More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ping_3340 on replicon NC_008709
Organism: Psychromonas ingrahamii 37



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008709  Ping_3340  TonB-dependent receptor, plug  100 
 
 
613 aa  1258    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0454  TonB-dependent outer membrane receptor for cobalamin and Fe transport  35.09 
 
 
646 aa  343  4e-93  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000108252  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1925  TonB-dependent receptor  35.16 
 
 
642 aa  333  6e-90  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.55144  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3556  TonB-dependent receptor plug  33.91 
 
 
634 aa  305  1.0000000000000001e-81  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.0000211979  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3189  TonB-dependent receptor, plug  31.91 
 
 
623 aa  295  2e-78  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1957  TonB-dependent receptor, putative  31.87 
 
 
638 aa  274  3e-72  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0488183  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2621  TonB-dependent receptor, plug  31.69 
 
 
695 aa  273  7e-72  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1271  TonB-dependent receptor plug  31.39 
 
 
634 aa  267  4e-70  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.732381  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1004  TonB-dependent receptor  31.58 
 
 
618 aa  262  2e-68  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0684927  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6080  putative TonB-dependent receptor  29.97 
 
 
690 aa  257  5e-67  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.341343  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3807  TonB-dependent receptor plug  32.08 
 
 
655 aa  254  4.0000000000000004e-66  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2219  TonB-dependent receptor  29.59 
 
 
692 aa  252  1e-65  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0488  TonB-dependent receptor  29.2 
 
 
682 aa  247  4e-64  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2514  TonB-dependent receptor  28.14 
 
 
632 aa  243  1e-62  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6077  TonB-dependent receptor plug  29.95 
 
 
656 aa  240  5.999999999999999e-62  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.762724  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5290  TonB-dependent receptor plug  29.67 
 
 
673 aa  239  1e-61  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2735  TonB-dependent receptor  31.01 
 
 
641 aa  234  4.0000000000000004e-60  Caulobacter sp. K31  Bacteria  decreased coverage  0.00964506  normal  0.0993289 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0812  TonB-dependent receptor plug  31.43 
 
 
659 aa  233  8.000000000000001e-60  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.183722  normal  0.24775 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1368  TonB-dependent receptor  28.66 
 
 
627 aa  232  2e-59  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.249969  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1110  TonB-dependent receptor  28.22 
 
 
625 aa  227  5.0000000000000005e-58  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.00000459108  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6079  putative TonB-dependent receptor  28.18 
 
 
680 aa  225  2e-57  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0972806  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0084  TonB-dependent receptor, plug  30.45 
 
 
671 aa  224  3e-57  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.380129  normal 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5676  TonB-dependent receptor plug  28.27 
 
 
662 aa  224  4e-57  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1186  TonB-dependent receptor  28.02 
 
 
634 aa  218  2.9999999999999998e-55  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.874956  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2648  TonB-dependent receptor  26.82 
 
 
602 aa  211  4e-53  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0654  TonB-dependent receptor  28.64 
 
 
638 aa  211  4e-53  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.561107  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0628  Outer membrane cobalamin receptor protein-like  27.65 
 
 
638 aa  209  1e-52  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000000288278  normal  0.81106 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1459  TonB-dependent receptor  26.63 
 
 
647 aa  209  1e-52  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.208108  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2368  TonB-dependent receptor, plug  28.5 
 
 
617 aa  208  2e-52  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.848515  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2789  TonB-dependent receptor  27.94 
 
 
698 aa  204  3e-51  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.973502 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0790  TonB-dependent receptor  28.39 
 
 
614 aa  204  3e-51  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.270148  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0123  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  29.71 
 
 
631 aa  204  4e-51  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000105264  normal  0.11479 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0142  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  28.57 
 
 
630 aa  204  4e-51  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000593825  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4073  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  28.57 
 
 
630 aa  204  4e-51  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000943492  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2400  outer membrane receptor protein  28.97 
 
 
621 aa  201  3e-50  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.901841 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3783  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  27.88 
 
 
615 aa  201  3.9999999999999996e-50  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.000781057  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33130  TonB-dependent vitamin B12 receptor  29.15 
 
 
1023 aa  200  7e-50  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4462  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  27.85 
 
 
614 aa  198  2.0000000000000003e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0180001  hitchhiker  0.0000000000824718 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2209  TonB-dependent receptor  27.36 
 
 
624 aa  198  2.0000000000000003e-49  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.400233 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4372  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  27.85 
 
 
614 aa  198  2.0000000000000003e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0258695  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2667  TonB-dependent receptor  27.9 
 
 
627 aa  198  2.0000000000000003e-49  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0986558  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4459  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  28.33 
 
 
614 aa  198  3e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0519388  hitchhiker  0.0000109547 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1339  TonB-dependent receptor  26.57 
 
 
714 aa  198  3e-49  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.368228 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4536  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  27.69 
 
 
614 aa  197  6e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.329693  hitchhiker  0.0000000267555 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4341  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  27.69 
 
 
614 aa  197  6e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.139999  normal  0.582372 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3845  TonB-dependent receptor, plug  26.65 
 
 
628 aa  197  7e-49  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.529618  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47800  putative tonB-dependent receptor  28 
 
 
616 aa  196  7e-49  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.173562  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3206  TonB-dependent receptor plug  28.08 
 
 
617 aa  196  1e-48  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.00965358  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4119  TonB-dependent vitamin B12 receptor  28.09 
 
 
616 aa  196  2e-48  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5430  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  28.09 
 
 
614 aa  195  2e-48  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0043717  normal  0.0207602 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0132  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  26.44 
 
 
631 aa  194  3e-48  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.00107286  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1926  TonB-dependent receptor  27.05 
 
