More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_1110 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_1110  TonB-dependent receptor  100 
 
 		 625 aa  1273    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.00000459108  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0628  Outer membrane cobalamin receptor protein-like  37.85 
 
 		 638 aa  426  1e-118  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000000288278  normal  0.81106 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0454  TonB-dependent outer membrane receptor for cobalamin and Fe transport  29.82 
 
 		 646 aa  258  3e-67  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000108252  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1004  TonB-dependent receptor  32.45 
 
 		 618 aa  245  9.999999999999999e-64  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0684927  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3556  TonB-dependent receptor plug  29.1 
 
 		 634 aa  242  1e-62  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.0000211979  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1271  TonB-dependent receptor plug  29.2 
 
 		 634 aa  239  9e-62  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.732381  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1957  TonB-dependent receptor, putative  28.82 
 
 		 638 aa  239  1e-61  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0488183  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5290  TonB-dependent receptor plug  29.28 
 
 		 673 aa  228  2e-58  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3340  TonB-dependent receptor, plug  28.22 
 
 		 613 aa  227  6e-58  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2621  TonB-dependent receptor, plug  29.41 
 
 		 695 aa  226  1e-57  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1925  TonB-dependent receptor  28.53 
 
 		 642 aa  224  4.9999999999999996e-57  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.55144  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0084  TonB-dependent receptor, plug  27.83 
 
 		 671 aa  221  3e-56  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.380129  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6079  putative TonB-dependent receptor  27.55 
 
 		 680 aa  214  3.9999999999999995e-54  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0972806  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3189  TonB-dependent receptor, plug  28.36 
 
 		 623 aa  214  4.9999999999999996e-54  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6080  putative TonB-dependent receptor  28.1 
 
 		 690 aa  209  8e-53  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.341343  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3807  TonB-dependent receptor plug  28.57 
 
 		 655 aa  209  9e-53  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5676  TonB-dependent receptor plug  26.57 
 
 		 662 aa  206  1e-51  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2092  TonB-dependent receptor  28.04 
 
 		 670 aa  205  2e-51  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2219  TonB-dependent receptor  27.38 
 
 		 692 aa  203  8e-51  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0488  TonB-dependent receptor  27.26 
 
 		 682 aa  199  2.0000000000000003e-49  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2063  TonB-dependent receptor  27.8 
 
 		 645 aa  195  2e-48  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.785465  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2735  TonB-dependent receptor  27.58 
 
 		 641 aa  192  2e-47  Caulobacter sp. K31  Bacteria  decreased coverage  0.00964506  normal  0.0993289 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1339  TonB-dependent receptor  27.06 
 
 		 714 aa  191  2.9999999999999997e-47  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.368228 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1065  TonB-dependent receptor  29.72 
 
 		 611 aa  188  2e-46  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.362217 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2402  putative TonB dependent vitamin B12 outer membrane receptor  29.79 
 
 		 611 aa  186  1.0000000000000001e-45  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1382  TonB-dependent receptor  26.73 
 
 		 655 aa  183  7e-45  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  decreased coverage  0.00890122  normal  0.0713693 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2547  TonB-dependent receptor plug  28.81 
 
 		 615 aa  182  2e-44  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.792273  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0654  TonB-dependent receptor  28.77 
 
 		 638 aa  181  2.9999999999999997e-44  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.561107  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1368  TonB-dependent receptor  26.72 
 
 		 627 aa  181  2.9999999999999997e-44  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.249969  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1186  TonB-dependent receptor  27.89 
 
 		 634 aa  178  3e-43  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.874956  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1012  TonB-dependent receptor  27.39 
 
 		 626 aa  177  5e-43  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1096  TonB-dependent receptor  27.39 
 
 		 626 aa  176  8e-43  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1926  TonB-dependent receptor  27.6 
 
 		 627 aa  176  9e-43  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.201933  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2789  TonB-dependent receptor  26.68 
 
