More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_5290 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_5290  TonB-dependent receptor plug  100 
 
 		 673 aa  1373    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0084  TonB-dependent receptor, plug  72.31 
 
 		 671 aa  986    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.380129  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2621  TonB-dependent receptor, plug  51.66 
 
 		 695 aa  612  9.999999999999999e-175  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6080  putative TonB-dependent receptor  51.11 
 
 		 690 aa  600  1e-170  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.341343  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2219  TonB-dependent receptor  49.68 
 
 		 692 aa  582  1.0000000000000001e-165  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6079  putative TonB-dependent receptor  47.51 
 
 		 680 aa  575  1.0000000000000001e-163  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0972806  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3807  TonB-dependent receptor plug  46.43 
 
 		 655 aa  553  1e-156  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5676  TonB-dependent receptor plug  45.16 
 
 		 662 aa  551  1e-155  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6077  TonB-dependent receptor plug  44.25 
 
 		 656 aa  513  1e-144  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.762724  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1339  TonB-dependent receptor  36.69 
 
 		 714 aa  396  1e-109  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.368228 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3556  TonB-dependent receptor plug  36.16 
 
 		 634 aa  373  1e-102  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.0000211979  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0454  TonB-dependent outer membrane receptor for cobalamin and Fe transport  34.74 
 
 		 646 aa  362  1e-98  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000108252  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1925  TonB-dependent receptor  34.41 
 
 		 642 aa  339  9.999999999999999e-92  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.55144  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1957  TonB-dependent receptor, putative  35.28 
 
 		 638 aa  328  1.0000000000000001e-88  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0488183  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1271  TonB-dependent receptor plug  32.29 
 
 		 634 aa  290  8e-77  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.732381  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0812  TonB-dependent receptor plug  31.9 
 
 		 659 aa  285  3.0000000000000004e-75  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.183722  normal  0.24775 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2092  TonB-dependent receptor  30.69 
 
 		 670 aa  278  3e-73  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0488  TonB-dependent receptor  31.91 
 
 		 682 aa  253  1e-65  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3189  TonB-dependent receptor, plug  30.78 
 
 		 623 aa  250  7e-65  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_3097  TonB-dependent receptor, plug  32.13 
 
 		 671 aa  245  1.9999999999999999e-63  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0628  Outer membrane cobalamin receptor protein-like  29.3 
 
 		 638 aa  241  2e-62  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000000288278  normal  0.81106 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3340  TonB-dependent receptor, plug  29.68 
 
 		 613 aa  241  2e-62  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1110  TonB-dependent receptor  29.67 
 
 		 625 aa  234  4.0000000000000004e-60  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.00000459108  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2735  TonB-dependent receptor  30.48 
 
 		 641 aa  233  1e-59  Caulobacter sp. K31  Bacteria  decreased coverage  0.00964506  normal  0.0993289 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1004  TonB-dependent receptor  30.01 
 
 		 618 aa  232  1e-59  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0684927  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2514  TonB-dependent receptor  29.03 
 
 		 632 aa  212  2e-53  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1186  TonB-dependent receptor  29.39 
 
 		 634 aa  208  2e-52  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.874956  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2063  TonB-dependent receptor  29.47 
 
 		 645 aa  208  2e-52  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.785465  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0790  TonB-dependent receptor  27.57 
 
 		 614 aa  203  7e-51  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.270148  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4462  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  28.98 
 
 		 614 aa  201  3e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0180001  hitchhiker  0.0000000000824718 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0123  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  30.12 
 
 		 631 aa  201  3.9999999999999996e-50  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000105264  normal  0.11479 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0132  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  28.46 
 
 		 631 aa  201  5e-50  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.00107286  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4372  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  29.44 
 
 		 614 aa  198  2.0000000000000003e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0258695  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4341  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  29.44 
 
 		 614 aa  199  2.0000000000000003e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.139999  normal  0.582372 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4020  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  29.24 
 
 		 615 aa  198  3e-49  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000194494  normal  0.015002 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3783  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  29.07 
 
 		 615 aa  197  6e-49  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.000781057  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4770  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  27.84 
 
 		 623 aa  197  7e-49  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000262019  normal  0.0314633 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4413  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  29.68 
 
 		 614 aa  197  7e-49  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000903793  hitchhiker  0.00898611 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4536  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  29.29 
 
 		 614 aa  197  7e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.329693  hitchhiker  0.0000000267555 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4459  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  29.29 
 
 		 614 aa  197  8.000000000000001e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0519388  hitchhiker  0.0000109547 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4020  TonB-dependent vitamin B12 receptor  29.53 
 
 		 614 aa  196  1e-48  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00348064  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4200  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  29.53 
 
 		 614 aa  196  1e-48  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000101627  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4507  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  29.53 
 
 		 614 aa  196  1e-48  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000315572  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4050  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  29.53 
 
 		 614 aa  196  1e-48  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00780594  decreased coverage  0.000540594 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5430  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  28.31 
 
 		 614 aa  195  2e-48  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0043717  normal  0.0207602 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1382  TonB-dependent receptor  27.98 
 
 		 655 aa  195  3e-48  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  decreased coverage  0.00890122  normal  0.0713693 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1926  TonB-dependent receptor  28.53 
 
 		 627 aa  191  5e-47  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.201933  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1368  TonB-dependent receptor  27.64 
 
 		 627 aa  189  1e-46  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.249969  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3696  TonB-dependent receptor  29.41 
 
 		 620 aa  189  2e-46  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.405494  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2815  TonB-dependent receptor  27.99 
 
 		 619 aa  186  1.0000000000000001e-45  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.186668  normal  0.478128 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2547  TonB-dependent receptor plug  26.82 
 
