140 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_0876 on replicon NC_008390
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008390  Bamb_0876  LuxR family transcriptional regulator  100 
 
 		 269 aa  548  1e-155  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.118506  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4124  LuxR family transcriptional regulator  89.22 
 
 		 269 aa  493  9.999999999999999e-139  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.000894771  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0888  LuxR family transcriptional regulator  98.53 
 
 		 204 aa  406  1.0000000000000001e-112  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.227634  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4190  LuxR family transcriptional regulator  69.29 
 
 		 272 aa  389  1e-107  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2728  LuxR family transcriptional regulator  65.3 
 
 		 272 aa  335  5e-91  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.108423  normal  0.0203812 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5386  transcriptional regulator, LuxR family  61.34 
 
 		 272 aa  325  5e-88  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.953712  normal  0.0884729 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1220  LuxR family transcriptional regulator  61.34 
 
 		 272 aa  324  1e-87  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.581514 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4009  LuxR family transcriptional regulator  36.43 
 
 		 288 aa  155  7e-37  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.676622 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4782  transcriptional regulator, LuxR family  33.08 
 
 		 259 aa  112  7.000000000000001e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.122497  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4633  response regulator receiver protein  29.69 
 
 		 273 aa  92.8  5e-18  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3411  LuxR family transcriptional regulator  28.77 
 
 		 290 aa  92.4  7e-18  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0444105 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10980  hypothetical protein  30.74 
 
 		 284 aa  87.8  2e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.741598  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2821  LuxR family transcriptional regulator  26.84 
 
 		 295 aa  79  0.00000000000007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.842744  normal  0.196867 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6308  transcriptional regulator, LuxR family  29.37 
 
 		 268 aa  74.7  0.000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.220056  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4862  response regulator receiver protein  35.54 
 
 		 250 aa  74.7  0.000000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6270  LuxR family transcriptional regulator  28.03 
 
 		 262 aa  71.6  0.00000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0800  LuxR family transcriptional regulator  28.46 
 
 		 296 aa  68.2  0.0000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2166  response regulator receiver protein  24.72 
 
 		 247 aa  62.8  0.000000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4769  transcriptional regulator, LuxR family  25 
 
 		 284 aa  62  0.000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.141742  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6064  LuxR family transcriptional regulator  31.5 
 
 		 277 aa  60.8  0.00000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1446  response regulator receiver protein  26.48 
 
 		 284 aa  61.2  0.00000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.292382 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4046  LuxR family transcriptional regulator  26.38 
 
 		 266 aa  60.1  0.00000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4320  LuxR family transcriptional regulator  26.38 
 
 		 266 aa  60.1  0.00000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.2813  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1686  LuxR family transcriptional regulator  26.38 
 
 		 266 aa  58.5  0.0000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.158074  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7524  LuxR family transcriptional regulator  26.49 
 
 		 285 aa  57.4  0.0000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.170589  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3201  LuxR family transcriptional regulator  26.38 
 
 		 266 aa  57.8  0.0000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4290  LuxR family transcriptional regulator  26.22 
 
 		 266 aa  57.4  0.0000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.397968 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7684  LuxR family transcriptional regulator  30.71 
 
 		 277 aa  56.6  0.0000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.986809  normal  0.332592 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1019  LuxR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 271 aa  55.5  0.0000009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.268856 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0774  regulatory protein, LuxR  29.95 
 
 		 242 aa  55.5  0.000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.652298  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4514  LuxR family transcriptional regulator  27.08 
 
 		 263 aa  53.9  0.000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0333975  normal  0.669249 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000650  transcriptional regulator LuxR family  20.23 
 
 		 292 aa  54.7  0.000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3175  response regulator receiver protein  22.77 
 
 		 250 aa  54.3  0.000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000000721008  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0160  response regulator receiver protein  26.97 
 
 		 279 aa  53.9  0.000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4558  LuxR family transcriptional regulator  36.89 
 
 		 266 aa  53.5  0.000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3735  LuxR family transcriptional regulator  26.99 
 
 		 266 aa  53.1  0.000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2590  LuxR family transcriptional regulator  24.05 
 
 		 263 aa  52.8  0.000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.572263  normal  0.168073 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2601  regulatory protein, LuxR  27.91 
 
 		 284 aa  52.4  0.000007  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.119177 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4209  LuxR family transcriptional regulator  27.04 
 
 		 266 aa  52.4  0.000008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.602642  normal  0.235438 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06519  hypothetical protein  19.7 
 
 		 273 aa  52  0.00001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0590  LuxR family transcriptional regulator  26.99 
 
 		 266 aa  50.8  0.00002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.822458  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2324  LuxR family transcriptional regulator  26.99 
 
 		 257 aa  50.8  0.00002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1652  LuxR family transcriptional regulator  25.77 
 
 		 257 aa  50.8  0.00002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30580  LuxR family transcriptional regulator  27.03 
 
 		 268 aa  51.2  0.00002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.706127 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0878  LuxR family transcriptional regulator  26.99 
 
 		 257 aa  50.8  0.00002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1105  LuxR family transcriptional regulator  26.99 
 
 		 266 aa  50.8  0.00002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1019  LuxR family transcriptional regulator  26.99 
 
 		 266 aa  50.8  0.00002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1845  LuxR family transcriptional regulator  26.99 
 
 		 257 aa  50.8  0.00002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.301448  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3824  LuxR family transcriptional regulator  24.2 
 
 		 267 aa  51.2  0.00002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  decreased coverage  0.00247699  normal  0.327982 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5001  transcriptional regulator, LuxR family  23.28 
 
