More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_3886 on replicon NC_008391
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007511  Bcep18194_B1485  TonB-dependent receptor  89.41 
 
 		 735 aa  1180    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.22369 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4347  TonB-dependent receptor  97.2 
 
 		 642 aa  1260    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3916  TonB-dependent receptor  88.94 
 
 		 642 aa  1167    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4173  TonB-dependent receptor  85.2 
 
 		 638 aa  1109    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.422037  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3886  TonB-dependent receptor  100 
 
 		 642 aa  1296    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.322303 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4452  TonB-dependent receptor  88.94 
 
 		 642 aa  1167    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5855  TonB-dependent receptor  88.94 
 
 		 642 aa  1164    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.699256  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02166  TonB-dependent outer membrane Receptor  32.9 
 
 		 619 aa  240  5.999999999999999e-62  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47800  putative tonB-dependent receptor  30.59 
 
 		 616 aa  238  3e-61  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.173562  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4119  TonB-dependent vitamin B12 receptor  30.78 
 
 		 616 aa  234  4.0000000000000004e-60  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33130  TonB-dependent vitamin B12 receptor  30.83 
 
 		 1023 aa  234  4.0000000000000004e-60  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2648  TonB-dependent receptor  31.94 
 
 		 602 aa  231  2e-59  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0578  TonB-dependent receptor plug  29.68 
 
 		 627 aa  216  9.999999999999999e-55  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0790  TonB-dependent receptor  29.54 
 
 		 614 aa  216  9.999999999999999e-55  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.270148  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0571  TonB-dependent receptor plug  29.64 
 
 		 628 aa  214  5.999999999999999e-54  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.487741  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2815  TonB-dependent receptor  29.55 
 
 		 619 aa  209  1e-52  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.186668  normal  0.478128 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3845  TonB-dependent receptor, plug  28.31 
 
 		 628 aa  205  2e-51  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.529618  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2209  TonB-dependent receptor  28.24 
 
 		 624 aa  204  3e-51  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.400233 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4773  TonB-dependent receptor  30.98 
 
 		 624 aa  205  3e-51  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.386912  normal  0.53176 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1537  TonB-dependent receptor  31.45 
 
 		 593 aa  204  4e-51  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.00891985  normal  0.735799 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2667  TonB-dependent receptor  28.47 
 
 		 627 aa  200  6e-50  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0986558  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0521  TonB-dependent receptor  29.43 
 
 		 617 aa  198  2.0000000000000003e-49  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0461  TonB-dependent vitamin B12 receptor  28.59 
 
 		 613 aa  197  4.0000000000000005e-49  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00224002  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0654  TonB-dependent receptor  28.27 
 
 		 638 aa  197  7e-49  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.561107  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0995  TonB-dependent receptor  29.44 
 
 		 629 aa  192  1e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.864049  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3502  putative outer membrane cobalamin receptor, TonB dependent  29.7 
 
 		 623 aa  192  1e-47  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.86203  normal  0.929142 
 
 
-
 
NC_004310  BR1347  iron compound TonB-dependent receptor, putative  28.22 
 
 		 620 aa  192  2e-47  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1306  putative iron compound TonB-dependent receptor  28.06 
 
 		 697 aa  188  2e-46  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.986607  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2368  TonB-dependent receptor, plug  29.32 
 
 		 617 aa  184  3e-45  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.848515  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1502  TonB-dependent receptor  28.1 
 
 		 613 aa  182  2e-44  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1826  TonB-dependent receptor  27.61 
 
 		 621 aa  181  4e-44  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.568285  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0132  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  27.6 
 
 		 631 aa  179  1e-43  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.00107286  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2547  TonB-dependent receptor plug  27.99 
 
 		 615 aa  177  6e-43  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.792273  n/a   
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0509  TonB-dependent outer membrane cobalamin receptor  28.46 
 
 		 614 aa  177  6e-43  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.194967  normal  0.193806 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4507  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  28.73 
 
 		 614 aa  175  2.9999999999999996e-42  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000315572  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2165  TonB-dependent vitamin B12 receptor  25.87 
 
 		 616 aa  174  3.9999999999999995e-42  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0273  TonB-dependent receptor  27.06 
 
 		 602 aa  174  3.9999999999999995e-42  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0292443  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4200  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  28.57 
 
 		 614 aa  173  7.999999999999999e-42  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000101627  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2400  outer membrane receptor protein  27.42 
 
 		 621 aa  173  9e-42  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.901841 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4413  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  28.41 
 
 		 614 aa  172  1e-41  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000903793  hitchhiker  0.00898611 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3757  TonB-dependent receptor plug  28.89 
 
 		 612 aa  173  1e-41  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5430  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  28.57 
 
 		 614 aa  173  1e-41  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0043717  normal  0.0207602 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4020  TonB-dependent vitamin B12 receptor  28.41 
 
 		 614 aa  172  2e-41  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00348064  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4050  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  28.41 
 
 		 614 aa  172  2e-41  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00780594  decreased coverage  0.000540594 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3783  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  27.9 
 
 		 615 aa  172  2e-41  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.000781057  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1096  TonB-dependent receptor  28.47 
 
 		 626 aa  172  2e-41  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0192  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  29.02 
 
 		 631 aa  171  3e-41  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.051851  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1447  TonB-dependent receptor  27.04 
 
 		 632 aa  171  4e-41  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0250  TonB-dependent receptor plug  27.59 
 
 		 597 aa  170  6e-41  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1012  TonB-dependent receptor  28.47 
 
 		 626 aa  170  7e-41  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00261  phosphatidylglycerophosphatase  27.52 
 
 		 617 aa  169  1e-40  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4462  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  26.63 
 
