More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_0131 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_0131  TonB-dependent receptor, plug  100 
 
 		 677 aa  1385    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.184061  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4088  TonB-dependent receptor  52.36 
 
 		 650 aa  688    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0094  TonB-dependent receptor  52.51 
 
 		 649 aa  687    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3867  TonB-dependent receptor, plug  69.65 
 
 		 729 aa  538  1e-151  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3960  TonB-dependent receptor, plug  66.67 
 
 		 741 aa  537  1e-151  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0089  TonB-dependent receptor, plug  70.44 
 
 		 707 aa  534  1e-150  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4310  TonB-dependent receptor plug  70.44 
 
 		 737 aa  533  1e-150  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4450  TonB-dependent receptor plug  66.07 
 
 		 767 aa  531  1e-149  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4255  TonB-dependent receptor plug  66.07 
 
 		 749 aa  531  1e-149  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3676  TonB-dependent receptor, plug  67.15 
 
 		 735 aa  484  1e-135  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0131  TonB-dependent receptor  59.94 
 
 		 695 aa  427  1e-118  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2397  TonB-dependent receptor  33.38 
 
 		 651 aa  360  5e-98  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  5.84598e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1541  TonB-dependent receptor  32.18 
 
 		 665 aa  336  7e-91  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  0.000000885863  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1473  TonB-dependent receptor  29.29 
 
 		 669 aa  295  2e-78  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00220648 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3500  TonB-dependent receptor  29.06 
 
 		 699 aa  218  4e-55  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0195  ferrienterochelin/colicin outer membrane receptor  26.81 
 
 		 653 aa  182  2e-44  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  8.28696e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3531  TonB-dependent receptor plug  23.23 
 
 		 678 aa  140  6e-32  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0790413  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0565  TonB-dependent receptor  24.46 
 
 		 613 aa  127  5e-28  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.228454 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3220  TonB-dependent receptor  25.71 
 
 		 654 aa  126  1e-27  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_52120  TonB-dependent receptor  24.45 
 
 		 668 aa  123  9.999999999999999e-27  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.618776  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3189  TonB-dependent receptor, plug  25.55 
 
 		 623 aa  119  1.9999999999999998e-25  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1549  TonB-dependent receptor  21.69 
 
 		 656 aa  112  2.0000000000000002e-23  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.751142  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0151  ferrienterochelin/colicin outer membrane receptor  21.4 
 
 		 675 aa  109  2e-22  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0192  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  24.13 
 
 		 631 aa  108  3e-22  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.051851  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1171  TonB-dependent receptor  22.85 
 
 		 697 aa  105  3e-21  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3783  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  24.6 
 
 		 615 aa  105  3e-21  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.000781057  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0444  TonB-dependent receptor  23.84 
 
 		 667 aa  104  5e-21  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4020  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  23.77 
 
 		 615 aa  102  2e-20  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000194494  normal  0.015002 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0252  TonB-dependent receptor  21.54 
 
 		 663 aa  102  2e-20  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.945527  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0198  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  24.03 
 
 		 631 aa  102  3e-20  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0194454  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4645  TonB-dependent receptor  21.17 
 
 		 693 aa  100  1e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000318415 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1012  TonB-dependent receptor  23.74 
 
 		 626 aa  98.6  3e-19  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0132  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  23.25 
 
 		 631 aa  99  3e-19  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.00107286  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1096  TonB-dependent receptor  23.74 
 
 		 626 aa  98.2  5e-19  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3366  TonB-dependent receptor  23.09 
 
 		 708 aa  97.4  7e-19  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1957  TonB-dependent receptor, putative  23.12 
 
 		 638 aa  96.7  1e-18  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0488183  n/a   
 
 
-
 
NC_010815  Glov_3667  TonB-dependent receptor plug  23.82 
 
 		 624 aa  96.3  1e-18  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1245  TonB-dependent receptor, plug  28.48 
 
 		 636 aa  95.9  2e-18  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.0339996 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5430  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  24.43 
 
 		 614 aa  95.5  3e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0043717  normal  0.0207602 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4413  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  24.14 
 
 		 614 aa  94.4  6e-18  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000903793  hitchhiker  0.00898611 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0142  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  24.56 
 
 		 630 aa  94  9e-18  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000593825  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4073  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  24.56 
 
 		 630 aa  94  9e-18  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000943492  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0560  TonB-dependent receptor, plug  23.36 
 
 		 623 aa  92.4  2e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1651  TonB-dependent receptor  24.14 
 
 		 648 aa  92.8  2e-17  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.613844 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5008  TonB-dependent receptor  23.32 
 
 		 627 aa  91.3  5e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.877838 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3697  TonB-dependent receptor  22.57 
 
 		 731 aa  90.5  9e-17  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.850493  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5290  TonB-dependent receptor plug  35.03 
 
 		 673 aa  90.5  1e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5501  TonB-dependent receptor  22.57 
 
 		 731 aa  90.1  1e-16  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0812  TonB-dependent receptor plug  35.26 
 
 		 659 aa  89.4  2e-16  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.183722  normal  0.24775 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1191  TonB-dependent receptor  22.13 
 
 		 744 aa  88.2  5e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.601925 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4462  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  23.19 
 
 		 614 aa  87  0.000000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0180001  hitchhiker  0.0000000000824718 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1952  TonB-dependent receptor  21.88 
 
 		 656 aa  86.7  0.000000000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.446334  normal  0.0364758 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1271  TonB-dependent receptor plug  30.23 
 
