More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene YpsIP31758_4080 on replicon NC_009708
Organism: Yersinia pseudotuberculosis IP 31758



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009708  YpsIP31758_4080  transcriptional regulatory protein UhpA  100 
 
 		 196 aa  395  1e-109  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4132  two-component system response regulator  100 
 
 		 196 aa  395  1e-109  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.249835 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0081  two component LuxR family transcriptional regulator  99.49 
 
 		 196 aa  395  1e-109  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0132  two component LuxR family transcriptional regulator  85.2 
 
 		 196 aa  338  2.9999999999999998e-92  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.401597  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0027  DNA-binding transcriptional activator UhpA  67.02 
 
 		 197 aa  259  1e-68  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03553  DNA-binding response regulator in two-component regulatory system wtih UhpB  66.49 
 
 		 196 aa  259  2e-68  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0034  two component transcriptional regulator, LuxR family  66.49 
 
 		 196 aa  259  2e-68  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4178  DNA-binding transcriptional activator UhpA  66.49 
 
 		 196 aa  259  2e-68  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3882  DNA-binding transcriptional activator UhpA  66.49 
 
 		 196 aa  259  2e-68  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4034  DNA-binding transcriptional activator UhpA  66.49 
 
 		 196 aa  259  2e-68  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.383338 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03495  hypothetical protein  66.49 
 
 		 196 aa  259  2e-68  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4250  DNA-binding transcriptional activator UhpA  66.49 
 
 		 196 aa  259  2e-68  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0030  DNA-binding transcriptional activator UhpA  66.49 
 
 		 196 aa  259  2e-68  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5099  DNA-binding transcriptional activator UhpA  66.49 
 
 		 196 aa  259  2e-68  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0828785 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4000  DNA-binding transcriptional activator UhpA  66.49 
 
 		 196 aa  258  3e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.348805  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4071  DNA-binding transcriptional activator UhpA  66.49 
 
 		 196 aa  258  3e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4179  DNA-binding transcriptional activator UhpA  66.49 
 
 		 196 aa  258  3e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4016  DNA-binding transcriptional activator UhpA  66.49 
 
 		 196 aa  258  3e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3504  DNA-binding transcriptional activator UhpA  65.97 
 
 		 196 aa  257  7e-68  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4121  DNA-binding transcriptional activator UhpA  65.97 
 
 		 196 aa  256  1e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.97066  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000091  transcriptional regulatory protein UhpA  57.51 
 
 		 202 aa  227  1e-58  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.136186  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0622  transcriptional regulator UhpA  49.75 
 
 		 208 aa  187  1e-46  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2499  two component LuxR family transcriptional regulator  47.24 
 
 		 209 aa  180  9.000000000000001e-45  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.449467  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1688  LuxR family DNA-binding response regulator  47.24 
 
 		 209 aa  180  9.000000000000001e-45  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000000202542  normal  0.0533619 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2402  LuxR family DNA-binding response regulator  47.24 
 
 		 209 aa  180  9.000000000000001e-45  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000137953  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1775  two component transcriptional regulator, LuxR family  48.74 
 
 		 209 aa  177  1e-43  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.814588  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1369  two component transcriptional regulator, LuxR family  48.74 
 
 		 218 aa  176  2e-43  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.380225  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2482  two component transcriptional regulator, LuxR family  50 
 
 		 211 aa  176  2e-43  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.46622  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0438  transcriptional regulatory protein UhpA  49.21 
 
 		 209 aa  168  5e-41  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0836  two component LuxR family transcriptional regulator  48.15 
 
 		 210 aa  164  8e-40  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1987  two component LuxR family transcriptional regulator  40.3 
 
 		 215 aa  135  6.0000000000000005e-31  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0949899  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1607  response regulator  38.19 
 
 		 214 aa  132  3.9999999999999996e-30  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000106395  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2141  response regulator  37.88 
 
 		 214 aa  131  5e-30  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.126922  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1526  two component transcriptional regulator, LuxR family  37.81 
 
 		 215 aa  129  3e-29  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.88337  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2600  response regulator  36.18 
 
 		 214 aa  128  5.0000000000000004e-29  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000388579  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1782  response regulator  36.18 
 
 		 214 aa  128  5.0000000000000004e-29  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0381154  hitchhiker  0.0000000750596 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1588  two component LuxR family transcriptional regulator  37.88 
 
 		 215 aa  128  5.0000000000000004e-29  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.731747  normal  0.987016 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2677  response regulator  36.18 
 
 		 214 aa  128  5.0000000000000004e-29  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0738952  normal  0.957867 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1547  response regulator  36.18 
 
 		 214 aa  128  5.0000000000000004e-29  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000288339  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1614  response regulator  36.18 
 
 		 214 aa  128  5.0000000000000004e-29  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000746753  normal  0.505035 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1608  response regulator  36.18 
 
 		 214 aa  128  5.0000000000000004e-29  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000000660452  normal  0.150334 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2562  response regulator  36.18 
 
 		 214 aa  128  5.0000000000000004e-29  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0171044  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1860  response regulator  36.18 
 
 		 214 aa  127  8.000000000000001e-29  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1639  response regulator  35.68 
 
 		 226 aa  127  8.000000000000001e-29  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00137195  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0242  two component LuxR family transcriptional regulator  43.15 
 
 		 211 aa  127  9.000000000000001e-29  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000159114 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1026  response regulator protein  38.34 
 
 		 217 aa  127  9.000000000000001e-29  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1725  response regulator  35.53 
 
 		 218 aa  127  1.0000000000000001e-28  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000351159  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5126  two component LuxR family transcriptional regulator  38.19 
 
 		 209 aa  127  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.135043  normal  0.384971 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1824  response regulator  36.36 
 
