More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_1113 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009620  Smed_3922  transketolase  54.09 
 
 		 695 aa  691    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2108  transketolase  54.07 
 
 		 684 aa  704    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.159274 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2902  transketolase  51.28 
 
 		 666 aa  657    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3236  transketolase  55.16 
 
 		 657 aa  660    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.878812  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_4001  transketolase  56.32 
 
 		 657 aa  653    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.923943  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5124  transketolase  51.44 
 
 		 671 aa  654    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1601  transketolase  70.13 
 
 		 672 aa  996    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0705421 
 
 
-
 
NC_004310  BR1727  transketolase  54.89 
 
 		 663 aa  725    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.827271  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1220  transketolase  51.63 
 
 		 677 aa  656    Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1669  transketolase  54.84 
 
 		 738 aa  727    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3638  transketolase  54.56 
 
 		 658 aa  690    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6923  transketolase  54.45 
 
 		 661 aa  679    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.412473 
 
 
-
 
NC_010580  Bind_3805  transketolase  54.01 
 
 		 665 aa  691    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.496968 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2734  transketolase  52.86 
 
 		 661 aa  683    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.784208 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1190  transketolase  57.27 
 
 		 663 aa  734    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2601  transketolase  53.45 
 
 		 655 aa  688    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2956  transketolase  70.43 
 
 		 672 aa  996    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3268  transketolase  56.47 
 
 		 657 aa  655    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0578167  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2650  transketolase  54.34 
 
 		 651 aa  674    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0889  transketolase  70.73 
 
 		 672 aa  1002    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.288392 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6399  transketolase  51.69 
 
 		 670 aa  647    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0195479  normal  1 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4017  transketolase  56.95 
 
 		 657 aa  663    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.212996  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0595  transketolase  53.3 
 
 		 660 aa  649    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0949  transketolase  50.83 
 
 		 671 aa  649    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4466  transketolase  52.86 
 
 		 662 aa  681    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.913477 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1968  transketolase  54.05 
 
 		 655 aa  687    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  hitchhiker  0.00341468  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1700  transketolase  70.09 
 
 		 671 aa  989    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.117388  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1697  transketolase  53.73 
 
 		 668 aa  687    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.473272  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2897  transketolase  51.44 
 
 		 673 aa  659    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.715416  normal  0.0202712 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4766  transketolase  53.46 
 
 		 686 aa  687    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1275  transketolase  62.75 
 
 		 672 aa  856    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.11718  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1052  transketolase  50.83 
 
 		 671 aa  649    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.25792  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4312  transketolase  52.84 
 
 		 662 aa  662    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0447  transketolase  52.84 
 
 		 671 aa  694    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.127654 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3531  transketolase  54.12 
 
 		 678 aa  691    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1015  transketolase  53.61 
 
 		 661 aa  706    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1193  transketolase  54.19 
 
 		 667 aa  679    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.043876 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1738  transketolase  73.82 
 
 		 657 aa  1010    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.516537  normal  0.588017 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1113  transketolase  100 
 
 		 673 aa  1386    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1320  transketolase  53.35 
 
 		 660 aa  662    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.29997 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3440  transketolase  54.24 
 
 		 686 aa  691    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3532  transketolase  55.32 
 
 		 657 aa  697    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3074  transketolase  51.44 
 
 		 663 aa  649    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.851073  normal  0.318861 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2430  transketolase  50.83 
 
 		 660 aa  657    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4915  transketolase  53.72 
 
 		 653 aa  663    Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0137  transketolase  51.75 
 
 		 666 aa  691    Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0465  transketolase  48.2 
 
 		 663 aa  632  1e-180  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6218  transketolase  49.92 
 
 		 681 aa  629  1e-179  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.686322  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6620  transketolase  49.62 
 
 		 681 aa  630  1e-179  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.52083 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6387  transketolase  49.47 
 
 		 681 aa  627  1e-178  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0561  transketolase  48.05 
 
 		 661 aa  613  9.999999999999999e-175  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0387  transketolase  46.44 
 
 		 690 aa  605  1.0000000000000001e-171  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0565  transketolase  47.39 
 
 		 680 aa  590  1e-167  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3330  transketolase  47.99 
 
 		 666 aa  591  1e-167  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.0024244  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0026  transketolase  47.38 
 
