More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_1171 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_1171  TonB-dependent receptor  100 
 
 		 697 aa  1413    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5501  TonB-dependent receptor  52.28 
 
 		 731 aa  658    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3697  TonB-dependent receptor  52.28 
 
 		 731 aa  658    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.850493  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3366  TonB-dependent receptor  42.14 
 
 		 708 aa  544  1e-153  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1191  TonB-dependent receptor  44.38 
 
 		 744 aa  531  1e-149  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.601925 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0941  TonB-dependent receptor  42.66 
 
 		 716 aa  530  1e-149  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2970  TonB-dependent receptor  40.25 
 
 		 718 aa  506  9.999999999999999e-143  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.222916  normal  0.415846 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1983  TonB-dependent receptor  36.25 
 
 		 727 aa  455  1.0000000000000001e-126  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.454223  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2482  TonB-dependent receptor  36.16 
 
 		 728 aa  454  1.0000000000000001e-126  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.318128 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3220  TonB-dependent receptor  37.77 
 
 		 654 aa  394  1e-108  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0604  TonB-dependent outer membrane receptor  34.23 
 
 		 682 aa  393  1e-108  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1989  TonB-dependent receptor  33.62 
 
 		 675 aa  384  1e-105  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  unclonable  0.0000000419445  normal  0.710455 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1481  TonB-dependent receptor  33.52 
 
 		 674 aa  384  1e-105  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0173398  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3699  TonB-dependent receptor  34.96 
 
 		 685 aa  381  1e-104  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0444  TonB-dependent receptor  37.2 
 
 		 667 aa  374  1e-102  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_52120  TonB-dependent receptor  36.59 
 
 		 668 aa  369  1e-100  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.618776  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0151  ferrienterochelin/colicin outer membrane receptor  35.25 
 
 		 675 aa  359  9.999999999999999e-98  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5341  TonB-dependent receptor  33.09 
 
 		 657 aa  352  1e-95  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1472  TonB-dependent receptor  32.91 
 
 		 683 aa  352  1e-95  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.907424  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4645  TonB-dependent receptor  34.01 
 
 		 693 aa  345  1e-93  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000318415 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1549  TonB-dependent receptor  31.64 
 
 		 656 aa  318  2e-85  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.751142  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0252  TonB-dependent receptor  31.95 
 
 		 663 aa  281  3e-74  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.945527  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1952  TonB-dependent receptor  31.38 
 
 		 656 aa  261  2e-68  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.446334  normal  0.0364758 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1516  TonB-dependent receptor  28.78 
 
 		 690 aa  222  1.9999999999999999e-56  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.18651  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0195  ferrienterochelin/colicin outer membrane receptor  26.68 
 
 		 653 aa  182  2e-44  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  8.28696e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1541  TonB-dependent receptor  27.56 
 
 		 665 aa  175  1.9999999999999998e-42  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  0.000000885863  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3531  TonB-dependent receptor plug  24.84 
 
 		 678 aa  140  6e-32  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0790413  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1473  TonB-dependent receptor  23.21 
 
 		 669 aa  114  4.0000000000000004e-24  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00220648 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4382  TonB-dependent receptor  26.54 
 
 		 635 aa  110  1e-22  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.429499  normal  0.246253 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2397  TonB-dependent receptor  24.43 
 
 		 651 aa  108  4e-22  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  5.84598e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0131  TonB-dependent receptor, plug  22.52 
 
 		 677 aa  102  2e-20  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.184061  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3494  TonB-dependent receptor  23.58 
 
 		 715 aa  102  3e-20  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2550  TonB-dependent receptor plug  24.48 
 
 		 775 aa  95.9  2e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.182788  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0454  TonB-dependent outer membrane receptor for cobalamin and Fe transport  21.04 
 
 		 646 aa  95.1  4e-18  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000108252  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1271  TonB-dependent receptor plug  22.44 
 
 		 634 aa  94  7e-18  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.732381  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1382  TonB-dependent receptor  24.24 
 
 		 655 aa  93.6  1e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  decreased coverage  0.00890122  normal  0.0713693 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3929  enterobactin receptor protein  23.93 
 
 		 663 aa  90.9  8e-17  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.881798 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4523  enterobactin receptor protein  22.44 
 
 		 663 aa  90.1  1e-16  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3503  enterobactin receptor protein  24.06 
 
 		 666 aa  89.7  2e-16  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.00217636  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0488  TonB-dependent receptor  23.79 
 
 		 682 aa  89  3e-16  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0219  enterobactin receptor protein  22.45 
 
 		 666 aa  89  3e-16  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0246836  normal  0.0975103 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2092  TonB-dependent receptor  24.79 
 
 		 670 aa  88.6  3e-16  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4120  enterobactin receptor protein  22.55 
 
 		 666 aa  88.2  4e-16  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000897059  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4241  enterobactin receptor protein  22.91 
 
 		 666 aa  87.8  6e-16  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0112255  hitchhiker  0.000515179 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0217  enterobactin receptor protein  22.45 
 
 		 666 aa  87  0.000000000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000171736  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4450  TonB-dependent receptor plug  32.31 
 
 		 767 aa  85.5  0.000000000000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2678  enterobactin receptor protein  23.62 
 
 		 653 aa  85.9  0.000000000000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0089  TonB-dependent receptor, plug  32.31 
 
 		 707 aa  85.1  0.000000000000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4310  TonB-dependent receptor plug  32.31 
 
 		 737 aa  85.1  0.000000000000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4255  TonB-dependent receptor plug  32.31 
 
