More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_4382 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008687  Pden_4382  TonB-dependent receptor  100 
 
 		 635 aa  1276    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.429499  normal  0.246253 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1368  TonB-dependent receptor  43.73 
 
 		 627 aa  468  9.999999999999999e-131  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.249969  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0488  TonB-dependent receptor  35.04 
 
 		 682 aa  313  5.999999999999999e-84  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5290  TonB-dependent receptor plug  28.94 
 
 		 673 aa  215  1.9999999999999998e-54  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0084  TonB-dependent receptor, plug  30.07 
 
 		 671 aa  214  5.999999999999999e-54  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.380129  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3340  TonB-dependent receptor, plug  27.05 
 
 		 613 aa  207  7e-52  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2514  TonB-dependent receptor  29.94 
 
 		 632 aa  204  6e-51  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0454  TonB-dependent outer membrane receptor for cobalamin and Fe transport  27.85 
 
 		 646 aa  199  2.0000000000000003e-49  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000108252  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3556  TonB-dependent receptor plug  28.72 
 
 		 634 aa  197  4.0000000000000005e-49  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.0000211979  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03647  TonB-dependent receptor  28.73 
 
 		 640 aa  197  5.000000000000001e-49  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00288042  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1925  TonB-dependent receptor  28.73 
 
 		 642 aa  197  6e-49  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.55144  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1271  TonB-dependent receptor plug  29.28 
 
 		 634 aa  194  5e-48  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.732381  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2402  putative TonB dependent vitamin B12 outer membrane receptor  31.33 
 
 		 611 aa  189  1e-46  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1065  TonB-dependent receptor  31.6 
 
 		 611 aa  189  1e-46  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.362217 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6077  TonB-dependent receptor plug  29.67 
 
 		 656 aa  187  5e-46  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.762724  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3189  TonB-dependent receptor, plug  30 
 
 		 623 aa  184  4.0000000000000006e-45  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2063  TonB-dependent receptor  28.07 
 
 		 645 aa  184  4.0000000000000006e-45  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.785465  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3807  TonB-dependent receptor plug  30.2 
 
 		 655 aa  183  1e-44  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1004  TonB-dependent receptor  29.86 
 
 		 618 aa  180  4.999999999999999e-44  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0684927  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1459  TonB-dependent receptor  28.9 
 
 		 647 aa  176  1.9999999999999998e-42  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.208108  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6079  putative TonB-dependent receptor  29.61 
 
 		 680 aa  174  2.9999999999999996e-42  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0972806  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6080  putative TonB-dependent receptor  28.69 
 
 		 690 aa  172  1e-41  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.341343  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1957  TonB-dependent receptor, putative  27.97 
 
 		 638 aa  165  2.0000000000000002e-39  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0488183  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0812  TonB-dependent receptor plug  26.98 
 
 		 659 aa  157  7e-37  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.183722  normal  0.24775 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0628  Outer membrane cobalamin receptor protein-like  24.36 
 
 		 638 aa  155  2e-36  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000000288278  normal  0.81106 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33130  TonB-dependent vitamin B12 receptor  28.57 
 
 		 1023 aa  152  2e-35  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1110  TonB-dependent receptor  27.08 
 
 		 625 aa  152  2e-35  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.00000459108  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2621  TonB-dependent receptor, plug  26.19 
 
 		 695 aa  151  4e-35  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2735  TonB-dependent receptor  27.69 
 
 		 641 aa  149  2.0000000000000003e-34  Caulobacter sp. K31  Bacteria  decreased coverage  0.00964506  normal  0.0993289 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2092  TonB-dependent receptor  28.42 
 
 		 670 aa  148  4.0000000000000006e-34  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2648  TonB-dependent receptor  28.28 
 
 		 602 aa  147  4.0000000000000006e-34  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1339  TonB-dependent receptor  26.18 
 
 		 714 aa  147  5e-34  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.368228 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4341  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  26.69 
 
 		 614 aa  146  1e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.139999  normal  0.582372 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4462  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  26.53 
 
 		 614 aa  144  3e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0180001  hitchhiker  0.0000000000824718 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4536  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  26.53 
 
 		 614 aa  144  4e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.329693  hitchhiker  0.0000000267555 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4372  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  26.53 
 
 		 614 aa  144  4e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0258695  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4459  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  26.52 
 
 		 614 aa  144  6e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0519388  hitchhiker  0.0000109547 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1651  TonB-dependent receptor  26.6 
 
 		 648 aa  143  8e-33  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.613844 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0198  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  25.04 
 
 		 631 aa  142  9.999999999999999e-33  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0194454  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4413  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  26.87 
 
 		 614 aa  142  9.999999999999999e-33  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000903793  hitchhiker  0.00898611 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4200  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  26.46 
 
 		 614 aa  142  1.9999999999999998e-32  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000101627  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5430  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  26.61 
 
 		 614 aa  142  1.9999999999999998e-32  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0043717  normal  0.0207602 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4507  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  26.46 
 
 		 614 aa  142  1.9999999999999998e-32  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000315572  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3845  TonB-dependent receptor, plug  26.45 
 
 		 628 aa  142  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.529618  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4020  TonB-dependent vitamin B12 receptor  26.7 
 
 		 614 aa  141  3e-32  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00348064  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4050  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  26.7 
 
 		 614 aa  141  3e-32  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00780594  decreased coverage  0.000540594 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0192  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  25.97 
 
 		 631 aa  140  7.999999999999999e-32  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.051851  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2219  TonB-dependent receptor  23.91 
 
 		 692 aa  137  6.0000000000000005e-31  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5008  TonB-dependent receptor  27.51 
 
