18  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  8.28696e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0812  TonB-dependent receptor plug  34.41 
 
 		 659 aa  93.6  1e-17  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.183722  normal  0.24775 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1271  TonB-dependent receptor plug  32.76 
 
 		 634 aa  87.4  9e-16  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.732381  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3735  TonB-dependent receptor plug  32.81 
 
 		 628 aa  87.4  9e-16  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.0000331916  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1245  TonB-dependent receptor, plug  26.61 
 
 		 636 aa  83.2  0.00000000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.0339996 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1989  TonB-dependent receptor  25.13 
 
 		 675 aa  82.8  0.00000000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  unclonable  0.0000000419445  normal  0.710455 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2720  iron complex outermembrane recepter protein  33.94 
 
 		 631 aa  82  0.00000000000004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.83965  normal  0.415567 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3845  TonB-dependent receptor, plug  33.96 
 
 		 628 aa  81.6  0.00000000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.529618  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0576  TonB-dependent receptor plug  26.67 
 
 		 621 aa  81.6  0.00000000000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4967  TonB-dependent receptor  32.95 
 
 		 698 aa  80.5  0.00000000000009  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.655024  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0565  TonB-dependent receptor  29.91 
 
 		 613 aa  80.5  0.00000000000009  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.228454 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5290  TonB-dependent receptor plug  31.13 
 
 		 673 aa  80.5  0.0000000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1651  TonB-dependent receptor  30.58 
 
 		 648 aa  79  0.0000000000003  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.613844 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1925  TonB-dependent receptor  39.19 
 
 		 642 aa  79.3  0.0000000000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.55144  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1524  TonB-dependent receptor plug  36.07 
 
 		 605 aa  78.2  0.0000000000005  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0558  TonB-dependent receptor  26.1 
 
 		 657 aa  77.8  0.0000000000007  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0509  TonB-dependent outer membrane cobalamin receptor  29.3 
 
 		 614 aa  77  0.000000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.194967  normal  0.193806 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3556  TonB-dependent receptor plug  31.22 
 
 		 634 aa  76.6  0.000000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.0000211979  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0454  TonB-dependent outer membrane receptor for cobalamin and Fe transport  33.33 
 
 		 646 aa  76.6  0.000000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000108252  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0488  TonB-dependent receptor  31.64 
 
 		 682 aa  76.3  0.000000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0250  TonB-dependent receptor plug  30.62 
 
 		 597 aa  76.3  0.000000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0653  TonB-dependent receptor  34.93 
 
 		 675 aa  75.9  0.000000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3807  TonB-dependent receptor plug  31.02 
 
 		 655 aa  75.9  0.000000000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0743  outer membrane receptor FepA  34.46 
 
 		 751 aa  75.9  0.000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.100086  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0681  outer membrane receptor FepA  34.46 
 
 		 751 aa  75.5  0.000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.757968  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0883  ferric enterobactin receptor, putative  33.93 
 
 		 627 aa  75.1  0.000000000004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.277897  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_52120  TonB-dependent receptor  27.4 
 
 		 668 aa  75.1  0.000000000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.618776  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01404  hypothetical protein  26.25 
 
 		 640 aa  75.1  0.000000000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1513  TonB-dependent receptor  31.21 
 
 		 649 aa  75.1  0.000000000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.0000309269  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0252  TonB-dependent receptor  28 
 
 		 663 aa  74.7  0.000000000006  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.945527  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0444  TonB-dependent receptor  32.47 
 
 		 667 aa  74.7  0.000000000006  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4382  TonB-dependent receptor  32.18 
 
 		 635 aa  74.3  0.000000000008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.429499  normal  0.246253 
 
 
-
 
NC_010815  Glov_3667  TonB-dependent receptor plug  34.73 
 
 		 624 aa  73.9  0.000000000009  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0697  outer membrane receptor FepA  33.9 
 
 		 751 aa  73.9  0.000000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0624  outer membrane receptor FepA  33.9 
 
 		 751 aa  73.9  0.000000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1472  TonB-dependent receptor  23.51 
 
 		 683 aa  73.2  0.00000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.907424  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1368  TonB-dependent receptor  27.45 
 
 		 627 aa  73.6  0.00000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.249969  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3206  TonB-dependent receptor plug  27.38 
 
 		 617 aa  72.8  0.00000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.00965358  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3189  TonB-dependent receptor, plug  28.64 
 
 		 623 aa  72.8  0.00000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1115  TonB-dependent receptor  31.37 
 
 		 705 aa  72.8  0.00000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33130  TonB-dependent vitamin B12 receptor  33.16 
 
 		 1023 aa  73.2  0.00000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2242  outer membrane receptor FepA  30.16 
 