 		 694 aa  588  1e-166  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0910343  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA3040  transketolase  46.96 
 
 		 670 aa  585  1.0000000000000001e-165  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0242601  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA3046  transketolase  46.7 
 
 		 670 aa  585  1.0000000000000001e-165  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.590988  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0385  transketolase  45.75 
 
 		 665 aa  582  1.0000000000000001e-165  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05570  transketolase  47.1 
 
 		 665 aa  583  1.0000000000000001e-165  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4792  transketolase  45.75 
 
 		 665 aa  583  1.0000000000000001e-165  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00646987 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6143  transketolase  49.09 
 
 		 682 aa  585  1.0000000000000001e-165  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0520  transketolase  47.6 
 
 		 663 aa  581  1e-164  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1497  transketolase  47.45 
 
 		 675 aa  582  1e-164  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2249  transketolase  47.52 
 
 		 663 aa  580  1e-164  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0965691  hitchhiker  0.0000320127 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3352  transketolase  48.05 
 
 		 664 aa  579  1e-164  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07130  transketolase  46.73 
 
 		 665 aa  582  1e-164  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0651  transketolase  46.66 
 
 		 723 aa  580  1e-164  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4965  transketolase  46.73 
 
 		 665 aa  575  1.0000000000000001e-163  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5267  transketolase  45.88 
 
 		 681 aa  575  1.0000000000000001e-163  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0384  transketolase  47.4 
 
 		 663 aa  576  1.0000000000000001e-163  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0847  transketolase  47.9 
 
 		 664 aa  577  1.0000000000000001e-163  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0850  transketolase  47.9 
 
 		 664 aa  577  1.0000000000000001e-163  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.889577  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0154  transketolase  45.86 
 
 		 668 aa  573  1.0000000000000001e-162  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2893  transketolase  48.07 
 
 		 665 aa  574  1.0000000000000001e-162  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4838  transketolase  46.73 
 
 		 665 aa  574  1.0000000000000001e-162  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0554  transketolase  46.94 
 
 		 665 aa  574  1.0000000000000001e-162  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0244  transketolase  46.71 
 
 		 662 aa  572  1.0000000000000001e-162  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  decreased coverage  0.0000000179813  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0472  transketolase  47.68 
 
 		 667 aa  573  1.0000000000000001e-162  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0841196  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1535  transketolase  45.74 
 
 		 692 aa  572  1.0000000000000001e-162  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.561828 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02765  transketolase 1, thiamin-binding  46.78 
 
 		 663 aa  570  1e-161  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0759  transketolase  46.78 
 
 		 663 aa  570  1e-161  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3269  transketolase  46.63 
 
 		 663 aa  570  1e-161  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02728  hypothetical protein  46.78 
 
 		 663 aa  570  1e-161  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4387  transketolase  46.08 
 
 		 660 aa  572  1e-161  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0139  transketolase  45.71 
 
 		 668 aa  569  1e-161  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3480  transketolase  47.23 
 
 		 664 aa  568  1e-161  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.661363  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1828  transketolase  46.68 
 
 		 653 aa  571  1e-161  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.208586  normal  0.379943 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0388  transketolase  47.41 
 
 		 671 aa  571  1e-161  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0776  transketolase  46.78 
 
 		 663 aa  570  1e-161  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0260346 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1538  transketolase  47.31 
 
 		 666 aa  572  1e-161  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0168278  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3954  transketolase  47.38 
 
 		 664 aa  569  1e-161  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3040  transketolase  46.36 
 
 		 666 aa  570  1e-161  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4237  transketolase  46.63 
 
 		 663 aa  570  1e-161  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3093  transketolase  46.78 
 
 		 663 aa  570  1e-161  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2841  transketolase  47.12 
 
 		 665 aa  568  1e-161  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3077  transketolase  46.63 
 
 		 663 aa  567  1e-160  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00342437 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002468  transketolase  47.15 
 
 		 664 aa  566  1e-160  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.624335  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3591  transketolase  48.12 
 
 		 668 aa  566  1e-160  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0287801 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5014  transketolase  46.58 
 
 		 665 aa  566  1e-160  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.16096 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000495  transketolase  46.85 
 
 		 663 aa  566  1e-160  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.585942  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>