172 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_4239 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_4239  regulatory protein, LuxR  100 
 
 		 312 aa  641    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.117477  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6270  LuxR family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 262 aa  98.2  2e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3411  LuxR family transcriptional regulator  26.51 
 
 		 290 aa  84.3  0.000000000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0444105 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3582  response regulator receiver protein  28.09 
 
 		 263 aa  75.1  0.000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2728  LuxR family transcriptional regulator  26.88 
 
 		 272 aa  65.5  0.000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.108423  normal  0.0203812 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2166  response regulator receiver protein  29.18 
 
 		 247 aa  65.1  0.000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4190  LuxR family transcriptional regulator  26.02 
 
 		 272 aa  64.7  0.000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4769  transcriptional regulator, LuxR family  27.64 
 
 		 284 aa  63.5  0.000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.141742  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3042  LuxR family transcriptional regulator  25.29 
 
 		 257 aa  63.2  0.000000005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.494353  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3769  regulatory protein, LuxR  25.29 
 
 		 257 aa  63.2  0.000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.997171  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2049  response regulator receiver protein  26.79 
 
 		 265 aa  62.4  0.00000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0800  LuxR family transcriptional regulator  26.64 
 
 		 296 aa  61.2  0.00000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3717  LuxR family transcriptional regulator  28.33 
 
 		 299 aa  59.3  0.00000008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.314676 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2190  LuxR family transcriptional regulator  54.1 
 
 		 298 aa  58.5  0.0000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.429309  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_63520  putative transcriptional regulator  47.46 
 
 		 227 aa  57.4  0.0000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.498884  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2047  LuxR family transcriptional regulator  28.33 
 
 		 301 aa  57.4  0.0000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.909025  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3531  LuxR family transcriptional regulator  23.44 
 
 		 257 aa  56.6  0.0000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.272328  normal  0.49506 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3735  LuxR family transcriptional regulator  37.07 
 
 		 266 aa  56.2  0.0000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1220  LuxR family transcriptional regulator  27.13 
 
 		 272 aa  56.2  0.0000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.581514 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4124  LuxR family transcriptional regulator  24.51 
 
 		 269 aa  55.8  0.0000008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.000894771  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2587  LuxR family transcriptional regulator  25.2 
 
 		 280 aa  55.5  0.000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0358062  normal  0.430196 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4209  LuxR family transcriptional regulator  37.07 
 
 		 266 aa  55.5  0.000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.602642  normal  0.235438 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3251  LuxR family transcriptional regulator  28.27 
 
 		 280 aa  55.8  0.000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.139103 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2873  LuxR family transcriptional regulator  36.45 
 
 		 282 aa  55.5  0.000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.246205  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4290  LuxR family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 266 aa  55.8  0.000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.397968 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1686  LuxR family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 266 aa  54.7  0.000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.158074  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3129  LuxR family transcriptional regulator  25.2 
 
 		 303 aa  54.3  0.000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4046  LuxR family transcriptional regulator  36.21 
 
 		 266 aa  53.9  0.000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4320  LuxR family transcriptional regulator  36.21 
 
 		 266 aa  53.9  0.000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.2813  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1191  LuxR family transcriptional regulator  42.37 
 
 		 275 aa  53.9  0.000004  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5001  transcriptional regulator, LuxR family  34.23 
 
 		 271 aa  53.1  0.000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5547  putative LuxR family transcriptional regulator  25.39 
 
 		 276 aa  52.8  0.000008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3201  LuxR family transcriptional regulator  47.46 
 
 		 266 aa  52.8  0.000008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6179  transcriptional regulator, LuxR family  44.83 
 
 		 267 aa  52  0.00001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1446  response regulator receiver protein  25 
 
 		 284 aa  52  0.00001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.292382 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0876  LuxR family transcriptional regulator  25.57 
 
 		 269 aa  52  0.00001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.118506  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0062  LuxR family transcriptional regulator  49.06 
 
 		 275 aa  51.2  0.00002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3824  LuxR family transcriptional regulator  25.47 
 
 		 267 aa  51.2  0.00002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  decreased coverage  0.00247699  normal  0.327982 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3847  LuxR family transcriptional regulator  25.84 
 
 		 265 aa  50.8  0.00003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.126392  normal  0.51742 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5386  transcriptional regulator, LuxR family  25.91 
 
 		 272 aa  50.8  0.00003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.953712  normal  0.0884729 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4514  LuxR family transcriptional regulator  26.22 
 
 		 263 aa  50.8  0.00003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0333975  normal  0.669249 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3718  response regulator receiver protein  40.68 
 
 		 264 aa  50.8  0.00003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0612  LuxR family transcriptional regulator  44.26 
 
 		 252 aa  50.8  0.00003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0888  LuxR family transcriptional regulator  25.4 
 
 		 204 aa  49.7  0.00007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.227634  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2578  regulatory protein, LuxR  30.43 
 
 		 226 aa  49.3  0.00008  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.242735 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1652  LuxR family transcriptional regulator  44.07 
 
 		 257 aa  49.3  0.00008  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0590  LuxR family transcriptional regulator  44.07 
 
 		 266 aa  49.3  0.00009  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.822458  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2324  LuxR family transcriptional regulator  44.07 
 
 		 257 aa  49.3  0.00009  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0878  LuxR family transcriptional regulator  44.07 
 
