More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_0722 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007404  Tbd_0722  TonB-dependent siderophore receptor  100 
 
 		 675 aa  1381    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.534189 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4787  TonB-dependent siderophore receptor  72.39 
 
 		 696 aa  993    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3090  ferric vibrioferrin receptor  45.04 
 
 		 690 aa  605  9.999999999999999e-173  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0290295  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3142  TonB-dependent siderophore receptor  44.07 
 
 		 688 aa  579  1e-164  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_09350  TonB-dependent siderophore receptor  43.09 
 
 		 704 aa  559  1e-158  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01932  TonB-dependent outer membrane Receptor  42.92 
 
 		 713 aa  547  1e-154  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0049  TonB-dependent siderophore receptor  40.52 
 
 		 703 aa  519  1e-146  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.627674  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001068  vibrioferrin receptor PvuA  42.05 
 
 		 712 aa  505  9.999999999999999e-143  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0609  TonB-dependent siderophore receptor  39.91 
 
 		 710 aa  503  1e-141  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3851  TonB-dependent siderophore receptor  39.61 
 
 		 711 aa  498  1e-139  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1280  TonB-dependent siderophore receptor  39.04 
 
 		 731 aa  484  1e-135  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0800812  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3231  TonB-dependent siderophore receptor  35.59 
 
 		 687 aa  367  1e-100  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.854124  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4613  outer membrane iron(III) dicitrate receptor  34.56 
 
 		 774 aa  344  4e-93  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3709  TonB-dependent siderophore receptor  34.76 
 
 		 774 aa  343  8e-93  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0483354  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4596  TonB-dependent siderophore receptor  34.72 
 
 		 774 aa  343  8e-93  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04157  ferric citrate outer membrane transporter  34.6 
 
 		 774 aa  342  1e-92  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4868  iron(III) dicitrate transport protein FecA  34.6 
 
 		 774 aa  342  1e-92  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04120  hypothetical protein  34.6 
 
 		 774 aa  342  1e-92  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0743  TonB-dependent siderophore receptor  34.6 
 
 		 774 aa  340  4e-92  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.689224  normal  0.515767 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_13430  Fe(III) dicitrate transport protein FecA  33.73 
 
 		 784 aa  339  9.999999999999999e-92  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1204  Fe(III) dicitrate transport protein FecA  33.73 
 
 		 784 aa  338  1.9999999999999998e-91  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.814963  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0923  TonB-dependent siderophore receptor  32.78 
 
 		 777 aa  333  9e-90  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4646  TonB-dependent siderophore receptor  33.14 
 
 		 708 aa  332  1e-89  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21730  putative TonB-dependent receptor  34.19 
 
 		 721 aa  330  5.0000000000000004e-89  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1038  TonB-dependent siderophore receptor  33.44 
 
 		 782 aa  329  1.0000000000000001e-88  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.85232 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1853  TonB-dependent receptor  33.67 
 
 		 721 aa  328  1.0000000000000001e-88  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.80471  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5169  TonB-dependent siderophore receptor  33.56 
 
 		 723 aa  328  2.0000000000000001e-88  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1207  iron(III) dicitrate transport protein fecA  33.44 
 
 		 782 aa  326  8.000000000000001e-88  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2308  TonB-dependent siderophore receptor  34.98 
 
 		 693 aa  322  1.9999999999999998e-86  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  decreased coverage  0.00270239  normal  0.034674 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0867  FecA-like outer membrane receptor  32.35 
 
 		 809 aa  310  4e-83  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.272294  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0897  TonB-dependent siderophore receptor  32.35 
 
 		 809 aa  309  9e-83  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.448435  normal  0.28892 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5806  ferric citrate outer membrane transporter  32.89 
 
 		 731 aa  309  1.0000000000000001e-82  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5807  ferric citrate outer membrane transporter  31.76 
 
 		 717 aa  308  2.0000000000000002e-82  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0911  TonB-dependent siderophore receptor  32.2 
 