 		 614 aa  165  2.0000000000000002e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0180001  hitchhiker  0.0000000000824718 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4372  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  26.63 
 
 		 614 aa  165  2.0000000000000002e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0258695  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4459  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  26.63 
 
 		 614 aa  165  2.0000000000000002e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0519388  hitchhiker  0.0000109547 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1162  tonB-dependent vitamin B12 receptor  25.04 
 
 		 622 aa  164  3e-39  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4536  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  26.63 
 
 		 614 aa  165  3e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.329693  hitchhiker  0.0000000267555 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4770  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  28.12 
 
 		 623 aa  164  4.0000000000000004e-39  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000262019  normal  0.0314633 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2342  TonB-dependent receptor  26.6 
 
 		 611 aa  164  6e-39  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.499314  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0123  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  28.24 
 
 		 631 aa  164  7e-39  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000105264  normal  0.11479 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_07860  TonB-dependent vitamin B12 receptor  26.66 
 
 		 630 aa  162  1e-38  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.239557  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4020  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  26.84 
 
 		 615 aa  160  6e-38  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000194494  normal  0.015002 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002156  outer membrane vitamin B12 receptor BtuB  25.23 
 
 		 611 aa  160  7e-38  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000122091  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3730  TonB-dependent receptor  27.74 
 
 		 637 aa  155  1e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0159073  normal  0.0113192 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5290  TonB-dependent receptor plug  27.9 
 
 		 673 aa  154  4e-36  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2720  iron complex outermembrane recepter protein  26.76 
 
 		 631 aa  153  1e-35  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.83965  normal  0.415567 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0454  TonB-dependent outer membrane receptor for cobalamin and Fe transport  25.88 
 
 		 646 aa  151  4e-35  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000108252  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2886  putative outer membrane associated TonB dependent receptor  25.3 
 
 		 618 aa  146  1e-33  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0141972  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4073  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  24.96 
 
 		 630 aa  145  3e-33  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000943492  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0142  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  24.96 
 
 		 630 aa  145  3e-33  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000593825  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2621  TonB-dependent receptor, plug  25.93 
 
 		 695 aa  140  6e-32  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1925  TonB-dependent receptor  25.6 
 
 		 642 aa  139  1e-31  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.55144  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0969  outer membrane receptor for transport of vitamin B  27.71 
 
 		 645 aa  138  3.0000000000000003e-31  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.01117 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1004  TonB-dependent receptor  27.41 
 
 		 618 aa  137  5e-31  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0684927  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1651  TonB-dependent receptor  24.89 
 
 		 648 aa  137  6.0000000000000005e-31  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.613844 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1957  TonB-dependent receptor, putative  23.34 
 
 		 638 aa  136  9.999999999999999e-31  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0488183  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1187  outer membrane receptor for transport of vitamin B  39.45 
 
 		 821 aa  134  3.9999999999999996e-30  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.096047  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1339  TonB-dependent receptor  24.82 
 
 		 714 aa  134  6e-30  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.368228 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2092  TonB-dependent receptor  26.51 
 
 		 670 aa  133  1.0000000000000001e-29  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1035  putative TonB-dependent vitamin B12 receptor BtuB  39.45 
 
 		 685 aa  133  1.0000000000000001e-29  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.127064  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1028  putative TonB-dependent vitamin B12 receptor BtuB  38.99 
 
 		 685 aa  132  3e-29  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.15146  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0834  vitamin B12 receptor BtuB, putative  38.53 
 
 		 680 aa  131  3e-29  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.162621  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0685  vitamin B12 receptor BtuB, putative  38.99 
 
 		 685 aa  131  4.0000000000000003e-29  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.174842  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1639  putative TonB-dependent vitamin B12 receptor BtuB  38.99 
 
 		 685 aa  131  4.0000000000000003e-29  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.18341  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2327  putative TonB-dependent vitamin B12 receptor BtuB  38.99 
 
 		 685 aa  131  4.0000000000000003e-29  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.52571  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2959  putative TonB-dependent vitamin B12 receptor BtuB  38.99 
 
 		 685 aa  131  4.0000000000000003e-29  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2735  TonB-dependent receptor  27.54 
 
 		 641 aa  130  6e-29  Caulobacter sp. K31  Bacteria  decreased coverage  0.00964506  normal  0.0993289 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5676  TonB-dependent receptor plug  26.82 
 
 		 662 aa  129  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0525  B12 family TonB-dependent receptor  36.68 
 
 		 641 aa  128  3e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6077  TonB-dependent receptor plug  26.86 
 
 		 656 aa  127  4.0000000000000003e-28  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.762724  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1459  TonB-dependent receptor  22.68 
 
 		 647 aa  126  1e-27  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.208108  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3807  TonB-dependent receptor plug  27.61 
 
 		 655 aa  126  1e-27  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0560  TonB-dependent receptor, plug  38.78 
 
 		 623 aa  125  2e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2789  TonB-dependent receptor  38.54 
 
 		 698 aa  125  2e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.973502 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2219  TonB-dependent receptor  25.08 
 
 		 692 aa  125  3e-27  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5008  TonB-dependent receptor  37.69 
 
 		 627 aa  124  4e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.877838 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0198  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  34.47 
 
 		 631 aa  122  9.999999999999999e-27  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0194454  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0565  TonB-dependent receptor  25.96 
 
 		 613 aa  118  3e-25  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.228454 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0488  TonB-dependent receptor  25.99 
 
 		 682 aa  115  2.0000000000000002e-24  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3206  TonB-dependent receptor plug  40.6 
 
 		 617 aa  113  1.0000000000000001e-23  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.00965358  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3735  TonB-dependent receptor plug  39.86 
 
 		 628 aa  110  1e-22  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.0000331916  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>