 		 257 aa  49.3  0.00009  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1105  LuxR family transcriptional regulator  44.07 
 
 		 266 aa  49.3  0.00009  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1019  LuxR family transcriptional regulator  44.07 
 
 		 266 aa  49.3  0.00009  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1845  LuxR family transcriptional regulator  44.07 
 
 		 257 aa  49.3  0.00009  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.301448  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2821  LuxR family transcriptional regulator  45.28 
 
 		 295 aa  48.9  0.0001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.842744  normal  0.196867 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4558  LuxR family transcriptional regulator  42.47 
 
 		 266 aa  48.9  0.0001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0320  response regulator receiver protein  23.53 
 
 		 275 aa  48.9  0.0001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.319961 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0440  LuxR family transcriptional regulator  40 
 
 		 323 aa  48.5  0.0001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4862  response regulator receiver protein  32.35 
 
 		 250 aa  48.9  0.0001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2048  transcriptional regulator, LuxR family  43.08 
 
 		 280 aa  48.9  0.0001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2589  LuxR family transcriptional regulator  46.55 
 
 		 262 aa  48.9  0.0001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.658278  normal  0.222146 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4961  two component LuxR family transcriptional regulator  40.35 
 
 		 214 aa  47.8  0.0002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.373586  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3199  two component LuxR family transcriptional regulator  40.35 
 
 		 214 aa  47.8  0.0002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.529866  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3842  putative transcriptional regulator  33.64 
 
 		 268 aa  47.8  0.0002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1542  putative transcriptional regulator  44.83 
 
 		 262 aa  47.4  0.0003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.409159  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45250  putative transcriptional regulator  40.68 
 
 		 268 aa  47.4  0.0003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2216  LuxR family transcriptional regulator  26.14 
 
 		 259 aa  47  0.0004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000111969  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1180  LuxR family transcriptional regulator  40.32 
 
 		 267 aa  47  0.0004  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6308  transcriptional regulator, LuxR family  44.23 
 
 		 268 aa  47  0.0004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.220056  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17720  LuxR family transcriptional regulator  44.83 
 
 		 261 aa  47  0.0004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000142633  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2762  transcriptional regulator, LuxR family  41.07 
 
 		 181 aa  47  0.0004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.449206  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4108  two component transcriptional regulator, LuxR family  41.38 
 
 		 210 aa  47  0.0004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.755468  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0389  LuxR family transcriptional regulator  24.87 
 
 		 274 aa  46.6  0.0005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1637  LuxR family transcriptional regulator  39.66 
 
 		 272 aa  46.6  0.0005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00717804  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0023  two component LuxR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 216 aa  46.6  0.0005  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3175  response regulator receiver protein  42.37 
 
 		 250 aa  46.6  0.0005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000000721008  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1172  LuxR family transcriptional regulator  21.69 
 
 		 285 aa  46.6  0.0006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.244501 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1365  LuxR family transcriptional regulator  41.07 
 
 		 181 aa  46.2  0.0006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1021  transcriptional regulator, LuxR family  36.36 
 
 		 347 aa  46.6  0.0006  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0475  regulatory protein LuxR  31.96 
 
 		 271 aa  46.2  0.0007  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3683  two component LuxR family transcriptional regulator  42 
 
 		 205 aa  45.8  0.0009  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00690698  normal  0.306381 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0016  LuxR family transcriptional regulator  37.1 
 
 		 267 aa  45.8  0.0009  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2463  LuxR family transcriptional regulator  41.07 
 
 		 423 aa  45.4  0.001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1785  LuxR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 228 aa  45.1  0.001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0333  LuxR family transcriptional regulator  40.68 
 
 		 141 aa  45.4  0.001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.800894  normal  0.0115404 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09690  putative two-component response regulator  37.04 
 
 		 214 aa  45.4  0.001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000807943  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG1237  LuxR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 199 aa  44.7  0.002  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1564  LuxR family transcriptional regulator  41.07 
 
 		 181 aa  44.7  0.002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4373  LuxR family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 272 aa  45.1  0.002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.489834  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3993  LuxR family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 272 aa  45.1  0.002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.829145  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3530  LuxR family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 272 aa  45.1  0.002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.941293 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3862  two component LuxR family transcriptional regulator  39.66 
 
 		 210 aa  45.1  0.002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.734244  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3523  two component LuxR family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 224 aa  44.7  0.002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3509  two component LuxR family transcriptional regulator  41.51 
 
 		 239 aa  44.7  0.002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.325902  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1809  two component LuxR family transcriptional regulator  39.66 
 
 		 210 aa  45.1  0.002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4219  two component LuxR family transcriptional regulator  40 
 
 		 212 aa  45.1  0.002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.186755  normal  0.698621 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2832  two component transcriptional regulator, LuxR family  39.66 
 
 		 210 aa  44.7  0.002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.988429  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1569  putative transcription regulator protein  38.6 
 
 		 181 aa  44.3  0.003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1876  LuxR family transcriptional regulator  41.07 
 
 		 181 aa  44.3  0.003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0402354  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2609  LuxR family transcriptional regulator  41.07 
 
 		 181 aa  44.3  0.003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2590  LuxR family transcriptional regulator  38.98 
 
 		 263 aa  43.9  0.003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.572263  normal  0.168073 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1349  LuxR family transcriptional regulator  41.07 
 
 		 181 aa  43.9  0.003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>