 		 634 aa  86.7  0.000000000000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.732381  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0941  TonB-dependent receptor  22.13 
 
 		 716 aa  85.5  0.000000000000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1065  TonB-dependent receptor  23.85 
 
 		 611 aa  85.5  0.000000000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.362217 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2547  TonB-dependent receptor plug  22.31 
 
 		 615 aa  84.7  0.000000000000006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.792273  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3735  TonB-dependent receptor plug  28.72 
 
 		 628 aa  84  0.000000000000008  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.0000331916  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3399  TonB-dependent receptor  23.71 
 
 		 727 aa  84  0.000000000000009  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.186836  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1481  TonB-dependent receptor  20.06 
 
 		 674 aa  82.4  0.00000000000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0173398  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0630  TonB-dependent receptor  23.67 
 
 		 727 aa  81.6  0.00000000000004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0349605  normal  0.294722 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1207  iron(III) dicitrate transport protein fecA  29.58 
 
 		 782 aa  81.6  0.00000000000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01534  ferrienterochelin/colicin outer membrane receptor  29.09 
 
 		 647 aa  81.3  0.00000000000005  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3845  TonB-dependent receptor, plug  29.91 
 
 		 628 aa  80.9  0.00000000000006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.529618  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1038  TonB-dependent siderophore receptor  29.68 
 
 		 782 aa  80.1  0.0000000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.85232 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2219  TonB-dependent receptor  31.14 
 
 		 692 aa  80.1  0.0000000000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1368  TonB-dependent receptor  32.45 
 
 		 627 aa  80.1  0.0000000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.249969  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0123  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  23.44 
 
 		 631 aa  80.1  0.0000000000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000105264  normal  0.11479 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1162  tonB-dependent vitamin B12 receptor  23.72 
 
 		 622 aa  79.3  0.0000000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6080  putative TonB-dependent receptor  32.4 
 
 		 690 aa  79  0.0000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.341343  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4967  TonB-dependent receptor  37.75 
 
 		 698 aa  79.7  0.0000000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.655024  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2092  TonB-dependent receptor  23.36 
 
 		 670 aa  79.3  0.0000000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1859  TonB-dependent receptor plug  31.1 
 
 		 686 aa  78.6  0.0000000000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.00000014407  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1524  TonB-dependent receptor plug  33.96 
 
 		 605 aa  79  0.0000000000003  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0509  TonB-dependent outer membrane cobalamin receptor  31.06 
 
 		 614 aa  79  0.0000000000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.194967  normal  0.193806 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2720  iron complex outermembrane recepter protein  33.17 
 
 		 631 aa  78.2  0.0000000000004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.83965  normal  0.415567 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0454  TonB-dependent outer membrane receptor for cobalamin and Fe transport  28.78 
 
 		 646 aa  78.2  0.0000000000004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000108252  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4770  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  34.88 
 
 		 623 aa  78.2  0.0000000000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000262019  normal  0.0314633 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3409  TonB-dependent receptor  34.95 
 
 		 698 aa  77.8  0.0000000000005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.19526  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1347  iron compound TonB-dependent receptor, putative  32.43 
 
 		 620 aa  78.2  0.0000000000005  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1306  putative iron compound TonB-dependent receptor  32.43 
 
 		 697 aa  78.2  0.0000000000005  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.986607  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3276  TonB-dependent receptor  34.95 
 
 		 698 aa  77.8  0.0000000000005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0938  TonB-dependent receptor  34.95 
 
 		 698 aa  77.8  0.0000000000005  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.00410623  normal  0.440689 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1803  ribosome-binding factor A  24.14 
 
 		 656 aa  78.2  0.0000000000005  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3206  TonB-dependent receptor plug  27.68 
 
 		 617 aa  77.8  0.0000000000007  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.00965358  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0745  TonB-dependent receptor, plug  29.96 
 
 		 758 aa  77.4  0.0000000000008  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3556  TonB-dependent receptor plug  33.17 
 
 		 634 aa  77.4  0.0000000000008  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.0000211979  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2621  TonB-dependent receptor, plug  28.02 
 
 		 695 aa  77  0.000000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0576  TonB-dependent receptor plug  26.74 
 
 		 621 aa  75.9  0.000000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0250  TonB-dependent receptor plug  34.9 
 
 		 597 aa  76.3  0.000000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2886  putative outer membrane associated TonB dependent receptor  28.64 
 
 		 618 aa  76.6  0.000000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0141972  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0084  TonB-dependent receptor, plug  36.91 
 
 		 671 aa  76.3  0.000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.380129  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1989  TonB-dependent receptor  24.07 
 
 		 675 aa  75.9  0.000000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  unclonable  0.0000000419445  normal  0.710455 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3695  outer membrane insertion C-terminal signal  29.54 
 
 		 758 aa  75.9  0.000000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.122908 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2165  TonB-dependent vitamin B12 receptor  26.92 
 
 		 616 aa  75.5  0.000000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7217  TonB-dependent receptor  28.71 
 
 		 707 aa  74.7  0.000000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3573  TonB-dependent receptor plug  29.41 
 
 		 758 aa  74.7  0.000000000006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0488  TonB-dependent receptor  29.63 
 
 		 682 aa  74.3  0.000000000006  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3505  outer membrane insertion C-terminal signal  29.54 
 
 		 758 aa  74.7  0.000000000006  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1513  TonB-dependent receptor  41.9 
 
 		 649 aa  74.7  0.000000000006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.0000309269  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2675  TonB-dependent receptor  28.31 
 
 		 667 aa  74.3  0.000000000006  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>