 		 627 aa  136  9.999999999999999e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.877838 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47800  putative tonB-dependent receptor  27.62 
 
 		 616 aa  136  9.999999999999999e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.173562  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4119  TonB-dependent vitamin B12 receptor  27.4 
 
 		 616 aa  134  6e-30  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1541  TonB-dependent receptor  26.43 
 
 		 665 aa  134  6.999999999999999e-30  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  0.000000885863  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0654  TonB-dependent receptor  25.98 
 
 		 638 aa  130  7.000000000000001e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.561107  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0571  TonB-dependent receptor plug  27.87 
 
 		 628 aa  130  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.487741  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3757  TonB-dependent receptor plug  27.93 
 
 		 612 aa  128  3e-28  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0142  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  24.45 
 
 		 630 aa  128  3e-28  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000593825  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4073  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  24.45 
 
 		 630 aa  128  3e-28  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000943492  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4483  TonB-dependent receptor  26.64 
 
 		 737 aa  127  4.0000000000000003e-28  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  unclonable  0.00000231942  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0123  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  25.64 
 
 		 631 aa  127  6e-28  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000105264  normal  0.11479 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4770  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  24.73 
 
 		 623 aa  127  6e-28  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000262019  normal  0.0314633 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0525  B12 family TonB-dependent receptor  27.19 
 
 		 641 aa  126  1e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2547  TonB-dependent receptor plug  25.92 
 
 		 615 aa  125  2e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.792273  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0461  TonB-dependent vitamin B12 receptor  25.16 
 
 		 613 aa  125  3e-27  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00224002  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1171  TonB-dependent receptor  26.12 
 
 		 697 aa  125  3e-27  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1826  TonB-dependent receptor  25.15 
 
 		 621 aa  124  4e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.568285  n/a   
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0509  TonB-dependent outer membrane cobalamin receptor  26.61 
 
 		 614 aa  124  4e-27  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.194967  normal  0.193806 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0560  TonB-dependent receptor, plug  27.36 
 
 		 623 aa  124  6e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2720  iron complex outermembrane recepter protein  26.62 
 
 		 631 aa  124  7e-27  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.83965  normal  0.415567 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2886  putative outer membrane associated TonB dependent receptor  24.26 
 
 		 618 aa  123  9.999999999999999e-27  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0141972  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2789  TonB-dependent receptor  25.75 
 
 		 698 aa  122  1.9999999999999998e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.973502 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1473  TonB-dependent receptor  26.33 
 
 		 669 aa  122  1.9999999999999998e-26  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00220648 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0159  TonB-dependent receptor  25.58 
 
 		 709 aa  122  3e-26  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4020  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  24.42 
 
 		 615 aa  121  3e-26  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000194494  normal  0.015002 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01404  hypothetical protein  24.96 
 
 		 640 aa  122  3e-26  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3730  TonB-dependent receptor  27.33 
 
 		 637 aa  120  6e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0159073  normal  0.0113192 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3735  TonB-dependent receptor plug  25.63 
 
 		 628 aa  119  9.999999999999999e-26  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.0000331916  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2368  TonB-dependent receptor, plug  25.62 
 
 		 617 aa  119  1.9999999999999998e-25  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.848515  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_07860  TonB-dependent vitamin B12 receptor  26.07 
 
 		 630 aa  118  3e-25  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.239557  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0578  TonB-dependent receptor plug  26.15 
 
 		 627 aa  118  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3696  TonB-dependent receptor  25.4 
 
 		 620 aa  118  3.9999999999999997e-25  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.405494  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4773  TonB-dependent receptor  25.64 
 
 		 624 aa  115  3e-24  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.386912  normal  0.53176 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0963  TonB-dependent receptor  23.58 
 
 		 614 aa  114  5e-24  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3206  TonB-dependent receptor plug  26.12 
 
 		 617 aa  113  9e-24  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.00965358  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1926  TonB-dependent receptor  27.37 
 
 		 627 aa  113  1.0000000000000001e-23  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.201933  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1096  TonB-dependent receptor  24.71 
 
 		 626 aa  113  1.0000000000000001e-23  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5676  TonB-dependent receptor plug  31.89 
 
 		 662 aa  112  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1012  TonB-dependent receptor  24.71 
 
 		 626 aa  111  3e-23  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1537  TonB-dependent receptor  25.77 
 
 		 593 aa  111  3e-23  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.00891985  normal  0.735799 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2342  TonB-dependent receptor  24.38 
 
 		 611 aa  111  5e-23  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.499314  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0122  TonB-dependent receptor  24.5 
 
 		 624 aa  110  9.000000000000001e-23  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00261  phosphatidylglycerophosphatase  24.85 
 
 		 617 aa  110  1e-22  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02166  TonB-dependent outer membrane Receptor  26.2 
 
 		 619 aa  109  2e-22  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1502  TonB-dependent receptor  24.81 
 
 		 613 aa  108  2e-22  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2165  TonB-dependent vitamin B12 receptor  24.33 
 
 		 616 aa  107  6e-22  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2209  TonB-dependent receptor  24.21 
 
 		 624 aa  105  3e-21  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.400233 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3697  TonB-dependent receptor  23.68 
 
 		 731 aa  104  4e-21  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.850493  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2667  TonB-dependent receptor  23.38 
 
 		 627 aa  104  4e-21  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0986558  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2815  TonB-dependent receptor  26.49 
 
 		 619 aa  105  4e-21  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.186668  normal  0.478128 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5501  TonB-dependent receptor  23.68 
 
 		 731 aa  104  5e-21  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0834  vitamin B12 receptor BtuB, putative  26.26 
 
 		 680 aa  103  9e-21  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.162621  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>