More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_3129 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009512  Pput_3129  LuxR family transcriptional regulator  100 
 
 
303 aa  627  1e-179  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2587  LuxR family transcriptional regulator  98.57 
 
 
280 aa  575  1.0000000000000001e-163  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0358062  normal  0.430196 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3251  LuxR family transcriptional regulator  96.07 
 
 
280 aa  561  1.0000000000000001e-159  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.139103 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2873  LuxR family transcriptional regulator  59.35 
 
 
282 aa  330  1e-89  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.246205  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45250  putative transcriptional regulator  43.85 
 
 
268 aa  192  8e-48  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3842  putative transcriptional regulator  43.85 
 
 
268 aa  189  7e-47  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0590  LuxR family transcriptional regulator  40.94 
 
 
266 aa  176  4e-43  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.822458  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1105  LuxR family transcriptional regulator  40.94 
 
 
266 aa  176  4e-43  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1019  LuxR family transcriptional regulator  40.94 
 
 
266 aa  176  4e-43  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2324  LuxR family transcriptional regulator  40.94 
 
 
257 aa  176  5e-43  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0878  LuxR family transcriptional regulator  40.94 
 
 
257 aa  176  5e-43  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1845  LuxR family transcriptional regulator  40.94 
 
 
257 aa  176  5e-43  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.301448  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4290  LuxR family transcriptional regulator  37.7 
 
 
266 aa  160  2e-38  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.397968 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4046  LuxR family transcriptional regulator  38.1 
 
 
266 aa  160  2e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4320  LuxR family transcriptional regulator  38.1 
 
 
266 aa  160  2e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.2813  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3735  LuxR family transcriptional regulator  37.45 
 
 
266 aa  156  3e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1686  LuxR family transcriptional regulator  37.3 
 
 
266 aa  155  7e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.158074  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3201  LuxR family transcriptional regulator  36.65 
 
 
266 aa  155  9e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2590  LuxR family transcriptional regulator  39.02 
 
 
263 aa  153  4e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.572263  normal  0.168073 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4209  LuxR family transcriptional regulator  37.45 
 
 
266 aa  153  4e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.602642  normal  0.235438 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4558  LuxR family transcriptional regulator  33.73 
 
 
266 aa  150  2e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1652  LuxR family transcriptional regulator  40.16 
 
 
257 aa  150  2e-35  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1191  LuxR family transcriptional regulator  35.16 
 
 
275 aa  144  1e-33  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4373  LuxR family transcriptional regulator  33.2 
 
 
272 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.489834  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3993  LuxR family transcriptional regulator  33.2 
 
 
272 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.829145  normal 
 
 
-
 
NC_009672  Oant_4854  response regulator receiver protein  31.66 
 
 
262 aa  134  1.9999999999999998e-30  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3847  LuxR family transcriptional regulator  33.45 
 
 
265 aa  133  3e-30  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.126392  normal  0.51742 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3530  LuxR family transcriptional regulator  34.78 
 
 
272 aa  134  3e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.941293 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2190  LuxR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
298 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.429309  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3717  LuxR family transcriptional regulator  35.98 
 
 
299 aa  130  3e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.314676 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3531  LuxR family transcriptional regulator  32.79 
 
 
257 aa  130  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.272328  normal  0.49506 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2047  LuxR family transcriptional regulator  35.37 
 
 
301 aa  129  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.909025  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_63520  putative transcriptional regulator  36.87 
 
 
227 aa  129  7.000000000000001e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.498884  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30580  LuxR family transcriptional regulator  30.43 
 
 
268 aa  129  8.000000000000001e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.706127 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1542  putative transcriptional regulator  32.95 
 
 
262 aa  129  8.000000000000001e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.409159  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1637  LuxR family transcriptional regulator  32.67 
 
 
272 aa  128  2.0000000000000002e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00717804  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3525  response regulator receiver protein  32.81 
 
 
274 aa  127  3e-28  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.243537  normal  0.113939 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2608  LuxR family transcriptional regulator  29.73 
 
 
269 aa  126  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.237341  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17720  LuxR family transcriptional regulator  32.57 
 
 
261 aa  126  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000142633  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2589  LuxR family transcriptional regulator  30.74 
 
 
262 aa  124  2e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.658278  normal  0.222146 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0320  response regulator receiver protein  31.15 
 
 
275 aa  122  6e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.319961 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4514  LuxR family transcriptional regulator  31.23 
 
 
263 aa  122  8e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0333975  normal  0.669249 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0062  LuxR family transcriptional regulator  34.41 
 
 
275 aa  121  1.9999999999999998e-26  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3042  LuxR family transcriptional regulator  31.3 
 
 
257 aa  118  9.999999999999999e-26  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.494353  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3769  regulatory protein, LuxR  31.3 
 
 
257 aa  118  9.999999999999999e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.997171  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6179  transcriptional regulator, LuxR family  36.36 
 
 
267 aa  116  5e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2166  response regulator receiver protein  36.18 
 
 
247 aa  115  7.999999999999999e-25  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0389  LuxR family transcriptional regulator  31.44 
 
 
274 aa  112  7.000000000000001e-24  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1180  LuxR family transcriptional regulator  30.58 
 
 
267 aa  112  1.0000000000000001e-23  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4769  transcriptional regulator, LuxR family  29.75 
 
 
284 aa  110  3e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.141742  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0160  response regulator receiver protein  32.22 
 
 
279 aa  104  2e-21  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3824  LuxR family transcriptional regulator  29.62 
 
 
267 aa  104  2e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  decreased coverage  0.00247699  normal  0.327982 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5001  transcriptional regulator, LuxR family  34.15 
 