 		 744 aa  72  0.00000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.620188 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0638  outer membrane receptor FepA  33.33 
 
 		 751 aa  72.4  0.00000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2402  putative TonB dependent vitamin B12 outer membrane receptor  31.15 
 
 		 611 aa  72.4  0.00000000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1826  TonB-dependent receptor  36.77 
 
 		 621 aa  72.4  0.00000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.568285  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1628  TonB-dependent receptor, plug  25.89 
 
 		 680 aa  72.4  0.00000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.58484 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1838  TonB-dependent receptor, putative  30.41 
 
 		 839 aa  72  0.00000000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.000660835  normal  0.0669762 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2165  TonB-dependent vitamin B12 receptor  28.38 
 
 		 616 aa  72.4  0.00000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3340  TonB-dependent receptor, plug  28.18 
 
 		 613 aa  72.4  0.00000000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1537  TonB-dependent receptor  30.85 
 
 		 593 aa  72.4  0.00000000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.00891985  normal  0.735799 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0824  TonB-dependent receptor, plug  26.88 
 
 		 659 aa  71.6  0.00000000004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1716  outer membrane receptor FepA  30.46 
 
 		 746 aa  72  0.00000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3496  outer membrane receptor FepA  30.6 
 
 		 744 aa  71.6  0.00000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1559  TonB-dependent receptor plug  28.79 
 
 		 706 aa  71.2  0.00000000006  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  unclonable  0.00000264695  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2092  TonB-dependent receptor  31.41 
 
 		 670 aa  71.2  0.00000000006  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1065  TonB-dependent receptor  31.15 
 
 		 611 aa  71.2  0.00000000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.362217 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0604  TonB-dependent outer membrane receptor  30.52 
 
 		 682 aa  71.2  0.00000000006  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0198  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  32.69 
 
 		 631 aa  71.2  0.00000000007  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0194454  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1004  TonB-dependent receptor  26.07 
 
 		 618 aa  71.2  0.00000000007  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0684927  normal  1 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5676  TonB-dependent receptor plug  32.24 
 
 		 662 aa  71.2  0.00000000007  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2565  TonB-dependent receptor  30.93 
 
 		 843 aa  70.9  0.00000000008  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.0458531 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0609  TonB-dependent siderophore receptor  32.99 
 
 		 710 aa  70.9  0.00000000008  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2621  TonB-dependent receptor, plug  32.02 
 
 		 695 aa  70.9  0.00000000008  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0460  TonB-dependent receptor  29.59 
 
 		 648 aa  70.9  0.00000000009  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0969  outer membrane receptor for transport of vitamin B  27 
 
 		 645 aa  70.9  0.00000000009  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.01117 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0663  TonB-dependent receptor  28.92 
 
 		 652 aa  70.5  0.0000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.136044  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1952  TonB-dependent receptor  26.16 
 
 		 656 aa  70.5  0.0000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.446334  normal  0.0364758 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2970  TonB-dependent receptor protein  32.29 
 
 		 651 aa  70.1  0.0000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.140883  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2735  TonB-dependent receptor, plug  31.32 
 
 		 650 aa  70.5  0.0000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1549  TonB-dependent receptor  26.4 
 
 		 656 aa  70.5  0.0000000001  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.751142  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0084  TonB-dependent receptor, plug  38.36 
 
 		 671 aa  70.1  0.0000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.380129  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1110  TonB-dependent receptor  27.93 
 
 		 625 aa  70.1  0.0000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.00000459108  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2074  TonB-dependent receptor  31.38 
 
 		 836 aa  70.5  0.0000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1228  TonB-dependent receptor  37.32 
 
 		 623 aa  70.5  0.0000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.0002097  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1171  TonB-dependent receptor  31.07 
 
 		 697 aa  70.5  0.0000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01534  ferrienterochelin/colicin outer membrane receptor  32.14 
 
 		 647 aa  69.7  0.0000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1561  TonB-dependent receptor plug  31.28 
 
 		 681 aa  69.3  0.0000000002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  unclonable  0.00000105774  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1269  TonB-dependent receptor  32.97 
 
 		 710 aa  69.7  0.0000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3767  TonB-dependent receptor  28.92 
 
 		 653 aa  69.7  0.0000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4681  TonB-dependent receptor  38.76 
 
 		 704 aa  69.3  0.0000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0656736  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4787  TonB-dependent siderophore receptor  28.3 
 
 		 696 aa  69.7  0.0000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3783  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  29.68 
 
 		 615 aa  69.3  0.0000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.000781057  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2341  TonB-dependent receptor  31.25 
 
 		 764 aa  69.3  0.0000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3644  TonB-dependent receptor  28.92 
 
 		 653 aa  69.7  0.0000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.388894  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>