More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sala_1004 on replicon NC_008048
Organism: Sphingopyxis alaskensis RB2256



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008048  Sala_1004  TonB-dependent receptor  100 
 
 
618 aa  1229    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0684927  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3189  TonB-dependent receptor, plug  48.08 
 
 
623 aa  531  1e-149  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2735  TonB-dependent receptor  42.79 
 
 
641 aa  424  1e-117  Caulobacter sp. K31  Bacteria  decreased coverage  0.00964506  normal  0.0993289 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1186  TonB-dependent receptor  40.64 
 
 
634 aa  370  1e-101  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.874956  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3556  TonB-dependent receptor plug  33.65 
 
 
634 aa  316  9.999999999999999e-85  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.0000211979  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0454  TonB-dependent outer membrane receptor for cobalamin and Fe transport  31.16 
 
 
646 aa  288  2e-76  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000108252  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1957  TonB-dependent receptor, putative  30.13 
 
 
638 aa  263  4.999999999999999e-69  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0488183  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3340  TonB-dependent receptor, plug  31.58 
 
 
613 aa  262  2e-68  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2063  TonB-dependent receptor  32.97 
 
 
645 aa  258  3e-67  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.785465  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1925  TonB-dependent receptor  30.74 
 
 
642 aa  247  4.9999999999999997e-64  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.55144  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1110  TonB-dependent receptor  32.45 
 
 
625 aa  245  9.999999999999999e-64  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.00000459108  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1271  TonB-dependent receptor plug  31.39 
 
 
634 aa  244  3e-63  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.732381  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0084  TonB-dependent receptor, plug  30.51 
 
 
671 aa  231  3e-59  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.380129  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6080  putative TonB-dependent receptor  30 
 
 
690 aa  229  8e-59  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.341343  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5290  TonB-dependent receptor plug  29.74 
 
 
673 aa  224  3e-57  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2621  TonB-dependent receptor, plug  28.15 
 
 
695 aa  219  1e-55  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2219  TonB-dependent receptor  28.55 
 
 
692 aa  218  2.9999999999999998e-55  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5676  TonB-dependent receptor plug  30.02 
 
 
662 aa  214  2.9999999999999995e-54  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3807  TonB-dependent receptor plug  29.45 
 
 
655 aa  210  7e-53  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2514  TonB-dependent receptor  31.07 
 
 
632 aa  209  9e-53  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6077  TonB-dependent receptor plug  29.41 
 
 
656 aa  206  9e-52  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.762724  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4459  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  29.09 
 
 
614 aa  206  1e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0519388  hitchhiker  0.0000109547 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4372  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  29.09 
 
 
614 aa  204  3e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0258695  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4536  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  29.09 
 
 
614 aa  204  4e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.329693  hitchhiker  0.0000000267555 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4462  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  29.09 
 
 
614 aa  203  8e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0180001  hitchhiker  0.0000000000824718 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4341  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  28.93 
 
 
614 aa  202  9.999999999999999e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.139999  normal  0.582372 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0198  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  30.78 
 
 
631 aa  201  3e-50  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0194454  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2402  putative TonB dependent vitamin B12 outer membrane receptor  31.48 
 
 
611 aa  201  3e-50  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4507  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  28.14 
 
 
614 aa  201  3.9999999999999996e-50  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000315572  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4200  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  28.14 
 
 
614 aa  200  6e-50  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000101627  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5430  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  28.25 
 
 
614 aa  199  2.0000000000000003e-49  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0043717  normal  0.0207602 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4020  TonB-dependent vitamin B12 receptor  27.98 
 
 
614 aa  199  2.0000000000000003e-49  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00348064  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4050  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  27.98 
 
 
614 aa  199  2.0000000000000003e-49  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00780594  decreased coverage  0.000540594 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4413  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  28.14 
 
 
614 aa  198  2.0000000000000003e-49  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000903793  hitchhiker  0.00898611 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1065  TonB-dependent receptor  31.08 
 
 
611 aa  196  8.000000000000001e-49  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.362217 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0488  TonB-dependent receptor  30 
 
 
682 aa  194  3e-48  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6079  putative TonB-dependent receptor  27.93 
 
 
680 aa  193  6e-48  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0972806  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47800  putative tonB-dependent receptor  31.2 
 
 
616 aa  193  7e-48  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.173562  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0571  TonB-dependent receptor plug  30.89 
 
 
628 aa  193  8e-48  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.487741  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1382  TonB-dependent receptor  28.11 
 
 
655 aa  193  8e-48  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  decreased coverage  0.00890122  normal  0.0713693 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0628  Outer membrane cobalamin receptor protein-like  27.7 
 
 
638 aa  191  2e-47  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000000288278  normal  0.81106 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4020  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  29.27 
 
 
615 aa  191  2.9999999999999997e-47  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000194494  normal  0.015002 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2648  TonB-dependent receptor  29.11 
 
 
602 aa  190  8e-47  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0192  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  29.66 
 
 
631 aa  189  9e-47  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.051851  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4119  TonB-dependent vitamin B12 receptor  30.61 
 
 
616 aa  187  5e-46  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0123  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  28.59 
 
 
631 aa  186  1.0000000000000001e-45  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000105264  normal  0.11479 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2547  TonB-dependent receptor plug  29.4 
 
 
615 aa  184  3e-45  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.792273  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2368  TonB-dependent receptor, plug  31.03 
 
 
617 aa  184  3e-45  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.848515  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1368  TonB-dependent receptor  28.73 
 
 
627 aa  184  5.0000000000000004e-45  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.249969  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33130  TonB-dependent vitamin B12 receptor  29.53 
 
