More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_A0488 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007643  Rru_A0488  TonB-dependent receptor  100 
 
 
682 aa  1361    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1368  TonB-dependent receptor  37.65 
 
 
627 aa  365  1e-99  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.249969  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4382  TonB-dependent receptor  34.83 
 
 
635 aa  309  1.0000000000000001e-82  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.429499  normal  0.246253 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2514  TonB-dependent receptor  34.46 
 
 
632 aa  290  9e-77  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0454  TonB-dependent outer membrane receptor for cobalamin and Fe transport  31.33 
 
 
646 aa  286  9e-76  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000108252  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1925  TonB-dependent receptor  30.12 
 
 
642 aa  263  8e-69  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.55144  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3556  TonB-dependent receptor plug  30.92 
 
 
634 aa  258  2e-67  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.0000211979  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5290  TonB-dependent receptor plug  31.88 
 
 
673 aa  253  1e-65  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3340  TonB-dependent receptor, plug  29.2 
 
 
613 aa  247  4.9999999999999997e-64  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03647  TonB-dependent receptor  30.02 
 
 
640 aa  244  3e-63  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00288042  n/a   
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5676  TonB-dependent receptor plug  31.84 
 
 
662 aa  244  3.9999999999999997e-63  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3189  TonB-dependent receptor, plug  28.96 
 
 
623 aa  228  3e-58  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3807  TonB-dependent receptor plug  32.46 
 
 
655 aa  227  4e-58  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6077  TonB-dependent receptor plug  30.76 
 
 
656 aa  226  9e-58  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.762724  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1957  TonB-dependent receptor, putative  29.72 
 
 
638 aa  226  1e-57  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0488183  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2621  TonB-dependent receptor, plug  28.62 
 
 
695 aa  225  2e-57  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6080  putative TonB-dependent receptor  29.3 
 
 
690 aa  224  4.9999999999999996e-57  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.341343  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2219  TonB-dependent receptor  29.47 
 
 
692 aa  220  5e-56  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2063  TonB-dependent receptor  28.08 
 
 
645 aa  216  9.999999999999999e-55  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.785465  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1271  TonB-dependent receptor plug  27.56 
 
 
634 aa  212  2e-53  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.732381  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2092  TonB-dependent receptor  30.87 
 
 
670 aa  207  5e-52  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6079  putative TonB-dependent receptor  29.4 
 
 
680 aa  207  7e-52  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0972806  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1065  TonB-dependent receptor  31.7 
 
 
611 aa  204  4e-51  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.362217 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0628  Outer membrane cobalamin receptor protein-like  27.87 
 
 
638 aa  203  9.999999999999999e-51  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000000288278  normal  0.81106 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2402  putative TonB dependent vitamin B12 outer membrane receptor  31.92 
 
 
611 aa  201  3.9999999999999996e-50  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2735  TonB-dependent receptor  29.83 
 
 
641 aa  201  3.9999999999999996e-50  Caulobacter sp. K31  Bacteria  decreased coverage  0.00964506  normal  0.0993289 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1110  TonB-dependent receptor  27.07 
 
 
625 aa  199  2.0000000000000003e-49  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.00000459108  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1004  TonB-dependent receptor  29.6 
 
 
618 aa  194  3e-48  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0684927  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1339  TonB-dependent receptor  26.83 
 
 
714 aa  190  5.999999999999999e-47  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.368228 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1186  TonB-dependent receptor  29.41 
 
 
634 aa  184  4.0000000000000006e-45  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.874956  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1382  TonB-dependent receptor  29.84 
 
 
655 aa  181  4e-44  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  decreased coverage  0.00890122  normal  0.0713693 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0812  TonB-dependent receptor plug  26.71 
 
 
659 aa  179  1e-43  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.183722  normal  0.24775 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0132  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  26.02 
 
 
631 aa  166  1.0000000000000001e-39  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.00107286  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2886  putative outer membrane associated TonB dependent receptor  26.99 
 
 
618 aa  165  3e-39  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0141972  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4483  TonB-dependent receptor  26.63 
 
 
737 aa  164  3e-39  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  unclonable  0.00000231942  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1459  TonB-dependent receptor  25.35 
 
 
647 aa  164  5.0000000000000005e-39  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.208108  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0963  TonB-dependent receptor  26.7 
 
 
614 aa  162  2e-38  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4459  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  28.22 
 
 
614 aa  161  4e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0519388  hitchhiker  0.0000109547 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4372  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  28.07 
 
 
614 aa  159  2e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0258695  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4462  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  28.22 
 
 
614 aa  159  2e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0180001  hitchhiker  0.0000000000824718 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4536  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  27.91 
 
 
614 aa  157  6e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.329693  hitchhiker  0.0000000267555 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4341  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  27.91 
 
 
614 aa  157  6e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.139999  normal  0.582372 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33130  TonB-dependent vitamin B12 receptor  28.44 
 
 
1023 aa  155  2.9999999999999998e-36  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0123  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  27.74 
 
 
631 aa  154  5e-36  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000105264  normal  0.11479 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47800  putative tonB-dependent receptor  29.24 
 
 
616 aa  153  8.999999999999999e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.173562  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4413  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  28.2 
 
 
614 aa  151  4e-35  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000903793  hitchhiker  0.00898611 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5430  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  28.42 
 
 
614 aa  150  6e-35  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0043717  normal  0.0207602 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4020  TonB-dependent vitamin B12 receptor  28.05 
 
 
614 aa  150  7e-35  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00348064  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4507  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  28.18 
 
 
614 aa  150  7e-35  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000315572  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4050  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  28.05 
 