 		 809 aa  308  2.0000000000000002e-82  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.11228 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4311  TonB-dependent siderophore receptor  32.2 
 
 		 809 aa  305  2.0000000000000002e-81  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0939329 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47190  Fe(III) dicitrate transport protein FecA  31.65 
 
 		 784 aa  304  4.0000000000000003e-81  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2453  TonB-dependent siderophore receptor  32.65 
 
 		 720 aa  303  6.000000000000001e-81  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.591762  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3784  TonB-dependent siderophore receptor  32.35 
 
 		 807 aa  300  7e-80  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.894959 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1512  TonB-dependent receptor  27.04 
 
 		 782 aa  184  3e-45  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.116652 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0865  TonB-dependent receptor  27.8 
 
 		 700 aa  182  2e-44  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0848071  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02035  outer membrane iron(III) dicitrate receptor  26.49 
 
 		 705 aa  158  3e-37  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013732  Slin_6883  TonB-dependent receptor  25.69 
 
 		 821 aa  136  9.999999999999999e-31  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0630  TonB-dependent receptor  24.69 
 
 		 727 aa  127  6e-28  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0349605  normal  0.294722 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3399  TonB-dependent receptor  24.55 
 
 		 727 aa  126  1e-27  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.186836  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_08506  outer membrane receptor protein  25.08 
 
 		 846 aa  116  1.0000000000000001e-24  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4532  TonB-dependent receptor  22.87 
 
 		 813 aa  115  2.0000000000000002e-24  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.885203  normal  0.799433 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0590  putative TonB-dependent receptor protein  23.77 
 
 		 737 aa  116  2.0000000000000002e-24  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.0000188689  decreased coverage  0.000190482 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0241  TonB-dependent receptor  25.21 
 
 		 675 aa  114  5e-24  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.571494  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3037  TonB-dependent receptor  23.71 
 
 		 736 aa  114  8.000000000000001e-24  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.117014 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2678  enterobactin receptor protein  26.42 
 
 		 653 aa  113  1.0000000000000001e-23  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0454  TonB-dependent outer membrane receptor for cobalamin and Fe transport  25.86 
 
 		 646 aa  112  2.0000000000000002e-23  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000108252  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0471  TonB-dependent receptor, putative, degenerate  23.32 
 
 		 704 aa  111  4.0000000000000004e-23  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0312  iron(III) dicitrate transport protein, outer membrane receptor  22.8 
 
 		 807 aa  111  5e-23  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.670307  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0628  TonB-dependent receptor  25.15 
 
 		 688 aa  109  1e-22  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3128  bifunctional enterobactin receptor/adhesin protein  25.44 
 
 		 695 aa  107  5e-22  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0818  TonB-dependent receptor, plug  28.53 
 
 		 518 aa  107  6e-22  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  unclonable  0.0000000136965  normal  1 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1493  putative TonB-dependent receptor  25.16 
 
 		 697 aa  107  1e-21  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.404893  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3888  TonB-dependent receptor  24.64 
 
 		 730 aa  106  1e-21  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.000154411  decreased coverage  0.00438264 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2309  TonB-dependent outer membrane cobalamin receptor  25.66 
 
 		 666 aa  105  3e-21  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0195  ferrienterochelin/colicin outer membrane receptor  24.9 
 
 		 653 aa  105  4e-21  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  8.28696e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3640  TonB-dependent siderophore receptor  22.78 
 
 		 708 aa  105  4e-21  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.168279  normal  0.0985281 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2724  TonB-dependent receptor  23.28 
 
 		 709 aa  105  4e-21  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.424768 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4030  TonB-dependent receptor:Lipocalin  24.04 
 
 		 713 aa  103  7e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1328  TonB-dependent receptor  22.6 
 
 		 798 aa  103  1e-20  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0322179  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3409  TonB-dependent receptor  25.73 
 