 
1023 aa  183  6e-45  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0132  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  28.04 
 
 
631 aa  183  1e-44  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.00107286  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4770  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  27.85 
 
 
623 aa  182  1e-44  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000262019  normal  0.0314633 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1459  TonB-dependent receptor  26.3 
 
 
647 aa  180  7e-44  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.208108  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2092  TonB-dependent receptor  27.69 
 
 
670 aa  179  1e-43  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3783  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  29.7 
 
 
615 aa  179  2e-43  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.000781057  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2209  TonB-dependent receptor  30.79 
 
 
624 aa  178  3e-43  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.400233 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3845  TonB-dependent receptor, plug  29.15 
 
 
628 aa  176  9.999999999999999e-43  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.529618  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0654  TonB-dependent receptor  27.72 
 
 
638 aa  175  2.9999999999999996e-42  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.561107  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1187  outer membrane receptor for transport of vitamin B  29.97 
 
 
821 aa  174  2.9999999999999996e-42  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.096047  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2959  putative TonB-dependent vitamin B12 receptor BtuB  29.97 
 
 
685 aa  174  3.9999999999999995e-42  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0560  TonB-dependent receptor, plug  31.34 
 
 
623 aa  174  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1639  putative TonB-dependent vitamin B12 receptor BtuB  29.97 
 
 
685 aa  174  3.9999999999999995e-42  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.18341  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1035  putative TonB-dependent vitamin B12 receptor BtuB  29.97 
 
 
685 aa  174  3.9999999999999995e-42  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.127064  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2327  putative TonB-dependent vitamin B12 receptor BtuB  29.97 
 
 
685 aa  174  3.9999999999999995e-42  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.52571  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4382  TonB-dependent receptor  29.19 
 
 
635 aa  174  5e-42  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.429499  normal  0.246253 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1028  putative TonB-dependent vitamin B12 receptor BtuB  30.13 
 
 
685 aa  174  5.999999999999999e-42  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.15146  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5008  TonB-dependent receptor  28.34 
 
 
627 aa  174  5.999999999999999e-42  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.877838 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2815  TonB-dependent receptor  29 
 
 
619 aa  174  5.999999999999999e-42  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.186668  normal  0.478128 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0685  vitamin B12 receptor BtuB, putative  29.97 
 
 
685 aa  173  1e-41  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.174842  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1096  TonB-dependent receptor  28.29 
 
 
626 aa  172  1e-41  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4073  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  27.41 
 
 
630 aa  172  2e-41  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000943492  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0142  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  27.41 
 
 
630 aa  172  2e-41  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000593825  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0812  TonB-dependent receptor plug  27.08 
 
 
659 aa  170  6e-41  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.183722  normal  0.24775 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3696  TonB-dependent receptor  29.26 
 
 
620 aa  170  6e-41  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.405494  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1012  TonB-dependent receptor  28.13 
 
 
626 aa  170  7e-41  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0790  TonB-dependent receptor  28.22 
 
 
614 aa  170  8e-41  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.270148  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02166  TonB-dependent outer membrane Receptor  30.02 
 
 
619 aa  170  9e-41  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0578  TonB-dependent receptor plug  28.05 
 
 
627 aa  169  1e-40  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4773  TonB-dependent receptor  29.69 
 
 
624 aa  169  1e-40  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.386912  normal  0.53176 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03647  TonB-dependent receptor  27.46 
 
 
640 aa  169  2e-40  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00288042  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1537  TonB-dependent receptor  29.34 
 
 
593 aa  168  2e-40  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.00891985  normal  0.735799 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0525  B12 family TonB-dependent receptor  28.5 
 
 
641 aa  167  8e-40  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2667  TonB-dependent receptor  29.87 
 
 
627 aa  167  8e-40  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0986558  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1502  TonB-dependent receptor  27.46 
 
 
613 aa  164  6e-39  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0509  TonB-dependent outer membrane cobalamin receptor  27.94 
 
 
614 aa  162  1e-38  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.194967  normal  0.193806 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2789  TonB-dependent receptor  27.61 
 
 
698 aa  161  3e-38  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.973502 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_07860  TonB-dependent vitamin B12 receptor  29.55 
 
 
630 aa  160  5e-38  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.239557  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1339  TonB-dependent receptor  24.52 
 
 
714 aa  160  5e-38  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.368228 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1859  TonB-dependent receptor plug  28.16 
 
 
686 aa  160  9e-38  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.00000014407  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2400  outer membrane receptor protein  29.7 
 
 
621 aa  159  1e-37  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.901841 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0834  vitamin B12 receptor BtuB, putative  28.41 
 
 
680 aa  159  1e-37  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.162621  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0995  TonB-dependent receptor  27.24 
 
 
629 aa  157  6e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.864049  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1539  receptor, putative  26.45 
 
 
639 aa  156  9e-37  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0461  TonB-dependent vitamin B12 receptor  28.57 
 
 
613 aa  155  2.9999999999999998e-36  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00224002  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3502  putative outer membrane cobalamin receptor, TonB dependent  27.36 
 
 
623 aa  153  1e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.86203  normal  0.929142 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1651  TonB-dependent receptor  27.17 
 
 
648 aa  149  2.0000000000000003e-34  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal  0.613844 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4483  TonB-dependent receptor  27.16 
 
 
737 aa  146  1e-33  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  unclonable  0.00000231942  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00261  phosphatidylglycerophosphatase  25.19 
 
 
617 aa  145  3e-33  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2213  TonB-dependent receptor plug  29.55 
 
 
621 aa  142  9.999999999999999e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.604823  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4347  TonB-dependent receptor  27.66 
 
 
642 aa  140  7e-32  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>