 		 229 aa  127  1.0000000000000001e-28  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.152948  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0849  two component LuxR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 209 aa  126  2.0000000000000002e-28  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2012  response regulator  35.53 
 
 		 218 aa  126  2.0000000000000002e-28  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000124814  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2686  response regulator  35.53 
 
 		 218 aa  126  2.0000000000000002e-28  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000000957663  normal  0.053055 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1732  two component transcriptional regulator, LuxR family  35.35 
 
 		 218 aa  125  3e-28  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000321601  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01515  transcriptional regulator LuxR/uhpA family  39.6 
 
 		 215 aa  125  3e-28  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.422594  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1041  response regulator  35.35 
 
 		 218 aa  125  3e-28  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000000644757  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2202  two component transcriptional regulator, LuxR family  35.47 
 
 		 213 aa  125  3e-28  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1848  response regulator  36.04 
 
 		 218 aa  126  3e-28  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0524957  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2147  response regulator  35.35 
 
 		 218 aa  125  3e-28  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000040455  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1269  response regulator  35.35 
 
 		 218 aa  125  3e-28  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000584326  hitchhiker  0.00198125 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2455  response regulator  36.18 
 
 		 214 aa  124  6e-28  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.140183  normal  0.431169 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0032  two component LuxR family transcriptional regulator  35.47 
 
 		 210 aa  125  6e-28  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.245451  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0581  two component LuxR family transcriptional regulator  37.81 
 
 		 210 aa  124  6e-28  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2902  two component LuxR family transcriptional regulator  35.07 
 
 		 212 aa  124  7e-28  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.255362  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0029  two component LuxR family transcriptional regulator  38.12 
 
 		 214 aa  123  1e-27  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.317943  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3747  two component LuxR family transcriptional regulator  33 
 
 		 206 aa  123  1e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1205  two component transcriptional regulator, LuxR family  36.63 
 
 		 212 aa  123  1e-27  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0254  LuxR family DNA-binding response regulator  36.23 
 
 		 215 aa  123  2e-27  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1293  LuxR family DNA-binding response regulator  37.07 
 
 		 216 aa  123  2e-27  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2356  response regulator  36.36 
 
 		 218 aa  122  2e-27  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.996954  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1173  response regulator  34.85 
 
 		 218 aa  123  2e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000706228  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2052  response regulator  36.36 
 
 		 218 aa  122  2e-27  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000052182  hitchhiker  0.00148564 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2103  response regulator  34.85 
 
 		 218 aa  123  2e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0532421  hitchhiker  0.00988724 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2150  response regulator  36.5 
 
 		 216 aa  123  2e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0590135  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_22850  response regulator containing a CheY-like receiver domain protein and an HTH DNA-binding domain protein  38.61 
 
 		 239 aa  122  2e-27  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.711047 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2162  response regulator  34.85 
 
 		 218 aa  123  2e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.284818  hitchhiker  0.000000016111 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1782  two component LuxR family transcriptional regulator  37.11 
 
 		 214 aa  123  2e-27  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000360675 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2832  two component transcriptional regulator, LuxR family  35.47 
 
 		 210 aa  123  2e-27  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.988429  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2253  response regulator  36.36 
 
 		 218 aa  122  2e-27  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000726498  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1296  response regulator  34.85 
 
 		 218 aa  123  2e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0547167  hitchhiker  0.00000564902 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1192  transcriptional regulator of LuxR family protein  34.52 
 
 		 214 aa  123  2e-27  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1809  two component LuxR family transcriptional regulator  35.96 
 
 		 210 aa  122  3e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3509  two component LuxR family transcriptional regulator  35.47 
 
 		 239 aa  122  3e-27  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.325902  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0777  LuxR family DNA binding response regulator  36.18 
 
 		 215 aa  122  4e-27  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.891731  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2414  two component transcriptional regulator, LuxR family  40.5 
 
 		 215 aa  122  4e-27  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1230  two component transcriptional regulator, LuxR family  35.26 
 
 		 215 aa  122  4e-27  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4502  two component transcriptional regulator, LuxR family  37.06 
 
 		 205 aa  121  5e-27  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.438194 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02748  response regulator  33.5 
 
 		 214 aa  121  5e-27  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1595  two component LuxR family transcriptional regulator  36.55 
 
 		 209 aa  121  5e-27  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00167261 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3163  two component LuxR family transcriptional regulator  37 
 
 		 203 aa  121  6e-27  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.932633  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2110  response regulator  34.85 
 
 		 218 aa  121  7e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.167551  hitchhiker  0.00000000000000238763 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1714  two component LuxR family transcriptional regulator  37.06 
 
 		 213 aa  121  8e-27  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.975164  hitchhiker  0.000785935 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0090  two component LuxR family transcriptional regulator  36.68 
 
 		 210 aa  121  8e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0153  two component transcriptional regulator, LuxR family  37.62 
 
 		 210 aa  120  9.999999999999999e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1953  response regulator  34.34 
 
 		 214 aa  120  9.999999999999999e-27  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00404481  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0833  response regulator  34.01 
 
 		 227 aa  120  9.999999999999999e-27  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000189156  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04459  two-component system regulatory protein  36.06 
 
 		 213 aa  120  9.999999999999999e-27  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3862  two component LuxR family transcriptional regulator  34.98 
 
 		 210 aa  120  9.999999999999999e-27  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.734244  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4382  two component LuxR family transcriptional regulator  38.07 
 
 		 209 aa  120  9.999999999999999e-27  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4628  two component LuxR family transcriptional regulator  36.23 
 
 		 219 aa  120  1.9999999999999998e-26  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3936  two component LuxR family transcriptional regulator  36.18 
 
 		 213 aa  119  1.9999999999999998e-26  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00507176  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>