More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_3717 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_3717  LuxR family transcriptional regulator  100 
 
 		 299 aa  617  1e-176  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.314676 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2047  LuxR family transcriptional regulator  97.64 
 
 		 301 aa  593  1e-169  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.909025  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2190  LuxR family transcriptional regulator  95.52 
 
 		 298 aa  574  1.0000000000000001e-163  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.429309  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_63520  putative transcriptional regulator  57.53 
 
 		 227 aa  242  6e-63  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.498884  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1191  LuxR family transcriptional regulator  37.99 
 
 		 275 aa  148  1.0000000000000001e-34  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1686  LuxR family transcriptional regulator  36.54 
 
 		 266 aa  138  1e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.158074  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4046  LuxR family transcriptional regulator  35.55 
 
 		 266 aa  136  4e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4320  LuxR family transcriptional regulator  35.55 
 
 		 266 aa  136  4e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.2813  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4290  LuxR family transcriptional regulator  33.98 
 
 		 266 aa  132  9e-30  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.397968 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2587  LuxR family transcriptional regulator  36.4 
 
 		 280 aa  130  3e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0358062  normal  0.430196 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3129  LuxR family transcriptional regulator  35.98 
 
 		 303 aa  130  3e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3201  LuxR family transcriptional regulator  34.77 
 
 		 266 aa  129  4.0000000000000003e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3251  LuxR family transcriptional regulator  35.9 
 
 		 280 aa  129  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.139103 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45250  putative transcriptional regulator  39.27 
 
 		 268 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4209  LuxR family transcriptional regulator  35.02 
 
 		 266 aa  127  3e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.602642  normal  0.235438 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0590  LuxR family transcriptional regulator  34.36 
 
 		 266 aa  125  7e-28  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.822458  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2324  LuxR family transcriptional regulator  34.36 
 
 		 257 aa  125  7e-28  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0878  LuxR family transcriptional regulator  34.36 
 
 		 257 aa  125  7e-28  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1105  LuxR family transcriptional regulator  34.36 
 
 		 266 aa  125  7e-28  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1019  LuxR family transcriptional regulator  34.36 
 
 		 266 aa  125  7e-28  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1845  LuxR family transcriptional regulator  34.36 
 
 		 257 aa  125  7e-28  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.301448  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2873  LuxR family transcriptional regulator  33.08 
 
 		 282 aa  125  1e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.246205  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3735  LuxR family transcriptional regulator  34.63 
 
 		 266 aa  125  1e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3842  putative transcriptional regulator  38.74 
 
 		 268 aa  124  1e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3042  LuxR family transcriptional regulator  33.63 
 
 		 257 aa  122  8e-27  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.494353  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3769  regulatory protein, LuxR  33.63 
 
 		 257 aa  122  8e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.997171  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3525  response regulator receiver protein  32.33 
 
 		 274 aa  121  9.999999999999999e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.243537  normal  0.113939 
 
 
-
 
NC_009672  Oant_4854  response regulator receiver protein  33.2 
 
 		 262 aa  118  9e-26  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3847  LuxR family transcriptional regulator  32.55 
 
 		 265 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.126392  normal  0.51742 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2166  response regulator receiver protein  36.92 
 
 		 247 aa  115  8.999999999999998e-25  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2590  LuxR family transcriptional regulator  34.14 
 
 		 263 aa  113  3e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.572263  normal  0.168073 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4514  LuxR family transcriptional regulator  32.82 
 
 		 263 aa  113  5e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0333975  normal  0.669249 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3531  LuxR family transcriptional regulator  32.8 
 
 		 257 aa  112  7.000000000000001e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.272328  normal  0.49506 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2049  response regulator receiver protein  32.88 
 
 		 265 aa  107  2e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4558  LuxR family transcriptional regulator  30.89 
 
 		 266 aa  107  2e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1652  LuxR family transcriptional regulator  33.2 
 
 		 257 aa  108  2e-22  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0320  response regulator receiver protein  29.72 
 
 		 275 aa  107  2e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.319961 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2589  LuxR family transcriptional regulator  32.68 
 
 		 262 aa  107  3e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.658278  normal  0.222146 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4373  LuxR family transcriptional regulator  34.88 
 
 		 272 aa  107  3e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.489834  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3530  LuxR family transcriptional regulator  34.88 
 
 		 272 aa  107  3e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.941293 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3993  LuxR family transcriptional regulator  34.88 
 
 		 272 aa  107  3e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.829145  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17720  LuxR family transcriptional regulator  32.02 
 
 		 261 aa  105  6e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000142633  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0062  LuxR family transcriptional regulator  31.1 
 
 		 275 aa  104  1e-21  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3582  response regulator receiver protein  33.94 
 
 		 263 aa  105  1e-21  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1637  LuxR family transcriptional regulator  33.19 
 
 		 272 aa  104  2e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00717804  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4769  transcriptional regulator, LuxR family  29.63 
 
 		 284 aa  104  2e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.141742  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1542  putative transcriptional regulator  31.91 
 
 		 262 aa  104  2e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.409159  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6179  transcriptional regulator, LuxR family  31.27 
 
 		 267 aa  103  3e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1180  LuxR family transcriptional regulator  31.68 
 
 		 267 aa  102  5e-21  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5001  transcriptional regulator, LuxR family  36.68 
 
 		 271 aa  102  9e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3824  LuxR family transcriptional regulator  31.02 
 