 		 698 aa  176  9.999999999999999e-43  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.973502 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2815  TonB-dependent receptor  27.64 
 
 		 619 aa  175  2.9999999999999996e-42  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.186668  normal  0.478128 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6077  TonB-dependent receptor plug  25.11 
 
 		 656 aa  173  9e-42  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.762724  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2648  TonB-dependent receptor  27.64 
 
 		 602 aa  172  1e-41  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2209  TonB-dependent receptor  27.44 
 
 		 624 aa  172  2e-41  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.400233 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2368  TonB-dependent receptor, plug  28.84 
 
 		 617 aa  170  7e-41  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.848515  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0812  TonB-dependent receptor plug  26.57 
 
 		 659 aa  170  9e-41  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.183722  normal  0.24775 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0132  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  27.56 
 
 		 631 aa  169  1e-40  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.00107286  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1459  TonB-dependent receptor  25.3 
 
 		 647 aa  168  4e-40  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.208108  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47800  putative tonB-dependent receptor  27.73 
 
 		 616 aa  167  4e-40  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.173562  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33130  TonB-dependent vitamin B12 receptor  28.81 
 
 		 1023 aa  167  5.9999999999999996e-40  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2886  putative outer membrane associated TonB dependent receptor  28.42 
 
 		 618 aa  164  3e-39  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0141972  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2667  TonB-dependent receptor  27.35 
 
 		 627 aa  164  5.0000000000000005e-39  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0986558  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3696  TonB-dependent receptor  25.04 
 
 		 620 aa  161  3e-38  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.405494  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4119  TonB-dependent vitamin B12 receptor  28.25 
 
 		 616 aa  160  7e-38  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0509  TonB-dependent outer membrane cobalamin receptor  26.43 
 
 		 614 aa  160  8e-38  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.194967  normal  0.193806 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0198  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  26.59 
 
 		 631 aa  159  2e-37  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0194454  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1537  TonB-dependent receptor  26.84 
 
 		 593 aa  158  2e-37  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.00891985  normal  0.735799 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2514  TonB-dependent receptor  25.51 
 
 		 632 aa  157  4e-37  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02166  TonB-dependent outer membrane Receptor  27.94 
 
 		 619 aa  155  1e-36  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0192  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  27.03 
 
 		 631 aa  154  7e-36  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.051851  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00261  phosphatidylglycerophosphatase  26.49 
 
 		 617 aa  153  7e-36  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1502  TonB-dependent receptor  26.63 
 
 		 613 aa  151  3e-35  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3783  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  25.45 
 
 		 615 aa  150  5e-35  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.000781057  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0790  TonB-dependent receptor  25.31 
 
 		 614 aa  150  6e-35  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.270148  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03647  TonB-dependent receptor  28.1 
 
 		 640 aa  149  1.0000000000000001e-34  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00288042  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4382  TonB-dependent receptor  27.11 
 
 		 635 aa  149  1.0000000000000001e-34  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.429499  normal  0.246253 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0963  TonB-dependent receptor  24.96 
 
 		 614 aa  147  4.0000000000000006e-34  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4483  TonB-dependent receptor  25.45 
 
 		 737 aa  145  2e-33  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  unclonable  0.00000231942  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0834  vitamin B12 receptor BtuB, putative  26.31 
 
 		 680 aa  144  4e-33  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.162621  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4773  TonB-dependent receptor  25.38 
 
 		 624 aa  143  8e-33  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.386912  normal  0.53176 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2400  outer membrane receptor protein  26.37 
 
 		 621 aa  142  1.9999999999999998e-32  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.901841 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0461  TonB-dependent vitamin B12 receptor  25.28 
 
 		 613 aa  140  6e-32  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00224002  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3929  enterobactin receptor protein  24.73 
 
 		 663 aa  140  8.999999999999999e-32  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.881798 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4523  enterobactin receptor protein  25.42 
 
 		 663 aa  138  4e-31  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2678  enterobactin receptor protein  25.26 
 