 		 271 aa  50.4  0.00003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5547  putative LuxR family transcriptional regulator  30.22 
 
 		 276 aa  50.4  0.00003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2216  LuxR family transcriptional regulator  31.01 
 
 		 259 aa  50.1  0.00004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000111969  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17720  LuxR family transcriptional regulator  43.86 
 
 		 261 aa  50.1  0.00004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000142633  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1542  putative transcriptional regulator  43.86 
 
 		 262 aa  50.1  0.00004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.409159  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3847  LuxR family transcriptional regulator  44.64 
 
 		 265 aa  49.7  0.00005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.126392  normal  0.51742 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4373  LuxR family transcriptional regulator  38.98 
 
 		 272 aa  49.7  0.00005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.489834  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3394  LuxR family transcriptional regulator  31.9 
 
 		 294 aa  49.7  0.00005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3993  LuxR family transcriptional regulator  38.98 
 
 		 272 aa  49.7  0.00005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.829145  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4239  regulatory protein, LuxR  25.45 
 
 		 312 aa  49.7  0.00005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.117477  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4122  LuxR family transcriptional regulator  31.9 
 
 		 294 aa  49.7  0.00005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.161266 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0320  response regulator receiver protein  27.12 
 
 		 275 aa  49.7  0.00005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.319961 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3530  LuxR family transcriptional regulator  38.98 
 
 		 272 aa  49.7  0.00006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.941293 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3042  LuxR family transcriptional regulator  22.66 
 
 		 257 aa  49.3  0.00006  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.494353  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3769  regulatory protein, LuxR  22.66 
 
 		 257 aa  49.3  0.00006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.997171  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4773  LuxR family transcriptional regulator  31.9 
 
 		 270 aa  49.3  0.00007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2608  LuxR family transcriptional regulator  25.23 
 
 		 269 aa  49.3  0.00007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.237341  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0347  two component transcriptional regulator, LuxR family  36.07 
 
 		 222 aa  48.9  0.00008  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2589  LuxR family transcriptional regulator  42.11 
 
 		 262 aa  48.9  0.00008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.658278  normal  0.222146 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2578  regulatory protein, LuxR  29.69 
 
 		 226 aa  48.5  0.0001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.242735 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1191  LuxR family transcriptional regulator  24.18 
 
 		 275 aa  48.5  0.0001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2047  LuxR family transcriptional regulator  25.95 
 
 		 301 aa  48.5  0.0001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.909025  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3531  LuxR family transcriptional regulator  23.95 
 
 		 257 aa  48.1  0.0002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.272328  normal  0.49506 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0143  transcription regulator  42.59 
 
 		 265 aa  47.8  0.0002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_63520  putative transcriptional regulator  25.31 
 
 		 227 aa  47.4  0.0002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.498884  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0190  transcription regulator  42.59 
 
 		 234 aa  47.4  0.0002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2833  transcriptional regulator, LuxR family  27.48 
 
 		 222 aa  47  0.0003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1637  LuxR family transcriptional regulator  25.42 
 
 		 272 aa  47.4  0.0003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00717804  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1985  two component transcriptional regulator, LuxR family  34.43 
 
 		 222 aa  47  0.0003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1668  response regulator receiver  34.43 
 
 		 222 aa  47  0.0003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.679138  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2210  LuxR family transcriptional regulator  25.75 
 
 		 264 aa  46.6  0.0004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1337  regulatory protein, LuxR  37.7 
 
 		 188 aa  46.6  0.0004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5198  LuxR family transcriptional regulator  29.31 
 
 		 301 aa  46.6  0.0004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2575  regulatory protein, LuxR  31.97 
 
 		 257 aa  46.2  0.0005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.940771  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3765  two component LuxR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 277 aa  46.6  0.0005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1390  two component LuxR family transcriptional regulator  40.35 
 
 		 225 aa  46.6  0.0005  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6466  LuxR family transcriptional regulator  46.67 
 
 		 284 aa  46.2  0.0006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3498  transcriptional regulator, LuxR family  40.38 
 
 		 73 aa  46.2  0.0006  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2246  regulatory protein, LuxR  32.43 
 
 		 899 aa  46.2  0.0006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.348554 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2873  LuxR family transcriptional regulator  20.36 
 
 		 282 aa  45.8  0.0007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.246205  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3251  LuxR family transcriptional regulator  22.36 
 
 		 280 aa  45.8  0.0007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.139103 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3582  response regulator receiver protein  27.86 
 
 		 263 aa  45.8  0.0007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3842  putative transcriptional regulator  33.33 
 
 		 268 aa  45.8  0.0008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2113  LuxR family DNA-binding response regulator  41.18 
 
 		 210 aa  45.8  0.0008  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.616678 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2269  two component LuxR family transcriptional regulator  41.18 
 
 		 210 aa  45.4  0.0009  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45250  putative transcriptional regulator  32.76 
 
 		 268 aa  45.4  0.0009  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2160  LuxR family DNA-binding response regulator  41.18 
 
 		 210 aa  45.4  0.0009  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0389  LuxR family transcriptional regulator  22.73 
 
 		 274 aa  45.4  0.001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2781  LuxR family transcriptional regulator  25.13 
 
 		 276 aa  45.4  0.001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2786  LuxR family transcriptional regulator  35.48 
 
 		 294 aa  45.1  0.001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5172  LuxR family transcriptional regulator  25 
 
 		 278 aa  45.1  0.001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.245144  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>