More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_1368 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008686  Pden_1368  TonB-dependent receptor  100 
 
 
627 aa  1271    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.249969  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4382  TonB-dependent receptor  43.83 
 
 
635 aa  446  1.0000000000000001e-124  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.429499  normal  0.246253 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0488  TonB-dependent receptor  38.22 
 
 
682 aa  365  2e-99  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3340  TonB-dependent receptor, plug  28.66 
 
 
613 aa  232  2e-59  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2514  TonB-dependent receptor  30.58 
 
 
632 aa  228  2e-58  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0084  TonB-dependent receptor, plug  31.58 
 
 
671 aa  224  4e-57  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.380129  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2402  putative TonB dependent vitamin B12 outer membrane receptor  31.66 
 
 
611 aa  215  1.9999999999999998e-54  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1065  TonB-dependent receptor  31.45 
 
 
611 aa  215  1.9999999999999998e-54  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.362217 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1271  TonB-dependent receptor plug  27.99 
 
 
634 aa  204  3e-51  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.732381  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0454  TonB-dependent outer membrane receptor for cobalamin and Fe transport  28.64 
 
 
646 aa  204  4e-51  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000108252  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2735  TonB-dependent receptor  28.34 
 
 
641 aa  201  3e-50  Caulobacter sp. K31  Bacteria  decreased coverage  0.00964506  normal  0.0993289 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3556  TonB-dependent receptor plug  29.57 
 
 
634 aa  195  2e-48  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.0000211979  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3189  TonB-dependent receptor, plug  28.86 
 
 
623 aa  188  2e-46  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0628  Outer membrane cobalamin receptor protein-like  26.63 
 
 
638 aa  185  2.0000000000000003e-45  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000000288278  normal  0.81106 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5290  TonB-dependent receptor plug  27.6 
 
 
673 aa  184  4.0000000000000006e-45  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1004  TonB-dependent receptor  28.73 
 
 
618 aa  184  5.0000000000000004e-45  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0684927  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03647  TonB-dependent receptor  28.97 
 
 
640 aa  184  5.0000000000000004e-45  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00288042  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1110  TonB-dependent receptor  26.72 
 
 
625 aa  181  2.9999999999999997e-44  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.00000459108  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1925  TonB-dependent receptor  28.2 
 
 
642 aa  179  1e-43  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.55144  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1957  TonB-dependent receptor, putative  27.53 
 
 
638 aa  177  5e-43  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0488183  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2063  TonB-dependent receptor  26.18 
 
 
645 aa  172  2e-41  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.785465  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0812  TonB-dependent receptor plug  27.5 
 
 
659 aa  172  2e-41  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.183722  normal  0.24775 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1382  TonB-dependent receptor  28.01 
 
 
655 aa  167  5.9999999999999996e-40  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  decreased coverage  0.00890122  normal  0.0713693 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1186  TonB-dependent receptor  28.21 
 
 
634 aa  164  4.0000000000000004e-39  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.874956  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6080  putative TonB-dependent receptor  29.17 
 
 
690 aa  160  9e-38  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.341343  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2219  TonB-dependent receptor  27.94 
 
 
692 aa  159  2e-37  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2621  TonB-dependent receptor, plug  28.06 
 
 
695 aa  155  1e-36  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6077  TonB-dependent receptor plug  26.75 
 
 
656 aa  150  7e-35  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.762724  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1459  TonB-dependent receptor  25.29 
 
 
647 aa  149  2.0000000000000003e-34  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.208108  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33130  TonB-dependent vitamin B12 receptor  27.85 
 
 
1023 aa  148  2.0000000000000003e-34  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3807  TonB-dependent receptor plug  27.66 
 
 
655 aa  148  4.0000000000000006e-34  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2547  TonB-dependent receptor plug  27.23 
 
 
615 aa  147  5e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.792273  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3845  TonB-dependent receptor, plug  28.42 
 
 
628 aa  147  7.0000000000000006e-34  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.529618  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2092  TonB-dependent receptor  26.58 
 
 
670 aa  147  8.000000000000001e-34  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3696  TonB-dependent receptor  26.55 
 
 
620 aa  145  2e-33  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.405494  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6079  putative TonB-dependent receptor  27.91 
 
 
680 aa  140  6e-32  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0972806  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47800  putative tonB-dependent receptor  28.48 
 
 
616 aa  140  7.999999999999999e-32  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.173562  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4119  TonB-dependent vitamin B12 receptor  28.48 
 
 
616 aa  137  5e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0509  TonB-dependent outer membrane cobalamin receptor  27.32 
 
 
614 aa  135  1.9999999999999998e-30  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.194967  normal  0.193806 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1537  TonB-dependent receptor  28.34 
 
 
593 aa  134  3.9999999999999996e-30  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.00891985  normal  0.735799 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3757  TonB-dependent receptor plug  28.71 
 
 
612 aa  133  1.0000000000000001e-29  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2368  TonB-dependent receptor, plug  26.74 
 
 
617 aa  130  1.0000000000000001e-28  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.848515  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3783  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  25.04 
 
 
615 aa  127  6e-28  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.000781057  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0132  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  25.26 
 
 
631 aa  127  7e-28  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.00107286  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5430  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  26.21 
 
 
614 aa  127  9e-28  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0043717  normal  0.0207602 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1651  TonB-dependent receptor  25.61 
 
 
648 aa  125  2e-27  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal  0.613844 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0963  TonB-dependent receptor  27.01 
 
 
614 aa  125  2e-27  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1306  putative iron compound TonB-dependent receptor  26.45 
 
