More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_1275 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011666  Msil_1193  transketolase  58.03 
 
 		 667 aa  717    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.043876 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3532  transketolase  59.1 
 
 		 657 aa  757    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1190  transketolase  59.57 
 
 		 663 aa  753    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2601  transketolase  59.69 
 
 		 655 aa  743    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0137  transketolase  55.38 
 
 		 666 aa  724    Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1727  transketolase  59.55 
 
 		 663 aa  761    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.827271  n/a   
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4017  transketolase  61.89 
 
 		 657 aa  739    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.212996  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2650  transketolase  57.51 
 
 		 651 aa  723    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0447  transketolase  58.93 
 
 		 671 aa  767    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.127654 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0889  transketolase  64.74 
 
 		 672 aa  872    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.288392 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4915  transketolase  54.33 
 
 		 653 aa  693    Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3638  transketolase  57.81 
 
 		 658 aa  733    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3236  transketolase  59.1 
 
 		 657 aa  714    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.878812  normal  1 
 
 
-
 
NC_010580  Bind_3805  transketolase  56.59 
 
 		 665 aa  727    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.496968 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2734  transketolase  56.34 
 
 		 661 aa  712    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.784208 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1738  transketolase  65.81 
 
 		 657 aa  869    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.516537  normal  0.588017 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1015  transketolase  55.64 
 
 		 661 aa  715    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2956  transketolase  64.15 
 
 		 672 aa  873    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3268  transketolase  62.29 
 
 		 657 aa  724    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0578167  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1601  transketolase  64.3 
 
 		 672 aa  876    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0705421 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2902  transketolase  58.18 
 
 		 666 aa  744    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0595  transketolase  58.65 
 
 		 660 aa  703    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6399  transketolase  56.42 
 
 		 670 aa  709    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0195479  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0949  transketolase  55.33 
 
 		 671 aa  702    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4466  transketolase  55.09 
 
 		 662 aa  691    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.913477 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1968  transketolase  59.66 
 
 		 655 aa  740    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  hitchhiker  0.00341468  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1700  transketolase  62.61 
 
 		 671 aa  852    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.117388  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6218  transketolase  55.26 
 
 		 681 aa  684    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.686322  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2897  transketolase  55.51 
 
 		 673 aa  707    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.715416  normal  0.0202712 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4766  transketolase  56.58 
 
 		 686 aa  707    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2108  transketolase  60.34 
 
 		 684 aa  779    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.159274 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1220  transketolase  54.8 
 
 		 677 aa  686    Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3922  transketolase  58.73 
 
 		 695 aa  741    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6923  transketolase  56.48 
 
 		 661 aa  705    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.412473 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1052  transketolase  54.73 
 
 		 671 aa  704    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.25792  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4312  transketolase  55.09 
 
 		 662 aa  683    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0384  transketolase  51.64 
 
 		 663 aa  638    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3531  transketolase  56.7 
 
 		 678 aa  708    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5124  transketolase  55.37 
 
 		 671 aa  706    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1669  transketolase  59.7 
 
 		 738 aa  760    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1697  transketolase  59.57 
 
 		 668 aa  761    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.473272  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1113  transketolase  62.43 
 
 		 673 aa  856    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1320  transketolase  57.72 
 
 		 660 aa  718    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.29997 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6387  transketolase  55.11 
 
 		 681 aa  687    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3440  transketolase  58.92 
 
 		 686 aa  734    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3074  transketolase  57.06 
 
 		 663 aa  703    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.851073  normal  0.318861 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2430  transketolase  55.4 
 
 		 660 aa  706    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6620  transketolase  55.26 
 
 		 681 aa  692    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.52083 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_4001  transketolase  61.83 
 
 		 657 aa  719    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.923943  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1275  transketolase  100 
 
 		 672 aa  1369    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.11718  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0565  transketolase  51.64 
 
 		 680 aa  630  1e-179  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0026  transketolase  51.49 
 
 		 694 aa  629  1e-179  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0910343  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0465  transketolase  48.69 
 
 		 663 aa  629  1e-179  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0385  transketolase  50.74 
 