 		 267 aa  101  2e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  decreased coverage  0.00247699  normal  0.327982 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0389  LuxR family transcriptional regulator  30.73 
 
 		 274 aa  99.8  5e-20  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2608  LuxR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 269 aa  94.4  2e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.237341  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000650  transcriptional regulator LuxR family  26.95 
 
 		 292 aa  93.6  3e-18  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0016  LuxR family transcriptional regulator  27.72 
 
 		 267 aa  94  3e-18  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30580  LuxR family transcriptional regulator  29.07 
 
 		 268 aa  92.8  7e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.706127 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0160  response regulator receiver protein  28.46 
 
 		 279 aa  89.4  7e-17  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0612  LuxR family transcriptional regulator  29.61 
 
 		 252 aa  87.4  3e-16  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06519  hypothetical protein  25.2 
 
 		 273 aa  87.4  3e-16  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3411  LuxR family transcriptional regulator  26.69 
 
 		 290 aa  81.6  0.00000000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0444105 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3175  response regulator receiver protein  25.33 
 
 		 250 aa  70.9  0.00000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000000721008  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3718  response regulator receiver protein  25.59 
 
 		 264 aa  67  0.0000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0027  DNA-binding transcriptional activator UhpA  49.15 
 
 		 197 aa  60.1  0.00000004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0132  two component LuxR family transcriptional regulator  46.55 
 
 		 196 aa  59.7  0.00000006  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.401597  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4239  regulatory protein, LuxR  28.75 
 
 		 312 aa  59.3  0.00000008  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.117477  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03553  DNA-binding response regulator in two-component regulatory system wtih UhpB  49.15 
 
 		 196 aa  57.4  0.0000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0034  two component transcriptional regulator, LuxR family  49.15 
 
 		 196 aa  57.4  0.0000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4179  DNA-binding transcriptional activator UhpA  49.15 
 
 		 196 aa  57.4  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4178  DNA-binding transcriptional activator UhpA  49.15 
 
 		 196 aa  57.4  0.0000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03495  hypothetical protein  49.15 
 
 		 196 aa  57.4  0.0000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4000  DNA-binding transcriptional activator UhpA  49.15 
 
 		 196 aa  57.4  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.348805  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3504  DNA-binding transcriptional activator UhpA  49.15 
 
 		 196 aa  57.4  0.0000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0030  DNA-binding transcriptional activator UhpA  49.15 
 
 		 196 aa  57.4  0.0000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4034  DNA-binding transcriptional activator UhpA  49.15 
 
 		 196 aa  57.4  0.0000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.383338 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4250  DNA-binding transcriptional activator UhpA  49.15 
 
 		 196 aa  57.4  0.0000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4071  DNA-binding transcriptional activator UhpA  49.15 
 
 		 196 aa  57.4  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4121  DNA-binding transcriptional activator UhpA  49.15 
 
 		 196 aa  57.4  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.97066  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5099  DNA-binding transcriptional activator UhpA  49.15 
 
 		 196 aa  57.4  0.0000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0828785 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4016  DNA-binding transcriptional activator UhpA  49.15 
 
 		 196 aa  57.4  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3882  DNA-binding transcriptional activator UhpA  49.15 
 
 		 196 aa  57.4  0.0000003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2437  two component transcriptional regulator, LuxR family  48.15 
 
 		 218 aa  55.8  0.0000007  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3745  response regulator receiver protein  50 
 
 		 203 aa  55.1  0.000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.311585 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0081  two component LuxR family transcriptional regulator  44.83 
 
 		 196 aa  53.9  0.000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1063  LuxR family DNA-binding response regulator  38.03 
 
 		 232 aa  53.5  0.000004  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.815436  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1393  ATP-dependent transcription regulator LuxR  44.44 
 
 		 913 aa  53.5  0.000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4132  two-component system response regulator  43.1 
 
 		 196 aa  53.5  0.000004  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.249835 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4080  transcriptional regulatory protein UhpA  43.1 
 
 		 196 aa  53.5  0.000004  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6270  LuxR family transcriptional regulator  43.21 
 
 		 262 aa  53.1  0.000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0123  transcriptional regulator, LuxR family  41.25 
 
 		 492 aa  52.8  0.000006  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.891774  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2795  transcriptional regulator, LuxR family  31.03 
 
 		 468 aa  52.8  0.000007  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000289432 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2812  transcriptional regulator, LuxR family  48.08 
 
 		 522 aa  52.4  0.000008  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.000674561  hitchhiker  0.0000653029 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1936  ATP-dependent transcription regulator LuxR  48.15 
 
 		 880 aa  52.4  0.000009  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.443116  hitchhiker  0.000000309593 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3832  regulatory protein, LuxR  43.1 
 
 		 1336 aa  52.4  0.00001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.196603  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3275  response regulator FixJ  34.95 
 
 		 205 aa  52  0.00001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4164  LuxR transcriptional regulator  39.34 
 
 		 960 aa  51.2  0.00002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.950161  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2096  two component LuxR family transcriptional regulator  29.91 
 
 		 212 aa  51.6  0.00002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3186  two component LuxR family transcriptional regulator  38.36 
 
 		 215 aa  50.8  0.00002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0678517  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5456  two component transcriptional regulator, LuxR family  48.15 
 
 		 230 aa  51.2  0.00002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.154935  hitchhiker  0.00976207 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0945  two component LuxR family transcriptional regulator  36.62 
 
 		 232 aa  51.2  0.00002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0618  LuxR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 215 aa  51.2  0.00002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>