 
697 aa  125  2e-27  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.986607  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4773  TonB-dependent receptor  28.6 
 
 
624 aa  125  2e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.386912  normal  0.53176 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4413  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  26.4 
 
 
614 aa  125  3e-27  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000903793  hitchhiker  0.00898611 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0571  TonB-dependent receptor plug  26.31 
 
 
628 aa  124  4e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.487741  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1096  TonB-dependent receptor  27.61 
 
 
626 aa  124  4e-27  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1347  iron compound TonB-dependent receptor, putative  26.3 
 
 
620 aa  124  5e-27  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1012  TonB-dependent receptor  27.85 
 
 
626 aa  124  5e-27  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1447  TonB-dependent receptor  25.63 
 
 
632 aa  124  5e-27  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0969  outer membrane receptor for transport of vitamin B  25.81 
 
 
645 aa  124  6e-27  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.01117 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2720  iron complex outermembrane recepter protein  27.29 
 
 
631 aa  124  7e-27  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.83965  normal  0.415567 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39650  putative TonB-dependent receptor  27.48 
 
 
653 aa  124  7e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0192  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  26.9 
 
 
631 aa  123  9e-27  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.051851  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3730  TonB-dependent receptor  28 
 
 
637 aa  123  9e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0159073  normal  0.0113192 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4507  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  25.89 
 
 
614 aa  123  9.999999999999999e-27  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000315572  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4020  TonB-dependent vitamin B12 receptor  25.93 
 
 
614 aa  122  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00348064  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3735  TonB-dependent receptor plug  26.07 
 
 
628 aa  122  1.9999999999999998e-26  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.0000331916  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3290  colicin I receptor  25.95 
 
 
659 aa  122  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.359827  normal  0.810258 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2756  colicin I receptor  25.65 
 
 
656 aa  122  1.9999999999999998e-26  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.35711  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4050  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  25.93 
 
 
614 aa  122  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00780594  decreased coverage  0.000540594 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4200  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  25.89 
 
 
614 aa  122  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000101627  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0461  TonB-dependent vitamin B12 receptor  26.08 
 
 
613 aa  121  3.9999999999999996e-26  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00224002  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2165  TonB-dependent vitamin B12 receptor  26.91 
 
 
616 aa  120  4.9999999999999996e-26  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1502  TonB-dependent receptor  27.69 
 
 
613 aa  121  4.9999999999999996e-26  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02084  ferric iron-catecholate outer membrane transporter  26.48 
 
 
663 aa  120  7e-26  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.184448  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1503  TonB-dependent receptor plug  26.48 
 
 
663 aa  120  7e-26  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000115095  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1493  colicin I receptor  26.48 
 
 
663 aa  120  7e-26  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.351325 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3206  TonB-dependent receptor plug  25.19 
 
 
617 aa  120  7e-26  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.00965358  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02043  hypothetical protein  26.48 
 
 
663 aa  120  7e-26  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.214275  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2289  colicin I receptor  26.48 
 
 
663 aa  120  7e-26  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5008  TonB-dependent receptor  25.25 
 
 
627 aa  120  7.999999999999999e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.877838 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0123  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  25.2 
 
 
631 aa  120  9.999999999999999e-26  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000105264  normal  0.11479 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0562  TonB-dependent receptor  25.04 
 
 
634 aa  119  1.9999999999999998e-25  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.222662 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2438  colicin I receptor  25.25 
 
 
650 aa  119  1.9999999999999998e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.593043  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2451  colicin I receptor  26.34 
 
 
663 aa  118  3.9999999999999997e-25  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4536  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  25.42 
 
 
614 aa  117  8.999999999999998e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.329693  hitchhiker  0.0000000267555 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4459  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  25.21 
 
 
614 aa  117  8.999999999999998e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0519388  hitchhiker  0.0000109547 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4372  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  25.42 
 
 
614 aa  117  8.999999999999998e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0258695  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2648  TonB-dependent receptor  26.59 
 
 
602 aa  115  2.0000000000000002e-24  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3364  putative TonB-dependent receptor  26.74 
 
 
635 aa  116  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.346597  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4341  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  25.25 
 
 
614 aa  115  3e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.139999  normal  0.582372 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2302  colicin I receptor  26.23 
 
 
641 aa  115  3e-24  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.010442 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4462  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  25.75 
 
 
614 aa  114  4.0000000000000004e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0180001  hitchhiker  0.0000000000824718 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0578  TonB-dependent receptor plug  25.75 
 
 
627 aa  114  5e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1826  TonB-dependent receptor  24.74 
 
 
621 aa  114  7.000000000000001e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.568285  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2397  TonB-dependent receptor  26.69 
 
 
651 aa  113  1.0000000000000001e-23  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  5.84598e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2886  putative outer membrane associated TonB dependent receptor  23.46 
 
 
618 aa  112  1.0000000000000001e-23  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0141972  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0899  bifunctional enterobactin receptor/adhesin protein  25.57 
 
 
696 aa  112  1.0000000000000001e-23  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1357  bifunctional enterobactin receptor/adhesin protein  25.57 
 
 
696 aa  112  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0456407  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4020  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  25.84 
 
 
615 aa  112  2.0000000000000002e-23  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000194494  normal  0.015002 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4770  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  25.12 
 
 
623 aa  111  3e-23  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000262019  normal  0.0314633 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3128  bifunctional enterobactin receptor/adhesin protein  25.78 
 
 
695 aa  109  1e-22  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02166  TonB-dependent outer membrane Receptor  26.94 
 
 
619 aa  110  1e-22  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1926  TonB-dependent receptor  26.79 
 
 
627 aa  109  1e-22  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.201933  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>