 
271 aa  102  1e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2049  response regulator receiver protein  31.3 
 
 
265 aa  100  4e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0016  LuxR family transcriptional regulator  27.27 
 
 
267 aa  96.7  4e-19  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0612  LuxR family transcriptional regulator  32.56 
 
 
252 aa  96.7  4e-19  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3582  response regulator receiver protein  34 
 
 
263 aa  95.5  1e-18  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000650  transcriptional regulator LuxR family  24.22 
 
 
292 aa  94.7  2e-18  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06519  hypothetical protein  26.02 
 
 
273 aa  93.6  4e-18  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3175  response regulator receiver protein  26.05 
 
 
250 aa  83.6  0.000000000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000000721008  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3411  LuxR family transcriptional regulator  26.22 
 
 
290 aa  81.6  0.00000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0444105 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3718  response regulator receiver protein  28.24 
 
 
264 aa  73.6  0.000000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1220  LuxR family transcriptional regulator  24.28 
 
 
272 aa  60.5  0.00000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.581514 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2812  transcriptional regulator, LuxR family  47.37 
 
 
522 aa  58.5  0.0000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.000674561  hitchhiker  0.0000653029 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2779  transcriptional regulator, LuxR family  47.27 
 
 
505 aa  57.4  0.0000003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.980405 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2786  transcriptional regulator, LuxR family  43.64 
 
 
511 aa  56.6  0.0000004  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.0490323 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4823  two component transcriptional regulator, LuxR family  50.77 
 
 
214 aa  56.2  0.0000007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.103693  normal  0.11387 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00480  response regulator containing a CheY-like receiver domain protein and an HTH DNA-binding domain protein  35.53 
 
 
606 aa  55.8  0.0000008  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  decreased coverage  0.00118843  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0461  transcriptional regulator, LuxR family  46.3 
 
 
542 aa  55.8  0.0000008  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2655  transcriptional regulator, LuxR family  42.59 
 
 
470 aa  55.5  0.000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.149331 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3654  two component LuxR family transcriptional regulator  30.6 
 
 
221 aa  55.5  0.000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.0000210563  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_03610  response regulator containing a CheY-like receiver domain protein and an HTH DNA-binding domain protein  40.35 
 
 
470 aa  55.1  0.000002  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.166414  normal  0.0491532 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10980  hypothetical protein  25.51 
 
 
284 aa  53.9  0.000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.741598  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2723  transcriptional regulator, LuxR family  42.59 
 
 
509 aa  54.3  0.000003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.397924  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4239  regulatory protein, LuxR  28.87 
 
 
312 aa  53.9  0.000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.117477  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2523  regulatory protein, LuxR  38.03 
 
 
879 aa  52.8  0.000007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_11580  response regulator containing a CheY-like receiver domain and an HTH DNA-binding domain  40.51 
 
 
515 aa  52.4  0.000008  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.937657  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1037  transcriptional regulator, LuxR family  34.38 
 
 
363 aa  52.8  0.000008  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.760351 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0368  transcriptional regulator, LuxR family  42.59 
 
 
516 aa  52.4  0.000009  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4059  two component LuxR family transcriptional regulator  50 
 
 
212 aa  52.4  0.000009  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.111025  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2688  transcriptional regulator, LuxR family  40.74 
 
 
470 aa  51.6  0.00001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2437  two component transcriptional regulator, LuxR family  46.15 
 
 
218 aa  52  0.00001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2824  transcriptional regulator, LuxR family  43.64 
 
 
550 aa  52  0.00001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5547  putative LuxR family transcriptional regulator  29.59 
 
 
276 aa  52.4  0.00001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0618  LuxR family transcriptional regulator  22.88 
 
 
215 aa  52  0.00001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2837  response regulator receiver protein  38.33 
 
 
262 aa  51.6  0.00001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00000311945  normal  0.812847 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0613  nitrate/nitrite response regulator NarP  33 
 
 
208 aa  52  0.00001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_13650  response regulator containing a CheY-like receiver domain protein and an HTH DNA-binding domain protein  42.59 
 
 
464 aa  52.4  0.00001  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2728  LuxR family transcriptional regulator  22.65 
 
 
272 aa  51.6  0.00002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.108423  normal  0.0203812 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2103  two component transcriptional regulator, LuxR family  40.35 
 
 
210 aa  51.2  0.00002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3871  regulatory protein, LuxR  45 
 
 
913 aa  51.2  0.00002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.760244  normal  0.907756 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_06810  response regulator containing a CheY-like receiver domain and an HTH DNA-binding domain  41.18 
 
 
520 aa  50.8  0.00003  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal  0.521043 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0436  transcriptional regulator, LuxR family  34.29 
 
 
501 aa  50.8  0.00003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1600  two component LuxR family transcriptional regulator  38.89 
 
 
207 aa  50.8  0.00003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_13460  response regulator containing a CheY-like receiver domain protein and an HTH DNA-binding domain protein  40 
 
 
472 aa  50.8  0.00003  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4009  LuxR family transcriptional regulator  27.95 
 
 
288 aa  50.8  0.00003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.676622 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4197  transcriptional regulator, LuxR family  45.61 
 
 
998 aa  50.4  0.00003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2795  transcriptional regulator, LuxR family  41.18 
 
 
468 aa  50.4  0.00004  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000289432 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1626  two component LuxR family transcriptional regulator  43.4 
 
 
194 aa  50.1  0.00004  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.947018 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0630  transcriptional regulator, LuxR family  44.44 
 
 
528 aa  50.1  0.00004  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>