 
614 aa  150  7e-35  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00780594  decreased coverage  0.000540594 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4200  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  28.18 
 
 
614 aa  149  1.0000000000000001e-34  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000101627  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0250  TonB-dependent receptor plug  27.39 
 
 
597 aa  149  2.0000000000000003e-34  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2368  TonB-dependent receptor, plug  28.02 
 
 
617 aa  149  2.0000000000000003e-34  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.848515  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0192  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  25.7 
 
 
631 aa  148  3e-34  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.051851  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0142  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  26.63 
 
 
630 aa  148  3e-34  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000593825  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4073  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  26.63 
 
 
630 aa  148  3e-34  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000943492  n/a   
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0509  TonB-dependent outer membrane cobalamin receptor  27.05 
 
 
614 aa  147  4.0000000000000006e-34  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.194967  normal  0.193806 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4770  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  26.11 
 
 
623 aa  147  4.0000000000000006e-34  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000262019  normal  0.0314633 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3845  TonB-dependent receptor, plug  27.32 
 
 
628 aa  148  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.529618  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3696  TonB-dependent receptor  27.71 
 
 
620 aa  148  4.0000000000000006e-34  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.405494  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0084  TonB-dependent receptor, plug  35.36 
 
 
671 aa  145  2e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.380129  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1012  TonB-dependent receptor  27.62 
 
 
626 aa  146  2e-33  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1096  TonB-dependent receptor  27.85 
 
 
626 aa  145  2e-33  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0198  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  25.88 
 
 
631 aa  144  4e-33  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0194454  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4020  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  27.43 
 
 
615 aa  144  6e-33  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000194494  normal  0.015002 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1926  TonB-dependent receptor  25.28 
 
 
627 aa  143  9.999999999999999e-33  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.201933  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4119  TonB-dependent vitamin B12 receptor  28.89 
 
 
616 aa  142  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1826  TonB-dependent receptor  25.86 
 
 
621 aa  140  7e-32  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.568285  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1537  TonB-dependent receptor  28.98 
 
 
593 aa  140  7.999999999999999e-32  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.00891985  normal  0.735799 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0122  TonB-dependent receptor  25.42 
 
 
624 aa  140  8.999999999999999e-32  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3757  TonB-dependent receptor plug  27.97 
 
 
612 aa  139  2e-31  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0790  TonB-dependent receptor  25.83 
 
 
614 aa  139  2e-31  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.270148  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2789  TonB-dependent receptor  25.62 
 
 
698 aa  138  3.0000000000000003e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.973502 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3783  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  26.1 
 
 
615 aa  138  4e-31  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.000781057  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2547  TonB-dependent receptor plug  26.52 
 
 
615 aa  137  5e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.792273  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0571  TonB-dependent receptor plug  28.76 
 
 
628 aa  137  5e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.487741  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1347  iron compound TonB-dependent receptor, putative  25.35 
 
 
620 aa  137  7.000000000000001e-31  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4773  TonB-dependent receptor  28.12 
 
 
624 aa  137  8e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.386912  normal  0.53176 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1306  putative iron compound TonB-dependent receptor  24.61 
 
 
697 aa  137  9e-31  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.986607  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2342  TonB-dependent receptor  25.93 
 
 
611 aa  136  9.999999999999999e-31  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.499314  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2165  TonB-dependent vitamin B12 receptor  26.64 
 
 
616 aa  135  1.9999999999999998e-30  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1502  TonB-dependent receptor  26.77 
 
 
613 aa  135  1.9999999999999998e-30  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0461  TonB-dependent vitamin B12 receptor  26.71 
 
 
613 aa  135  1.9999999999999998e-30  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00224002  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0654  TonB-dependent receptor  25.63 
 
 
638 aa  134  5e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.561107  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002156  outer membrane vitamin B12 receptor BtuB  25.63 
 
 
611 aa  132  2.0000000000000002e-29  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000122091  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0521  TonB-dependent receptor  24.88 
 
 
617 aa  131  4.0000000000000003e-29  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2815  TonB-dependent receptor  28.08 
 
 
619 aa  128  3e-28  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.186668  normal  0.478128 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1651  TonB-dependent receptor  25.04 
 
 
648 aa  127  7e-28  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal  0.613844 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3206  TonB-dependent receptor plug  26.72 
 
 
617 aa  127  1e-27  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.00965358  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2648  TonB-dependent receptor  26.96 
 
 
602 aa  124  4e-27  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3929  enterobactin receptor protein  24.56 
 
 
663 aa  124  6e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.881798 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1162  tonB-dependent vitamin B12 receptor  24.64 
 
 
622 aa  123  9.999999999999999e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5008  TonB-dependent receptor  25.04 
 
 
627 aa  123  9.999999999999999e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.877838 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2209  TonB-dependent receptor  25.94 
 
 
624 aa  121  3e-26  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.400233 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0934  putative outer membrane receptor  25.44 
 
 
655 aa  122  3e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.969279  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_07860  TonB-dependent vitamin B12 receptor  26.08 
 
 
630 aa  121  3.9999999999999996e-26  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.239557  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1628  TonB-dependent receptor, plug  26.48 
 
 
680 aa  121  3.9999999999999996e-26  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.58484 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4523  enterobactin receptor protein  23.93 
 
 
663 aa  120  7.999999999999999e-26  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3735  TonB-dependent receptor plug  26.57 
 
 
628 aa  119  1.9999999999999998e-25  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.0000331916  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2756  colicin I receptor  24.14 
 
 
656 aa  119  1.9999999999999998e-25  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.35711  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>