 		 698 aa  103  1e-20  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.19526  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0938  TonB-dependent receptor  25.73 
 
 		 698 aa  103  1e-20  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.00410623  normal  0.440689 
 
 
-
 
NC_013731  Slin_6744  TonB-dependent receptor  24.81 
 
 		 731 aa  103  1e-20  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.468719 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3276  TonB-dependent receptor  25.73 
 
 		 698 aa  103  1e-20  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4761  TonB-dependent siderophore receptor  23.78 
 
 		 797 aa  102  2e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4665  TonB-dependent receptor  24.33 
 
 		 739 aa  102  2e-20  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.785854 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1014  TonB-dependent receptor-related protein  24.13 
 
 		 647 aa  102  3e-20  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3521  TonB-dependent siderophore receptor  24.51 
 
 		 699 aa  100  9e-20  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4624  TonB-dependent siderophore receptor  24.13 
 
 		 797 aa  99.4  2e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.185618  decreased coverage  0.0000000123032 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3220  putative outer membrane receptor  24.22 
 
 		 665 aa  99.4  2e-19  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00190191 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4755  TonB-dependent siderophore receptor  24.07 
 
 		 797 aa  98.6  3e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.251254  hitchhiker  0.00353592 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3787  TonB-dependent receptor  23.2 
 
 		 751 aa  97.8  6e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000153626  decreased coverage  0.00000099878 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1262  TonB-dependent receptor  23.92 
 
 		 651 aa  96.7  1e-18  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.612585  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0899  bifunctional enterobactin receptor/adhesin protein  24.92 
 
 		 696 aa  95.1  3e-18  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2728  TonB-dependent receptor  24.27 
 
 		 688 aa  95.1  4e-18  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.811385  normal  0.575129 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0560  TonB-dependent receptor, plug  24.14 
 
 		 623 aa  94.7  5e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0028  enterobactin receptor protein  24.93 
 
 		 652 aa  94  8e-18  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.0000507235  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00261  phosphatidylglycerophosphatase  25.44 
 
 		 617 aa  93.6  1e-17  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1357  bifunctional enterobactin receptor/adhesin protein  24.76 
 
 		 696 aa  93.2  1e-17  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0456407  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_4008  TonB-dependent receptor, plug  23.58 
 
 		 680 aa  93.2  2e-17  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3290  colicin I receptor  22.17 
 
 		 659 aa  92  3e-17  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.359827  normal  0.810258 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0580  TonB-dependent siderophore receptor  24.72 
 
 		 725 aa  92.4  3e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0909  putative TonB-dependent receptor  24.11 
 
 		 711 aa  92  3e-17  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.622893  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1930  TonB-dependent receptor  23.79 
 
 		 702 aa  92  3e-17  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2438  colicin I receptor  22.75 
 
 		 650 aa  92.4  3e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.593043  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2548  colicin I receptor  22.66 
 
 		 650 aa  92  3e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00911927 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2345  colicin I receptor  22.66 
 
 		 650 aa  91.7  4e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0748809  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2451  colicin I receptor  22.27 
 
 		 663 aa  91.3  5e-17  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0806  TonB-dependent receptor  25.21 
 
 		 743 aa  90.9  6e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1271  TonB-dependent receptor plug  22.65 
 
 		 634 aa  90.9  6e-17  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.732381  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2390  colicin I receptor  22.75 
 
 		 650 aa  91.3  6e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.107934 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02084  ferric iron-catecholate outer membrane transporter  22.05 
 
 		 663 aa  90.9  7e-17  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.184448  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1503  TonB-dependent receptor plug  22.05 
 
 		 663 aa  90.9  7e-17  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000115095  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1493  colicin I receptor  22.05 
 
 		 663 aa  90.9  7e-17  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.351325 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2289  colicin I receptor  22.05 
 
 		 663 aa  90.9  7e-17  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02043  hypothetical protein  22.05 
 
 		 663 aa  90.9  7e-17  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.214275  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>