 		 653 aa  137  4e-31  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2342  TonB-dependent receptor  25.49 
 
 		 611 aa  137  7.000000000000001e-31  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.499314  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0995  TonB-dependent receptor  25.21 
 
 		 629 aa  137  7.000000000000001e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.864049  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002156  outer membrane vitamin B12 receptor BtuB  25.42 
 
 		 611 aa  137  7.000000000000001e-31  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000122091  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0969  outer membrane receptor for transport of vitamin B  26.87 
 
 		 645 aa  136  9.999999999999999e-31  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.01117 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3503  enterobactin receptor protein  25.07 
 
 		 666 aa  136  9.999999999999999e-31  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.00217636  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1099  TonB-dependent receptor  25.22 
 
 		 664 aa  136  9.999999999999999e-31  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4241  enterobactin receptor protein  25.4 
 
 		 666 aa  136  9.999999999999999e-31  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0112255  hitchhiker  0.000515179 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0219  enterobactin receptor protein  25.26 
 
 		 666 aa  134  3e-30  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0246836  normal  0.0975103 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0217  enterobactin receptor protein  25.26 
 
 		 666 aa  135  3e-30  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000171736  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4120  enterobactin receptor protein  25.11 
 
 		 666 aa  134  5e-30  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000897059  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4462  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  26.71 
 
 		 614 aa  132  1.0000000000000001e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0180001  hitchhiker  0.0000000000824718 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0122  TonB-dependent receptor  25.76 
 
 		 624 aa  132  2.0000000000000002e-29  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0123  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  25.89 
 
 		 631 aa  131  3e-29  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000105264  normal  0.11479 
 
 
-
 
NC_009431  Rsph17025_4281  hypothetical protein  26.28 
 
 		 700 aa  131  3e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4372  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  26.75 
 
 		 614 aa  131  4.0000000000000003e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0258695  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1187  outer membrane receptor for transport of vitamin B  25.33 
 
 		 821 aa  131  4.0000000000000003e-29  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.096047  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2959  putative TonB-dependent vitamin B12 receptor BtuB  25.49 
 
 		 685 aa  131  4.0000000000000003e-29  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1639  putative TonB-dependent vitamin B12 receptor BtuB  25.49 
 
 		 685 aa  131  4.0000000000000003e-29  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.18341  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4459  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  26.75 
 
 		 614 aa  131  4.0000000000000003e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0519388  hitchhiker  0.0000109547 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2327  putative TonB-dependent vitamin B12 receptor BtuB  25.49 
 
 		 685 aa  131  4.0000000000000003e-29  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.52571  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1028  putative TonB-dependent vitamin B12 receptor BtuB  25.49 
 
 		 685 aa  130  7.000000000000001e-29  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.15146  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1035  putative TonB-dependent vitamin B12 receptor BtuB  25.33 
 
 		 685 aa  130  9.000000000000001e-29  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.127064  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4536  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  26.59 
 
 		 614 aa  130  9.000000000000001e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.329693  hitchhiker  0.0000000267555 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4341  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  26.59 
 
 		 614 aa  130  1.0000000000000001e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.139999  normal  0.582372 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1513  TonB-dependent receptor  25.12 
 
 		 649 aa  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.0000309269  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1651  TonB-dependent receptor  25.62 
 
 		 648 aa  129  1.0000000000000001e-28  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.613844 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0525  B12 family TonB-dependent receptor  25.55 
 
 		 641 aa  128  3e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0685  vitamin B12 receptor BtuB, putative  25.33 
 
 		 685 aa  128  3e-28  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.174842  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3845  TonB-dependent receptor, plug  24.55 
 
 		 628 aa  128  3e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.529618  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3502  putative outer membrane cobalamin receptor, TonB dependent  24.77 
 
 		 623 aa  126  1e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.86203  normal  0.929142 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4770  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  25.36 
 
 		 623 aa  125  2e-27  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000262019  normal  0.0314633 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>