 		 615 aa  182  2e-44  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.792273  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1065  TonB-dependent receptor  28.57 
 
 		 611 aa  182  2e-44  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.362217 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0142  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  28.34 
 
 		 630 aa  181  4.999999999999999e-44  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000593825  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4073  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  28.34 
 
 		 630 aa  181  4.999999999999999e-44  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000943492  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2402  putative TonB dependent vitamin B12 outer membrane receptor  27.85 
 
 		 611 aa  176  9.999999999999999e-43  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3757  TonB-dependent receptor plug  29.06 
 
 		 612 aa  175  1.9999999999999998e-42  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0509  TonB-dependent outer membrane cobalamin receptor  26.88 
 
 		 614 aa  174  2.9999999999999996e-42  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.194967  normal  0.193806 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47800  putative tonB-dependent receptor  27.89 
 
 		 616 aa  173  7.999999999999999e-42  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.173562  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2368  TonB-dependent receptor, plug  27.26 
 
 		 617 aa  171  4e-41  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.848515  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4119  TonB-dependent vitamin B12 receptor  27.74 
 
 		 616 aa  170  9e-41  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5373  TonB-dependent outer-membrane transporter  24.89 
 
 		 661 aa  167  8e-40  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0456572  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1537  TonB-dependent receptor  26.32 
 
 		 593 aa  166  9e-40  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.00891985  normal  0.735799 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4483  TonB-dependent receptor  25 
 
 		 737 aa  166  2.0000000000000002e-39  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  unclonable  0.00000231942  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02166  TonB-dependent outer membrane Receptor  28.49 
 
 		 619 aa  164  5.0000000000000005e-39  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33130  TonB-dependent vitamin B12 receptor  26.4 
 
 		 1023 aa  163  9e-39  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1459  TonB-dependent receptor  25.63 
 
 		 647 aa  163  1e-38  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.208108  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1012  TonB-dependent receptor  28.09 
 
 		 626 aa  163  1e-38  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0250  TonB-dependent receptor plug  26.39 
 
 		 597 aa  163  1e-38  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4773  TonB-dependent receptor  26.98 
 
 		 624 aa  163  1e-38  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.386912  normal  0.53176 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1096  TonB-dependent receptor  27.94 
 
 		 626 aa  162  2e-38  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2720  iron complex outermembrane recepter protein  27.99 
 
 		 631 aa  161  3e-38  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.83965  normal  0.415567 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0834  vitamin B12 receptor BtuB, putative  28.86 
 
 		 680 aa  162  3e-38  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.162621  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1347  iron compound TonB-dependent receptor, putative  28.44 
 
 		 620 aa  161  4e-38  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0654  TonB-dependent receptor  28.32 
 
 		 638 aa  160  5e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.561107  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0461  TonB-dependent vitamin B12 receptor  26.98 
 
 		 613 aa  159  1e-37  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00224002  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0122  TonB-dependent receptor  27.26 
 
 		 624 aa  160  1e-37  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1306  putative iron compound TonB-dependent receptor  28.28 
 
 		 697 aa  158  3e-37  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.986607  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1502  TonB-dependent receptor  26.56 
 
 		 613 aa  158  4e-37  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3206  TonB-dependent receptor plug  26.16 
 
 		 617 aa  157  5.0000000000000005e-37  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.00965358  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0525  B12 family TonB-dependent receptor  26.85 
 
 		 641 aa  156  1e-36  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3735  TonB-dependent receptor plug  25.93 
 
 		 628 aa  156  1e-36  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.0000331916  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3886  TonB-dependent receptor  27.35 
 
 		 642 aa  156  1e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.322303 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4347  TonB-dependent receptor  27.77 
 
 		 642 aa  153  1e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2342  TonB-dependent receptor  27.94 
 
 		 611 aa  152  1e-35  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.499314  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5008  TonB-dependent receptor  26.97 
 
 		 627 aa  151  3e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.877838 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39650  putative TonB-dependent receptor  28.21 
 
 		 653 aa  150  5e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3730  TonB-dependent receptor  25.98 
 
 		 637 aa  150  8e-35  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0159073  normal  0.0113192 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1485  TonB-dependent receptor  27.36 
 
 		 735 aa  150  9e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.22369 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3845  TonB-dependent receptor, plug  25.49 
 
 		 628 aa  149  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.529618  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1826  TonB-dependent receptor  26.98 
 
 		 621 aa  147  4.0000000000000006e-34  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.568285  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1187  outer membrane receptor for transport of vitamin B  27.67 
 
 		 821 aa  148  4.0000000000000006e-34  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.096047  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03647  TonB-dependent receptor  26.77 
 
 		 640 aa  147  5e-34  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00288042  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1028  putative TonB-dependent vitamin B12 receptor BtuB  27.8 
 
 		 685 aa  146  1e-33  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.15146  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1639  putative TonB-dependent vitamin B12 receptor BtuB  27.03 
 
 		 685 aa  145  2e-33  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.18341  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2959  putative TonB-dependent vitamin B12 receptor BtuB  27.03 
 
 		 685 aa  145  2e-33  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1035  putative TonB-dependent vitamin B12 receptor BtuB  27.83 
 
 		 685 aa  145  2e-33  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.127064  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2327  putative TonB-dependent vitamin B12 receptor BtuB  27.03 
 
 		 685 aa  145  2e-33  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.52571  n/a   
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0159  TonB-dependent receptor  25.19 
 
 		 709 aa  145  3e-33  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2209  TonB-dependent receptor  26.32 
 
 		 624 aa  145  3e-33  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.400233 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2165  TonB-dependent vitamin B12 receptor  25 
 
 		 616 aa  145  3e-33  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>