More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_1052 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_02356  transketolase 2, thiamin-binding  52.77 
 
 		 667 aa  661    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02765  transketolase 1, thiamin-binding  51.66 
 
 		 663 aa  657    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0759  transketolase  51.66 
 
 		 663 aa  657    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1205  transketolase  52.77 
 
 		 667 aa  661    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0644  transketolase  51.22 
 
 		 666 aa  642    Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0678  transketolase  51.22 
 
 		 666 aa  642    Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0715  transketolase  53.01 
 
 		 664 aa  647    Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.582031 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4965  transketolase  52.71 
 
 		 665 aa  671    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA3040  transketolase  51.87 
 
 		 670 aa  658    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0242601  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA3046  transketolase  51.79 
 
 		 670 aa  659    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.590988  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0387  transketolase  49.04 
 
 		 690 aa  662    Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2750  transketolase  55.51 
 
 		 675 aa  646    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0192  transketolase  51.45 
 
 		 693 aa  635    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.123051 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3872  transketolase  50.45 
 
 		 662 aa  656    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1727  transketolase  58.02 
 
 		 663 aa  776    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.827271  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2960  transketolase  52.62 
 
 		 662 aa  658    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.986583 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0385  transketolase  52.5 
 
 		 665 aa  671    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1220  transketolase  60.94 
 
 		 677 aa  773    Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6399  transketolase  73.44 
 
 		 670 aa  968    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0195479  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0389  transketolase  53.52 
 
 		 690 aa  642    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2469  transketolase  53.52 
 
 		 690 aa  642    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0154  transketolase  52.8 
 
 		 668 aa  666    Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0139  transketolase  52.35 
 
 		 668 aa  663    Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4792  transketolase  52.8 
 
 		 665 aa  677    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00646987 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1617  transketolase  50.97 
 
 		 665 aa  657    Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.804069 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3591  transketolase  52.7 
 
 		 668 aa  644    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0287801 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3626  transketolase  53.66 
 
 		 690 aa  652    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.560894  normal  0.611761 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1697  transketolase  61.87 
 
 		 668 aa  786    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.473272  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3317  transketolase  53.52 
 
 		 675 aa  643    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2841  transketolase  53.79 
 
 		 677 aa  657    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0561  transketolase  53.25 
 
 		 661 aa  682    Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0159  transketolase  52.58 
 
 		 661 aa  666    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.311309 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2734  transketolase  59.39 
 
 		 661 aa  760    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.784208 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0026  transketolase  51.12 
 
 		 694 aa  650    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0910343  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3467  transketolase  53.52 
 
 		 690 aa  643    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2808  transketolase  51.65 
 
 		 665 aa  649    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  decreased coverage  0.00000368556  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5267  transketolase  53.02 
 
 		 681 aa  664    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2956  transketolase  54.96 
 
 		 672 aa  700    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3268  transketolase  64.36 
 
 		 657 aa  787    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0578167  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3040  transketolase  51.59 
 
 		 666 aa  639    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3722  transketolase  53.44 
 
 		 690 aa  639    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.323338 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0458  transketolase  53.02 
 
 		 666 aa  668    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1249  transketolase  53.52 
 
 		 690 aa  642    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.47821  n/a   
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4017  transketolase  63.14 
 
 		 657 aa  779    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.212996  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2631  transketolase  52.18 
 
 		 664 aa  647    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_4001  transketolase  63.9 
 
 		 657 aa  782    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.923943  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0137  transketolase  56.64 
 
 		 666 aa  768    Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3431  transketolase  53.37 
 
 		 696 aa  642    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0538  transketolase  53.56 
 
 		 668 aa  650    Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0259  transketolase  53.79 
 
 		 680 aa  642    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.336202 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0595  transketolase  62.69 
 
 		 660 aa  789    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0616  transketolase  51.22 
 
 		 666 aa  647    Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6923  transketolase  57.71 
 
 		 661 aa  714    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.412473 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0949  transketolase  93 
 
 		 671 aa  1289    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4466  transketolase  57.96 
 
 		 662 aa  732    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.913477 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1968  transketolase  57.43 
 
 		 655 aa  716    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  hitchhiker  0.00341468  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0465  transketolase  52.32 
 
 		 663 aa  681    Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1700  transketolase  53.86 
 
 		 671 aa  715    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.117388  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0889  transketolase  53.93 
 
 		 672 aa  691    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.288392 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0472  transketolase  52.34 
 
 		 667 aa  647    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0841196  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2897  transketolase  77.45 
 
 		 673 aa  1070    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.715416  normal  0.0202712 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4766  transketolase  55.43 
 
 		 686 aa  722    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0447  transketolase  62.42 
 
 		 671 aa  797    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.127654 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1042  transketolase  54.1 
 
 		 668 aa  662    Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0565  transketolase  50.45 
 
 		 680 aa  648    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0565  transketolase  53.31 
 
 		 662 aa  642    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.776236 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2448  transketolase  55.46 
 
 		 680 aa  662    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.574393 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1083  transketolase  51.89 
 
 		 664 aa  643    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000105408  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1052  transketolase  100 
 
 		 671 aa  1368    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.25792  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4312  transketolase  58.27 
 
 		 662 aa  722    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0752  transketolase  50.6 
 
 		 664 aa  639    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.394111  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0384  transketolase  53.15 
 
 		 663 aa  657    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3531  transketolase  59.09 
 
 		 678 aa  740    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1849  transketolase  50.97 
 
 		 665 aa  659    Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.322822 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1513  transketolase  54.75 
 
 		 684 aa  660    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00869632  decreased coverage  0.000119249 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2980  transketolase  53.38 
 
 		 659 aa  648    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1601  transketolase  54.81 
 
 		 672 aa  701    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0705421 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1275  transketolase  55.02 
 
 		 672 aa  699    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.11718  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0227  transketolase  53.93 
 
 		 657 aa  693    Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1113  transketolase  50.83 
 
 		 673 aa  638    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1320  transketolase  57.89 
 
 		 660 aa  717    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.29997 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0155  transketolase  53.59 
 
 		 690 aa  640    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6387  transketolase  58.78 
 
 		 681 aa  752    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3330  transketolase  50.91 
 
 		 666 aa  647    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.0024244  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3440  transketolase  60.34 
 
 		 686 aa  767    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0551  transketolase  50.15 
 
 		 662 aa  645    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0872  transketolase  51.97 
 
 		 664 aa  639    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3250  transketolase  51.82 
 
 		 664 aa  636    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.456833  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2261  transketolase  54.49 
 
 		 666 aa  667    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2841  transketolase  54.74 
 
 		 665 aa  669    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0647  transketolase  51.52 
 
 		 680 aa  637    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.0000464673  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2430  transketolase  58.97 
 
 		 660 aa  745    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0538  transketolase  53.37 
 
 		 690 aa  643    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.242033  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07130  transketolase  53.71 
 
 		 665 aa  689    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3468  transketolase  53.52 
 
 		 690 aa  643    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0638  transketolase  53.59 
 
 		 690 aa  640    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0364868  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6620  transketolase  58.78 
 
 		 681 aa  753    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.52083 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3353  transketolase  51.97 
 
 		 664 aa  638    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.741116  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3341  transketolase  51.81 
 
 		 663 aa  657    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0470091 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1669  transketolase  57.29 
 
 		 738 aa  775    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>