 		 749 aa  84.7  0.000000000000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0806  TonB-dependent receptor  23.8 
 
 		 743 aa  84.3  0.000000000000006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2219  TonB-dependent receptor  22.69 
 
 		 692 aa  84.3  0.000000000000007  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1539  receptor, putative  21.87 
 
 		 639 aa  81.6  0.00000000000004  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3500  TonB-dependent receptor  25.31 
 
 		 699 aa  81.6  0.00000000000004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2451  colicin I receptor  23.35 
 
 		 663 aa  81.6  0.00000000000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2302  colicin I receptor  23.21 
 
 		 641 aa  81.3  0.00000000000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.010442 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1005  TonB-dependent receptor  22.34 
 
 		 699 aa  80.1  0.0000000000001  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.828736  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4483  TonB-dependent receptor  24.26 
 
 		 737 aa  80.5  0.0000000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  unclonable  0.00000231942  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1631  TonB-dependent receptor, plug  25.56 
 
 		 739 aa  79.7  0.0000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.371565 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2204  TonB-dependent receptor  20.94 
 
 		 845 aa  79.7  0.0000000000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.316106  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3636  TonB-dependent receptor  23.38 
 
 		 804 aa  79.3  0.0000000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.00000134979  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3867  TonB-dependent receptor, plug  28.42 
 
 		 729 aa  78.2  0.0000000000005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4510  TonB-dependent hemoglobin/transferrin/lactoferrin family receptor  22.67 
 
 		 867 aa  77  0.000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.531112  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3960  TonB-dependent receptor, plug  28.9 
 
 		 741 aa  77  0.000000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3276  TonB-dependent receptor  21.66 
 
 		 698 aa  75.9  0.000000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3790  ferrienterochelin/colicin outer membrane receptor  24.03 
 
 		 716 aa  76.3  0.000000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.11789  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3409  TonB-dependent receptor  21.66 
 
 		 698 aa  75.9  0.000000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.19526  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0938  TonB-dependent receptor  21.66 
 
 		 698 aa  75.9  0.000000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.00410623  normal  0.440689 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00261  phosphatidylglycerophosphatase  27.02 
 
 		 617 aa  75.5  0.000000000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3535  TonB-dependent receptor  23.4 
 
 		 681 aa  75.9  0.000000000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.243459  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1659  TonB-dependent receptor  23.5 
 
 		 714 aa  74.7  0.000000000005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.000365717  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0131  TonB-dependent receptor  26.36 
 
 		 695 aa  74.7  0.000000000005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1476  TonB-dependent receptor  23.82 
 
 		 668 aa  74.3  0.000000000006  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1269  TonB-dependent receptor  25.08 
 
 		 710 aa  74.7  0.000000000006  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5373  TonB-dependent outer-membrane transporter  27.46 
 
 		 661 aa  74.3  0.000000000008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0456572  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5052  TonB-dependent receptor  23.07 
 
 		 726 aa  73.9  0.000000000009  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0923716  normal  0.422268 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0159  TonB-dependent receptor  22.24 
 
 		 709 aa  73.2  0.00000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5676  TonB-dependent receptor plug  29.69 
 
 		 662 aa  73.6  0.00000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1260  TonB-dependent receptor  26.91 
 
 		 581 aa  71.6  0.00000000004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3661  hypothetical protein  23.52 
 
 		 702 aa  71.6  0.00000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.809054  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2751  TonB domain-containing protein  20.98 
 
 		 641 aa  71.2  0.00000000006  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.421886  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03647  TonB-dependent receptor  20.94 
 
 		 640 aa  71.2  0.00000000006  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00288042  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2341  TonB-dependent receptor  21 
 
 		 764 aa  71.2  0.00000000006  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002156  outer membrane vitamin B12 receptor BtuB  23.26 
 
 		 611 aa  70.9  0.00000000009  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000122091  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0565  TonB-dependent receptor  28.02 
 
 		 613 aa  70.1  0.0000000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.228454 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2310  TonB-dependent receptor  22.51 
 
 		 815 aa  69.3  0.0000000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4770  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  28 
 
 		 623 aa  69.7  0.0000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000262019  normal  0.0314633 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2580  TonB-dependent receptor  22.35 
 
 		 836 aa  69.3  0.0000000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06761  hypothetical protein  23.65 
 
 		 690 aa  69.3  0.0000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1797  TonB-dependent receptor plug  21.42 
 
 		 647 aa  68.6  0.0000000003  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0377  TonB-dependent receptor  22.13 
 
 		 661 aa  68.9  0.0000000003  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.337812  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3676  TonB-dependent receptor, plug  31.89 
 
 		 735 aa  68.9  0.0000000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2514  TonB-dependent receptor  27.43 
 
 		 632 aa  68.9  0.0000000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0870  TonB-dependent receptor  23.62 
 
 		 784 aa  68.6  0.0000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3189  TonB-dependent receptor, plug  29.87 
 
 		 623 aa  68.2  0.0000000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1803  ribosome-binding factor A  20.66 
 
 		 656 aa  68.2  0.0000000005  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0560  TonB-dependent receptor, plug  25.84 
 
 		 623 aa  68.2  0.0000000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1099  TonB-dependent receptor  23.13 
 
 		 664 aa  68.2  0.0000000006  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1930  TonB-dependent receptor  21.99 
 
 		 702 aa  67.8  0.0000000007  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01003  TonB-dependent receptor  25 
 
 		 758 aa  67.4  0.0000000008  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.000984291  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>