More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_2720 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007404  Tbd_2720  iron complex outermembrane recepter protein  100 
 
 		 631 aa  1277    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.83965  normal  0.415567 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47800  putative tonB-dependent receptor  38.63 
 
 		 616 aa  317  5e-85  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.173562  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02166  TonB-dependent outer membrane Receptor  36.27 
 
 		 619 aa  307  3e-82  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4119  TonB-dependent vitamin B12 receptor  38.4 
 
 		 616 aa  297  4e-79  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3845  TonB-dependent receptor, plug  34.89 
 
 		 628 aa  296  5e-79  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.529618  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2815  TonB-dependent receptor  35.96 
 
 		 619 aa  293  7e-78  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.186668  normal  0.478128 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33130  TonB-dependent vitamin B12 receptor  34.54 
 
 		 1023 aa  287  5e-76  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0790  TonB-dependent receptor  34.08 
 
 		 614 aa  285  2.0000000000000002e-75  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.270148  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3757  TonB-dependent receptor plug  34.3 
 
 		 612 aa  275  2.0000000000000002e-72  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0571  TonB-dependent receptor plug  32.91 
 
 		 628 aa  265  2e-69  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.487741  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1926  TonB-dependent receptor  33.28 
 
 		 627 aa  263  6.999999999999999e-69  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.201933  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0461  TonB-dependent vitamin B12 receptor  32.64 
 
 		 613 aa  260  6e-68  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00224002  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0525  B12 family TonB-dependent receptor  33 
 
 		 641 aa  259  8e-68  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0578  TonB-dependent receptor plug  32.01 
 
 		 627 aa  259  1e-67  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5008  TonB-dependent receptor  31.52 
 
 		 627 aa  256  9e-67  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.877838 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2667  TonB-dependent receptor  31.37 
 
 		 627 aa  253  6e-66  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0986558  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2648  TonB-dependent receptor  34.27 
 
 		 602 aa  253  7e-66  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2209  TonB-dependent receptor  30.43 
 
 		 624 aa  245  1.9999999999999999e-63  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.400233 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0560  TonB-dependent receptor, plug  31.12 
 
 		 623 aa  239  9e-62  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0654  TonB-dependent receptor  30.93 
 
 		 638 aa  239  1e-61  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.561107  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1502  TonB-dependent receptor  31.73 
 
 		 613 aa  237  4e-61  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2165  TonB-dependent vitamin B12 receptor  30.28 
 
 		 616 aa  237  6e-61  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0273  TonB-dependent receptor  32.48 
 
 		 602 aa  236  7e-61  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0292443  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0122  TonB-dependent receptor  30.28 
 
 		 624 aa  235  2.0000000000000002e-60  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0250  TonB-dependent receptor plug  30.27 
 
 		 597 aa  230  8e-59  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3206  TonB-dependent receptor plug  28.88 
 
 		 617 aa  227  5.0000000000000005e-58  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.00965358  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2400  outer membrane receptor protein  30.74 
 
 		 621 aa  225  2e-57  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.901841 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4773  TonB-dependent receptor  31.66 
 
 		 624 aa  225  2e-57  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.386912  normal  0.53176 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0521  TonB-dependent receptor  30.4 
 
 		 617 aa  221  3.9999999999999997e-56  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_07860  TonB-dependent vitamin B12 receptor  30.08 
 
 		 630 aa  221  3.9999999999999997e-56  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.239557  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1162  tonB-dependent vitamin B12 receptor  30.15 
 
 		 622 aa  220  6e-56  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3735  TonB-dependent receptor plug  29.5 
 
 		 628 aa  220  7e-56  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.0000331916  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0969  outer membrane receptor for transport of vitamin B  29.28 
 
 		 645 aa  217  5e-55  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.01117 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0509  TonB-dependent outer membrane cobalamin receptor  31.6 
 
 		 614 aa  216  9e-55  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.194967  normal  0.193806 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2789  TonB-dependent receptor  29.66 
 
 		 698 aa  216  9.999999999999999e-55  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.973502 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1537  TonB-dependent receptor  31.35 
 
 		 593 aa  213  1e-53  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.00891985  normal  0.735799 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2368  TonB-dependent receptor, plug  30.95 
 
 		 617 aa  211  3e-53  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.848515  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2547  TonB-dependent receptor plug  29.98 
 
 		 615 aa  211  4e-53  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.792273  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1347  iron compound TonB-dependent receptor, putative  28.57 
 
 		 620 aa  210  7e-53  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1447  TonB-dependent receptor  29.7 
 
 		 632 aa  208  3e-52  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1306  putative iron compound TonB-dependent receptor  28.57 
 
 		 697 aa  205  2e-51  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.986607  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002156  outer membrane vitamin B12 receptor BtuB  28.59 
 
 		 611 aa  201  3e-50  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000122091  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1639  putative TonB-dependent vitamin B12 receptor BtuB  29.86 
 
 		 685 aa  201  3.9999999999999996e-50  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.18341  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2327  putative TonB-dependent vitamin B12 receptor BtuB  29.86 
 
 		 685 aa  201  3.9999999999999996e-50  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.52571  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2959  putative TonB-dependent vitamin B12 receptor BtuB  29.86 
 
 		 685 aa  201  3.9999999999999996e-50  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0685  vitamin B12 receptor BtuB, putative  29.86 
 
 		 685 aa  200  7e-50  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.174842  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1187  outer membrane receptor for transport of vitamin B  29.57 
 
 		 821 aa  198  3e-49  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.096047  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1012  TonB-dependent receptor  29.19 
 
 		 626 aa  197  3e-49  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1028  putative TonB-dependent vitamin B12 receptor BtuB  29.53 
 