 
627 aa  194  4e-48  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.201933  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3696  TonB-dependent receptor  27.71 
 
 
620 aa  194  4e-48  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.405494  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4382  TonB-dependent receptor  27.5 
 
 
635 aa  194  4e-48  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.429499  normal  0.246253 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2547  TonB-dependent receptor plug  27.58 
 
 
615 aa  194  5e-48  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.792273  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2092  TonB-dependent receptor  26.22 
 
 
670 aa  193  6e-48  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1065  TonB-dependent receptor  26.56 
 
 
611 aa  193  7e-48  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.362217 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2402  putative TonB dependent vitamin B12 outer membrane receptor  26.23 
 
 
611 aa  193  7e-48  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2815  TonB-dependent receptor  27.82 
 
 
619 aa  193  7e-48  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.186668  normal  0.478128 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4770  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  28.41 
 
 
623 aa  192  1e-47  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000262019  normal  0.0314633 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2063  TonB-dependent receptor  28.37 
 
 
645 aa  192  1e-47  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.785465  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2342  TonB-dependent receptor  27.8 
 
 
611 aa  192  2e-47  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.499314  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0192  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  27.23 
 
 
631 aa  192  2e-47  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.051851  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4020  TonB-dependent vitamin B12 receptor  27.93 
 
 
614 aa  191  2.9999999999999997e-47  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00348064  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4200  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  27.93 
 
 
614 aa  191  2.9999999999999997e-47  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000101627  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4050  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  27.93 
 
 
614 aa  191  2.9999999999999997e-47  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00780594  decreased coverage  0.000540594 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4413  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  28.09 
 
 
614 aa  190  5e-47  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000903793  hitchhiker  0.00898611 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3735  TonB-dependent receptor plug  29.47 
 
 
628 aa  190  5e-47  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.0000331916  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4507  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  27.78 
 
 
614 aa  190  5.999999999999999e-47  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000315572  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2327  putative TonB-dependent vitamin B12 receptor BtuB  28.48 
 
 
685 aa  190  5.999999999999999e-47  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.52571  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1639  putative TonB-dependent vitamin B12 receptor BtuB  28.48 
 
 
685 aa  190  5.999999999999999e-47  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.18341  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2959  putative TonB-dependent vitamin B12 receptor BtuB  28.48 
 
 
685 aa  190  5.999999999999999e-47  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0685  vitamin B12 receptor BtuB, putative  28.48 
 
 
685 aa  189  1e-46  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.174842  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0834  vitamin B12 receptor BtuB, putative  29.04 
 
 
680 aa  189  1e-46  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.162621  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2886  putative outer membrane associated TonB dependent receptor  26.7 
 
 
618 aa  189  1e-46  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0141972  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1447  TonB-dependent receptor  28.43 
 
 
632 aa  188  2e-46  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0963  TonB-dependent receptor  26.91 
 
 
614 aa  188  3e-46  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1035  putative TonB-dependent vitamin B12 receptor BtuB  28.15 
 
 
685 aa  187  6e-46  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.127064  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1187  outer membrane receptor for transport of vitamin B  28.15 
 
 
821 aa  186  9e-46  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.096047  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1028  putative TonB-dependent vitamin B12 receptor BtuB  27.98 
 
 
685 aa  186  9e-46  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.15146  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0969  outer membrane receptor for transport of vitamin B  28.81 
 
 
645 aa  186  1.0000000000000001e-45  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.01117 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5008  TonB-dependent receptor  27.21 
 
 
627 aa  186  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.877838 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1502  TonB-dependent receptor  27.38 
 
 
613 aa  186  1.0000000000000001e-45  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0250  TonB-dependent receptor plug  27.11 
 
 
597 aa  185  2.0000000000000003e-45  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0122  TonB-dependent receptor  28.07 
 
 
624 aa  181  2.9999999999999997e-44  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0509  TonB-dependent outer membrane cobalamin receptor  27.84 
 
 
614 aa  181  2.9999999999999997e-44  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.194967  normal  0.193806 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0461  TonB-dependent vitamin B12 receptor  26.1 
 
 
613 aa  180  5.999999999999999e-44  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00224002  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_07860  TonB-dependent vitamin B12 receptor  25.73 
 
 
630 aa  179  1e-43  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.239557  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4020  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  26.64 
 
 
615 aa  176  1.9999999999999998e-42  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000194494  normal  0.015002 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3730  TonB-dependent receptor  27.91 
 
 
637 aa  174  2.9999999999999996e-42  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0159073  normal  0.0113192 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002156  outer membrane vitamin B12 receptor BtuB  26.61 
 
 
611 aa  174  5e-42  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000122091  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1162  tonB-dependent vitamin B12 receptor  26.59 
 
 
622 aa  173  5.999999999999999e-42  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1382  TonB-dependent receptor  25.2 
 
 
655 aa  174  5.999999999999999e-42  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  decreased coverage  0.00890122  normal  0.0713693 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0525  B12 family TonB-dependent receptor  25.48 
 
 
641 aa  173  7.999999999999999e-42  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4773  TonB-dependent receptor  26.55 
 
 
624 aa  173  1e-41  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.386912  normal  0.53176 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0578  TonB-dependent receptor plug  25.94 
 
 
627 aa  172  1e-41  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0571  TonB-dependent receptor plug  26.39 
 
 
628 aa  172  2e-41  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.487741  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02166  TonB-dependent outer membrane Receptor  27 
 
 
619 aa  171  5e-41  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2165  TonB-dependent vitamin B12 receptor  26.41 
 
 
616 aa  170  6e-41  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03647  TonB-dependent receptor  25.66 
 
 
640 aa  169  2e-40  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00288042  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>