 		 665 aa  626  1e-178  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2841  transketolase  52.1 
 
 		 665 aa  626  1e-178  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0850  transketolase  51.35 
 
 		 664 aa  624  1e-177  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.889577  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0847  transketolase  51.35 
 
 		 664 aa  624  1e-177  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3352  transketolase  51.35 
 
 		 664 aa  624  1e-177  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03567  transketolase  51.41 
 
 		 675 aa  623  1e-177  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2261  transketolase  51.95 
 
 		 666 aa  625  1e-177  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4792  transketolase  50.15 
 
 		 665 aa  619  1e-176  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00646987 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0561  transketolase  49.38 
 
 		 661 aa  619  1e-176  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3330  transketolase  50.07 
 
 		 666 aa  618  1e-176  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.0024244  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4387  transketolase  49.78 
 
 		 660 aa  615  1e-175  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0159  transketolase  50.15 
 
 		 661 aa  617  1e-175  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.311309 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0554  transketolase  50 
 
 		 665 aa  617  1e-175  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000495  transketolase  51.04 
 
 		 663 aa  614  9.999999999999999e-175  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.585942  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2759  transketolase  50.6 
 
 		 663 aa  613  9.999999999999999e-175  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02765  transketolase 1, thiamin-binding  50.15 
 
 		 663 aa  609  1e-173  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0759  transketolase  50.15 
 
 		 663 aa  609  1e-173  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3077  transketolase  50.15 
 
 		 663 aa  608  1e-173  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00342437 
 
 
-
 
NC_002977  MCA3040  transketolase  50.07 
 
 		 670 aa  610  1e-173  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0242601  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA3046  transketolase  49.85 
 
 		 670 aa  611  1e-173  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.590988  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0387  transketolase  47.21 
 
 		 690 aa  610  1e-173  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3367  transketolase  50.45 
 
 		 663 aa  612  1e-173  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0249  transketolase  48.95 
 
 		 664 aa  608  1e-173  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0458  transketolase  50.22 
 
 		 666 aa  608  1e-173  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4237  transketolase  50.3 
 
 		 663 aa  610  1e-173  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5267  transketolase  50.07 
 
 		 681 aa  611  1e-173  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0651  transketolase  49.85 
 
 		 723 aa  608  1e-173  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3256  transketolase  50.45 
 
 		 663 aa  609  1e-173  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3322  transketolase  50.45 
 
 		 663 aa  608  1e-173  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0776  transketolase  50.15 
 
 		 663 aa  609  1e-173  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0260346 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02728  hypothetical protein  50.15 
 
 		 663 aa  609  1e-173  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3269  transketolase  50.3 
 
 		 663 aa  610  1e-173  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3238  transketolase  50.45 
 
 		 663 aa  609  1e-173  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3313  transketolase  50.45 
 
 		 663 aa  609  1e-173  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.333465  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05570  transketolase  49.93 
 
 		 665 aa  608  1e-173  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0520  transketolase  49.78 
 
 		 663 aa  610  1e-173  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2893  transketolase  49.7 
 
 		 665 aa  610  1e-173  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3093  transketolase  50.15 
 
 		 663 aa  609  1e-173  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1497  transketolase  49.85 
 
 		 675 aa  607  9.999999999999999e-173  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0551  transketolase  49.4 
 
 		 662 aa  606  9.999999999999999e-173  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06257  transketolase  50.15 
 
 		 668 aa  605  9.999999999999999e-173  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07130  transketolase  49.4 
 
 		 665 aa  606  9.999999999999999e-173  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002468  transketolase  50.67 
 
 		 664 aa  603  1.0000000000000001e-171  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.624335  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1538  transketolase  50.07 
 
 		 666 aa  603  1.0000000000000001e-171  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0168278  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3418  transketolase  50.3 
 
 		 663 aa  605  1.0000000000000001e-171  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.0637477 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1042  transketolase  50.07 
 
 		 668 aa  604  1.0000000000000001e-171  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3341  transketolase  49.55 
 
 		 663 aa  601  1e-170  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0470091 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>