 		 685 aa  198  3e-49  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.15146  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1035  putative TonB-dependent vitamin B12 receptor BtuB  29.37 
 
 		 685 aa  197  4.0000000000000005e-49  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.127064  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1096  TonB-dependent receptor  29.03 
 
 		 626 aa  197  6e-49  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0834  vitamin B12 receptor BtuB, putative  28.87 
 
 		 680 aa  195  2e-48  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.162621  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3730  TonB-dependent receptor  30.35 
 
 		 637 aa  194  3e-48  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0159073  normal  0.0113192 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1826  TonB-dependent receptor  27.89 
 
 		 621 aa  192  1e-47  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.568285  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3502  putative outer membrane cobalamin receptor, TonB dependent  26.09 
 
 		 623 aa  184  4.0000000000000006e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.86203  normal  0.929142 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00261  phosphatidylglycerophosphatase  27.26 
 
 		 617 aa  184  6e-45  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0198  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  27.81 
 
 		 631 aa  182  2e-44  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0194454  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2342  TonB-dependent receptor  27.9 
 
 		 611 aa  182  2e-44  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.499314  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0454  TonB-dependent outer membrane receptor for cobalamin and Fe transport  28.68 
 
 		 646 aa  181  2.9999999999999997e-44  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000108252  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0995  TonB-dependent receptor  26.32 
 
 		 629 aa  181  4.999999999999999e-44  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.864049  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1925  TonB-dependent receptor  28.42 
 
 		 642 aa  174  3.9999999999999995e-42  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.55144  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2886  putative outer membrane associated TonB dependent receptor  26.8 
 
 		 618 aa  173  6.999999999999999e-42  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0141972  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0192  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  27.6 
 
 		 631 aa  172  1e-41  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.051851  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1651  TonB-dependent receptor  25.16 
 
 		 648 aa  170  6e-41  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.613844 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3556  TonB-dependent receptor plug  27.52 
 
 		 634 aa  169  1e-40  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.0000211979  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0132  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  25.42 
 
 		 631 aa  168  2.9999999999999998e-40  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.00107286  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0123  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  26.09 
 
 		 631 aa  168  2.9999999999999998e-40  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000105264  normal  0.11479 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4020  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  26.65 
 
 		 615 aa  167  5e-40  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000194494  normal  0.015002 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3340  TonB-dependent receptor, plug  25.2 
 
 		 613 aa  166  1.0000000000000001e-39  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2213  TonB-dependent receptor plug  28.32 
 
 		 621 aa  165  3e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.604823  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5290  TonB-dependent receptor plug  28.32 
 
 		 673 aa  163  1e-38  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4459  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  26.51 
 
 		 614 aa  161  3e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0519388  hitchhiker  0.0000109547 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4341  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  26.36 
 
 		 614 aa  160  7e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.139999  normal  0.582372 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4372  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  26.36 
 
 		 614 aa  159  1e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0258695  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4462  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  26.36 
 
 		 614 aa  157  4e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0180001  hitchhiker  0.0000000000824718 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4413  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  26.64 
 
 		 614 aa  157  5.0000000000000005e-37  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000903793  hitchhiker  0.00898611 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4536  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  26.2 
 
 		 614 aa  157  5.0000000000000005e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.329693  hitchhiker  0.0000000267555 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4770  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  26.32 
 
 		 623 aa  157  8e-37  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000262019  normal  0.0314633 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3886  TonB-dependent receptor  26.76 
 
 		 642 aa  156  9e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.322303 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4020  TonB-dependent vitamin B12 receptor  26.49 
 
 		 614 aa  155  2e-36  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00348064  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4050  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  26.49 
 
 		 614 aa  155  2e-36  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00780594  decreased coverage  0.000540594 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3783  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  25.26 
 
 		 615 aa  155  2e-36  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.000781057  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4507  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  26.49 
 
 		 614 aa  155  2e-36  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000315572  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4173  TonB-dependent receptor  28.18 
 
 		 638 aa  155  2e-36  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.422037  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4347  TonB-dependent receptor  26.5 
 
 		 642 aa  155  2.9999999999999998e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4200  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  26.49 
 
 		 614 aa  154  2.9999999999999998e-36  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000101627  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5430  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  26.34 
 
 		 614 aa  152  2e-35  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0043717  normal  0.0207602 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3916  TonB-dependent receptor  27.4 
 
 		 642 aa  151  4e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4452  TonB-dependent receptor  27.4 
 
 		 642 aa  151  4e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5855  TonB-dependent receptor  27.4 
 
 		 642 aa  150  5e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.699256  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2621  TonB-dependent receptor, plug  26.4 
 
 		 695 aa  148  3e-34  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1485  TonB-dependent receptor  25.87 
 
 		 735 aa  147  5e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.22369 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1271  TonB-dependent receptor plug  26.93 
 
 		 634 aa  145  2e-33  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.732381  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1957  TonB-dependent receptor, putative  26.42 
 
 		 638 aa  142  9.999999999999999e-33  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0488183  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6080  putative TonB-dependent receptor  26.63 
 
 		 690 aa  142  9.999999999999999e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.341343  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6077  TonB-dependent receptor plug  26.44 
 
 		 656 aa  142  3e-32  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.762724  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3738  TonB-dependent receptor  28.19 
 
 		 665 aa  140  8.999999999999999e-32  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.430842  normal  0.0543439 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3696  TonB-dependent receptor  27.14 
 
 		 620 aa  136  9.999999999999999e-31  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.405494  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1339  TonB-dependent receptor  25.89 
 
 		 714 aa  135  1.9999999999999998e-30  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.368228 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2686  TonB-dependent receptor plug  27.93 
 
 		 650 aa  135  1.9999999999999998e-30  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.262602  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>